蒋介石在广州没有召开军事会议，可是一到厦门，即召见从上海撤退到闽的京沪杭警备总司令汤恩伯和福建省政府主席朱绍良，并于七月二十三日下午五时召集闽南各军师长以上将领开会。出席会议的有福州绥靖主任朱绍良、东南长官公署前进指挥所主任汤恩伯、第六兵团司令李延年、二十五军军长陈士章、七十三军军长李天霞、七十四军军长芳冠英、九十六军军长于兆龙、一〇六军军长王修身、独立第五十师师长李以劻、独立第三十七师师长吉星文、联勤总部第一补给分区司令缪以贤和各军副军长、师长、绥署各处长以及兵团司令部各处长共八十余人。
蒋氏听了朱绍良和汤恩伯的报告，随即对全体训话，说他是以中国国民党总裁的身份来同大家见面的。当前我们要固守福建，作长期保卫东南沿海之计，并借此以巩固台湾。我们只要支持到明春，世界反共力量便会和我们联合一致驱俄清共。讲完了话，即和朱绍良、汤恩伯、李延年、俞济时等讨论军事问题，决定如下：
（一）关于防务：甲、入福建的共军不多，七十四、一〇六、九十六、二十五各军及独五十、独三十七两师，应仍固守闽江以北地区。乙、九十六军及独五十师应准备收复古田。丙、七十三军仍确守平潭岛。丁、驻漳龙地区的第八兵团及驻泉厦地区的二十二兵团不北调，闽江以北兵力不足，由台湾增防。戊、守福州的二十五、一〇六、七十四各军，迅速加强工事。以上各项由福州绥靖主任朱绍良从速调整布置。第八兵团司令兼六十八军军长刘汝珍、五十五军军长曹福林、二十二兵团司令李良荣、第九军军长徐志勋、第五军军长高吉人、第一二一军军长沈向奎等未及时赶来参加，指定汤恩伯将会议要点带往驻地传达。
（二）关于调整机构与整编：甲、为确保东南（以台湾为中心）诸省，决成立东南长官公署，以陈诚充任长官。乙、为核实部队兵员，认真估计战力，即成立东南长官公署点验整编委员会，以蒋鼎文、俞飞鹏充任正副主任，从速计划点编。丙、为充实部队战力，决裁减大单位，充实师以下单位，以健全战略师为主。军与兵团一级尽量减少。福建区如何调整，俟点验后决定。
蒋在厦门事毕，即于二十四日飞返台北。二十六日，蒋决定成立“革命实践研究院”，作为培养核心骨干分子的机构。并拟定每期从党、政、军干部中调训二千人，训练以半年为期。课程分党务、军事、哲学、军政、经济、教育、人事制度及革命理论等等。