经过舅舅一番劝说，达尔文放下了顾虑，重新回到施鲁斯伯里，并且把自己的决定告诉父亲，说：“尊敬的父亲，我将按照您的旨意——去爱丁堡大学读医科。”
“好吧，我的好查理。那么，现在，你可以不去那所中学了，我允许你提前退学。明天我就去跟校长布特勒博士说明这一情况。”
“好哦，好哦。我终于可以不去那所令人讨厌的学校了！”达尔文高兴不已。
“不过，从现在开始到暑假结束，你必须跟我一块。你将见证一个医生是如何行医的。”
“好吧。遵命，父亲！”
从当时的种种琐事上，达尔文确信父亲将会给他留下一笔丰厚的家产，足够他舒适地生活一辈子，所以这种想法阻碍了他在医学方面的努力。于是，他就欣然地接受了这个差事，整个夏天充当父亲的助手，并没有把它当做一个很艰难重大的任务。
有一天，父亲递给达尔文一个病人记载本，说：“查理，这上面是12名妇女和儿童的病史和症状，他们都是贫穷的人，但上帝并不允许他们因此而得不到良好的医疗，你懂我的意思了吗？”
达尔文接过来，说：“是的，我懂了。我会用心做的。父亲，您需要我具体做些什么呢？”
达尔文医生抚了抚眼镜：“你要按时记录他们的病史和症状，并且向我汇报，我将据此给他们开出一些药方，或者准备手术，而你得帮助我给病人配药，服食和动手术。”
遵从父亲的吩咐，达尔文看护着这些有病的穷人，他把一切症状尽可能完全地记录下来，并且朗读给父亲听。有时候父亲会进一步地询问详情，并且告诉他应当下什么药，达尔文会把这些都妥善地完成。
经过达尔文的精心护理，这些穷困的病人们都逐渐恢复了健康，病人们临走时对达尔文说了很多感激的话，让他很不好意思。
有一次发生了一件事，让达尔文感到莫大的骄傲。施鲁斯伯里的一家全体成员集体食物中毒，在大家一筹莫展的时候，达尔文突然大声说：“用吐酒石试试吧，或许会有用的。”于是，大家手忙脚乱地找来了吐酒石并且给他们服下，幸运的是他们都好了。父亲欣慰地说：“查理，你真棒！如果你有坚定不移的决心，那么你将来一定会成为一个令人瞩目的名医的！”
在跟随父亲的过程中，父亲通常会告诉达尔文一些小事，这些都是达尔文医生常年行医积累下来的独到经验。
有一次，一个妇女哭哭啼啼地走进父亲的诊所，她向达尔文医生哭诉自己遇到的烦恼，并且说自己这里不舒服那里不舒服。不过，她哭闹得太厉害了，以至于在某些地方根本就没有人能够听清楚她讲的是什么。
于是，达尔文就说：“夫人，你这样哭哭啼啼含含糊糊的话语，会让医生损失很多宝贵的时间，因为病人并不止你一个！”
妇女听他这么一说，哭得更伤心了。
然而，父亲达尔文医生却温柔地说道：“没事，你哭吧，哭出来了心里会更好受一些！”
没想到这位妇女反而很快就停止了啼哭，她把自己的痛苦清晰地告诉了达尔文医生，因此得到了很好的诊断和治疗。
当妇女充满感激地离开达尔文医生的诊所以后，父亲告诉达尔文说：“这种情况我碰见过很多回了，慢慢地我就发现，你越是控制和抑制她们哭泣，她们哭闹得越厉害。所以，后来我就鼓励她们哭下去。你要知道，这比任何事都能使她们得到安慰。”
时间很快就到了10月中旬，贤明的达尔文医生决定要达尔文到苏格兰，进爱丁堡大学医学院读书。临走时，父亲无限伤感地对达尔文说：“查理，你哥哥已经在该校医学院学了近一年了，他是一个很优秀很有天赋的人，但越是这样越令我伤感。你知道么，在我们家族里，我很希望有一个人能够继承我的事业，做一名出色的医生，可是你哥哥——可怜的伊拉兹马斯——他心地善良、爱好广泛、智力出众、待人礼貌，可是他健康很坏精力很差，所以，我只能把希望寄托在你身上了。”
“父亲……”
“不要再说了，我知道你会成为一个成功的医生的——就是说，会有很多病人就诊的医生。因为，一个医生最重要的就是唤起病人的信任，而你做到了。”
于是，达尔文什么都不再讲了，因为他知道讲什么都是多余的。
1825年10月中旬，达尔文在父亲的引导和陪同下，来到了苏格兰。
爱丁堡是英国北部福斯湾的一座大城市，曾经是苏格兰的古都，有悠久的文化历史。工业革命以来，它虽然增添了一些工厂和新式交通工具，但是那些古老的建筑物似乎还散发着18世纪以前的气息。举世闻名的爱丁堡大学确实给这座古城带来一些光彩，它有“医学博士的摇篮”的声誉，吸引英国各地的学生到这里来深造，欧洲其他国家还有美国和殖民地国家的一些青年也慕名而来，想在这里取得学位，将来可以出人头地。
来到爱丁堡，首当其冲的是住宿问题。许多慕名前来的学生能够来到这里上学就已经很不错了，若想住得舒适安乐，那真不是一般的家庭能够承担的，大学附近的房子都很紧俏，即使是一间很简陋的房子，它的租金也是匪夷所思的。为了让达尔文能够安心求学，父亲达尔文医生还是不惜重金给两个儿子租到了一个舒适的寓所，走之前再三叮嘱房东马卡乌夫人顺便照顾他们。
于是，达尔文和他的哥哥就在爱丁堡医学院附近的洛西安街11号住了下来。
注册入学以后，达尔文拿到学校签发的化学和药学的听讲证，还有一张解剖学、生理学和病理学的听课证。就这样，1825年10月，17岁的达尔文开始了在爱丁堡大学医学院新的求学生活。
开学初，达尔文和其他学生一样对大学生活充满了美好的幻想，希望自己好好学习，放飞自己的梦想，能够像祖父一样取得惊人的成就，成为一个既精通医学又懂得生物学的博学家。
但是，坚持了两个月之后，达尔文对大学的生活深深地失望了。这时，他收到二姐卡罗琳的来信——询问他的学业如何，达尔文回复说，学习生活紧张而乏味。
原来，在校学习的两个月，达尔文听了医学院很多教授讲的课，除了霍普教授的化学课比较深入浅出之外，其他的讲授都是索然寡味的。
冬天早上八点钟开始，是邓肯博士讲授的药物学。在寒冷的苏格兰，这对于一个嗜睡的青年人来说是多么让人不适应。邓肯教授的苏格兰口音太重，以至于学生们都不能很好地听清他所讲授的内容，而且他讲课不注重学生的理解，总是主观的满堂灌，让学生死记硬背。考试的时候，平时将邓肯教授的讲义背得滚瓜烂熟的同学能够轻易地拿到高分，而那些注重理解不死记硬背的同学则考得很不理想。而那些死记硬背的同学到底掌握了多少知识，就不得而知了。达尔文对此感到厌烦透了。
芒罗博士是一个毫无情趣的人，没有丝毫幽默感，他主授的人体解剖课像他本人一样无味，这一门课程让达尔文讨厌极了。如果达尔文知道他后来将要从事科学工作的话，他一定会后悔当初没有认真学习这门课程，正如他在《回忆录》里记载的——“我没有努力学习解剖，后来证明是我一生中最大的损失，否则我会很快克服这种厌恶，而这种学习对我以后的工作是极有价值的。”
达尔文无法释怀心中的困惑。
有一天，达尔文对哥哥说：“我真的不能适应这里的学习生活，哥哥。”
“怎么了？”
“无聊透顶，都是一些乏味的讲授。我所有的时间，除了要耐着性子去听这些乏味的讲授之外，就是要用全部的心思和精力去准备那些毫无意义的考试。”
“呵呵，你要学会调节自己！我的意思是，当你对它厌烦的时候，可以适当地去图书馆里看一些自己感兴趣的书，然后再回到专业上。有张有弛，治学之道嘛！”
听了哥哥的话，达尔文更加坚定了自己的想法——与其在课堂上浪费时间听那些无聊的讲授，还不如自己到图书馆里去阅读。
于是，在绿草如茵的爱丁堡大学的校园里，时常可以看见有两个年轻的身影穿梭其中，他们就是达尔文和他的哥哥，他们要去图书馆借阅图书。
去的次数多了，达尔文还发现一个好处，那就是，在寒冷的苏格兰，图书馆里很温暖，远比外面的寒冷舒适。达尔文在温暖的图书阅览室里如饥似渴地阅读各种各样的书籍，哲学、诗歌、昆虫学、地质学、名人传记。天长日久，日积月累，他们成了图书馆里借书次数最多的读者。
有一天，达尔文回到自己的住处——洛西安街11号，看见哥哥正坐在书桌旁，他兴高采烈地对哥哥说：“你简直无法想象我今天看到了一本怎样好的植物学书籍！”
没想到，哥哥却严肃地对达尔文说：“查理，你这样在书海里徜徉久了，会与你本来的方向越来越远的。我现在是最后一年了，明年就得毕业了。你知道我们医学院的规矩不？”
达尔文像被泼了冷水，委顿地说道：“什么规矩？”
哥哥一板一眼地说：“爱丁堡大学医学院明文规定，所有学生必须完成人体解剖的所有实习以后才能参加专业考试。据我所知，你很久都没有去上课了，那么你的临床实习……”
达尔文神采黯然，他想到父亲临走时对自己说的话，想到父亲对自己的寄予的希望，他说：“哥哥，你放心，我都明白的，谢谢你的提醒。尽管学校里有许多情形使我苦恼，但是我并不会因此而愚蠢地减少我的实习。”
又是外科手术观摩课了，所有的同学必须要到手术教室里。达尔文脚步沉重地跟随在同学们的身后，他对上次的腹部手术仍然是心有余悸。达尔文最不能忍受的就是看到流血了，这个不好的毛病来自于他的父亲，达尔文遗传了他父亲对血的恐惧。
在手术室里，达尔文和同学们围在汉密尔顿教授的手术台旁边，所有的学生将要在汉密尔顿的带领下，观察他如何给一个双腿患有严重骨髓炎的小姑娘做手术。
手术快要开始了，汉密尔顿教授和他的助手一切准备就绪，所有大夫都身穿白大褂，手中拿着刀叉，小姑娘见此害怕得哆嗦不停，双眼里流露出恐怖的光芒，两颊绯红，嘴里一个劲儿地嚷道：“不，不，不……”
为了稳定小姑娘的情绪，汉密尔顿温和地说：“可爱的姑娘，你得安静点，因为这样我们才可以想办法让你健康起来。我们会减轻你的痛苦，忍受这一刻，以后你就再也不会痛苦了，好吗？”说着，教授示意他的助手给她喝下酒精。
于是，小姑娘在一个护士助手的帮助下，喝下许多酒精，然后冲着汉密尔顿教授坚强地一笑，说：“您可以开始了。”
达尔文看到这次手术又不用麻醉剂，只是喝几口酒精就算麻醉了，这远远不能解除手术过程中巨大的疼痛。果不其然，当汉密尔顿教授切开小姑娘的腿时，小姑娘发出痛楚的惨叫。
“准备抹布！”汉密尔顿冷静地吩咐道。
于是，护士把一大团抹布塞进了小姑娘的嘴里，四个身强有力的助手稳稳地按住了小姑娘的四肢，她再也动弹不得，只有鼻子里发出凄惨的声音，豆大的汗珠布满了她那可爱又可怜的小脸蛋。
看到此景，达尔文感到胃部有难以忍受的痉挛，他想起了上次观看的惨不忍睹的腹部解剖手术，想到解剖室里陈放的尸体，它们虽然用福尔马林液浸泡过，但是仍然发出难闻的气味，更让他难以忍受的是，这些尸体都是在爱丁堡济贫院里度过余生的穷人们。
种种令人恶心的情景再次浮现在达尔文的眼前，更恐怖的是，汩汩鲜血从小姑娘的腿下流出，殷红的鲜血浸透了铺在她身体旁边的锯末。达尔文情不自禁地冲出了手术室。
要知道，仁慈善良的达尔文平时在制作标本的时候，绝不忍心看到动物们的痛苦挣扎，哪怕是一只小昆虫，在弄死以前也要先用他自己发明的月桂树和夹竹桃的叶子汁液进行麻醉，让它们没有痛苦地死去。可是，在手术室里，一个活泼可爱的小姑娘竟然在没有麻醉的情况下被施行手术，这怎么让达尔文能够忍心看得下去呢？
达尔文冲出手术室，喃喃自语道：“啊，这一切太可怕了！我实在不能忍受，在治疗过程中，不是减轻而是增加了病人的痛苦。”
从此以后，达尔文就再也没有去过手术室，因为没有任何力量足以诱导他那样做。在以后的岁月里，那次手术使达尔文苦恼了很久很久。
就这样，达尔文更加频繁地逃课，他把大量的时间都花在去图书馆阅读自己感兴趣的植物学书籍上了。
达尔文不再参加手术实习观摩课，这使得他被取消了参加专业考试的资格。但是，他并没有因此而懊恼。他曾经在日记里写道：“做自己感兴趣的事情才是最大的享受。”
1826年，哥哥伊拉兹马斯从医学院毕业离校了，达尔文从此就不再受到他有意无意的教导和管束，因此交友日益广泛，这些朋友们都同达尔文一样爱好自然科学。
这些朋友包括安斯沃森，他对地质学很感兴趣，对许多问题都知道一些，尽管肤浅但是能说会道，后来他在伦敦、巴黎、布鲁塞尔研究地质学，发表过《亚述旅行记》。
柯尔特斯里姆，他时常是一副一本正经的模样，因此时而会显得比较拘谨，但这丝毫不影响他的出类拔萃，他有一个美德就是跟达尔文一样极其仁慈。他跟达尔文成为好朋友的一个原因是，他们经常在一块谈论水生生物。不过，达尔文也经常因为宗教的话题跟他争论得不可开交，因为柯尔特斯里姆笃信宗教。
哈迪，一个很有才华的人，经常跟达尔文热烈地讨论各种各样的植物。不过，天妒英才，他英年早逝于印度，若非如此，他肯定能成为一个优秀的植物学家。
格兰特，比达尔文高几年级，他冷淡而拘谨的态度通常会让人对他敬而远之，但是真正了解他的人就会感受到他内心里如火般的热情。格兰特曾经发表过第一流的动物学论文，他跟达尔文的共同爱好就是谈论不同动物的习性。
这几个好朋友因为志趣相投，经常在一块探讨共同关心的生物学问题，达尔文觉得这样很好，比在枯燥乏味的课堂上有趣得多。
有一天，他们三个相约去散步。格兰特兴奋地说：“亲爱的朋友们，我有一本好书要跟你们分享，这是一本让人耳目一新的好书！”
达尔文急不可待，他说：“什么好书，快快说来！”
“拉马克的《动物学哲学》！”
“为什么觉得它好呢？”柯尔特斯里姆问道。
“我认为，这是到目前为止，关于生物进化的一部最重要的著作。拉马克用环境的直接影响，器官的用进废退和获得性状遗传解释了生物的进化。实在是妙不可言哦！”格兰特神采飞扬地说道，“从拉马克的观点来看，生物是进化的，物种不变论是站不住脚的。动物的意志和欲望在进化中起着重大的作用，上帝的干预是多余的。”
柯尔特斯里姆尊崇上帝，听到格兰特这样一说，显然不高兴了，他说：“动物的意志怎么可能引起进化呢？一切都是上帝赋予的。如果不依据万物的最高造物主的意旨，任何东西都不会存在的！”
听着两个学识比自己渊博、见解高明的朋友在争论，达尔文只是洗耳恭听，他什么意见都没有发表。其实，在这之前，他早就读过他祖父写的《动物学》。
达尔文淡淡地说：“我祖父曾经也写过一本书——《动物学》，他里面也有类似的观点，说物种是进化来的。”