这只是第一步而已，后面的措施更加厉害。他下令没收马木鲁克封建主的包税土地，使其归国家所有。两年后，他又扛住了伊斯兰教长老们的抗议，将一大批宗教地产收归国有。1814年，阿里宣布彻底废除包税制，没收了全部包税领地。通过这一系列措施，阿里已控制埃及绝大部分耕地。然后，他将约一半土地迅速分配给无地的农民，一般每个农户能分到3～5费丹的土地，1费丹约合63亩，也就是说，每个农民分到了20～30亩的土地，这可是个不小的数目啊。对于靠天吃饭的埃及农民来说，阿里就是真主派来解救他们的使者。
阿里又将原来由包税人随意确定的苛捐杂税合并为一种土地税，由国家统一按土地优劣确定税额，简化纳税手续。在阿里统治初期，埃及农民的纳税额要比马木鲁克时期低得多。由于实行了度量衡的标准化，并对全国的土地进行了彻底的丈量，向国家纳税的实际土地面积比包税时期大增，因而在农民负担有所减轻的同时，国家的税收上涨了。
阿里不但把地分给了农民，还索性好人做到底，采取了一系列扶助农业发展的配套措施。他组织力量兴修水利，疏通旧沟渠，开挖新运河，还加固、修筑各类堤坝。他组织人将尼罗河水引至亚历山大及其周围地区，重新开发出数万费丹的耕地。据估计，由于兴修水利，埃及耕地的总面积扩大了约200万费丹。由于阿里注意深挖河床，又从欧洲引进水泵，尼罗河三角洲一带的农田由过去只能在汛期得到灌溉变为可常年灌溉，农作物由每年一熟变为三熟，从而改变了以前土地使用效率极低的状况。
还有一个小的事例可以说明阿里农业改革的成效。阿里改革的时候，欧洲的纺织业对于原材料棉花的需求大大增加。而阿里的另一个重要措施就是大力发展经济作物，特别是发展棉花的生产。棉花自古就是埃及的特产，但是阿里不满足于传统的种植，他从西方引进了许多新的棉花品种。他利用迅速扩大的欧洲纺织业急需原料的机会，组织力量培植优质长纤维棉花。这种棉花于1821年进入英国纺织业后颇受欢迎，险些夺取“最受消费者好评”的称号，此后三年埃及的棉花出口便猛增了200倍，而出口给埃及带来的好处就是为动脉带来了大笔外汇，并向一些贫苦农民提供种子、牲畜、农具和贷款。
通过以上这些改革措施，饱受磨难的埃及农民在阿里统治初期获得了一个休养生息的时机，生活状况有一定程度的改善，生产热情有较大提高。埃及农村的生产力因此得到了恢复和发展，农业产量大幅度增长。埃及的人口也随之增加，1847年达到450万左右。
农民得了实惠，自然安分守己地过日子，埃及的国力也逐渐强大起来。
文盲的远见
阿里之所以受到后世人那样高的评价，肯定不只是因为他给了农民实惠，因为但凡有点脑子的君王都明白，一旦老百姓饿肚子，自己的统治就危险了。所以给农民实惠是一个基于常识的判断。但阿里的思想却远不止于此。
所谓“百年大计，教育为本”。虽然阿里自己是个文盲，但他清楚地知道教育是国家绝对不能含糊的大事。他知道传统的伊斯兰经院教育已经不能满足国家的需求，那些整天念经的学生不是埃及强大的保证，所以必须改革。
在文化教育方面，穆罕默德·阿里一上台就面临重要抉择：是严格限制西方思想文化的输入，还是引进、学习西方的思想文化？不少达官显贵和宗教长老视西方的影响为洪水猛兽，力主在文化方面恢复闭关锁国政策。但阿里经过慎重考虑，认识到要推动改革和振兴埃及，必须学习西方先进的文化科技。
他奖励学术，创立教育部和教育委员会，创办世俗学校，普及中小学教育；采取建立各种技术专科学校、聘请外国专家讲课、派遣大批留学生去欧洲学习等措施，培养和造就出埃及第一代新型的知识分子。
穆罕默德·阿里还选派留学生去欧洲接受军事培训，最初是单个选送，后来发展到成批派出。1826年，他派出了一个由44名学生组成的庞大的留学生团去法国学习。早在1816年，阿里在开罗的官邸附近曾创办了一所新型学校，校舍由一座城堡改建而成。该校除教授《古兰经》和阿拉伯文课程外，还教授土耳其文、波斯文、意大利文，以及马术、兵器和兵法的运用等实用军事知识。在当时，土耳其语、波斯语和阿拉伯语是有教养的穆斯林需要掌握的语言，而意大利语则是地中海东部国家对外贸易通用的语言。还有一所新型学校也开设在阿里官邸附近，该校专门教授几何和数学，这两门学科与军事教育关系最为密切。在这类早期的新型学校中，学生享受免费供给的衣食，每月还发放一定数额的津贴。专业科目的教员大部分是意大利人，有的还兼任阿里的翻译或土地测量员。
阿里重视翻译出版事业，开办外语学校，培养翻译人员，组织力量把大批外国军事和科技书籍译成阿拉伯文和土耳其文；创办印刷厂，出版、发行阿拉伯、波斯和土耳其等各种文字的书籍，出版埃及第一份报纸《埃及战役报》。穆罕默德·阿里按欧洲的模式，建立了世俗教育制度，开办了几十所初级学校、中级学校和专科学校，专科学校有医药、农业、技术和外语等。1828年创办了布拉格印刷所和《埃及纪事》报。诠释古籍，修订文法，编纂辞书、字典，出版历史、地理、文学著作。
通过全面改革，穆罕默德·阿里使埃及发生了前所未有的变化，成为“奥斯曼帝国的唯一有生命力的部分”，他因此被誉为“现代埃及之父”。
成也萧何，败也萧何
阿里的改革从1805年延续到1840年，持续了35年的时间。从整体上来说，改革是成功的，它使埃及在多方面发生了质变，基本走上了现代化的道路。但是，从枪杆子里夺得政权的阿里血液中始终流淌着一种好战的因素，也许这也正是军人的悲哀所在。这种因素为阿里带来了一系列的荣誉，但也最终为他引来了灭顶之灾。在自己的实力逐渐扩大的时候，阿里开始有了野心：他想建立一个包含所有讲阿拉伯语地区在内的新阿拉伯帝国。
这个计划的第一步就是出兵入侵阿拉伯半岛。历经17年的艰苦战斗，埃及最终以高昂的代价，换来了第一次对外扩张战争的胜利。阿拉伯半岛处于埃及的统治之下。
然后，阿里开始侵占苏丹。阿里的改革措施在各个领域全面展开，人力、财力的缺乏成为急需解决的问题，阿拉伯半岛的战事又加剧了问题的严重性。阿里指望以侵占苏丹来弥补兵员、劳力的损耗和国库的亏空，1820年阿里派兵溯尼罗河而上侵入苏丹。两年之内，埃及军队便灭掉了苏丹两个最大的王国——达尔富尔王国和散纳尔王国，控制了苏丹大部分地区。阿里虽然将埃及的疆域向南大大推进了，但获得的金银财宝、兵源和劳动力却十分稀少，反而使自己的改革又背上了一个沉重的包袱。
终于，阿里为他的轻狂付出了代价。他不断扩张引起了英国的警惕，英国开始对埃及作战，战争的结果是1840年11月，穆罕默德·阿里被迫同英国签订《英埃协定》。在这个不平等条约中，埃及承认土耳其宗主权，把本国军队缩减为18000人。同时，关闭造船厂，允许英国商人在埃及进行自由贸易，实行低关税制，只对进口商品征收5％的关税，对出口商品征收12％的关税。《英埃协定》的签订标志着埃及开始沦为欧洲列强的半殖民地。
这样，一项本来成功的改革就葬送在了它的推行者手中。正应了那句话，“成也萧何，败也萧何”。
阿里的改革最终失败，不仅是因为军事失利而引发了外国的干涉，其原因其实是多样的。与同时期的明治维新对比一下，就不难看出问题出在哪里了。
从外部原因上讲，西方国家不希望处在交通要道的埃及真正强大起来，所以它们千方百计地阻挠埃及复兴。要知道，埃及虽然依靠改革政策比以前强大了许多，但是跟那些已经完成工业革命的国家相比，实力上还是差很多。这个无法回避的现实，导致了阿里改革在西方的炮声中宣告失败。
众所周知，政策的延续性是一项改革成功的重要保证。但是阿里改革却没能很好地做到这一点。阿里死后，他的后两位接班人阿巴斯和赛义德都是坚定的伊斯兰信徒，特别反对西方文化。这里不得不说的就是一个国家学习的能力。实际上，当时的伊斯兰文化已经落后于世界文明发展进程，必须要勇敢地向西方学习。但是阿巴斯坚持传统，极端仇视西方，他辞退了所有的外国顾问，关闭了外国学校，并让一切沾染上西方特征的政府机关消失。这说明，埃及的学习敏锐性是不够的。与之相比，日本的学习能力显然更胜一筹，他们派出使团深入西方工厂企业，快速地吸收外来文化，使日本走上了西化的道路。相比之下，埃及作为四大文明古国，背负了太多的历史沉积，学起人来瞻前顾后，总怕丢了自家的宝，捡了人家的草，这不能不说在某种程度上限制了改革的深度和力度。
从社会形态上来讲，阿里并没有从根本上摆脱旧有的封建观念。传统的帝王观在他的心中还是根深蒂固的。一个最明显的例子就是，他虽然将一半土地分给农民，但同时也将另一半留为己有或者赐给亲属、将领，事实上是用新的地主代替了旧的。相比之下，明治维新时期日本天皇就更开明一些，他将全国的土地都分给了农民，真正赢得了民心。
虽然阿里的改革失败了，他的晚年也是在神经错乱中度过的，但其历史功绩却是不容抹杀的。它推动了埃及社会生产力的大发展，使几个世纪停滞不前的埃及社会向前迈进了一大步，并为埃及资本主义的兴起奠定了基础。它增强了埃及的经济、军事实力，促进了埃及文化的繁荣，使19世纪上半叶的埃及出现了复兴局面，进而成为中东一强。它不但使埃及得以在一个较长的时期内维护了自身的独立和主权，摆脱了奥斯曼帝国的统治，而且大大推迟了欧洲列强侵占埃及的进程。正是从这个意义上，马克思赞扬穆罕默德·阿里时期的埃及是“当时奥斯曼帝国的唯一有生命力的部分”。开罗那金碧辉煌的阿里清真寺就是后世人们对他最高的褒奖。所以，莫以成败论英雄。