第九条，关于军队国家化问题。中共方面表示在公平合理地整编全国军队的条件下，愿将它所领导的抗日军队缩编至24个师、至少20个师的数目，并可将江南8个地区的抗日军队逐步撤退至陇海路以北及苏北、皖北的解放区集中。国民党方面表示，全国整编正在进行，此次商谈的各项问题果能全盘解决，则中共所领导的军队缩编为20个师的数目可以考虑；关于驻地问题，可由中共方面提出方案，讨论决定。双方同意，组织3人小组，具体计划有关军队整编的各项问题。这一条是要害问题。从条款中可看出，双方虽基本接受中共军队缩编为20个师的数额，但各自提出了履行的前提条件，实际都作出了极大保留。
第十条，关于解放区地方政府问题。我党提出：“政府应承认解放区各级民选政府的合法地位。”国民党方面表示：“解放区名词在日本投降以后，应成为过去，全国政令必须统一”。这一条虽然未能达成任何协议，但详细记载了我方先后提出的四个解决办法，即：（一）依照现有18个解放区的情形，重划省区和行政区；（二）在现存有解放区的各省区内，按实际控制情况，分别任命中共推选的人员担任省府主席、副主席、特别市副市长及委员等职；（三）由解放区各级民选政府重新举行人民普选，选出之省区县三级政府，一律呈请中央加委；对此，国民党方面表示，省区加委方式非谋政令之统一，惟县级民选可以考虑；（四）各解放区暂维持现状不变，留待宪法规定民选省级政府实施后再行解决，或将此项问题提交政治协商会议解决。最后，双方表示愿就此继续商谈。需补充的一个情况是，在最后一轮会谈中，张治中提过一个“折衷方案”，即：中共统治地区如数县联成一片的可设立“行政专员区”。周恩来同志答复说，在苏北、皖北等地可以用此办法解决问题，至于冀、鲁、热、察四省大部分甚至整个省区均在我方治理之下则不可用此方法。这表明经过谈判，国方立场稍有松动，双方关于解放区问题的斗争最后集中在省一级权力机构上。需说明的一点是，解放区问题始终是谈判的症结所在，谈判最后无结果，其实也是一种结果，它使蒋介石想一次解决共产党问题，特别是想取消解放区，实现其所谓“军令政令统一”的意图完全破产了。
此外，第七条，关于释放政治犯问题，我方提出，除汉奸以外之政治犯，政府应一律释放；国方表示：政府准备自动办理，中共可将应释放之人提出名单。第十一条，关于奸伪问题，我方提出：严惩汉奸，解散伪军；国方表示：此在原则上自无问题，惟惩治汉奸要依法律行之，解散伪军亦须妥慎办理，以免影响当地安宁。第十二条，关于受降问题，我方提出：重划受降地区，参加受降工作；国方表示：参加受降工作，在已接受中央命令之后，自可考虑。这三条双方各自陈述己方意见，表面看来分歧不很尖锐，但要达成协议仍十分困难。
在谈判即将结束时，国民党内一部分人对发表公报比较积极。两党代表讨论通过《会谈纪要》之后，张治中对毛主席说：“不发表这个东西不行，你既这么大的面子来了，就总得搞个什么。”不过，国民党内也有不少反对意见。据说国民党中常会当日进行讨论，多数人反对，经邵力子说是总裁倡导的才得到通过。《会谈纪要》全称原拟方“政府和国民党代表与中共代表会谈纪至”最后把“国民党代表”几个字删掉了。
8日晚上，张治中在国民党军委会礼堂举行晚会欢送毛主席。晚会的气氛还不错，张治中发表了一篇热情友好的讲话，毛主席也作了即席讲演。毛主席说在这个阶段中，我们在一起商量团结、合作、和平建国的问题，具有异常重大的历史意义。商谈的结果，恰如刚才张先生所说，大部分问题得到解决，还有些问题正在继续商量解决，我们一定要用和平的方法去解决。“和为贵”，除了和平的方法外，其他的打算者是错的！毛主席的这番讲话不仅是一个姿态，实际也是我党当时的愿望。晚会中间，传来八路军办事处李少石同志乘恩来同志轿车外出办事，不幸遇难的消息。得知这一消息的人当时都非常紧张，为毛主席的安全担心。幸好很快查明这不是一起政治事件，而是如事后八路军办事处处长钱之光同志在《新华日报》上发表谈话所说的，“这是一个非常悲痛的偶然事件”，因而没有影响到《会谈纪要》的签署。毛主席回到延安后说：“保护是很周到的。李少石案发生，他们一晚睡不着，动员军警宪连夜破案。群众愤怒，外国人要发电报，可见他们的威信是很低的。”
谈判期问的统战、外交与军事工作
在渝期间，除参加和指导谈判之外，毛主席还做了大量其他工作，特别是在统战方面和军事方面。在我党与国民党进行的谈判斗争中，统一战线是非常重要的。毛主席来到国统区的心脏，使我党的统战工作有了一个新发展。在重庆，毛主席广泛接触了各方面人士，包括各党派、各界、各阶层。短短四十几天，与毛主席会面谈话的仅知名人士就不下几十个，政治上左、中、右都有。这里无法一一列举。用毛主席自己的话说：“拜客，什么人那里我都去。”
来到重庆之后，毛主席首先拜访的是我们党的一些老朋友，特别是那些以前没有机会见面的着名民主人士，像宋庆龄女士、张澜先生和冯玉祥将军等。与我们党的这些老朋友在一起，毛主席开诚布公，谈得很深，许多问题都与他们共同切磋，一起寻找解决办法。例如，当张澜先生听说，军队和解放区问题是国共谈判的症结时，就征得毛主席同意，由他给国共双方写一封公开信，把问题摊开在全国人民面前，从而在一定程度上推动了国共谈判。毛主席曾为此当面赞愈张澜是“老成谋国”。有了毛主席和各民主党派领袖们的交往，我们党和一些民主党派的关系更密切了，特别是我们党与民主同盟之间的合作一直是非常默契的。
对另外一些中间派人士，毛主席也十分注意做他们的工作，如青年党的左舜生、《大公报》的王芸生等，在谈判的过程中非常重视他们的态度、反应和意见。这些人士对我们党并不很了解。国共谈判之初，他们有不少疑虑和担心。通过与毛主席交谈，特别是在看到我党为争取和平所做的重大努力之后，他们的态度和观点起了变化。这里以毛主席提到的两件事为例。回到延安后，在向政治局汇报谈判情况时，毛主席说，我党提出48个师的要求之后，国民党在各地散布了不少我们只要军队和地盘的谣言，引起中间人士对我们的不满。左舜生甚至指责国共谈判是“分赃会议”。但是，我党在军队数量上让至1/7，43个师；中间派民主人士即表示赞成，但蒋介石还不赞成。最后，达成20个师的协议，许多中间派就开始为我们着急。左舜生说：“轻也轻不得，重也重不得。”再例如，《大公报》的王芸生在宴请中共代表团时提出，共产党“不要另起炉灶”；毛主席告诉他：“我们对国民党只是有所批评，留有余地，并无另起炉灶之意。”王芸生听后说：“多年写社论没有方针，今后有了。”为此，他主动向蒋介石做工作，推动尽早召开政治会议。在这次谈判中，我们党没有提出建立联合政府，军队问题让步大，同意谈判过程不公开，有一些民主党派的朋友出于好意，批评我们“调子低，失立场”，说我们没有想到蒋介石会“背信弃义，绝不可靠”。但是，毛主席的做法是要争取大多数。由于我们党的让步赢得了大多数人的心，这就使谈判的最后阶段，我们党可以有力地从政治上反击国民党的高压，掌握谈判斗争乃至整个政治斗争全局的主动权。
毛主席还利用在重庆的机会尽可能地与国民党方面的人士会面、谈话，这种接触，一方面带有统战意义，是为了使国民党各派系都对我党政策有所了解，争取他们有所改变；另一方面，更重要的是要了解国民党内部各派系的情况。通过这些接触，毛主席把国方的动向、困难看得更清楚了。在向政治局汇报时，王若飞同志说，与我们谈话的人都不是死硬派，国方代表都承认解放区的力量，认为国共不能打，一定要和，他们是倾向民主和平方面的。其中，最肯想问题的是王世杰；邵力子愿意解决问题，但怕负责任；张治中坦白直爽，连C.C.派指责张群“联共坍党”的事情也讲了出来。毛主席谈到，宋子文的态度尚好，对谈判有兴趣，但蒋介石不要他参加；派反对和谈，但看来很多，包括陈立夫在内是动摇的。陈立夫与毛主席谈话，一方面企图劝说我党放弃“外来的”共产主义思想，但另一方面又要表明他首先主张签订中苏同盟条约。当时，毛主席对前途的估计比较乐观，他说，国民党“实行独裁的劲不大，像灰尘一样可以吹掉的。”