由此可见穆罕默德·阿里在埃及人心中崇高的地位，可实际上，他并不是埃及人，而是阿尔巴尼亚人，也有学者考证他是库尔德人。为什么这样一个外族人，却得到了埃及人如此的热爱和崇敬呢？就是因为在当时混乱的局势中，他能够一统埃及，结束分裂的局面，捍卫埃及的主权，并通过一系列的改革使埃及在近代化的进程中逐步觉醒过来。
由于英国人的注意力还放在欧洲，抗法援埃是不想让法国人在中东做大，威胁到自己的利益。因此，英军在协助埃军攻克法国人在埃及的最后一个据点亚历山大港以后，于1803年便撤离了埃及。而昔日叱咤欧、亚、非的奥斯曼土耳其帝国虽然赶走了法国人，可是国库空虚，无力支付埃及驻军的军饷，在“一小撮别有用心”人的蛊惑之下，阿尔巴尼亚兵团最先起事，包围了财政部长的官邸，要求发还军饷。但是总督不但不想法子安抚，反而从自己的官邸处，用大炮向闹饷官兵开火，随后派兵镇压。
阿尔巴尼亚兵团当然不能甘心被欺负，当时兵团的指挥官带领人马先是占据了战略要地——萨拉丁城堡，然后击败了前来镇压的部队，总督只好带着家人和金银财宝溜了，跑到了亚历山大港。于是这位指挥官便暂时成了埃及的最高军事长官，可遇到了同样的问题，到手的那点钱不够支付全部军饷，怎么办？还是先救济家乡人。可是土耳其部队不满，决定要杀他，在这位指挥官上任仅仅23天后，就被人刺杀了。于是，阿尔巴尼亚人和土耳其部队就成了死对头，年轻的穆罕默德·阿里被同乡们推举为阿尔巴尼亚兵团的指挥官，从此登上了历史舞台。由于自己实力太弱，穆罕默德·阿里主动与埃及的地方实力派——马木鲁克首领联络，结成“统一战线”。
这时，奥斯曼土耳其帝国委派了一位新任驻埃长官——同为阿尔巴尼亚人的帕夏（即总督），可他到了埃及却两边不讨好，既不被自己的老乡们认同，又不被其他土耳其部队信任，最后居然被自己的手下软禁起来。奥斯曼帝国不愿意失去对埃及的控制，先后又派来了好几位帕夏，结果都待不长，运气好的被轰下台沦为阶下囚，差的就做了冤死鬼，陪葬的还有忠于他们的土耳其部队，而穆罕默德·阿里对每次新来的长官都曲意逢迎，背地捣鬼，同时注意保存自己的实力，几次三番之后，除阿尔巴尼亚兵团之外的所有土耳其部队全被他的部队“吃”掉了。
于是，最后只剩下马木鲁克和穆罕默德·阿里的阿尔巴尼亚兵团了。如今，三国纷争就变成了双雄争斗，更何况雄心勃勃的穆罕默德·阿里一心想独占埃及，由于自身实力不够，只是还不敢轻举妄动。而马木鲁克本身又分为两派——亲英派和亲法派，内部不团结。由此，双方势均力敌。
穆罕默德·阿里把宝压在亲法派身上，支持亲法派打败了亲英派，并清除了对方的亲信。在这场马木鲁克的内部争斗中，双方两败俱伤，阿尔巴尼亚人却渔翁得利。亲法派当上了埃及的帕夏，为了满足自己的贪欲，同时为兑现当初结盟时支付阿尔巴尼亚人钱财的承诺，他们向埃及百姓以各种名目征收额外的苛捐杂税，结果引起百姓的强烈不满。这时，穆罕默德·阿里主动出面，声明放弃“收入”。由于平时阿尔巴尼亚兵团士兵公买公卖很少欺压普通百姓，从而赢得了普通百姓的好感。阿里与亲法派的声望因此一升一降，卸磨杀驴的时机逐渐成熟了。
1804年3月12号，穆罕默德·阿里在一部分对亲法派不满的马木鲁克长老的支持下，率兵围攻亲法派总部，将其赶出开罗。但此时，穆罕默德·阿里觉得自己独霸埃及的时机还不成熟，因此表面上继续效忠伊斯坦布尔的奥斯曼帝国。穆罕默德·阿里故技重施，一方面组织闹饷，一方面宣布支持埃及百姓对抗帕夏政权。1805年5月13日，以奥马尔·麦克莱姆为首的马木鲁克长老召开会议，拥立穆罕默德·阿里为埃及帕夏。这时，阿里才表示同意担任这一职务。7月9日，奥斯曼素丹极不情愿，但鞭长莫及，无法控制埃及局面，只好承认阿里的帕夏封号。
“宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王”，更何况此时的埃及只有开罗城才是穆罕默德·阿里的势力范围，一出城墙，就是敌对的马木鲁克骑兵的游击区。穆罕默德·阿里四处宣扬要去开罗城外，参加尼罗河水坝的落成仪式，届时会带出绝大多数部队作为护卫。马木鲁克骑兵们，在所谓的“内应”接应下，从富土富门进入开罗城，随即沿阿齐兹大街向维兹拉门前进。就在维兹拉门，突然从周边的房屋的窗户里，弹如雨下，各个街巷，伏兵四起。结果，除少数亡命之徒骑马跳下城墙得以逃外，大部分被歼。
“卧榻之畔，岂容他人安卧”，在歼灭了敌对的马木鲁克势力后，穆罕默德·阿里并没有因此放松警惕，因为他明白马木鲁克毕竟统治了埃及七百余年，他那些马木鲁克朋友日后很可能成为他的心腹之患。1811年的一天，穆罕默德·阿里在萨拉丁城堡召开盛大宴会，为他的爱子出征沙特阿拉伯壮行，邀请了所有的马木鲁克长老。等这些长老们一进入萨拉丁堡的大厅，迎接他们的是一排排喷吐子弹的枪口，幸运的当场丧生，不幸的就喂了大刀和利斧。接着，穆罕默德·阿里下令全国，屠杀马木鲁克，财产全部充公，马木鲁克势力从此消亡。穆罕默德·阿里成为埃及唯一的统治者。
擦亮枪杆子
阿里从枪杆子中夺取了政权。所谓新官上任三把火，所以阿里开始改革了，首先他就是要把自己的枪杆子擦得更亮，把军队牢牢控制在自己手中。这项改革的主要内容就是废除雇佣兵制度。
从古罗马军队中的野蛮人到后殖民主义时期被流放到非洲的欧洲囚犯，雇佣兵一直以来都被看做是一群“要钱不要命”的乌合之众。在很多人的理解中，雇佣兵给其他人带来的只有死亡和痛苦，而促使他们打仗的唯一动机就是钱。
雇佣兵在西方出现也是有道理的。为了弥补本国军队数量上的劣势，那些小国的君主们不得不雇佣那些成群结队的杀手。这些人为了名声、金钱、地位等，用自己的血、他人的肉来交换。雇佣兵是一群“靠战争吃饭”的职业杀手，他们受雇进行各种暗杀、绑架、作战，甚至搞政变。揭开雇佣兵的神秘面纱，其实他们的成分很复杂，各式各样的人皆有，但他们有一个共同的特点，那就是他们都喜欢战争，战争是他们的生命。谁付钱就为谁卖命，这是雇佣兵所共同遵循的一个基本准则。在他们的心目中没有是非之分。
这样看来，雇佣兵是一种靠出卖自己战斗力来谋生的职业。可以想象，当战斗进行到最关键的时候，一定是生命受到巨大威胁的时候。这个时候雇佣兵就会感到得不偿失，往往把雇主抛在一边而逃跑。
由于充分注意到传统雇佣兵制度的弊端，穆罕默德·阿里废除传统的雇佣兵制度，实行征兵制，将埃及农民作为主要兵源，为新军招来了大批体格健壮、淳厚朴实的农家子弟。这样就成立了以埃及人为主体的新式军队，他们都是埃及的子民，肯定会为埃及奋战到最后一刻。
同时，阿里按照欧洲的方式改组自己的陆军，聘用西方军事专家训练新军，介绍西方先进的战法。另一方面，他看到埃及两面环海，所以必须要有一支强大的海军为国家发展保驾护航。于是，他大力发展海军事业，建立地中海舰队和红海舰队，让埃及海军迅速成为世人所瞩目的新兴力量。创办军官学校以及步兵、炮兵等各种学校。又从法国、意大利、西班牙等国请来许多军事教官，在埃及办起军官学校、参谋学校、步兵学校、骑兵学校、炮兵学校等各类军事专门学校，培养出一批批新型军官。
到1839年，埃及已拥有23万陆军、2万海军，成为中东地区一支最强大的武装力量。穆罕默德·阿里改编了马木鲁克遗留下来的旧军，建立了一支用新式装备武装起来的新军，一度拥有25万人。他还创建了埃及海军，一度拥有战舰32艘。为了建立一支强大的新军，1813年起派人到法国、意大利学习军事技术；1825年创办军事学校和参谋学校，聘用法国军官为教官。
给农民实惠
没有枪杆子是万万不行的，但枪杆子也不是万能的。老百姓最关心的，还是生计问题，再具体一些就是土地问题。古今中外每次重大变革、农民起义大多都牵涉到了土地问题。道理很简单，以前的社会主要产业就是农业，而农业的基础就是土地，所以谁能把土地问题解决好，谁就能坐稳江山。这不，英明的阿里已经开始对土地下手了，他要通过给农民实惠来稳定民心。
阿里清醒地认识到，在埃及这样一个落后的农业国，经济改革能否成功主要取决于农业生产。于是，他首先大刀阔斧地改革旧的土地制度和赋税制度，以提高农业劳动者的生产积极性和国家的财政收入。重要的措施就是颁布法令，废除了包税人的特权。所谓包税人，就是大地主的意思。这一法令几乎从根本上动摇了地主阶级的存在基础。然后，阿里又勇敢地取消了宗教地产享有的免税权，并没收了一批宗教地产。这可是一件了不起的事情。要知道在伊斯兰教国家，宗教的地位高于一切，而相应的所有跟宗教挂钩的东西都被蒙上了神圣不可侵犯的面纱。所以，取消宗教地产的免税权就相当于在太岁头上动土。