孔祥熙在其兼任财政部部长和中央银行总裁任内，始终不肯将中央银行的实际存款数字告诉蒋介石，致使蒋在1944年向美方“强制要求”援助，导致中美关系紧张，“几至绝境”。蒋介石想起这一段历史，对孔祥熙及其掌控下的中央银行更加不满，深悔撤孔不早。日记云：“庸人不可与之再共国事矣。撤孔之举，犹嫌太晚矣。”
与俞鸿钧接任中央银行总裁的同时，宋子文则接任孔的“四联总处”副主席。至此，孔祥熙在国民党党政系统中的重要职务，几乎全部失去。（1948年孔祥熙赴美为国民党政权寻求贷款，随即定居美国，实则在美替蒋介石做着暗中牵线的角色，被美国人称为“院外援华集团的神经中枢”。1960年10月，美国进行总统大选，孔祥熙受国民党当局指使，暗中向尼克松提供竞选费用的内幕曝光。1967年8月15日，孔祥熙死于纽约，时年87岁。此为后话）7月28日，蒋介石日记云：“免除孔庸之中央银行总裁之职，实为公私兼全与政治经济之成败最大关键也。”所谓“公”，指的是当时国民党和国民政府的统治；所谓“私”，指的是蒋介石本人和孔祥熙之间以及和宋蔼龄、宋美龄的关系。蒋介石要“公私兼全”，自然不可能有彻底的调查和公正的处理。
傅斯年于1938年3月上书蒋介石，认为孔祥熙担任行政院院长“作来一切若不相似”。此后，傅斯年一直走在“反孔”前列。1938年7月，1939年2、4月，1944年6、9、11、12月，傅斯年多次致函蒋介石，揭发孔的腐败、贪污等问题，并且在国民参政会上大声疾呼：“办贪污首先从最大的开刀。”至此，傅斯年算是大获全胜，功德圆满了。7月30日，傅斯年会见蒋介石，蒋肯定傅的揭发，表示“极好”。8月1日，他致函夫人俞大彩，高兴地写道：“老孔可谓连根拔去（根是中央银行）。”“老孔这次弄得真狼狈。闹老孔闹了八年，不大生效，这次算被我击中了，国家已如此了，可叹可叹。”
陈赓雅等人的提案虽然没有提交国民参政会大会讨论，但是参政会主席团决议“径请政府严查，依法办理”。7月31日，参政会秘书处正式将提案签呈蒋介石，建议密送国民政府，指派人员查明办理。同时，司法界对此案也关注起来。重庆地方法院向中央银行发函询问，最高法院总检察署发公函向傅斯年要材料，“以凭参考”。检察长郑烈在报上发表通告，号召各界揭发腐败、贪污分子。监察院院长于右任对此案也有弹劾。
蒋介石不仅再次接到了国民参政会转呈的陈赓雅等人提案，而且也了解到郑烈主张彻底查究的态度。8月6日，他决定将此案交由国民政府主计长陈其采与中央银行新总裁俞鸿钧密查具报。同日，以孔祥熙官邸秘书处原秘书夏晋熊接替吕咸，出任国库局局长。但是事实上，他并不想彻底查清。8月16日日记云：“晚检讨中央银行美债案，处置全案，即令速了，以免夜长梦多，授人口实。唯庸之不法失德，令人不能想象也。”为了维护自己的统治，提高其行政效率，蒋介石愿意在一定程度上和一定范围内反对贪污腐化现象，但是彻底查下去，反下去，就会“夜长梦多，授人口实”，产生影响，危害自己的统治，所以他要下令“速了”。17日，他约请司法部部长谢冠生、俞鸿钧及陈其采会商办法。8月26日，陈、俞二人向蒋书面报告，将此案的性质轻描淡写地定性为“未按通常手续办理，容有未合”“亦有未妥”，而且债票已经追缴，吕咸、郭锦坤亦已免职，云云。蒋接到报告后，未有新的指示，一场轰动一时的舞弊案件就此画上休止符。（以上节选自杨天石《找寻真实的蒋介石》，有删节、改动。）
一个腐败的政权是不能真正反腐败的。为“安定国本”，蒋只能将孔之“中央银行总裁”职务撤去，由俞鸿钧继任，就把这大贪污案结了，也因此失信于民，从此国民政府的公债乏人问津，影响十分深远。另一方面，中央银行“始终不肯将实际存款数字”告知蒋介石，也是换人的另一主要原因；但孔宋的心腹人员盘根错节，已渗蚀到整个财经金融系统。不到一年，1946年3月到1947年2月，接任的行政院院长宋子文命贝祖贻（字淞荪，中央银行总裁）抛售黄金、外币，以回笼货币，稳定物价，共抛售350余万两黄金，国库60%的黄金一下子化为乌有；孔宋两家的“孚中”“扬子”公司从中走私套汇巨额美元。蒋介石在1947年1月31日的日记中写下：“……唯外汇基金日减，黄金减空，（宋）子文不学无术，败坏国事，不胜焦虑之至。”1947年7月29日，因国民政府当年对新闻管制不够严密，《中央日报》登载了孔宋集团贪污事实，标题为《孚中暨扬子等公司，破坏进出口条例，财经两部奉令查明》。同时，法币剧烈贬值，1946年和1947年两年高达近500倍，1948年初法币美元汇率已达200万1（抗战初期为20∶1）。1948年3月10日，国民政府国务会议决定以4亿美元等值的金银外汇交中央银行作为法币准备金，但作为法币准备金的外汇与黄金已大半经由孔宋及财政金融界人士流失了。
孔祥熙走后，宋子文来做行政院院长，开始，他的一些做法深得人们好感，傅斯年还在《大公报》上写文章说他的好话。但很快就发现了问题，于是又开始倒宋。1947年初他在《世纪评论》发表了《这个样子的宋子文非走开不可》一文，列举了宋子文种种劣迹，认为他搞乱了工业，搞垮了经济，其贪污腐败行为比孔祥熙有过之而无不及。他说：“我真愤慨极了，一如当年我在参政会要与孔祥熙在法院见面一样，国家吃不消他了，人民吃不消他了，他真该走了，不走一切垮了。”他强调说，如果希望政府不垮台，就必须“要彻底肃清孔宋二家侵蚀国家的势力”。文章发表后各报章纷纷转载，举国瞩目，1948年5月宋子文只好卷铺盖下台。1949年宋先赴法国，后定居美国。1971年4月24日，在美国旧金山去世，终年77岁。
孔宋事件，暴露了财经界存在的诸多问题，他们种下的毒瘤已深深扎根于国民政府衰弱的肌体上。国民政府腐败的形象，也在老百姓心中蔓延开来。
在上海经济管制期间，上海商业银行领头不遵守法令，将全部外汇资产向中央银行申报登记，想以凑集1000万美元敷衍了事，这让蒋介石非常恼火，在1948年9月6日国民党中央党部举行的总理纪念周会议上，对此严厉斥责。事后在9月9日日记中写道：“……商业银行李馥生等之奸诈，余欲严惩，而俞鸿钧则畏缩因循不敢任怨，故愤怒频作……”
10月8日，因孔宋集团扬子公司事件蒋经国“打老虎”受阻，蒋介石飞赴上海。10月9日，“在沪朝课如常，经儿自无锡来见，在美亭中叙谈，听取其上海经济管制经过之报告，经济本为复杂……而上海之难，更为全国一切万恶诡诈荟萃之地，其处置不易可想而知。对于孔令侃问题，反动派更借题发挥，强令为难必将陷其于罪，否则即谓之包庇，尤以宣铁吾机关报攻讦为甚，余严斥其妄，令其自动停刊。……”（当日日记）因上海媒体大篇幅报导扬子公司事件，让蒋介石也感到非常难堪，甚至命令宣铁吾机关报自动停刊。
交通繁忙的上海外滩，随处都可见到美式新型“黑头”轿车；这种“黑头”轿车，孔宋的孚中及扬子公司进口数量甚多。孚中、扬子公司不仅走私大量的奢侈品，如汽车、无线电、电机、冰箱及其他政府严禁进口的货物，并且套汇大发国难财。蒋介石于1948年11月4日的日记中提到：“孔令侃囤积居奇，见其货单，痛愤之至。”11月5日写道：“……近军事经济形势险恶已极……甚至党报社论亦攻讦我父子无所顾忌，此全为（孔祥熙）孔令侃父子所累，人心动摇，怨恨未有如今日之甚者……”
财经界问题的复杂，蒋经国在上海“打老虎”时，恐怕已深有体会。他知道某些人（指财经界高层人士）是不能得罪的，其中的盘根错节，跟那与“打虎”败阵有直接关联的“扬子”“孚中”公司一样，牵连到内廷，连自己的父亲也只能干瞪眼，敢怒而不敢言，更何况他这位羽翼未丰的长公子。当年大发国难财的这批财经界内部人士，酿成“黄金风潮”，加剧了国民政府的垮台，是蒋介石在大陆大崩溃的开始。这批白蚁后来于1949年又在台湾重施同样的伎俩，几乎把政府彻底搞垮。
蒋介石的日记每周例有上星期反省录：
“自本月十五日锦州失陷继之长春……各部队叛降，加之沈阳出击主力全军覆灭者，被匪消灭实有三十二师，此为我平生以来最大之失败，亦为余最大之耻辱，将帅非人，官长腐败，军纪扫地，只要粮款与空运物质，其实多为各级主管所中饱，政府以鞭长莫及，无权过问，徒增全国军饷五分之二以上之负担，已为国家赘疣……”
国民党军队人数虽然庞大，但数目始终无法核实，即“吃空缺”现象普遍。许多将领不但腐败无能而且互相猜忌牵制。军令也不统一，非嫡系（杂牌军）受到军需及装备的不公待遇，因而士气及战斗力都十分低落；黄埔亲信则恃宠骄横，轻视解放军，认为有美式装备100个师以上，解放军不堪一击。再者，党政组织庞大松懈，互相倾轧，争权夺利，左派及失意政客乘机兴风作浪，中共地下党渗透十分成功，重要军事情报泄露殆尽，这也使解放军总有洞察先机之利。军事上的连连惨败，与军队存在严重的腐败问题息息相关，对此，蒋介石非常清楚。“将帅非人”“官长腐败”“军纪扫地”以及历史上最难解决的“粮耗”问题，都让他伤尽脑筋。
10月5日蒋介石登上5270吨的“重庆”号巡洋舰视察，7日在日记中写道：“舰脏非常……严斥桂永清负责改正，惜乎所部更无海军人才，而彼以陆军将领来带海军不知负责学习，亦不知海军之常识，想念国事不胜忧闷之至。……”
桂永清是当时的海军总司令，是陈诚推荐的。［军统戴笠原也有野心想当海军总司令，抗战末就积极与美国海军情报机构合作，并在1945年9月把黄浦滩路（今中山东一路）29号划拨为美国驻华海军总部，引发了美国海、陆军的内部斗争，而戴笠也于次年3月堕机身亡。］蒋介石严厉斥责陆军将领出身的桂永清治舰不严，惜乎将帅非人，对海军非常失望。
至于“粮耗”问题，更是由来已久，积弊颇深。军粮除了在碾制、运输、储藏、洗濯过程中有必要损耗外，在领发过程中更是“猫腻”多多。按照当时规定，士兵每日吃的主食为军米25两，实则仅20两，甚至还要低于此数。很多粮款与物资多被人侵吞，中饱私囊。而兵役的虐政，到抗战胜利后，也显然没有改善。
兵役是抗战时期中国最大的弊端所在，蒋介石曾枪毙了负责兵役的署长（原属军政部），才设立兵役部，让“党外”的西北军将领鹿钟麟做部长。鹿钟麟推荐与蒋介石关系甚深又有清誉能吏之称的吴嵩庆兼任经理处长，有如昔日的“钦差大臣”，来纠正风气。
吴嵩庆的一项任务就是调查新兵及师管区医务实况。他揭露贵州各师管区的医院就像“催死所”，途中二连新兵直如乞丐群，旅舍不许入内，夜卧檐下石板上，以致一夜即添病兵23人。
“……立即将病兵送入医院，嗣严经交涉，始得入室居住。夜闻咳嗽声呼应不绝，声声刺耳，不能入眠，因起而秉烛草此报告。钧长（指兵役部部长鹿钟麟）读之，当亦可闻新兵在寒夜所发呻吟咳嗽声，而共掬同情之泪也。谁无父母，孰无子弟，使其流连颠沛至于此极，未握枪受训杀敌前，已成饿者、病者、死亡者，害民而不能福国，尚有逾于此？ ……”（吴嵩庆日记）
此外吴嵩庆也调查了新兵的伙食：
“ ……在贵阳则常领不到米。…… 在此军粮困难中，又有干部克扣之事。据兵站运输大队所接新兵面告，由安顺来筑（按：即贵阳）途中，连长曾售去米一斗；是否仅此数，尚不得而知。每日仅吃稀饭二餐，每人饿得目不能视云云。…… 至副食更谈不到，规定固少，而一般干部尚多克扣。调查兵站运输大队新兵，据云，每天仅吃稀饭，并无副食，并须为连长每人挑菜若干来筑图利。在晴隆查安兴师区四团六连及十连时，据云，副食每兵每天以十元计算，余做灯油等费。见其所吃之菜，亦不过菜汤一钵，每人分食少许而已。已嘱应照规定发十三元，此等事不一而足，实不胜追究，唯谆戒要爱新兵而已。……”（吴嵩庆日记）
这些只不过是吴嵩庆替兵役部实地调查的冰山一角，兵役的虐政，到抗战胜利后，也显然没有改善。1945年8月盟军中国战区的参谋长魏德迈（Albert C. Wedmeyer，1897—1989）向蒋委员长呈上一份措辞强硬的报告称：
“……中国的征兵方式是如厉疾 ……新兵都骨瘦如柴，身体软弱无力；军医院都成病兵的葬身之地 ……”
1947年年底，美国顾问建议蒋介石，将国防部改组，实施新编制，将联勤总部的财务署划归主计系统。时任行政院主计长的徐堪（字可亭，属张群的政学系，1949年1月出任财政部部长）向国防部部长白崇禧推荐吴嵩庆出任国民党军队财务署署长。白崇禧说：“他是我北伐时的老部下，当然欢迎。”因吴嵩庆是蒋介石和桂系都能接受的人，故而是最佳人选。蒋介石对旧军需系统已失去信心，要吴嵩庆会同国防部与财政部协调，革新军中财务，核实国民党军队人数（即清除“吃空额”），以减少多出的40%的军费支出，降低巨额财政赤字。但这谈何容易！国民党军队官长将帅的腐败，蒋介石自己心知肚明，岂是一位财务署署长就可一蹴而就的？直到两年后，国民政府败退到台湾，在50年代，吴嵩庆才把蒋交代的任务完成。
抗战胜利后从陪都回到南京总统府的蒋介石，是多么的英姿风发；他的民族统一大业正要开始，广大的百姓才要脱离苦难，厌战的人们却要面对一场中国人打中国人的内战。尽管国民党和共产党各自都高举着正义的旗帜，此时，两党在老百姓心中的形象，也成为战争的关键。财经界和军队的腐败问题，加深了人们对国民政府贪腐的印象，民心开始悖离那个曾领导抗战胜利的“国民政府”。
【“恶劣”外交】
1947年年底，蒋介石在国事繁忙之际，于12月准备召开国民大会，走美国式的政体，此举或想使中国永远是西方民主阵营的一员，但更重要的目的是，希望由这条路，能继续得到美国的大量军经援助。其实蒋介石在1946年任命具有西方式政府概念、颇受美国政府赏识的吴国桢为上海市长，就有这方面的考虑。
1948年7月3日，中美签订双边协定，美援4亿美元，美方保有随时停止援助之权。
1948年11月3日，杜鲁门当选美国总统，而国民党支持的杜威落选，这让蒋介石深感外交形势“恶劣”。当天，他在日记中写道：“本日美国杜鲁门当选总统而杜威落选，以后我国外交形势更为恶劣……”