1.为防儿子内讧，皇孙继位
为争皇位，朱元璋的儿子们有可能内讧。皇孙继位后，朱元璋的儿子们是不会内讧了，那又会干什么呢？
方孝孺像明王朝建立后，朱标被册立为太子。朱元璋特地在宫中建大本堂，征集四方名儒教育太子。另外又挑选了一批有德行的端人正士，充作太子宾客。这位皇储终于被培养成为一个忠厚仁柔的“儒生型人物”。
朱标过于仁柔了，朱元璋担心在他百年之后，朱标是否有足够的能力驾驭这批功高不驯的功臣们。于是费尽心机，把出生入死的战友们逐一斩尽，一心一意想留给长子一根无刺的权杖。
若是用守成之君的标准来衡量，朱标的性格算不上有多大的缺点。相反，在一味推行猛进政治的帝王之后出现一位仁柔的君主，对社会无疑会起一种缓冲作用。
朱元璋对太子的所做所为还是非常满意的，因为太子有太平君主的一切优点。他身为长兄，对诸弟颇为关怀爱护，深孚众望；处理政事明睿审慎，有条不紊……可是，偏偏天不作美。洪武二十五年（1393年）春，太子在出巡西北回京后，一病不起，不久便撒手尘寰，年仅38岁。
65岁的老皇帝伤心之至，须发在短时间内全白了，这不仅是丧子之痛，更是立储失败之痛。悲痛之余，朱元璋不得不提起精神来重新考虑立新储的问题。在此期间，他曾想到了皇四子朱棣，因为朱棣有许多地方都与自己非常相似，但向群臣咨询的时候，大臣刘三吾提出，如立皇四子，那么将皇二子、皇三子立于何地？当时朱元璋已经分封了诸王，而且这三个儿子分别被封为了秦王、晋王、燕王，三人的封地都是边境重镇，而且手握重兵，一但由于争储而出现内讧的话，那后果将非常严重。因此朱元璋只得将朱标的次子朱允炆立为皇太孙（朱标长子早逝）。
朱元璋担心朱允炆应付不了局面，只好再一次斩除荆棘，傅友德、冯胜这几个仅存的元勋宿将也因此被杀了。棘杖上的刺的确被斩除殆尽了，但是一种新的荆棘却在慢慢地生长。旧棘刚尽，新刺甫生。这新的利刺便是藩王。
诸藩王在自己的封地建立王府，设置官署，地位极高，公侯大臣进见亲王都要俯首拜谒，每个王府都设有亲王护卫军，数量从3000人到19000人不等，封在长城线上的亲王更不在此限。当遇到急事时，地方守镇兵也要归亲王指挥。亲王还是地方守军的监视人，是皇帝在地方的军权代表。一旦地方有变，护卫军可以单独应战。即使京师危急，也可以起兵勤王，达到屏藩皇室、翼卫朝廷的目的。朱元璋以为军权托付给亲子，就万无一失了。
朱元璋对子孙们实行了最大可能的皇族教育，诸子成年后，大多精明能干。洪武二十六年（1393年）以来，元勋宿将被诛杀殆尽，面对北方蒙古的军事威胁，边塞各王的军事地位日趋重要，除去军中要事须向朱元璋报告外，晋王朱、燕王朱棣被授命全权处理北方日常军务。秦王与晋王、燕王等多次率军北征，其他小王也领兵随兄长们巡边，校猎沙场。频繁的征战不仅锻炼了诸王，也促进了他们同军队的联系，大大加强了诸王的军事实力。军功、实力以及皇子的身份，使诸王成为能与朝廷相抗衡的隐患。
朱元璋对藩王问题并非一无觉察。诸王不法，他即严厉责罚。一次，有人告发晋王谋异，朱元璋闻后大怒，令太子朱标将其从北方王府带回京师，痛加训诫，直到晋王答应改过，才许回藩。对北方诸王的动向，朱元璋也颇为注意。传说，他曾派刘基次子以谷王府长史的身份巡行提调北方六王府事，暗中侦探诸王的一言一行。
但是，终其一生，藩王问题一直没有引起过他的足够重视。相反，洪武帝对封藩之举还一直自鸣得意。他曾向皇孙朱允炆表露过：“我把边防防敌之事交给诸王，可使边境安定，你就可以做一个太平皇帝了。”
“敌虏不靖，可用诸王抵御，诸王要是不安封国，朝廷又拿什么去防御呢？”朱允炆这位青年皇储倒是感到了藩王之忧，拥兵在外的诸王是他的长辈叔父，他的身份不是太子而是太孙。他将他的忧虑曾向朱元璋全盘托出。皇孙的问话使朱元璋无言以对，他沉默良久，方才反问：“你的意思如何？”“先用德化怀柔他们，用礼制限制他们，不行就削夺他们的封地，实在不行就废置他们，再不行就举兵讨伐！”朱允炆提出了一个四部曲方案。可以看出，这位皇储对藩王之事有过长期的思考。“是的，除此也别无良策了。”朱元璋也只能同意孙子的办法了。
可是，在朱元璋心中，各藩王的不安分只不过是一种假设而已。他没有想到自己健在时，诸王慑于自己的英烈，自然不敢有不诚之举。但是，自己百年之后呢？
洪武三十一年（1398年），71岁的朱元璋驾崩，21岁的朱允炆即位，之后他只能依靠自己的力量去对付各地的叔叔们了。
2.建文新政解严霜
朱元璋屠杀功臣的“威”与建文帝朱允炆平反冤狱的“恩”结合起来之后，朱氏家族的统治收到了很好的效果。
洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前也大为清明。然而他生性“雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛异常凝重，文武大臣人人自危。建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政。为无论是百姓还是官吏，都创造了一个宽松的环境。
太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，南京贡院军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯”，而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。在这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为“建文”，与其祖父“洪武”刚好形成了鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他继位后，立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子：兵部尚书齐泰，洪武十七年（1384年）应天府乡试第一，次年进士；太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（1385年）会试第一，与齐泰同榜；翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。
在这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄一言获罪的情况发生了，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
在刑狱方面，建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况相当严重。他认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求“臣罪当诛，谢主隆恩”。比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
建文帝即位仅一个多月，就下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二之多。建文帝的这些措施实际上是对太祖朱元璋严刑峻法的一种调整，也反映了建文帝与太祖执政风格的迥异。
在赋税方面，建文元年（1399年）正月，建文帝下令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋明显比其他地方严重，这是朱元璋因为憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。另外，朱元璋还特意规定江浙人不许担任户部的职位，目的是防止江浙人偏袒家乡。建文帝则认为江浙重赋只可用惩一时，不应该形成定制，不光田赋要减轻，江浙人自然也可以担任户部的官职。他还针对寺庙侵占民田的情况，下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退回分给农民。
建文的新政策给社会带来了一定好处，因此有“四载宽政解严霜”之誉。他的“仁声义闻”甚至远播西域、朝鲜。中原地区关于建文帝的传说更多：“父老尝言，建文四年之中，值太祖朝纪法修明之后，朝廷又一切以惇大行之，治化几等于三代。时士大夫崇尚礼义，百姓乐利而重犯法。家给人足，外户不阖，有得遗钞于地置屋檐而去者。及燕师至日，哭声震天，而诸臣或死或遁，几空朝署。盖自古不幸失国之君未有得臣民之心若此者矣。”
3.叔侄相争，下落不明
燕王朱棣与建文帝朱允炆之争是朱氏家族的内部纷争，既改不了“朝”，也换不了“代”，更改不了“姓”。大明江山仍然是朱氏家族的江山。
朱元璋建立了明朝以后，将诸子分封到各地做藩王。他们各自拥有数量不等的护卫甲士，尤其是北边的几个藩王，手握重兵，势力更加强大。朱允炆继位后，他深感诸藩王对自己的严重威胁，即位不久便开始削藩。建文元年（1399年），燕王朱棣毅然起兵，与建文帝展开了长达三年之久的争夺皇位的战争，最终以燕王胜利而结束。史称这场战争为“靖难之役”，这次事变为“靖难之变”。
建文元年（1399年）七月七日，朱棣聚集将士誓师，公开打出了奉天靖难、清除君侧的旗号，历时三年的“靖难之役”就这样爆发了。这时，离明太祖朱元璋离开人世才刚刚15个月。靖难口头上的对象是建文帝身边以齐泰、黄子澄为代表主张削藩的大臣，即所谓“君侧”。但双方心里都清楚，无非是夺位与保位之争。
战争初期，燕军在军事、政治、经济上均处于劣势，故其战略为：巩固北平根据地，利用内线作战的有利条件，迅速变被动为主动，求得各个击破。七月五日，朱棣击败朱允炆部署在北平的军队以后，连克通州（今北京通县）、蓟州（今天津蓟县）、遵化、密云、居庸关、怀来、开平（今河北赤城独石口）、龙门（今河北赤城龙关）等地，从而巩固了北平根据地，为南下进攻打下了基础。而此时，朱允炆凭借其军事、政治、经济上的优势，集中强大兵力，分进合击，想迅速将燕军包围在北平地区并歼灭之。七月二十四日，以长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚、都督甯忠为左右副将军，率师北伐。八月十二日，耿炳文率军30万人进驻真定（今河北正定），都督徐凯领兵10万人扎营河间（今属河北），都督潘忠驻莫州（今河北任丘），都督杨松率军9000人为先锋扼雄县。朱棣乘北伐军部署未定，率军主动出击。八月十五日夜，攻破雄县，杨松全军覆没。
二十五日，燕军直捣真定，败耿炳文军于滹沱河，斩首3万余级，余众入城坚守，燕军攻城3日不克，弃围北还。八月底，朱允炆以曹国公李景隆代耿炳文为大将军，率军50万人进驻河间，再图北伐，并令江阴侯吴高等围攻水平（今河北卢龙）。九月五日，朱棣只留下少数兵力防守北平，自率主力往援水平。吴高不战而走，燕师连下水平、山海关，进取大宁（今内蒙古宁城）。李景隆趁虚率师围攻北平，不料遭到守城燕师的顽强抵抗。十一月四日，朱棣回师北平，与留守部队配合作战，内外夹击，大败李景隆军于郑村坝（今北京东20里），毙伤十余万人。李景隆退还德州。
建文二年（1400年）四月初一，李景隆率军60万人从德州分兵两路，大举北伐。朱棣率军10万人迎战。两军会战于白沟河（今河北雄县境内）。经过数日激战，李军大败，燕师乘胜攻克德州。李景隆退守济南。燕师跟踪追击，进围济南，遭到山东参政铁铉与都督盛庸的顽强抵御，围城3个月而不下，且后方又受到北伐军的威胁，遂撤围还师北平。九月，朱允炆以盛庸代李景隆为大将军，都督平安、吴杰为左右副将军，再举北伐。盛庸屯德州，平安、吴杰驻定州，都督徐凯营沧州，互为犄角以困北平。十月，朱棣获悉盛军北进，遂佯称攻辽东而至通州，突然转师南攻沧州，生擒徐凯，歼万余人。燕师进逼德州，诱败盛军于城外。其后沿运河而南，连克临清、馆陶、大名、济宁等地。盛庸、铁铉率军营于东昌（今山东聊城）以扼燕师归路。十二月二十五日，燕师归至东昌，遭盛军截击，死伤数万人，主将张玉战死，被迫还师北平。
建文三年（1401年）春，盛庸率军20万人驻德州，吴杰、平安驻真定，互为犄角，伺机出击。三月，朱棣再次率师南下，大败盛军于夹河（今河北武邑境）。闰三月十日，又诱败吴杰、平安军于滹沱河。乘胜连克真定、顺德（今河北邢台）、广平（今河北永年）、大名等地。朱允炆为缓兵之计，下诏赦燕王罪，企图使其懈怠；同时发兵断其粮道，以迫其北归，伺机歼灭。朱棣识破此计，于六月中旬，遣都指挥使李远率轻骑6000人南下，连克济宁、沛县等地，焚盛军粮船数百艘、粮数百万石，京师（今南京）大震。七月，盛庸乘燕师南下，令平安率万骑攻北平；大同守将房昭回攻保定。朱棣闻讯，率军回援，大败其军，还师北平。燕师与建文帝军队在河北及鲁西争战两年有余，燕师所克城邑旋得旋失，唯占据北平、保定、水平三府。朱棣深感南军兵多势众，旷日持久，攻防俱难，遂决定乘虚直捣京师。
建文四年（1402年）正月，朱棣督军南下，绕过济南，连下东阿、东平、汶上、兖州、邹县、沛县、宿州，直抵蒙城、涡河（今安徽境内）。三月初九，于淝河（今安徽境内之北淝水）设伏，击败尾随而来的盛军4万余人。四月，燕师屯小河（即今安徽境内之濉河）。南将都督何福率军北援，与平安会合，军势甚盛，两军在齐眉山（今安徽灵璧境内）交战，燕师损失惨重，军心动摇。朱允炆在此关键时刻，召徐辉祖所部还京，前线力量锐减，何福被迫退守灵璧。燕师迅速切断其粮道，乘机进击，大败何福、平安所部，俘其10万人，攻克灵璧。至此，朱允炆在淮河以北的主力已基本丧失殆尽。五月初，燕师乘胜南进，一举突破盛庸淮河防线，连克盱眙、扬州、高邮、泰州、仪真（今江苏仪征）等地。六月三日，燕师自瓜洲再破盛庸、徐辉祖长江防线，连克镇江、龙潭。朱允炆闻讯，急忙答应割地求和，朱棣不允。十三日，燕师进抵南京金川门，守将李景隆和谷王朱穗开门迎降，朱允炆在宫中自焚死（一说出逃为僧）。朱棣即皇帝位称成祖，改元永乐。建文帝的帝王之旅，匆匆四年即告结束。
家族间的纷争，孰是孰非，难以定论。朱家天下并没有因这场争夺而受到影响，宝座上坐的依然是“朱”姓皇帝，而受苦受难的也依然是天下劳苦百姓。明成祖朱棣（1402—1424年在位）是明太祖朱元璋之子，明朝第三任皇帝。初为燕王，1398年起兵，经过四年内战夺了皇位。即位后五次北征蒙古，追击蒙古残部，缓解其对明朝的威胁；疏通大运河；迁都并营建北京，奠定了北京此后500余年的首都地位；组织学者编撰长达3.7亿字的百科全书《永乐大典》；设立奴儿干都司，以招抚为主要手段管辖东北少数民族。更令他闻名世界的是郑和下西洋，前后七次，最远到达非洲东海岸，这是世界航海史上的壮举。朱棣可谓功绩累累的一代雄主，为朱家江山立下了不朽功勋。
永乐二十二年（1424年），朱棣死于北征回师途中，葬于长陵，庙号太宗，嘉靖时改成祖。