汤姆和弟弟席德(异母兄弟)因父母双亡而被波莉阿姨收养。汤姆整天贪玩好斗、东躲西藏，而且时常逃学，有耍不完的诡计，让波莉阿姨又爱又恨；而席德却非常听话，还时常在阿姨面前揭穿汤姆的诡计，因而汤姆非常讨厌他。
一个夏天的下午，汤姆在村里见到一个陌生的男孩，他的衣服又干净又漂亮，甚至还打着领带，这让汤姆非常嫉妒，于是二人便打起来，最后打得满身灰土、筋疲力尽。当波莉阿姨看到他这一身狼狈时，便决定罚他在星期六做些苦力活——刷墙。
看着那么大一面墙要刷，汤姆满心的欢乐没有了，而此时，许多孩子陆续过来嘲笑他，看他的热闹。这时，他想到了一个好主意：把刷墙当作非常光荣的、神圣的工作，无论谁过来他都不理，仍然全神贯注地刷墙。这引起了许多孩子的好奇心，他们希望汤姆能让自己刷，而汤姆故意吊他们的胃口，最后，孩子们都拿自己的宝贝来换这件“光荣”的工作。就这样，汤姆不仅干完了活，还赚了不少东西。
下午，汤姆出去玩时发现了一个可爱的小女孩，他一下子就爱上她了。
星期天，是主教学校上课的时候。在路上，汤姆用那天刷墙赚来的宝贝与小朋友换了蓝、红、黄条儿(每张条儿都是背《圣经》的凭据，十张黄条儿便可换一部《圣经》)。
而恰巧今天有一位嘉宾——萨契尔大法官(汤姆意中人的父亲)，因此，校长想找出某个同学能换取他手中的《圣经》，这可是一个不小的荣誉。他在学生中转了一圈又一圈，他逐渐失望了。而此时汤姆却挺身而出(为了博取意中人的欢心)，校长介绍汤姆同大法官认识，汤姆一看到他便有些紧张，因为他是汤姆意中人的父亲。大法官要他背诵几段，汤姆却支支吾吾答不上来。
星期一上学的时候，汤姆发现他的意中人就是他的同学，叫贝奇·萨契尔。于是汤姆便千方百计与她套近乎，并最终煞有其事地与她订了婚。然后却由于汤姆说自己还有另外一名女友，让贝奇很是吃醋，于是二人吵了一架，贝奇便不再理汤姆，汤姆无奈之下便与朋友乔埃·哈波在树林里玩起了绿林好汉的游戏。
晚上，汤姆一直没睡，等到11点钟，他便溜了出去，因为白天他和哈克贝利·费恩有个约定，他们约定到一个老式的坟场，用魔法去掉手上的瘊子。费恩是一个游手好闲、无法无天、又没有教养的孩子。
他们到坟场后，却无意中发现老莫夫·波特、杀人魔王印江·乔埃和年轻的鲁宾逊医生在盗墓，结果不知因何三人打了起来，结果医生把波特打昏了，乔埃却用波特的刀子把医生给捅死了，然后又把刀子放在波特手里，并把波特叫醒说人是波特杀的，波特顿时吓得酒醒了，请求乔埃别说出去。这一切把两个孩子吓坏了，他们怕乔埃报复，因此约定谁也不能将此事说出去，并写下了血书。
接下来的几天，贝奇故意与别的男孩玩，让汤姆吃醋，这一切令汤姆着实非常伤心。恰巧这时他的朋友哈波因被母亲冤枉很不开心，于是两个同病相怜的家伙走到了一块。他们决定离开这个令人苦恼的村子去当海盗，于是他们找到了费恩。三人约定半夜到河边聚会。
半夜到了，三人每人带了一些吃的会合了。于是，他们驾着河边的木排向荒芜的杰克逊岛驶去。
在岛上他们无拘无束，离开了大人的束缚，想怎么着就怎么着。他们钓鱼、游泳、玩耍，饿了就吃东西，困了就露天睡在沙滩上，玩得好不开心。
快乐地过了几天，他们发现村子里一些人驾着船在河上搜索着什么东西。他们揣测着这些人在找他们，他们更加兴奋了，为自己的逃跑而兴奋不已，觉得自己成了村里人心中的英雄。
到了晚上，等到费恩和哈波睡着之后，汤姆向对岸游去，他决定回家看一下。
透过窗户，汤母发现姨母、席德还有哈波的母亲正在谈论着汤姆和哈波的好处，后悔当初没有善待他们。她们商量着三天后在教堂里举行丧礼。最后，这两个遭受丧子之痛的女人互相拥抱着，痛痛快快地大哭了一场，然后就分手了。分手之后，波莉阿姨跪下来为汤姆祈祷，把汤姆感动得泪流满面，但他还是没有现身去见阿姨。
等阿姨睡着后，汤姆又向小岛出发。回到小岛后，汤姆向另外两人说，三天后村里将为他们举行丧礼。于是，三个人想出了一个绝妙的计划：等到举行丧礼时，突然出现在教堂，给他们一个惊喜。
在三天后举行丧礼时，正当人们都在哭泣时，门嘎的一声打开了，三个孩子出现在众人面前，顿时教堂里欢呼起来，他们成为众人欢迎的对象。
经过了这件事以后，学校里的孩子们都把汤姆和哈波看得很了不起，大家都以与他们在一起而自豪。而此时，贝奇想和汤姆和好，但汤姆却故意摆起了架子，等到他想主动与贝奇和好时，贝奇却又生他的气，叫他别再缠她了，顿时汤姆目瞪口呆。
有一天中午，贝奇无意中把校长的书撕开了一半，恰巧被汤姆看见了，贝奇又急又恼，把汤姆给骂了一顿。下课之后，校长发现他的书被撕了，就怒气冲冲地质问学生们。眼看着贝奇就要露馅了，汤姆心一横，承认是自己做的。汤姆遭到了校长的惩罚，但他毫不在乎，因为贝奇已经感激他了，从她的眼神中便能看出这一点。
从那以后，贝奇和汤姆就和好了。但是汤姆并没因此而开心，因为他听说波特将要受到审判，要是不揭穿乔埃的话，波特就死定了。
审判那天到了，眼看所有证据都对波特不利，波特也陷入了痛苦之中。这时汤姆心一狠站了出来，揭发了乔埃，但乔埃却从窗口逃了出去，众人没能捉到他，但却因此而救了老波特一命。
汤姆又一次成了一位金光闪闪的英雄——为年长的人们所宠爱、年轻的人所羡慕的人物，他的名字甚至得到了不朽的流传，因为镇上的报纸把他大大宣扬了一番。甚至有些人相信他将来有一天还能做总统。
然而汤姆虽然在白天过着风头十足、欢天喜地的日子，可是一到夜里他就陷入恐怖之中。乔埃老是闯进他所有的梦里，而且眼睛里老是有一股杀人的凶气。天黑以后，他也不敢再出去玩。
这样提心吊胆地过了一段日子，他的恐惧便逐渐消失了。随即汤姆又萌生了冒险的念头，于是他又找来费恩、哈波，商量着寻找宝藏。
于是他们找到了一把十字镐和一把大铁锹便出发了。在途中，他们想到那个闹鬼的屋子，但却没敢去。
第二天，汤姆和费恩来到那闹鬼的屋子，正在他们寻找时，有两个人冲着这间屋子来了，吓得他们赶快爬到楼上，趴在楼板上一动也不敢动。
从缝隙里他们认出其中一个是近来在镇上露过一两次面的西班牙老头，另外一个是杀人犯乔埃。乔埃身上有一些钱，他想把它埋在这儿，就用他的猎刀在一个角落里挖，无意中却挖出一个装满金币的箱子。于是，为了安全起见，他们决定把箱子带走。
等他们二人走后，汤姆和费恩决定跟踪他们。但随后第二天，贝奇一家从外地回来，汤姆便把跟踪一事抛在脑后了，于是艰巨的任务便压在费恩肩上。在跟踪途中，费恩听到乔埃要杀山上的道格拉斯寡妇，因其丈夫生前对乔埃不好。费恩赶紧告诉了道格拉斯寡妇的邻居，她也因此逃过一劫。
而此时的汤姆和贝奇及同学们正在野餐，其后他们进山腰的一个山洞中去玩，汤姆和贝奇两个人一直往里走，不知不觉中两人迷了路，怎么转也出不来了。而且吃的东西也没了，正当又饿又困的时候，他们听到了一些声音，他们以为是同学，汤姆便大叫起来，结果，那人一听有人扭头便跑。原来那人不是旁人，正是杀人犯乔埃，他还以为是抓他的人来了呢，连箱子都没拿，便一溜烟地跑了。
就这样，汤姆和贝奇一直往前走。最后，贝奇实在走不动了，于是汤姆一个人往前走，手里拿着蜡烛。最终，烛光在黑夜中的闪亮引起了一些人的注意，他们按烛光方向救出了汤姆和贝奇，此时的他们已昏迷不醒了。
汤姆和贝奇醒了以后，向萨契尔说杀人犯就在洞中，于是众人前往山洞，萨契尔法官已下令把山洞封了起来。等打开山洞之后，人们发现乔埃已经孤寂地死去了。
这件事了结之后，费恩和汤姆便去找宝藏，汤姆想起箱子可能还在洞里，于是便一齐到山洞里去找。最终他们找到了那个箱子，并把它藏在道格拉斯寡妇家的柴棚的阁楼上。
由于费恩阴差阳错地救了道格拉斯寡妇，寡妇向众人说她准备收养费恩，并说准备让他受教育，并且说等她出得起一笔钱的时候，就要让他去做一个小规模的买卖。
这时，汤姆把两只挺重的口袋里的金币倒在桌子上说：“这些钱一半是费恩的，一半是我的，费恩已经不缺钱了。”
道格拉斯寡妇把费恩的钱拿出去照六分收债，萨契尔法官也接受了波莉阿姨的委托，把汤姆的钱照样处理。
萨契尔法官希望汤姆将来成为一个大律师或着名的军人；而费恩既有了钱，又得到道格拉斯寡妇的保护，生活得也非常幸福。