一、达拉斯的枪声
世界政坛一直是风云变幻、诡谲莫测。身为政客，在普通人眼中，他们也许是那么的风光无限、受人敬仰，但是，无论是美洲还是亚洲、欧洲还是非洲，一旦踏上权力的道路，各种阴谋与刺杀便会接踵而至。在古往今来几十上百次的政要刺杀案中，美国第三十五任总统约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪之死，无疑是最富悬疑色彩的。
关于刺杀肯尼迪的版本，已知的就已经多达三十六种。虽然行刺者事后就已经被捕，而行刺所用的枪支也被缴获，但这仅仅只是政府向美国公众给出的一个交代。事实上，关于这次刺杀案的真相，至今仍然是迷雾重重，令人无法窥见。无论是事后肯尼迪大脑的神秘失踪，还是他遇刺身亡后，三年之内，十八名关键性证人的离奇死亡，各种物证的遗失和被神秘销毁，都清楚的昭示着一个问题——肯尼迪之死，另有秘密。
而肯尼迪家族自约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪遇刺身亡后，其命运多舛，似乎和印度的政治家族“甘地”如出一辙。半个世纪以来，仿佛受到一种神秘的诅咒，这个发迹于新英格兰的家族一直在死亡和成功中间起伏，始终被一连串的飞来横祸、非意外死亡以及各种丑闻所缠绕。
在肯尼迪家族的连番厄运中，最引人注目的当属1963年约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪总统被暗杀。此前，1944年他的哥哥、曾被父亲寄予厚望的家族长子约瑟夫，在二战中死于飞机失事。1968年，他的弟弟罗伯特·肯尼迪在竞选民主党总统候选人过程中被暗杀。1999年，约翰·肯尼迪唯一幸存的儿子小肯尼迪飞机失事，连同妻子和妻妹一起坠机而亡。此外，车祸、吸毒、强奸指控等都不断困扰家族的其他幸存成员。从1941年开始到1999年，已有近10位“肯尼迪”死于非命。
更让人不可思议的是，与肯尼迪家庭有关联的其他家族的人也跟着遭受厄运。至今，许多希腊人都相信，在肯尼迪总统的遗孀杰奎琳·肯尼迪和希腊船王亚里士多德·奥纳西斯成婚后，便把专属于肯尼迪家族的诅咒引入了希腊望族。他们指出，这位年轻的美国寡妇初次遇上奥纳西斯时，一切看来风平浪静，但与杰奎琳成婚后，奥纳西斯名下有4艘轮船发生了严重的事故。7年后，原本身体不错的奥纳西斯和他的儿子亚历山大相继去世，家族的生意也元气大伤。
而这一切的开始，都源自1963年11月22日，在美国德克萨斯州达拉斯的那一声枪响。
对于肯尼迪来说，1963年是他人生旅途中意义深刻的一年，在刺杀案发生前，他并不知道自己的人生将会伴随着年关的临近而走向尽头。对于1963年的感觉以及对于未来前程的展望，肯尼迪都表现得很是乐观。
在这年年初召开的第八十八届国会上，民主党取得了一个不小的胜利，由于肯尼迪的努力，民主党在两院的席位增加了。在这一届的新国会中，来自中西部和大西部的民主党参议员人数增加了，而来自南部的却略有减少。这种表现在地域上的渐变，对于肯尼迪在民主党内的地位，无疑是非常有利的。而且，新国会中议员的年纪也正向着年轻化发展，无论是参议院还是众议院，都明显地出现了政治上越来越年轻的新的一代。
对肯尼迪而言，第八十八届国会无疑是他政治生涯上最成功的一次，虽然，国会对于他的请求还做不到有求必应，但他与这届国会的关系无疑比以往任何一届国会都要来得好得多。
这一年的5月，约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪在亲人和朋友的陪伴下愉快地度过了他的46岁生日。
由于美国在这一年普遍的繁荣征兆和顺利度过1962年古巴的导弹危机，国内的经济开始持续稳步的发展。1963年，苏联与中国的矛盾加深，因而与美国的关系得到了一定程度的改善，美苏之间剑拔弩张的气氛大为缓和。
1963年6月10日，肯尼迪在华盛顿美利坚大学发表的一篇颇具政治家才干的精辟演说《我们需要什么样的和平》，清楚地表明了这一点。在提请听众注意核屠杀的危险以及美苏都有厌战感时，肯尼迪说：“让我们重新检讨一下我们对待冷战的态度吧。我们应当与今日实际存在的世界打交道，而不是与假设过去18年历史不是这样走过来的一个虚幻的世界打交道。即使我们现在还不能结束我们的分歧，至少也要促使一个多样化的世界相安无事。因为，归根到底，我们之间存在着最根本的联系，这就是我们都生活在这个行星上，都呼吸着同样的空气，都关心着孩子们的美好前程。况且，我们之中谁都不能永生。”
但是，6月26日，在肯尼迪从美国乘飞机来到西柏林的时候，他看到了在一夜之间耸立起来的后来在历史书中非常著名的柏林墙。这堵墙使肯尼迪感到非常恼火。他在那儿发表了演说，宣称支持保卫西柏林，抵抗苏联和统一德国的一切努力。他向欢呼的人群高声说，他是他们最可靠的朋友。他还用德语说了一句“我是柏林人”，使人们的情绪更加高涨。接着，他去祖籍所在的爱尔兰进行了为期四天的访问，并前往意大利会见了新任教皇保罗六世，参加了北大西洋公约国家在那不勒斯的会议，在会上发表了演说，强调西方联合。
在肯尼迪关于禁核试验的演说公开之后，赫鲁晓夫对这一演说表示了赞许和支持。他欣然保证，只要其他国家不采取类似行动，苏联将遵从肯尼迪关于禁止在大气层进行核试验的声明。出于回报，肯尼迪因此宣布在此时已奄奄一息的裁军谈判，将于7月在莫斯科举行的三国会议上恢复。
8月，肯尼迪的妻子杰奎琳为他生下了一个孩子。孩子取名帕特里克·布维尔·肯尼迪，这是肯尼迪夫妇的第三个孩子。但是因为感染了透明膜病，这个孩子在出生后不久便夭折了。
11月，随着1964年大选年的临近，肯尼迪及其顾问们越来越重视那些可能阻碍他蝉联下一任总统的战略性问题。这方面的一个次要性的麻烦是民主党在副总统林登·约翰逊家乡德克萨斯州发生了分裂，以参议员拉尔夫·亚巴勒为代表的自由派和以州长约翰·康纳利为首的极端保守派不和睦，危及民主党在该州的选票人的选票。为了保证大选时民主党不至于因此而出现差池，肯尼迪决定在1963年11月下旬亲自飞往德克萨斯州和佛罗里达州，为即将到来的大选进行演说，为了筹备这一次的演说，他指派了副总统林登·约翰逊与两派在当地的领导人进行联系。
在肯尼迪预定要发表演说的几个德克萨斯州城市中，达拉斯声名狼藉。1960年支持肯尼迪竞选时，林登·约翰逊夫妇在该市区一家旅馆休息室里曾受到一群大声嗥叫的极端保守派暴徒的唾骂和威胁。这种对东部自由主义国际派的病态仇恨，在肯尼迪访问前几个星期又以更加恶毒的方式表现了出来。
这一次的起因是艾德莱·史蒂文森大使在联合国成立纪念日的一次谈话，埃德温·沃尔克将军属下的一队大声喧哗的士兵不仅捣乱并中断了史蒂文森的谈话，而且在民警护送史蒂文森登车时，还向他吐唾沫，用尖桩牌子敲这位驻联合国大使先生的头。带有肯尼迪画像并写上“捉拿叛国犯”字样的传单在全市到处可见。剧院入口处贴着一幅表示肯尼迪在第二次世界大战期间英勇作战的事迹——109号侦察鱼雷艇的画，上面写着，“看日本鬼子怎样差点搞掉肯尼迪。”
传单上写着这样一道谜语：“倘若杰克、鲍勃和特迪（肯尼迪三弟兄的昵称）同在一条即将沉没的船上，谁会得救？”答案是：“国家”。一份广为流传的油印传单，说计划要给肯尼迪在华盛顿修建一座纪念碑：“把它建在乔治·华盛顿纪念塔旁边是不妥的，因为华盛顿一生没有说过一句假话；把它建在罗斯福纪念碑旁边也不妥，因为他一生没有说过一句真话，而约翰·肯尼迪却根本分辨不出假话和真话。”
这些传单还写道：“5000年前，摩西对以色列的儿女们说：‘拿起你们的铁锹，骑上你们的驴子和骆驼，我领你们到幸福之国去。’大约5000年后，罗斯福说：‘放下你们的铁锹，一屁股坐下来，点上一支骆驼牌香烟，这里就是幸福之国。’如今，肯尼迪正在偷窃你们的铁锹，踢着你们的屁股，提高骆驼牌香烟的价格，把幸福之国据为己有。”
这种近乎强烈的敌视并非一蹴而就，因为在1961年1月，肯尼迪作为民主党候选人不负众望当选总统后，民主党人很快就发现，这位新总统的很多想法和政策都承袭了林肯的思想，特别是在反种族歧视政策方面，肯尼迪简直就是林肯的翻版。为黑人说话，本身就触动了美国不少大庄园主的利益，是件让白人很反感的事情，但是，肯尼迪却逆流而上高调支持反种族歧视政策，这让很多民主党人都心怀不满，南方那些民主党人对此更是气急败坏。
在南方众多的反对声中，声音最响亮的就是德克萨斯州。守护德克萨斯州的人尽是些极右分子，他们对肯尼迪的政策方针尤为不满。达拉斯虽然只是德克萨斯州中一个非主要城市，但这里却是极右分子聚集的地方，因而反对肯尼迪的声音，几乎随处可见，出现这种传单，也就完全在意料之中了。
即便这种极端敌视肯尼迪的势力在当地不断地造势，并试图制造一种气氛以威胁和恐吓这位总统，但肯尼迪还是决定前往达拉斯，为选票作最后的努力。
1963年11月21日11点05分，肯尼迪的座机“空军一号”从安德鲁斯空军基地起飞，开始为期三天的得克萨斯之行。一开始，旅行非常顺利，11月21日到达第一站圣安东尼奥，林登·约翰逊在此与肯尼迪会合。
圣安东尼奥的气氛非常热烈，肯尼迪在布鲁克斯空军基地的宇航医疗中心揭幕式祝词中，表示国家决心探索外层空间的秘密。总统一行在休士敦作短暂停留，以便请众议员艾伯特·托马斯共进午餐，随后就去沃斯堡过夜。11月22日，肯尼迪总统出席早餐会，向沃斯堡商会发表演说，提到在那里制造的解放者式轰炸机，说他已故的哥哥曾帮助一架解放者式从沃斯堡生产线起飞。之后，肯尼迪启程前往达拉斯。
11月22日上午11点40分，“空军一号”抵达达拉斯的拉菲尔德机场，随机到达的还有德克萨斯州州长——康纳利夫妇。
当总统夫人手持一束玫瑰花首先出现在机舱门口时，机场上的欢迎场面却显得极其冷清。达拉斯那些有钱的金融大鳄们一个都没有到场，只有副总统约翰逊和夫人以及当地民主党的几个重要人物各怀心事地守候在机场上。
对于这种不寻常的冷清气氛，肯尼迪并不感到意外。即便是在民主党内部，那些来自南方的议员也从来不给他好脸色，更遑论是那些能够操纵竞选的金融大鳄。
肯尼迪到达达拉斯，行车路线是几天前就制定好的，途中要经过达拉斯工业区、豪华住宅区和普通居民区，然后通过市中心去参观交易市场。这样制定路线的目的是让更多选民能见到肯尼迪，走亲民政策。
肯尼迪原本所要乘坐的凯迪拉克轿车是经过特别加工的，强化过的车身和防弹玻璃足以应付大多数意外的发生，但这种移动式的“牢笼”却令肯尼迪感到很不舒服，在他的坚持下，座车被换成一辆敞篷的凯迪拉克。尽管在临行前他已经预感到有某种危险会发生，但他还是决定冒一下风险，毕竟，这个难得的亲民机会极有可能能为他的选举演说带来新的契机。
肯尼迪夫妇和州长康纳利夫妇最后登上了这辆敞篷凯迪拉克，肯尼迪坐在后座的右侧，他的夫人杰奎琳坐在后座的左侧。在中间一排可以折叠的两个座椅上，右面坐着州长康纳利，左面坐着州长夫人。驾驶员是特工处特工威廉·格里尔，在他的右侧坐着特工处的保镖头目罗伊·凯勒曼。在专为总统座车设置的两侧踏板上，各站着两个特工。
在走出机场的那一瞬间，肯尼迪还是十分兴奋的，因为这里正有20多万的民众在夹道欢迎他的到来。对于肯尼迪而言，能否受到权贵们的盛情接待倒是次要的，他更看重的是他在民众心目中的地位与形象。
两侧早已等候的民众看到肯尼迪的座车从机场缓缓开出，人群中顿时爆发出热烈的欢呼声。肯尼迪看着窗外那些欢迎自己的标语，高兴地让司机停车，要跟这些热情而忠实的选民握手。尤其是在两旁欢迎他的小学生，那一张张稚嫩可爱的脸让肯尼迪不由自主要停下脚步。
在这条不长的道路上，肯尼迪充分表现出了一位民主领袖该有的风采。他频频挥手，微笑着向向两侧的民众致意，并和他们亲切握手，亲民行动做得十足。这个时候的肯尼迪应该是最开心的，他与支持自己的民众亲密接触，与他们握手、拥抱，享受那种热情所带来的自豪感。这种亲密接触持续了大概10分钟左右，车队继续前行。一路上肯尼迪都无法抑制自己的喜悦，频频从敞篷车上站起来向两边的人挥手致意。
上午刚过11点50分，总统车队驶离机场。在总统座车后面，还有两辆敞篷车——第二辆敞篷车上载着8名特工，随时负责应付突发事件；第三辆敞篷车上坐着副总统约翰森夫妇和德克萨斯州参议员拉尔夫·亚巴勒。
按照计划，车队将穿过达拉斯市区，驶向该市的贸易中心。肯尼迪将在那儿出席达拉斯市政要和名人为他举行的午宴，并发表演说。然后，总统将飞往德克萨斯州首府奥斯汀，在那儿出席一次招待会，并在为民主党筹集资金的晚宴上发表演讲。演讲结束后，肯尼迪将继续飞往副总统约翰逊在德克萨斯的牧场，并在那里度过这个周末。
车队先驶过达拉斯的住宅区，应肯尼迪的请求，车队曾两次停车，以便他能向街道两旁欢迎的人群致意。当车队驶入横贯市区的中央大道以后，欢迎的人群变得越来越多。州长康纳利从来没有见到过这么热烈的情景：50万市民涌上街头欢迎总统，将两侧的道路挤得水泄不通。
州长夫人转身兴奋地对肯尼迪说：“看，总统先生，您不能说达拉斯不喜欢您！”
“是的，的确不能这么说。”肯尼迪微笑着回答。
当车队驶近中央大道、豪斯顿大街和埃尔姆大街的交叉路口时，可以看到在交叉路口的西北角有一幢七层的办公和仓储大楼，那是德克萨斯州教科书的仓库所在地。这时，坐在副总统汽车上的特工鲁弗斯·扬布拉德看了一下这幢大楼上的钟，时针正指向12点30分。肯尼迪的座车向西南方向做了急转弯，驶过埃尔姆大街。汽车以每小时大约11英里的缓慢速度向前行驶，前面是一座铁路的高架桥，总统座车将从桥下驶过。
站在人行道上的市民查尔斯·布伦德手中5岁的儿子向总统举起了小手，肯尼迪非常愉快地向他发出微笑，并且也举起了手，准备向他问好。但就是在这一刻，人群中突然响起了一声微弱却又非常清晰的枪声。
一听到枪声，州长康纳利最先反应过来，一个可怕的称呼骤然间出现在脑海里——“刺客”。他立即转身看向身后的肯尼迪，但就在他转身的一瞬间，康纳利只觉得背上仿佛被锤子狠狠猛击了一下，下一秒，他就看到自己的膝头溅上了自己的鲜血。这一刻，他知道自己被子弹射中了，于是绝望地喊道：“啊，不！不！我的天啊！他们要杀死我们大家！”
就在康纳利发现自己中弹之前，那第一声枪响传来的时候，负责保卫的特工完全来不及做出任何反应，一颗子弹已经呼啸着飞速而来，直接射入了肯尼迪的脖子。坐在肯尼迪左侧的杰奎琳，亲眼看着自己的丈夫在第一声枪响后用手捂住了自己脖子，还没等她反应过来，接踵而至的第二枪、第三枪便响起了，肯尼迪顿时瘫倒在杰奎琳的怀抱里。鲜血溅在杰奎琳身上，溅到康纳利夫妇身上，溅到了特工格里尔和凯勒曼身上，总统的上衣浸透鲜血，玫瑰花淹没在血泊中。反应过来的杰奎琳立刻喊道：“我的天啊，这是怎么回事！我的天啊，他们杀死了约翰，他们杀死了我丈夫。约翰！约翰！”
特工克林特·希尔一直站在紧随总统坐车之后的一辆敞篷轿车的左侧门外。就在枪击开始的瞬间，听到枪声的希尔跳了下来并快速跑向还在他前方行驶着的总统坐车，准备爬上总统坐车的后备箱，保护位于后排座位上已经中弹的肯尼迪。当希尔刚刚跑到总统坐车后面时，他听到了第二声枪响，并且看到总统猛地向后倒去。司机威廉·克瑞尔听到枪声后随即提高了车速，想使总统尽快离开这个危险的地方。
就在车速变快的瞬间，希尔成功地跳上了车，并用自己的身体保护着中弹的总统和恐惧的第一夫人。后来，希尔证实说，总统的右后侧头颅被打飞了，他瘫倒在后排的座位上，大脑完全暴露出来，血液和脑浆混在一起布满了整个汽车的后备箱。除了头上的巨大伤口外，全是无法形容的不计其数的鲜血。
那些自发走上街头高举着标语和旗帜欢迎总统的人们更是茫然失措，不知发生了什么事情。训练有素的保镖们立刻持枪守住了座车，避免再有子弹射中车内的总统和随行的其他人。同时，在负责警戒的便衣和其他特工开始向四周张望，试图找到向肯尼迪开枪的凶手。不过，显而易见，他们面对的是十分专业的职业杀手，尽管特工、便衣们已经第一时间开始了搜查，但这个开枪射中了肯尼迪和康纳利的刺客早已经没了影踪。
保镖头目凯勒曼看到总统受了重伤，立即命令司机开车离开，同时，他用身上的无线电对讲机通知前面开道的向导车：“立即带我们去最近的医院！”直到此刻，两侧夹道欢迎肯尼迪的人群才意识到究竟发生了什么事，人群顿时出现了慌乱，人们惊慌尖叫，现场开始变得混乱起来。
在凯勒曼的指挥下，总统车队立刻鸣起了警笛，司机格里尔即刻加快车速，在向导车的领路下，凯迪拉克轿车飞一般地向四英里外的帕克兰德纪念医院全速驶去。
与此同时，总统车队用无线电向达拉斯警察局通报了情况，警方立刻打电话通知帕克兰德纪念医院：“总统遭枪击，他正在去医院的路上。”一得到通知，医院的外科医生立即行动起来，一切抢救所需的器材和药品都在第一时间准备妥当，担架推到了医院门口，等候着总统车队的到来。
在帕兰克德纪念医院，肯尼迪被推进了一号手术室，总统夫人杰奎琳扶着他的头走在旁边，她的粉红色衣服上沾满血迹。医生们紧急行动起来，甚至来不及把总统从手推车上抬下来。外科副教授查尔斯·巴斯特对总统夫人说：“请您到外面去。”这时在肯尼迪身边忙碌的共有五名医师，接着又先后进来一些医师，总数达15名。神经外科医师威廉·克拉克是最后一个到达的，不过离肯尼迪被推进手术室也不超过5分钟。
在走廊里，肯尼迪夫人对一位白宫助理说：“找一位神父来。”这位助理立即把这个要求告诉了院长助理普赖斯，普赖斯给附近的圣三一罗马天主教堂打了电话。
为肯尼迪进行紧急救助的是副主治医师马尔科梅·佩里，他是在12时33分的时候接到了有个重伤员需要手术的通知，但他当时并不知道这位重伤员是谁，直到他赶到了手术室，才看到了躺在病床上满身鲜红的肯尼迪总统。除了肯尼迪外，在这次刺杀中中弹的还有与肯尼迪同车的康纳利州长，他的夫人早已哭得上气不接下气。相比起康纳利夫人的表现，第一夫人杰奎琳显得异常镇静，她始终保持沉默。
几分钟后，手术开始了。佩里对着几乎已经变成尸体的肯尼迪暗自叹息，他的职业经验告诉他，肯尼迪伤势极为严重，心跳和脉搏此时都已经停止，生还的几率极小。尽管如此，他和这支临时组成的医疗急救小组还是尽了最大的努力去抢救，心脏起搏、心脏按压、紧急供氧……佩里他们几乎尝试了一切有可能令肯尼迪的心脏重新跳动的办法，但结果仍旧无济于事。克拉克低头察看着肯尼迪的生命状况，最后，他不得不抬头对佩里说道：“一切都太迟了，麦克。”面对这个现实，尽管佩里不愿意接受，但还是只能无奈地宣布：肯尼迪总统抢救无效，宣告死亡。
监视输氧装置的医师关掉了氧气阀门，一张白色床单轻轻盖住了肯尼迪的身子和脸。“神父已在外面。”有人说。这时医生们已没有什么事情可做，他们打开手术室的门，教长奥斯卡·休伯正在等候着。看到手术室的门打开，杰奎琳第一个站了起来，两个白宫助理站在她身边。
佩里看着这位第一夫人，长长地叹息了一声，神色黯然地摇了摇头。杰奎琳的身子顿时剧烈地颤抖了一下，但下一刻，她就深深地吸了一口气，稳住了自己的情绪，迈着沉重的脚步，走进了手术室，走向丈夫躺着的手推车。当走到手推车尾部的时候，杰奎琳站住了。由于白色的床单盖住了肯尼迪的脸，只有他裸露的双脚露在外面。杰奎琳伸出手摸了一下肯尼迪的脚，随后俯身吻了一下。接着，她沿着手推车走到肯尼迪的右肩旁边站住了。
神父跟在她后面走进了手术室，走到总统的头部旁边，向下揭开床单。杰奎琳俯下身子吻了一下丈夫的右脸颊。她拿起丈夫的右手，用双手握住它，把它贴在自己的右脸颊上。她把右脸颊靠在丈夫的胸脯上。这时，神父已在用拉丁语吟诵临终诵词。
一位当时参加抢救工作的帕克兰医院医生的记录里记载着这样的内容——
“……大约12：30左右，护士让我们抬一辆手推车到门口。我们将急救推车推出门，那时我意识到了是谁在汽车里。……”
“……一些人帮忙将总统放在手推车上。然后我们从急救室的大手术区到第一外伤室。总统脑后的伤口流血凶猛，躺在那里毫无反应。……”
“……当我们到达外伤室时，一位医生放置了一条气管导管，准备进行气管切开术。紧急抢救马上开始，几分钟之内，更多的医生赶来了，给总统安装胸腔导管和带氧气的麻醉剂。一位医生让我放一块敷料在头部的伤口处，但是这毫无作用，因为那是大面积暴露的伤口。……”
“……输氧的同时也在输血。在采取了一切必需的措施，使用了所有必要的医疗器械后，我们只能宣布：‘总统已经死亡了。’我们为他撤除了输液管和IV急救。随后，第一夫人和一位牧师走了进来，最后的现场就这样被保留了下来。第一夫人离开后，我们撤掉了所有的装置，监察官员让我离开拿一块塑料罩放进棺材的底部，我拿来了它。总统被放进棺材，等待救护车运走。……”
帕克兰医院出具的死亡证明书称：“他因头部和颈部受到多处枪伤而死亡。” 其实，总统很可能在到达医院之前就已经死亡了。
根据主治医师佩里和其他医师的描述，这个开枪射杀肯尼迪的刺客，枪法十分精准——第一枪打穿了肯尼迪的脖子，还有一颗子弹打碎了他的部分头盖骨，大脑清晰可见。佩里和众多医师们的努力最终没能让奇迹出现，11月22日下午1时，美国第35任总统肯尼迪遇刺经抢救无效，与世长辞。这个时候，惊魂未定的约翰逊也赶到了医院，他现在成为保镖和警卫们的重点保护对象。
当约翰逊得知肯尼迪的死讯后，他没有任何迟疑，立即启程准备赶回白宫。一个多小时之后，约翰逊在飞回华盛顿的飞机上宣布就职——根据美国的法律，总统在就职期间意外死亡，将由副总统直接接任总统职务。下午2时48分，肯尼迪的遗体被送回华盛顿。在很短的时间内，美国总统遇刺的消息就传遍了全球。
这起刺杀事件发生的是如此突然，但是却有一个名叫亚伯拉罕·扎普鲁德的摄影师用摄影机拍下了案发过程。这位摄影师当时就在埃尔蒙街上，他准备拍下肯尼迪经过高架桥的全过程留个纪念，却没想到把刺杀过程拍了下来，从而为历史留下了一份珍贵的影像资料。
约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪的生命和他的政权在突如其来的枪声中毁灭了，在枪声响起的刹那，一切美德、魅力和权势都烟消云散，几代人建立起来的业绩在短短几分钟内就化为了灰烬。肯尼迪就任美国总统期间，曾经在一次演讲中说过：“在美国近代史上有两件事使美国人记忆犹新，这就是珍珠港事件和富兰克林·罗斯福的死亡。”现在，又必须加上一件，这第三件令美国人记忆犹新的事，这就是肯尼迪在达拉斯遇刺身亡。
当肯尼迪的父母首次听到噩耗时，他们都在海恩尼斯港的家中。约瑟夫·肯尼迪在约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪当选总统一年多后在棕榈滩玩高尔夫球时严重中风，使他的右侧部分瘫痪，并且失去了讲话能力。在肯尼迪动身前往德克萨斯州为即将到来的大选发表演说和赢得选票的时候，海恩尼斯港的家里，两位老人正在等待他从达拉斯回来，在感恩节这一天家庭团聚，享受天伦。
当总统遭枪击死亡的第二天早晨，肯尼的母亲罗斯夫人从教堂回来后，爱德华和尤妮斯走进父亲的房间把噩耗告诉了约瑟夫。尤妮斯俯身到父亲的床上，握住他的手，她以非常动情、非常混乱的话语设法使不能说话和半瘫痪的父亲知道，他的儿子、美国总统遇到了可怕的事情。当父亲的眼神露出恐惧的阴影时，爱德华直截了当地说：“爸爸，他被枪杀了。”他接着跪下来，把父亲的手放到自己脸上。尤妮斯说：“他死了，爸爸，他死了。”
这是约瑟夫第三次收到子女突然死亡的消息。小约瑟夫、凯瑟琳和约翰都离开了肯尼迪家族，这对于一个充满了野心与骄傲的老人有着不可言喻的打击。这位不能说话，不能表达思想和感情、几乎不能动的残疾老人非常虚弱，他一生为之奋斗的目标已化为泡影。他毕竟是一个封闭的、不能与人交往的人。现在他的孤独几乎是无法忍受的，他不得不忍受莫大的悲痛，除了自己以外，不能对任何人表达他的感情。展现在他面前的是漫长和无法忍受的痛苦。
约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪死了。他死时才46岁，担任总统两年零十个月，而且极有希望连任下一届总统。他死时，留下了结婚仅十载、年仅34岁的年轻妻子，以及六岁的女儿和三岁的儿子。
达拉斯的枪声，令他成了美国历史上第四位遇刺身亡的总统。肯尼迪永远不会醒来了。在美国历史上，没有哪一位总统曾像肯尼迪那样有如此之多的机会在广播和电视上出现。通过电视实况转播总统的记者招待会，肯尼迪是第一人。肯尼迪当政，使得白宫在许多方面从艾森豪威尔政府统治下的沉闷的空气中解脱出来。肯尼迪夫妇生活富裕，风华正茂，拥有政治势力和国际魅力，这些自然而然地成为报界的新闻资料，他们和文艺界的联系以及上流社会的时髦生活，更加丰富了对白宫主人一家的报道。
肯尼迪给人的印象是年富力强，倾向革新，并能勇敢而利索地处理美国和世界上的各种问题，这种形象深深地印在美国人的心坎里。他遇刺身亡的悲剧在某种程度上使同时代的美国人对前途感到了迷惘。不论对美国人还是欧洲人来说，有了肯尼迪，第二次世界大战后，他们才首次看到了满怀希望的绚丽前程。在许多人看来，尽管经历了第二次世界大战，但这个时代仍然不愧为一个决心树立伟业的时代，肯尼迪总统也因此在人们心目中留下了不可磨灭的光辉形象。如果史学家要给这个历时只有两年十个月零三天的政府作出评价的话，那是非常困难的。
作为美国的第三十五任总统，约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪在任期间是美国历史上支持率最高的总统，他的遇害引发了公众对他深深的怀念。人们爱戴肯尼迪，因为他是一个勤奋而富有同情心的总统，正是这样，他的死亡才让更多的人感到扼腕痛惜，甚至潸然泪下。就连他就任总统期间最大的对手，苏联领导人赫鲁晓夫，在得到肯尼迪遇刺身亡的消息后，都忍不住老泪纵横。
正如古巴共产党第一书记卡斯特罗说的那样：“美国应该产生一位能够了解和应付拉丁美洲爆炸性局势的人物，肯尼迪可以成为这样的人物。用历史的眼光来看，肯尼迪还有可能成为美国最伟大的总统，能够超过林肯。”要知道，美国对古巴的经济封锁一点都不留余地，肯尼迪曾经让许多古巴人连温饱都难以为继。即使这样，卡斯特罗仍然希望肯尼迪的死讯是个误会。
戴高乐也同样如此，肯尼迪是他鲜有的几个欣赏的人之一，他的死亡让这位法兰西强人十分失落。
肯尼迪的死撼动的不仅仅是国际政坛，更牵动着美国普通民众的心。就在肯尼迪死讯传出之前，华盛顿还是一片热闹，而在肯尼迪遇刺的消息传出后，这种欢乐突然止步，整个美国霎时沉浸于一片哀伤中。人们都放弃了本来计划，滞留在电视机前观看相关新闻。
即便是在肯尼迪遇刺身亡过去40多年后的现在，美国人仍然将肯尼迪评为美国历史上最伟大的五位总统之一。在一次民意调查中，10000名美国人中有30%认为肯尼迪遇刺案应被列为20世纪头号犯罪案件。在1975年进行的一次盖洛普民意测验为总统排名的调查中，52%的答卷人将肯尼迪排在首位，位居林肯和罗斯福之上。1985年时，他仍然位居第一位，支持率达56%。
在“盖洛普二十世纪最令人敬佩的人物”中，肯尼迪排名第三（仅次于小马丁·路德·金和特里萨修女）。1999年2月总统日上公布的一项民意调查显示，人们认为林肯是最伟大的一个总统，并列排在第二位的是华盛顿、肯尼迪、里根和克林顿。2000年时，肯尼迪名居排名榜首，其后是林肯、罗斯福和里根。
肯尼迪遇刺一直都被视为对美国历史发展产生重大决定性影响的事件之一，因为这一事件在其后数十年中一直影响了美国政治的发展方向。
11月25日，美国政府为肯尼迪举行国葬，成千上万的美国民众组成了一支庞大的送葬队伍，来自超过90个国家的代表（包括苏联），参加了在11月25日（当天是他儿子小约翰·肯尼迪三岁的生日）举行的葬礼，其中包括8位国家元首、10位总理（首相）以及大批各国政府要员。
11月25日当天，美国国会圆形大厅，前来向肯尼迪致以最后敬意的人超过25万。上午11时，覆盖着星条旗的灵柩从大厅中移出，放置在由4匹马拉的灵车上，首先前往白宫，然后前往圣马修斯大教堂，最后被送到了阿灵顿国家公墓并被安葬在一个特制的地下墓穴里。当天全球在电视机前收看葬礼现场直播的人有数亿之多。
在肯尼迪遇刺的一个小时之后，也就是他被宣布死亡前这段时间里，美国国内发生了极大的混乱。就像刺杀事件发生在冷战时期一样，一些人首先想到如果这次的刺杀行动不是要大规模攻击美国的话，那一定是关系到副总统约翰逊的安全的。于是人们纷纷挤在电视机和收音机前密切关注着媒体发布的相关最新消息。
肯尼迪被刺杀身亡的消息立即轰动了世界，人们成群地围在大商场中的电视机前，默默地祈祷着。在某些地方，交通也随着肯尼迪遇刺的消息的散布而变的几近瘫痪，在美国和加拿大的学校纷纷提前让学生们放学。一个被误导的愤怒的反德州的德克萨斯人被上报到相关机构。当地所有3家电视台取消了3天内正常的节目时间表，替代它们的是72小时不间断的关于刺杀案的覆盖性报导。
这次的全方位报道是除去美国世界贸易中心大楼等地遭遇恐怖袭击之外最长时间的不间断覆盖报道。无线电台也同样取消了普通节目时间表；一些电台在播放着不间断的覆盖性新闻；其他的则是在播放悲哀的葬礼音乐。并不是一切的娱乐和体育活动在那一天都被中断，同样也包括之后的周末。美国国家足球联盟委员彼德·罗兹尔说明了原因，他决定让比赛在那个周末继续进行：“它已经成为了一种传统……在一个伟人悲剧的时刻去继续。”随后，关于肯尼迪的纪念活动在全世界范围内展开。美国政府宣布11月25日，星期一，为国葬日，也是国家哀悼日。
约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪的遇害，似乎从某种程度上正印证着一个阴森森的宿命说法：美国总统的20年“灾难周期”，每个在当选年份为零的总统，都注定要死在任上。这个说法并非空穴来风，在肯尼迪遇刺身亡之前，已有三名总统被刺杀身亡，他们当选的年份无一例外，尾数都是零——
1865年4月14日，一心要复南方之仇的演员约翰·威尔克斯·布思向坐在华盛顿福特剧院看戏的亚伯拉罕·林肯总统连开数枪，林肯于翌日与世长辞；
1881年7月2日，一个失望的失业者在华盛顿火车站枪击就任才四天的詹姆斯·A·加菲尔德总统，加菲尔德总统在卧床八十余天后的9月19日死去；
1901年9月6日，无政府主义者利昂·乔尔戈什在布法罗举行的泛美博览会上刺伤了威廉·麦金利总统，总统于9月14日因伤势过重死去。
此外，1840年当选的威廉·亨利·哈里森总统，1920年当选的沃伦·哈丁总统，1940年当选的富兰克林·罗斯福总统，他们也都死于任上，把他们与四位遇刺总统排在一起，就是一个等差数列，这种令人瞠目结舌的巧合，似乎正印证着这种宿命论——每隔20年就会出现一场“血光之灾”。
约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪生前喜欢别人把他与亚伯拉罕·林肯总统相提并论。事实上，他与林肯的确有着某些令人困惑的相似之处。林肯在1860年就任总统，而肯尼迪却在1960年就任总统。林肯的秘书是肯尼迪，肯尼迪的秘书是林肯，两位总统不幸遇刺身亡，林肯遇刺是在一个星期五，而肯尼迪遇刺的时间恰好是相隔了100年后的一个星期五，都是下午3点30分，并且两位总统夫人都在出事的现场。当时两位秘书都劝告总统不要在星期五到场，两位总统都不听劝告。更令人惊奇的是两位总统的继承人名字相同，林肯的继位人名叫约翰逊，肯尼迪的继位人也叫约翰逊。他们两人都是南方人，民主党参议员。前一位约翰逊生于1808年，后一位约翰逊生于1908年，恰好是100年。更令人不可思议的是：杀害林肯的凶手生于1829年，而杀害肯尼迪的凶手生于1929年，恰好又是100年；两名凶手都是在开庭审判之前遭人杀害。
此外，他们还有许多数字上的巧合：
他们都在三十多岁时与二十刚出头的女人结婚；
林肯于1846年当选为国会议员，
肯尼迪于1946年当选为国会议员；
林肯于1856年在副总统提名中失败，
肯尼迪在1956年副总统提名中失败；
林肯于1860年以不满百分之五十的选票战胜出生于1813年的斯蒂芬·A·道格拉斯而当选为美国总统，
肯尼迪于1960年以不足百分之五十的选票险胜生于1913年的理查德·尼克松，当选为总统；
林肯的副总统是南方人，生于1808年，
肯尼迪的副总统约翰逊也是南方人，生于1908年；
两人的副总统年龄均大于总统的年龄；
林肯于星期五在一家剧场被刺客击中后脑，行凶后，刺客逃进一个仓库，在审判前，被人杀死。
肯尼迪在星期五被一个躲在仓库的刺客击中后脑，刺客行凶后进了一家剧场，凶手在审判前被人杀死。
诚然这些可能都是巧合，不过人们总喜欢用宿命的论点却印证这些巧合。至于是否冥冥之中真的有某种力量在左右着他们的命运，我想，是不会有人知道的。无论如何，作为美国的总统，肯尼迪无疑是他们当中出色而伟大的一个。
二、刺杀背后的迷雾
肯尼迪遇刺后，当地警方即刻对附近的场所展开了排查，从子弹射入的弹道轨迹判断，很显然，那座德克萨斯州的教科书仓库极有可能是凶手开枪的地方。那里视野广，完全没有阻碍，是凶手选择的极佳位置。
当刺杀发生三分钟后，几十个全副武装的警察便冲进了这座教科书仓库进行搜查。经过目击证人的描述，一个名叫李·哈韦·奥斯瓦尔德的教科书仓库工人嫌疑最大，他在事发后的一分钟内离开了仓库，穿着草绿色的衬衣。
在仓库大楼六楼，警察发现窗户是开着的，现场有一支6.5×52mm的意大利产卡尔卡诺M91/38手动步枪，三个弹壳和一些烧鸡残骸。与此同时，一发报废的子弹在康纳利的担架上被发现，它是一个半径6.5毫米的铜壳卡尔卡诺子弹，在弹道学上来讲与在教科书大楼里发现的来福枪相吻合。警方通过调查，发现在几个月前，这把步枪被邮寄预订给一个叫A·J·希德尔的人，而此人极有可能是李·哈韦·奥斯瓦尔德的假名。此外，一个不完全的指纹也在枪管上被发现。
人证、物证似乎都将凶手的嫌疑锁定在了这个教科书仓库工人李·哈韦·奥斯瓦尔德的身上。这样的侦破速度在警方看来已经算是不错的了，在刺杀事件发生不到10分钟，凶手的身份便已经有了眉目，而且也有了嫌疑人的线索。在锁定了这些条件后，警方立刻向全城下达了通缉令，通缉一个白人男子，身高在1米80左右，年龄在30岁上下。
此时的奥斯瓦尔德并没有像人们想象那样，在刺杀成功后就潜匿蛰伏了起来，又或是想尽办法尽快离开达拉斯前往外地，以躲避警方的搜捕。任谁也想不到，马上就将成为通缉犯的奥斯瓦尔德，竟然大模大样地就坐在公交车上，并且在上车后的下一站，就下了车，转乘出租车回到了他在达拉斯的公寓住宅。
这绝对不是一个合格的职业杀手应该表现出来的举动。在人们的印象里，一个合格的职业杀手，应该是一个身手利落，有万全的准备，在任务完成的第一时间就会以最快的速度逃离现场的人。很显然，在这方面，奥斯瓦尔德表现得就跟一个初次进行刺杀活动的菜鸟新手一样，他在完成任务后竟然混入了人群，并且在警察分布最多的拉马街汽车站上了公交车。只是，没有人注意到他，因为他的这些举动，很难让人联想到这样一个悠然自得的人，就是在前一分钟开枪杀死了总统的刺客。
而且，奥斯瓦尔德在回家换了一身衣服后，竟然又走出门，光明正大地开始在大街上晃悠。他的这种完全不符合常理的举动，令人很难将他和刺杀肯尼迪的职业杀手联系到一块。如果不是有警察发现奥斯瓦尔德长得很像通缉令里的嫌疑犯的话，他可能还会像平常一样进行自己的活动。
发现奥斯瓦尔德的那个警察叫蒂皮特，不过他很显然是低估了奥斯瓦尔德的危险性。当时，蒂皮特正坐在警车里巡逻，排查街上一切有可疑的人物。当他乘坐的警车经过奥斯瓦尔德居住公寓附近的时候，透过车窗，蒂皮特偶然看到了奥斯瓦尔德，起初他对于这个在街上逛荡的男人并没有留意。不过，很快的，他就意识到这个大模大样走在街上的白人男子，跟通缉令里的描述十分相像，于是，蒂皮特把车开到了奥斯瓦尔德的身边，示意他停下。
在这时候，身为警察的蒂皮特完全没有想到，如果这个白人男子就是通缉令中的嫌犯，那么他就绝对不会是一个寻常的角色。但是，很可惜，尽管蒂皮特发现奥斯瓦尔德很可疑，但他却没能提起足够的警惕。于是，在他准备打开车门下去检查奥斯瓦尔德身份证的时候，又一次枪杀就在这个时候发生了。奥斯瓦尔德的四发子弹击飞快地命中了蒂皮特的身体，这时奥斯瓦尔德所表现出来的果断和狠辣绝对是一个训练有素的杀手才具备的。在枪杀了蒂皮特后，他冷静地离开现场，瞬间消失在街角。
当附近的警察听到枪声赶来过来时，一切都已经晚了，除了奄奄一息的蒂皮特在地上抽搐，奥斯瓦尔德早已经不见了踪迹。不过，当奥斯瓦尔德狂奔离开以后，他的气喘和这种不寻常的举动却引起了“德克萨斯”电影院对面鞋店老板布莱尔的注意。
任谁也没有想到，在枪杀了蒂皮特后，奥斯瓦尔德竟然进了电影院。不过他匆忙的样子却完全落在了布莱尔的眼中，布莱尔起初也并没有在意，但此时他正在收听的广播里却正好响起警方颁布的通缉令，通缉令中有关于奥斯瓦尔德样貌的描述。虽然奥斯瓦尔德匆匆进了电影院，布莱尔并没能清楚地看清他的长相，但奥斯瓦尔德匆忙的样子，加上他的气喘，却让布莱尔猜测这个男子是从远方一路奔跑过来的，他下意识地感到这个年轻人有些不对劲，于是他特地到马路对面的电影院入口处，嘱咐那里售票员要留心刚刚进去的白人青年。
得到布莱尔的提醒，售票员在暗中观察后，发现奥斯瓦尔德的相貌的确和通缉令中描述的很相似，于是立刻报了警。几分钟后，电影院的周围布满了闻讯而来的警察。警长麦克唐纳仔细询问了售票员和布莱尔，得知奥斯瓦尔德此时正在电影院内观看电影，由于怕误伤到观众，所以麦克唐纳只是下令密切监视奥斯瓦尔德，没有立即采取抓捕行动。
13时35分，距离宣布肯尼迪死亡后的第35分钟，距离蒂皮特中弹17分钟，电影院的灯光突然亮起，经过周密部署后，麦克唐纳终于下令抓捕奥斯瓦尔德。当他带着同伴冲进放映厅的时候，已经意识到不对劲的奥斯瓦尔德立刻起身反击。25分钟后，搏斗结束，奥斯瓦尔德被麦克唐纳擒获并带回了警察局。
这次抓捕行动无疑是非常成功的，从总统肯尼迪被刺杀到嫌疑犯奥斯瓦尔德的被捕，这中间仅仅过去了一个小时又五分钟，在这么短的时间内就抓到了刺杀总统的凶手，无疑是对达拉斯警察办事能力的肯定。在这种巨大的成就感笼罩之下，几乎没有人怀疑眼前这个名叫李·哈韦·奥斯瓦尔德的年轻人是不是真的杀害了美利坚合众国的总统。
其实，只要稍微仔细想想就不难发现，奥斯瓦尔德的落网比起刺杀总统这种惊天大案来，实在是来得太过容易。这个刺杀了总统肯尼迪的年轻人，在刺杀之后所表现出来的种种不合理举动，是否就是为了让警察能够发现并逮捕他？而且，刺杀总统这种惊天的任务，仅凭他奥斯瓦尔德一人就能完成，这其中肯定隐藏着不为人知的秘密……所有围绕奥斯瓦尔德所发生的一切，都像一个谜团，但警察们却并没有深究下去。
对于警察而言，判断一个人是不是嫌疑犯，所有一切的推论都是虚无的，只有证据才是真实的、可信的。而此时摆在他们面前的认证与物证，无一例外，全都将凶手的矛头，指向了这个年轻人。对他们来说，凶手绝对是奥斯瓦尔德没错。
在奥斯瓦尔德被逮捕后接着的11个小时里，警方对他进行了不间断的调查审讯，并将他列为“一号嫌疑犯”。经过调查，在德克萨斯州教科书仓库六层所发现的意大利产卡尔卡诺M91/38手动步枪，来自芝加哥一家邮购商行，是一支1940年意大利制的旧式步枪，由奥斯瓦尔德签上假名。尽管奥斯瓦尔德对所有的行为都矢口否认，但经过警方的调查比对，发现在枪管上的那个不完整的指纹，正是奥斯瓦尔德本人的。
除此之外，警察还在短时间内将奥斯瓦尔德的出身背景调查得一清二楚。根据调查得到的信息，李·哈韦·奥斯瓦尔德，美籍古巴人，1939年10月18日出生在新奥尔良，是母亲与前夫生的一个儿子，有两个哥哥。因为父亲早亡，恶劣的家境令奥斯瓦尔德曾有过一段在孤儿院生活的经历，其母则与继父在一起生活。在他18岁的时候，已有22次搬迁的经历，平均在一个地方都生活不到一年，可谓居无定所。
在奥斯瓦尔德的成长记忆中，似乎都是不断的转学、搬家，过着游击队一样的生活。这样的生活环境造就了他一个古怪的性格，叛逆、不羁，浑身上下透着对他人的敌意。乖戾的性格让奥斯瓦尔德无法融入周围的环境，他经常跟人发生冲突，并因此被送进少年精神病院。但是，精神病院并没能让奥斯瓦尔德开朗起来，反而更加阴郁，性情也愈发扭曲。按照当时负责人的说法，奥斯瓦尔德是人格分裂症。人格分裂，换个词来说就是精神分裂，通俗点来说就是精神病。
因为学习障碍，奥斯瓦尔德只完成了初中学业，17岁便加入军队，成为美国海军陆战队的成员，在队中成绩优异，可精确射击200码外的标靶，在一次满分五十分的半人型标靶（类似肯尼迪在座车内的样子）测试中，他更是得到了48分的成绩。而当时测试用的枪械，是类似暗杀案中用的M91/38手动步枪。
在美国海军陆战队中，奥斯瓦尔德的亲苏联倾向和孤僻性格使他在军中极不合群，也屡次犯事。他钟情于马克思主义理论，对苏联和古巴十分崇拜，甚至不容许别人抨击自己的信仰。正是因为这个信仰，让奥斯瓦尔德再次成为一个备受嘲笑的“不正常的人”。无奈之下，1959年未满20岁向往苏联的奥斯瓦尔德找了一个借口，成功走到苏联定居。但苏联政府并没有重视他，起先拒绝他留在苏联，后来因为他在公寓中割腕，才得到苏联政府的同情，分配一些无聊工作给他。
奥斯瓦尔德在苏联娶了白俄罗斯妻子普沙科娃，他俩认识时，她仅是一位19岁的小女孩。两人结婚后，生了一个女儿。两年后，奥斯瓦尔德从苏联回到美国，并成功定居。也正是从那时候开始，奥斯瓦尔德公开称自己是一名共产党员。当时正是苏美冷战时期，奥斯瓦尔德的“另类”令他在社交中总是格格不入，备受嘲讽。
而且，重新回到美国定居后，他又屡次犯事，不但与古巴反共人士打斗，更曾一次差点成功暗杀反共的埃德温·沃克将军。在刺杀案发生2个月之前，奥斯瓦尔德曾到墨西哥企图进入古巴来支持当地的共产主义革命，但入境古巴的行动并不成功。1963年10月，回到美国后，他在德克萨斯州的达拉斯的教科书仓库大楼里找到了新工作，也正是在那里，他找到了暗杀肯尼迪的机会。
在这年的10月，奥斯瓦尔德迎来了他的第二个女儿的降临。当小女儿出生之后，奥斯瓦尔德每个周末都会回家探望妻女，星期一再回到达拉斯。就在肯尼迪遇刺的前一天，也就是11月21日星期四，奥斯瓦尔德突然回家，并从家中带走了几个窗帘架。这个举动让他的妻子普沙科娃十分困惑，因为丈夫从来没有在星期四回过家。
直到肯尼迪被刺杀这件惊天大案的消息传来，普沙科娃才在万分震惊中意识到，自己的丈夫，竟然刺杀了美国总统。很显然，奥斯瓦尔德在星期四回家后，从家里带走的并不是什么窗帘架子，而是那把隐藏许久的武器。
在奥斯瓦尔德被捕后，警察从他们家的车库里搜出了放置枪支的枪袋，在奥斯瓦尔德的房间里还搜到了一张达拉斯的地图，上边对肯尼迪总统的行车路线都作了标记，这些证据已经足够证明奥斯瓦尔德的凶手身份。
人赃并获，所有警方搜集到的证据都对奥斯瓦尔德不利——他服役时是个神枪手、有过暗杀要员的经历、家里有搜到的枪袋以及作了标记的地图。
在逮捕了奥斯瓦尔德并收集了犯罪现场的物理证据之后，奥斯瓦尔德被达拉斯警方押送到警署总部接受审讯。稍后，在晚上10：30，达拉斯警察局的警长杰西·克里被一个按他的话说是“来自华盛顿的人”命令去发送所有收集到的物理证据（除了奥斯瓦尔德）到位于华盛顿的美国联邦调查局(FBI)总部。
但是，奥斯瓦尔德面对警方的指控却拒不承认，他否认枪击了总统并声明他是一个“容易受骗的人”。审讯进行了12个小时，奥斯瓦尔德除了否认警察对他的一切指控外，其余时间都是一声不吭，这让警方十分头疼。
但令警方感到更为疼痛的是，就在奥斯瓦尔德被逮捕的两天后，11月24日的早晨，达拉斯市警察局准备把奥斯瓦尔德从警察总部转移到县监狱去，当警察们押着一言不发的奥斯瓦尔德从地下室走出警察局的刹那，人群中突然冲出来一个手持“科尔特”手枪的男子，这个男子边大声喊着“那人杀了我的总统”，便对这奥斯瓦尔德扣动了扳机。
警察们立刻反应过来，一部分人去抓持枪者，另一部分则立刻将奥斯瓦尔德送去最近的医院急救。当时美国人都在看电视直播中，目睹了这起枪杀事件的所有经过。人们亲眼看到奥斯瓦尔德捂着肚子在地上打滚的样子，也看到了持枪者愤怒中略带得意的表情。奥斯瓦尔德被送往医院抢救，但最后因抢救无效而宣告死亡，临死前，已经意识模糊的奥斯瓦尔德留下了他在人间的最后一句话：“我只是一只替罪羊。”后来，在一张被路人拍摄的照片中发现，一个外貌很像奥斯瓦尔德的人在肯尼迪遇刺前几秒的时候，是站在路边的人群中的，这似乎可以说明奥斯瓦尔德在当时并不是位于教科书大楼的6层上，但这张照片真伪难辨。
在警察局门口，众目睽睽之下开枪杀死奥斯瓦尔德的人叫杰克·鲁比，据他本人所言，他杀死奥斯瓦尔德的动机完全是想为肯尼迪报仇。然而，随着调查的深入，人们发现事情绝对不像他所说的那么简单。杰克·鲁比还有一个名字叫约翰·莱昂·鲁宾斯坦，身份是一家大型夜总会的老板，而且，他还跟黑手党有着不可告人的联系。单凭这一条，就足以断定鲁比绝非单纯出于为总统报仇的心态而去杀人。
至于杰克·鲁比为什么会在遇刺事件发生两天后打死奥斯瓦尔德，至今成为一个悬案。根据知情人士透露，鲁比曾告诉大法官沃伦说，要求带他去华府，他就愿意说出真相，但大法官始终没跟他合作。鲁比本人最后也因癌症死于狱中，临死前他自认为是被人在监狱内下毒才会得到癌症。
在鲁比身份被揭开的这一刻，之前关于奥斯瓦尔德刺杀肯尼迪一案那还没有完全解决的问题，一下子全部爆发了。所谓的“真相”似乎已经不再是真相，而之前被当做嫌疑犯的奥斯瓦尔德，似乎成了“某人”的替罪羊，连带着在他住所搜集到的地图和枪袋似乎也变成了栽赃的工具。而根据联邦调查局的调查，那支在案发现场发现的步枪上，那残缺的指纹和奥斯瓦尔德的指纹并不完全吻合，那么，就连那支枪到底是否属于奥斯瓦尔德都成了一个疑问。
而且，奥斯瓦尔德本人在警察局总部被谋杀之前，他曾经接受过审问，但是对于他的审讯，按达拉斯警察局局长杰西·克里的话说，“简直就是违背所有审讯规则的”。杰西·克里说：“一般来讲，一个讯问者在审问一个嫌疑犯时会和他单独地待在一个屋子里或者有一个人陪同。”但是事实正好相反，这个审问奥斯瓦尔德的屋子早就挤满了FBI的探员，秘密小组探员和一些联邦探员和谋杀侦探。
达拉斯谋杀案侦探长J·W·弗雷兹，当时主管对奥斯瓦尔德的审讯工作，他同样向沃伦委员会证实了没有任何对于审讯过程的记录，但是替代它的则是他在几天后准备好的记录。探长弗雷兹的证词与他真实手写的记录互相矛盾，他的审讯会议记录也在1997年被谋杀事件回忆录所推翻。
对于这个结果，美国上下一片哗然。联邦调查局和达拉斯警方完全不同的论证，令这起刺杀案变得更加扑朔迷离。达拉斯警方斩钉截铁的结论，在奥斯瓦尔德被鲁比枪杀后似乎变成了莫须有，而根据联邦调查局所掌握的情况，在德克萨斯州教科书仓库六楼那样的距离射击，想要像刺杀总统时那样达到枪枪命中并且击中要害的精准度是不大可能的，就连训练有素的运动员和军队里的狙击手也无法做到。此外，警方在现场发现的几个烟头表明，当时在场，除了奥斯瓦尔德之外，似乎另有别人，因为奥斯瓦尔德身边的人说他并不抽烟。
这些与之前完全相反的证据，加上奥斯瓦尔德突然被枪杀，这不得不令人感到怀疑——真的是奥斯瓦尔德刺杀了总统肯尼迪，还是真的如他说的一样，他只不过是一只替罪羊，而真正的凶手另有其人？鲁比在警察局门口将他杀害，是为了切断所有的线索，杀人灭口？
一时间，肯尼迪被刺身亡的背后，似乎布满了重重迷雾。
就在肯尼迪被谋杀后的第八天，继任总统林登·约翰逊亲自下令成立以最高法院大法官华伦为首的七人调查委员会“沃伦委员会”，调查枪击事件的真相。
经过10个月的调查，“沃伦委员会”先后寻访了552位证人和25000名其他人员，最后认定得出的结论是——凶手仅有一人。1965年9月25日，“沃伦委员会”向新闻媒介公布一份调查报告，向美国全国人民提供总统暗杀事件的真相，并做出结论。他们的调查结果全部收入了《总统特别委员会关于肯尼迪总统被暗杀的调查报告》中，这个具有51本之多的报告也叫做《沃伦报告》。
《沃伦报告》的主要内容如下：
1963年11月22日约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪被暗杀，这是一个反对个人、家庭、民族，同时也是一个反对全人类的残酷的和令人震惊的暴力事件。在肯尼迪面前尚有多年社会和个人生活前景，谁知这样一个年轻和精力充沛的总统竟成为暗杀的牺牲品，成为美国第4个被暗杀的总统。本委员会于1963年11月29日成立，它是在人人具有获得关于这一事件的全部和真实情况权利的基础上建立的。本报告试图在理智和正义的指导下，完成这个任务，对这一悲剧做出结论。报告是委员会本着高度负责精神完成它的，特向全国人民提供与总统暗杀事件有关的客观真相。
本委员会的建立是为了查明与上述事件有关的事实，并讨论上面提出的需要说明的重要问题。委员会承担了这个任务，并根据已掌握的资料，得出一定的结论。委员会进行的调查研究，未受到任何限制，委员会是独立进行调查的，所有政府机关都尽了自己的职责——支持委员会的调查。本结论反映的是委员会全体成员经过论证后取得一致的看法，这是经过调查之后提出的，上述调查使委员会确信它提供的是经过长时间详细侦察后得出的，反映了暗杀总统的真实情况…… 委员会没有发现李·哈维·奥斯瓦尔德和杰克·鲁比参加了任何旨在谋杀总统的国内和国际的阴谋集团。本结论根据如下：
1、委员会没有发现任何证据证明有人帮助奥斯瓦尔德制订谋杀计划或组织其实现。
2、尽管委员会围绕事件的所有其他方面详细地调查了与奥斯瓦尔德有关的全部细节，他的财务状况和个人爱好，特别是他1962年6月从苏联返回美国后的情况，没有发现有任何证据证明奥斯瓦尔德与其他人或集团，参加了旨在谋杀总统的阴谋。
3、委员会没有发现任何证据证明奥斯瓦尔德为哪个外国政府服务，或是令人信服地证明外国政府资助他谋杀肯尼迪总统，或者他已成为任何一个外国政府的间谍。
4、委员会研究了奥斯瓦尔德与各政治组织的交往，其中包括美国共产党，“古巴正义政策实施委员会”，社会主义国家的工人党，没有报道后者与奥斯瓦尔德签订有关谋杀总统协议的任何证据。
5、根据委员会所掌握的全部资料判断，委员中没有人认为奥斯瓦尔德是联邦调查局、中央情报局和其他政府机关密探、职员或情报员。委员会详细调查了在暗杀之前奥斯瓦尔德和美国各政府机关的关系，这些机关与奥斯瓦尔德之间通常是通过签订的协议协调他们完成各自义务的。
6、委员会没有发现李·哈维·奥斯瓦尔德和杰克·鲁比之间有任何直接和间接的关系，虽然对各种传说和有关类似关系的推测进行了详细的调查，没有找到任何足够的证据，证明他们相互认识。
7、委员会没有找到任何证据证明，杰克·鲁比打死李·哈维·奥斯瓦尔德是与任何其他人合谋。
8、经过详细的调查后，委员会未找到任何足够的证据证明，鲁比和打死蒂皮特的奥斯瓦尔德相互认识或者奥斯瓦尔德与达斯相互认识。
既然很难证明否定态度的可靠性，就不能断然确定其他人参加了奥斯瓦尔德活动或是鲁比活动的可能性，但是如果具有这方面的证明材料，那么，他的行为也是美国政府和侦察机关无能为力的，同时本委员会对此也一无所知。本委员会在调查过程中没有找到任何阴谋颠覆活动或违反美国政府、联邦政府和地方政府机关法律的行为。根据委员会现在掌握的资料，可以作出如下结论：“奥斯瓦尔德纯属个人行为”。
这份长达912页的报告指出，奥斯瓦尔德行刺仅是一个“孤立的事件”，他开枪没有纯粹的政治动机，而奥斯瓦尔德本人是一名精神病患者，他从车队后面开了三枪。但是，《沃伦报告》公布给新闻媒体的这个结论，普遍不为美国人民所接受。有专家指出当时射击的子弹不是三发，而是四发，并且肯定凶手至少有两人。对于李·哈韦·奥斯瓦尔德是不是唯一的凶手，许多人表示怀疑，也出现了许多“阴谋理论”，被怀疑的凶手包括黑手党、古巴人士等。
就在《沃伦报告》的论断公布后不久，有许多人发现这一论断中存在不少和事实不相符合的地方。根据当时肯尼迪被刺现场的目击者证词以及一些影像资料来看，射向总统座车的子弹并不是从一个方向发出的，特别是第一颗子弹就不是从仓库六楼而是从高架桥旁边的空地上发出的。还有一些目击者称，在高架桥旁边的空地上曾经停放过几辆汽车，但是在案发之后又很快消失了，但是这些事实，似乎并没有在报告公布给媒体的结论部分出现，这就不能不令人产生怀疑。
而且，美国民众对于这份报告的质疑声还不止于此，根据当时亚伯拉罕·扎普鲁德拍摄下来的珍贵影片，从画面上判断，总统肯尼迪和州长康纳利似乎不是被同一个方向飞来的子弹击倒的。先倒下的是总统，紧接着就是州长，中间间隔的时间非常短，以至于让沃伦委员会认为他们是被同一颗子弹击倒的，这个错觉导致了一个错误的判断。
在报告公布后不久，联邦调查局又有了一个新的发现：那支被认定是凶器的产自意大利的步枪并不具备从德克萨斯州教科仓库六楼向总统座车射击的距离优势。换句话说，凭借这样一支性能落后的步枪是不可能完成刺杀任务的，它的射程和精准度都不足以支持这样的任务。
此后，关于“沃伦委员会”这份调查报告的怀疑层出不穷，而且针对性也越来越强。所有新的证据和发现都指向了一个无底深渊，关于真正凶手的线索中断了。而这些似乎正表明一个不争的事实——奥斯瓦尔德，真的只是一只替罪羊。人们不禁怀疑，如果刺杀肯尼迪的凶手并非奥斯瓦尔德本人，那么，奥斯瓦尔德在这起刺杀案中又扮演着一个怎样的角色？仅仅只是替罪羊而已吗？那个真正刺杀了肯尼迪的元凶又是什么人？这其中是否还隐藏着更深的、不为人知的秘密？
随着新的证据一点一点地被挖掘出来，《沃伦报告》向媒体公布的结论也变得越来越不可信。许多人认为奥斯瓦尔德只不过是凶手丢出来用来转移视线的盾牌罢了，是用来吸引政府注意力的，目的是让真正的凶手能够逍遥法外。
虽然奥斯瓦尔德本人已经被鲁比枪杀了，但关于他的存在，仍是有许多可以挖掘的档案资料。根据达拉斯警方的调查，奥斯瓦尔德的出生背景非常清白，主要经历中也没有什么惹人怀疑之处。但是，在奥斯瓦尔德被枪杀后，有人却发现在他的身世中，还有一些很重要的事实并没有被调查清楚——例如他曾经同时为中央情报局和联邦调查局工作，是个受过严格训练并且能力突出的特工人员这件事实。
根据调查，奥斯瓦尔德在海军陆战队服役期间，当时的中央情报局为了配合U-2侦察机对苏联进行高通侦探，训练了一批反应灵敏的地面人员来进行配合。而被挑选的这批人，大多数都是出自海军陆战队，当时成绩优秀的奥斯瓦尔德自然也在被挑选的行列。奥斯瓦尔德被选中后，经过训练，成了一名打入苏联的特工。为了配合这次行动，他刻意在军队中表现出近乎狂热的“共产主义”信仰，并且随后也的确成功地进入了苏联境内，但是并没能得到苏联政府的重用。等他完成任务重新回国后，表面上是在一家复制文件地图的培训班里上课，但这家培训班幕后老板却是中央情报局。
而对杰克·鲁比的调查，也发现了一个惊人的秘密，鲁比和奥斯瓦尔德并非是素不相识，而是早就认识的。在他们的经历，都有一个共同点，那就是他们两人都曾经是中央情报局的特工，为中情局办事，而且所从事的同样是反卡斯特罗的工作。鲁比的夜总会，表面上是一个情色场所，但暗中却从事武器贩卖，专门为反对卡斯特罗的武装分子提供武器，而且这么多年来，从来都没有出过事。
这个发现，不禁令人联想到肯尼迪的被刺，幕后的主使者是不是和中央情报局有什么关联。
事情进展到此刻，虽然刺杀肯尼迪的阴谋仍然隐藏在迷雾中，但有一件事却已经能够盖棺定论，那就是奥斯瓦尔德和鲁比的特工身份。根据调查得到的信息，已经完全可以断定鲁比跟谋杀肯尼迪的计划有关，而他选择在人最多的时候枪杀奥斯瓦尔德就是为了掩人耳目，遮掩他杀人灭口的真相，试图给人一种他是为了替自己爱戴的总统报仇的假象。但对于主使他杀奥斯瓦尔德灭口的幕后主谋，却仍是没有半点线索，一切也都只是推测而已，完全找不到一丝证据，证明这件事和中情局或者是黑手党有关。
然而，就在公众为此纷纷猜测怀疑的时候，一件件可怕而血腥的事情开始不断在国内发生，而这些血腥案件的发生，更是将肯尼迪之死推倒了一个无穷无尽的迷雾之中。
1964年4月24日，达拉斯一名记者遇难身亡。这名记者于当晚在隆格·比奇警察分局附近的公寓里遭到两名警察的枪击，他当时是无数等着报道关于肯尼迪遇刺事件最新消息的记者之一。显然，某个背后势力极不希望某些事情为人所知，而这个记者又恰恰是知道了很多不该知道的事情，因而遭到灭口。就在肯尼迪遇刺的第三天，若干人在鲁比的住处开了一个会议，此时鲁比已经被逮捕。这些人中包括两名记者，其中一个就是死在警察枪下的这名记者。当然，这两名记者完全是想获得什么爆料才去参加会议的，而不是为了参与到他们的讨论当中。然而，还是有人觉得这两个记者知道的事实在是太多了，于是，他们两人便先后死于非命。
同年，两位私家侦探所的老板相继遇难。这个私人侦探所是古巴流亡组织的活动中心，奥斯瓦尔德搬进教科书大楼并且在六楼制造“烟雾”的命令都是在这里获得。显然，他们的非正常死亡也都跟这场政治阴谋脱不了干系。
此后，一个旧汽车商店的老板遭到枪击。这个名为雷诺兹的人曾经目睹警察蒂皮特遇害的经过，在作证的时候斩钉截铁地说凶手绝对不是奥斯瓦尔德，因为当蒂皮特遇难的时候他正好看到了一切，而且还跟踪凶手追了一个街区。但就在他作证的几天后，有个陌生人突然闯进他在经营的旧汽车商店，一枪打中了他的脑袋。幸运的是，他并没死。几天后，一个疑凶被捕，但是这名嫌疑犯却有不在场证人——舞女穆尼说雷诺兹死的时候嫌疑犯和她在一起。而这个穆尼并不是普通的舞女，而是鲁比夜总会中的当家红牌。
因为穆尼的证词，这个疑凶被当庭释放，但是穆尼本人却在几天后以“破坏夜间安宁”的罪名被警察逮捕。令人匪夷所思的是，就在穆尼被捕的第二天，狱警发现她竟然悬梁自尽，死在了牢内。
而大难不死的雷诺兹，虽然侥幸保全了性命，但是生活却变得一团糟。他不得不应付时刻到来的威胁，还要保护好家人不受伤害，出门也要一再谨慎，他的全部精力都用来保证自己以及家人的安全上，这种生活令他忍无可忍，于是，在又一次的提审中，他推翻了自己过去的证词，证明凶手就是奥斯瓦尔德。而自从这次作证以后，就再也没有人来骚扰他了。
在雷诺兹中枪两个月后，又有一名普通的油漆匠被杀——凶手极其残忍，直接割断了他的喉咙。据被害者的一个朋友说，他生前似乎知道一些关于肯尼迪遇刺的秘密，因而在肯尼迪死后一直过得小心翼翼，但终究还是没能躲过大难。
1965年9月，就在《沃伦报告》发表的前夕，一个名叫罗莎·米切的女人在一场惨绝人寰的车祸中丧生。根据调查，米切曾经是鲁比的得力助手。就在总统被杀害前三天，她曾经因为身负重伤而被送进了医院。她之所以会受伤，是因为得知了鲁比他们要谋杀肯尼迪的计划而又不愿参加，因而被灭口。幸运的是，她被人从飞驰的车上扔下来并没有死。当时她把这些都告诉了前往医院调查的工作人员，而且反复强调有个谋杀总统的邪恶计划正在筹备中。然而，前来调查的工作人员并没有把她的话当一回事儿。
同年12月18日，一个名叫威廉·韦利的出租车司机，在开车时发生车祸，他的出租车被一辆大货车迎面撞上，他本人当场死亡。而韦利正是肯尼迪遇刺案中的关键证人之一，他在庭讯时声称奥斯瓦尔德在肯尼迪遇害的时候，正坐在自己的出租车里，因而不可能是谋杀肯尼迪的凶手。而且，当时他直接把车从教科书仓库附近开到了贝克利街，所以奥斯瓦尔德也根本不可能去杀害蒂皮特。
接下来死亡的这个人是个女记者，她是唯一一个正儿八经采访过鲁比的记者，在新闻界颇具名气。但是，就在采访完鲁比后不久，她在家中离奇死亡，死亡原因是过量服用安眠药。负责检查的医生觉得这种说法很荒唐，他们从死者身体里检测出的安眠药量根本不足以让人死亡，但是官方却用安眠药过量来堵住外边的嘴。
然后是1966年8月，一名叫鲍尔斯的运输公司员工，在达拉斯附近的公路上行驶时，突然以极快的速度冲向了公路一侧，人车俱毁。而鲍尔斯和韦利一样，同样是肯尼迪被刺案中的关键证人。1963年11月22日，也就是肯尼迪被刺杀的这一天，鲍尔斯正好调度塔上工作，由于调度塔的高度，他可以在上面看到整个迪利·普拉扎区。不过，因为角度问题，在枪杀案发生的时候，他正好看不到肯尼迪所乘坐的那辆轿车，只能看到后边的整个车队。
根据鲍尔斯的证词，在谋杀发生前20分钟，原本为警车停车场的地方突然先后开进了三辆非警车，而且车号还不是德克萨斯州的：第一辆是1959年生产的老式带篷车，它在停车场转了好几圈，似乎是在打探什么；第二辆是1957年生产的黑色福特，在驶入停车场转了一圈后找了个隐蔽的地方藏了起来；几分钟后，最后一辆雪弗莱汽车驶入，这辆车在停车场内转了一会儿后又开了出去，停在了教科书仓库楼的下面。在这三辆车驶入后的几分钟，总统车队就进入了他的视线。随后，仅仅是过了不到两分钟，枪声骤然响起。在枪响之后，他看到很多警察冲向了附近的小丘，他们怀疑子弹是从那里射出的。而离小丘最近的就是那个停车场和一条铁路。
除了鲍尔斯之外，还有一个目击者看到了有个人在事发前站在铁路边上，事发后便转身不见了。这些证词充分说明了一个问题，子弹并不是从教科书大楼射出的，如果加上那把意大利产的步枪作为佐证，那么，几乎已经可以证明凶手不可能是奥斯瓦尔德。
1967年1月3日，因开枪射杀奥斯瓦尔德而被捕入狱的鲁比死在狱中，死因是癌症。此前，他曾告诉大法官沃伦说，要求带他去华府，他就愿意说出真相，但沃伦始终没跟他合作。
在鲁比死后不久，又有两个人相继死亡。第一个人是曾被怀疑谋杀肯尼迪的幕后主脑的某个组织领袖戴维·费里，第二个人是古巴著名的政治家埃拉迪奥·德尔巴列。前者的死因是脑血管破裂而死，有趣的是他在死的当天还写下了一封遗书，似乎知道自己要离开人世。而根据调查，这位戴维·费里还是个癌症研究爱好者，他常常拿小白鼠做实验然后将实验结果写成论文，他的死很容易让人联想到鲁比的离奇死因。后者的死因是被谋杀，脑袋被斧子劈开，胸腔里还留有一颗子弹。费里和德尔巴列生前来往甚密，两人经常在一起为古巴流亡分子谋求生计。
但这些人仅仅只是血案的受害者之一，在肯尼迪被刺身亡后的短短三年时间里，一共有18名关键证人相继死亡。其中6人被枪杀，3人死于车祸，2人自杀，1人被割喉，1人被拧断了脖子，5人自然死亡。从1963年到1993年，更是有115名相关证人在各种离奇的事件中自杀或被杀。
这些证人的离奇死亡，更让人们相信，肯尼迪被谋杀的背后，隐藏着一个巨大的阴谋！
然而，那个隐藏在迷雾中的主谋，却比任何人都要快速地抹去真相存在的痕迹，无论是这18名关键证人，还是证物，甚至是肯尼迪的遗体。据可靠消息，肯尼迪的大脑曾有一段时间“不翼而飞”，后来证实，是一名美国海军上将把它偷了出来，由人做了手脚后又重新放回。
在肯尼迪被刺身亡后，他的遗体由空军一号总统专机送往离华盛顿特区不远的安德鲁空军基地外的贝蒂斯海军医院进行验尸。验尸工作于11月22日晚在贝蒂斯海军医院进行，在3项检查中医生发现有一个小孔在离总统头骨很近的地方，这个小孔同时在其右脑的脱出点造成了很大的伤口。一位曾参与验尸的军方医官在之后销毁了他的记录和一幅关于描绘肯尼迪头部伤口并被称为“不可理解”的图像资料。
在其后的40年时间里，关于“肯尼迪被刺杀案”的所有证据，都在被逐步销毁，直到2009年1月23日，曾经为中央情报局工作的老牌特工，“水门事件”的军事霍华德·亨特猝然去世，各界一致感慨：他把天大的秘密带进了坟墓！但是，英国媒体在4月15日称，亨特并没有带走所有的秘密，他在死前向他的大儿子披露了一些绝密内幕，其中赫然包括美国第35任总统肯尼迪遇刺的真相！根据亨特的大儿子圣约翰的转述，亨特透露当时刺杀肯尼迪的幕后主谋，正是美国副总统林登·约翰逊！
亨特说，1963年的一天，在迈阿密一家旅馆的房间里，两个熟人约会了他，其中一人是游走于中情局和黑帮之间的职业杀手弗兰克·斯图尔吉斯，另一人是中情局在危地马拉的线人戴维·莫拉勒斯。莫拉勒斯很快就离开房间，斯图尔吉斯则一直在反复唠叨“商量点大事，商量点大事”，并问亨特：“能跟我们一起干吗？”一头雾水的亨特问：“什么大事？”斯图尔吉斯脱口而出：“杀了肯尼迪！”大为震惊的亨特表示：“你们自己做就是了，为什么要扯上我？”
斯图尔吉斯当时的反应不得而知，但亨特告诉儿子，他没有介入刺杀肯尼迪的任何阴谋，还觉得斯图尔吉斯说要刺杀肯尼迪的话“纯粹是发神经”。不过，不知出于什么考虑，亨特没有向联邦调查局告发此事。
在给圣约翰留下的两页纸中，亨特是这样陈述当时任副总统的约翰逊如何刺杀了肯尼迪——
肯尼迪的继任者林登·约翰逊，原计划在迈阿密刺杀肯尼迪，后来决定改在达拉斯下手。在成功刺杀肯尼迪并接任总统职位后，他成功地骗过了华伦调查委员会的调查，让各方相信，刺杀肯尼迪的只有一名枪手。
关键人物：科德·迈耶，美国中央情报局负责国内宣传造势的特工，专门制定了暗杀计划，此前从没干过暗杀之类的事。
中间人：戴维·菲利普，美国中央情报局特工，曾担任美国中央情报局驻墨西哥情报站站长。此人曾直接介入危地马拉暗杀总统事件和入侵古巴的“猪湾事件”，正是此人找来了阴谋暗杀肯尼迪的间接凶手威廉姆·哈维和安东尼奥·维西亚纳。
代理人：威廉姆·哈维，此人一直认为，约翰逊如果当了总统，一定会把中央情报局交给他领导。此人对肯尼迪没有下令美军直接侵略古巴，以及曾经贬低他感到极度不满。招募者：安东尼奥·维西亚纳，这名出生于古巴的杀手后来招了刺杀肯尼迪的两名枪手。
掮客：弗兰克·斯图尔吉斯，此人一度想拉亨特入伙，后来还表示，水门事件其实也是掩盖肯尼迪之死真相行动的一部分。
杀手：戴维·莫拉勒斯，此人是中央情报局驻危地马拉特工，与黑帮有直接联系。此人爱说大话，经常酗酒，于1978年神秘死去。
第二名枪手：卢森·萨尔蒂，1972年，此人不知出于何故被警察打死。
亨特说，上述这8个人才是刺杀肯尼迪的真正凶手，外界之前认定的杀手却只有奥斯瓦尔德一人，外界获悉的事件经过仅限于：1963年11月22日，奥斯瓦尔德在达拉斯的得克萨斯州图书馆6楼向街上开枪，刺杀了肯尼迪，当场被捕。 两天后，奥斯瓦尔德在达拉斯看守所外被警察押解时，夜总会老板鲁比突然闪出，枪杀了奥斯瓦尔德。鲁比声称，他杀人是出于义愤，并非灭口。直到1967年1月病死狱中，鲁比始终闭口不谈为何出手枪杀奥斯瓦尔德。从此，关于肯尼迪遇刺事件的调查陷入了无从入手的境地。
不过，奥斯瓦尔德始终被公众认定是唯一的一名枪手。事实上，副总统约翰逊一直被怀疑是肯尼迪遇刺事件的幕后主使。肯尼迪离世后，约翰逊凭借手中的总统大权，控制对这起案件的调查工作，不仅使得他自己逃脱了罪责，也保护了他的同谋。刺杀事件发生后，当肯尼迪还在医院接受抢救时，约翰逊就下达了清洗敞篷汽车的命令。接着，约翰逊委派他的亲信将康纳利州州长的带血衣服（康曾与肯尼迪同乘敞篷车）取回洗净，接着再次下令销毁物证。肯尼迪乘坐的那辆敞篷车一直在白宫警卫的看管下，但留有弹痕的挡风玻璃于11月25日就被更换掉了。
肯尼迪尸体的解剖鉴定也是靠不住的，所有的照片和x线透视片都被做了手脚，被保存在华盛顿国家档案馆里的肯尼迪大脑也于1964年前后神秘失踪。参加这次尸体解剖的医生都收到了“不准随便发言”的口头警告，其中一位名叫休姆斯的医生事后承认，他们焚烧了解剖报告的第一个版本和所有的验尸记录。 华伦委员会的报告肯定奥斯瓦尔德仅开了3枪，但一个记者在案发现场拍摄到了一名警察正捡起另一颗子弹的画面。第4发子弹的发现推翻了华伦委员会的结论，这说明至少存在两名以上的杀手，但这颗子弹后来也不见了。
以上种种疑点，除了约翰逊，谁有权力下令抹去？肯尼迪死后几天，白宫对外联系的电话录音也透露：约翰逊利用其影响力促使一些人士加入了华伦委员会，并威胁华伦委员会不要去追查事件的真相。
亨特之所以在临死前才说出真相，因为他为他所知道的秘密付出了太多代价。 水门事件发生后，警方立即逮捕了亨特，并指控他“入室抢劫、阴谋与窃听罪”。最令亨特感到意外与伤心的是，就在他因打官司而债台高筑时，白宫的主子居然丢下他不管。气愤不过的亨特决定靠他掌握的证据来逼使这些无情无义的老板们掏腰包，帮他偿还一部分的债务。他说，只要白宫答应他的这一条件，他保证啥也不说，老老实实地坐牢。
亨特的妻子多洛茜非常爱亨特。亨特被捕后，她开始替亨特实施“报复计划”，陆续向白宫一些官员寄了威胁信。不料，1972年12月，当多洛茜带着从各位老板手里要来的10万美元飞往芝加哥时，客机在中途神秘坠毁，机上所有人全部遇难。尽管各方事后都认为多洛茜死于政治暗杀，但迄今为止，没有任何确凿证据证明这一观点。多洛茜死后不久，美国总统尼克松遭到弹劾。1973年，亨特被判有罪，坐牢33个月。出狱后，他迁居迈阿密，在那里再次结婚，生了两个孩子，过起了与世无争的生活。
美国总统历来是垄断资本集团的代言人，肯尼迪身后是美国北方马塞诸塞州的大财团，约翰逊的支持者则是南部的大资本家和大农场主，约翰逊正是凭借得克萨斯州一批亿万富翁的大力资助，才得以在官场上步步高升，并聚集了三四千万美元的私人资产。
1963年10月，肯尼迪宣布准备改革美国的税收政策，这直接触犯了美国众多石油垄断集团老板的经济利益，不少人当时就极不满意地表示“肯尼迪的政策欲置美国经济于死地”，也许，这就是他们决心干掉肯尼迪的真正原因。肯尼迪遇刺事件实际上反映了美国国内不同利益集团之间不可调和的激烈斗争，肯尼迪则是这种斗争的直接牺牲品。
现在已经无人能证实亨特讲述的一切，他所指的那8个人全都已经不在人世。不过，圣约翰说，他相信父亲所说的一切都是真的：“当时太多人想暗杀肯尼迪，我父亲当年之所以保留了一些秘密，因为他必须保住性命。”
此前，早在1998年肯尼迪逝世35周年纪念日上，原担任肯尼迪副手的林登·约翰逊的情妇马德莱娜·布朗和当时的德克萨斯州商人比利·索尔·埃斯蒂斯分别接受了记者的采访，在采访中，他们用大量鲜为人知的事实证明了肯尼迪之死其实是一次成功的政变，尽管它被掩饰成一场刺杀。他们的证词最终都指向了同一个人，那就是林登·约翰逊，正是这个肯尼迪的继承者才是这场惊天谋杀案的幕后指挥者。
而自从肯尼迪遇害，警方、联邦调查局、中情局介入刺杀事件调查后，所发生的种种，似乎也昭示着这双杀害了肯尼迪的幕后黑手，在美国政界有着通天的能量，他能够让介入调查的各方都变得畏首畏尾甚至于甘心伪造证据。而以林登·约翰逊当时在美国的地位，的确拥有这样的能量。
不过另一种说法是因为肯尼迪当时签署的11110号总统令，极有可能颠覆性地破坏国家银行的图谋，成为对付美联储的杀手锏，为了不令他在1963年6月4日签署的这份秘密文件得以施行，就必须组织他在1964年大选中的连任，所以才有了后来的刺杀阴谋。不过这种说法并不被人们普遍接受，比起这种阴谋论，人们更倾向于亨特死前吐露的秘密，尽管，这个秘密的真假依然没有人能够做出判断。
根据美国的法令，沃伦委员会除了在1965年9年完成的关于“谋杀肯尼迪案”的调查报告《沃伦报告》外，让人生疑的还有当时封存所有文件、档案和证据。而这些，都必须等到2039年才能解密。当局表示，要待所有当事人也过世后，这些秘密文件才会向公众公开。这些文件涉及CIA、FBI、总统特警保镖、NSA(国家安全局)、国务院、海军陆战队等机构。另外，还有FBI和其他政府机构还涉嫌销毁证据的秘密档案。
或许，只有等到那一天，当这些文件全部被公开时，肯尼迪之死的真相才能大白于天下。不过，我们都能等到那一天，不是吗？
三、肯尼迪的一生
在针对美国总统功绩的排名中，约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪通常被历史学家列在排名的中部偏上的位置，但他却一直被大多数美国民众视为历史上最伟大的总统之一，与林肯、罗斯福、华盛顿并列。
1917年5月29日，肯尼迪出生于美国马萨诸塞州的布鲁克莱恩。父亲约瑟夫·帕特里克·肯尼迪和母亲罗斯·菲茨杰拉德·肯尼迪于1914年10月结婚，共育有子女九人，四子五女，肯尼迪是次子。
肯尼迪的曾祖父是爱尔兰威克斯福德人，1848年逃荒到了美国的波士顿。祖父生于1858年，在波士顿开了一家酒吧兼营银行业，还参与当地的政治活动，当过马萨诸塞州的议员。
父亲老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪于1888年生于波士顿，1912年在哈佛大学毕业，后从事银行业成为华尔街的经纪人，1914年在波士顿东区哥伦比亚信托银行当总经理。第一次世界大战时在伯明翰造船公司下属的一个分厂任副总经理，一战结束后投资股票赚了大钱，成为百万富翁。后到好莱坞经营电影制片业，策划过几次合并，1930年回到波士顿。
1932年美国大选时，约瑟夫支持富兰克林·德拉诺·罗斯福，1934年他被罗斯福总统任命为新成立的证券交易委员会主席，1937年又主持海事委员会，不久后出任美国驻英国大使。他对阿道夫·希特勒在欧洲的暴行虽然表示过不满，但极力反对美国参战。1940年11月，在一片反对声中辞去大使职务。1960年美国《幸福》杂志把肯尼迪家族列为美国第十二大家族，估计拥有资产6亿美元。
肯尼迪虽然出生于一个中产阶级家庭，生活颇为富庶，但他的一生几乎都在与各种疾病做着斗争。在他准备过三岁生日的前三天，肯尼迪不幸患上了恶性猩红热。1930年秋天开始，他又患上了一种无法确诊的疾病，后来确诊为爱迪生氏症。这种疾病使得他的内分泌发生紊乱，免疫力降低。由于担心自己的健康问题影响到政治前途，所以一直以来，肯尼迪都在严格保密着自己的医疗史，甚至这种隐瞒在他遇刺之后还在继续。他一直以类固醇类药物来抵御爱迪生氏症带来的身体虚弱的影响，并依赖大量的镇静剂、止痛药、睾丸素、抗生素和安眠药等来对付其他并发症。但另一方面，他的健康问题却一直是公众和媒体关注的话题之一。
肯尼迪在他五岁的时候进入爱德华奉献学校学习，他在那里学习幼儿园到三年级的课程。1924年，七岁的肯尼迪和他九岁的哥哥小约瑟夫·帕特里克·肯尼迪被送入德克斯特学校学习。后来肯尼迪又被送到位于康涅狄格州瓦林福德的坎特伯雷寄宿学校继续学习、生活。
1935年秋季，肯尼迪请求插班学习普林斯顿大学的课程，但是遭到了该学校的拒绝。后来，他的父亲经过努力，安排他于11月初入学。由于疾病缠身，他只坚持到12月就中断了学习。
1936年7月，肯尼迪申请进入哈佛大学学习并被顺利录取。在哈佛大学学习期间，他曾两度到欧洲访问。1937年夏季，他用了两个月的时间在法国和英国旅行，探询罗斯福政府新政下的美国的发展和欧洲的发展的情况、纳粹德国与法西斯意大利是否使人们担忧会再次爆发欧洲战争等问题。1939年春季，他再次访问了伦敦和罗马等地，并从教皇庇护十二世那里领受了圣餐。
在这两次访问的间隙，他还于1938年7月大学二年级毕业后到达伦敦，利用暑假时间在美国大使馆工作，并于假期结束后返回美国，参加哈佛大学三年级课程的学习。他的欧洲之行和课程学习的主要成果，是一篇论述英国绥靖政策根源的大学四年级优等生论文。他花费了两个月的时间写成了长达148页的论文：《慕尼黑的绥靖政策——英国民主从裁军政策缓慢转化为重整军备政策的必然后果》，《纽约时报》专栏作家阿瑟·克罗克帮助他进行了风格方面的修改，并根据温斯顿·丘吉尔的作品《英国沉睡的时候》推荐了一个标题：《英国为什么沉睡》。肯尼迪写成这篇论文之后，他的父亲鼓励他出版成书，这本书在美国和英国都得到了好评，销量巨大。
1940年6月他以优异的成绩从哈佛大学毕业，并获得了国际关系荣誉学位。同年9月，肯尼迪到斯坦福大学商学院学习，以便在加利福尼亚州恢复身体健康。他的研究生课程理应为商务和国际金融，但他仍然对政治学和国际关系十分感兴趣。健康问题再次导致他于1941年初回到美国东部，忙于找人撰写他父亲的回忆录。肯尼迪曾考虑申请进入耶鲁大学法学院学习，但他后来因陪同家人到南美洲旅行而放弃了这一打算。他游览了阿根廷、巴西、智利并且在乌拉圭、秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚和巴拿马做了短暂停留。
1940年秋季，肯尼迪成为第一批被选定加入美国陆军的青年。由于他被斯坦福大学录取学习，因此 二战时，他要到学年结束的时候才会被征召。但在1941年春季，他在体检时未能被陆军、然后是海军的军官预备役学校录取，这中间的主要原因就是他的背部、结肠和腹部的疾病问题。后来通过艾伦·柯克上校——柯克曾经是肯尼迪的父亲约瑟夫·帕特里克·肯尼迪在美国驻英国大使馆里的海军武官，当时负责华盛顿特区的海军情报局——的帮助，肯尼迪于1941年10月以海军少尉的身份到海军情报局外国情报处工作，成为一名情报资料传递人员。他的工作是核对并总结来自国外情报站的报告，用于海军情报局的资料汇编。由于12月7日日本偷袭了珍珠港（即珍珠港事件），肯尼迪所在的部门开始24小时不间断地工作，他的班次是夜班，从每日22：00到次日7：00，而且没有休息日。
也正是在这段时间里，他结识了英戈·阿瓦德并开始了一段充满浪漫的关系。但后来有情报显示，作为《先驱晨报》记者的英戈在德国的一次新闻活动中获得了可以接触到包括希特勒在内的纳粹高层的特权，所以英戈被怀疑是纳粹间谍。当他们的关系被披露后，肯尼迪被海军从情报局调往位于南卡罗来纳州查尔斯顿的海军造船厂干文职工作。后来，他与英戈的暧昧关系结束了，但仍保持了三年的通信和友情关系。
1942年7月海军批准了肯尼迪的出海请求，安排他到芝加哥西北大学一个分部的海军学校学习。肯尼迪的愿望是要指挥一艘鱼雷艇。这一愿望在1943年1月得以实现。他离开训练工作，受命带着4艘船前往佛罗里达州的杰克逊维尔，并在那里得到了新的任务，被安排到巴拿马运河执行巡逻任务，由于他不愿意“在战争结束前陷在巴拿马”，便请求调到南太平洋。
1943年3月，他踏上了前往美国和日本正值激烈交战的所罗门群岛的征程。成为PT-109艇的艇长。6月，肯尼迪的船被派往新乔治亚东南的拉塞尔群岛，7月被派往位于战区中部的新乔治亚西部的隆巴里岛。8月1日，他的船前往布莱克特海峡参与拦截一个躲过美国驱逐舰拦截的日本船队。
1943年8月2日，约翰·肯尼迪的船参加了拦截一个日本船队的夜间攻击任务。在战斗中，他的PT-109艇被一艘日本驱逐舰撞成两截后沉没，船上两人丧生，十一人落水，包括肯尼迪在内的六人抓住了漂在水面上的船壳，并将另外五名幸存者领回到漂浮的鱼雷艇残骸处。船上的工程师严重烧伤，因此肯尼迪不得不拽着他以抵御强劲的水流。当日下午2时，在漂浮了九个小时之后，鱼雷艇残骸开始下沉，肯尼迪用牙咬着受伤艇员的救生衣带子，在经过5个小时之后终于游到了一块60多米宽的小岛上。
由于该岛位于弗格森水道南部，是鱼雷艇的常用通道，因此，肯尼迪决定立即出发，以便打信号拦截船只等待救援。当时他已经36个小时没有休息。由于没有与任何船只相遇，他只能游回小岛。8月4日，肯尼迪与其他艇员一起游到附近的欧拉萨纳岛。8月5日，他与另外一名军官游到克罗斯岛。8月6日，艇员们被两名当地岛民发现，肯尼迪在椰壳上刻了一段话：“当地人知道位置，可以引路，十一人活着，需要小船。肯尼迪。”托岛民带到鱼雷艇基地所在地伦多瓦岛。
8月7日，岛民带回一封新西兰步兵中尉的回信，信中说：“我强烈建议你们跟这些当地人到我们这里来，同时，我将用电台联系你们在伦多瓦岛的上级，然后落实如何去接你们剩下的艇员。”8月8日，肯尼迪到达新西兰人的驻地。在经历了七天艰苦逃生后，所有艇员在不到24小时里都被送到了伦多瓦岛接受治疗。
肯尼迪在这一事件中表现出的勇气和决心使他成为了各大报纸的头条新闻人物，并先后获颁二战紫心勋章、亚洲-太平洋战役奖章、二战胜利纪念章、海军勋章以及海军陆战队勋章等诸多奖章。后由于身体上面的原因，他于1944年初回到美国就医，其间在迈阿密鱼雷艇基地当教官。
1945年3月1日，他的名字上了美国海军退役人员名单，仅仅几个月之后，日本就宣布投降，第二次世界大战结束。第二次世界大战之后，肯尼迪进入美国政坛。
1946年，他参加了众议院选举。在那一年的选举当中，民主党的形势不容乐观，自1930年以来首次失去了国会参众两院的控制权。但肯尼迪的表现却依然不错，由于马萨诸塞州的国会众议员詹姆士·柯利将出任波士顿市长，在国会中留出了一个空缺，经过努力，肯尼迪在竞选中获得了胜利。
1947年1月，约翰·肯尼迪到华盛顿特区上任。当时恰逢民主党经济状况发生重大变化、全国上下开始担心共产主义威胁的时候，而且哈里·杜鲁门总统当时也受到了猛烈的抨击。在众议院里，他反对塔夫托·哈特利劳工法（即哈特利提案），发起国家退伍军人住房会议。1948年11月他再次当选众议员。此间，他提出过低房租公共住房和援助公私立学校的议案，建议削减对非洲和近东地区的浪费性援助。
1952年他以“肯尼迪将为马萨诸塞做的更多”为口号参加了参议院席位的竞选，并战胜了势头强劲的对手亨利·洛奇赢得了一个马萨诸塞州参议员席位，在总计2353231票中领先洛奇70737票，两人的得票率为51.5%：48.5%。在成功当选参议员后，约翰·肯尼迪的首要考虑是要建立一个办公室，以满足他为之服务的马萨诸塞州的需要。而肯尼迪将进入参议院视为他获得更高权力的一个跳板是个不争的事实。
1955年9月，在德怀特·艾森豪威尔总统心脏病发作，传言他不可能竞选连任的情况下，肯尼迪计划获得1956年副总统候选人的提名，并成为他担任8年副总统的前奏，然后是1954年竞选入主白宫，而到那时，他刚刚37岁。但在民主党全国代表大会上，田纳西州的参议员埃斯蒂斯·基福弗获得了副总统候选人的党内提名。竞争提名失败后，肯尼迪于1956年到1957年间制订了一项战略，以照顾到民主党在民权问题上的各个派别，在1956年，围绕陪审团庭审修正案的争论引起了相当的关注，而肯尼迪投票表示支持陪审团庭审。
1953年9月12日，约翰·肯尼迪与杰奎琳·李·布维尔在罗德岛州结婚，他们的结合被描写为“年度名人婚姻”。从1953年7月开始，他的背部疾病开始严重，在1954年4月进行的一次X光检查中显示，他的第五节腰椎已经断裂。10月21日，他做了一个长达3个多小时的手术，将一个金属盘插进了腰椎里以固定脊椎骨，但由于插入的金属盘被感染，1954年2月的又一次手术将它取出。
肯尼迪一直休养到当年5月才返回参议院。在这段时间及其后的近两年时间里，肯尼迪数次面临生命危险，曾先后四次接受了天主教的临终祷告。1956年他发表了一篇有关自己脊背外科手术的文章《我的病中体会》，最后定名为《当仁不让》，书中讲述了美国历史上8位著名参议员的职业生涯，该书出版后成为全美畅销书，并在1957年获颁普利策传记文学奖。
自从1950年之后，约瑟夫·雷芒德·麦卡锡与肯尼迪家族的交往日渐频繁，麦卡锡在成为参议院的焦点人物之前就与肯尼迪的父亲老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪结下了深厚的友谊。老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪曾花费数千美元的资金支持麦卡锡，并在后来成为了他主要的支持者之一。
20世纪40年代之后，老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪常常在自己位于海厄尼斯港的别墅里与麦卡锡共度周末。而且麦卡锡曾经追求过肯尼迪的四妹帕特·肯尼迪。在1952年的参议院竞选当中，老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪与麦卡锡达成了一笔交易：麦卡锡在马萨诸塞州的投票中支持民主党候选人，而约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪则不会在国会关于谴责麦卡锡主义的表决时投票支持该决议。
1953年，肯尼迪的父亲又要求麦卡锡聘请约翰·肯尼迪的弟弟罗伯特·弗朗西斯·肯尼迪为自己的高级职员。1954年9月，在经过了9天的听证之后，国会的一个特别委员会建议“谴责”麦卡锡破坏参议院规则。当年12月2日，参议院以67：22的表决结果通过了这一谴责。而在民主党中，唯一一个没有投票反对麦卡锡的（更确切地说，没有就此问题投票的）是肯尼迪。
1960年，他在一次为自己的辩解中说：“我从来没有说过我是个十全十美的人。我见过大多数人犯过的错误。麦卡锡的事情？我当时处于一种非常尴尬的处境。我的弟弟在为麦卡锡工作。”但肯尼迪后来十分后悔自己的决定，因为他没有同民主党伙伴和参议院的大多数人一起谴责麦卡锡的这一不光彩行为成了此后一个长期的政治遗留问题。事实上，在1954年7月，在陆军听证会结束的时候，即参议院第一次考虑公开谴责麦卡锡的时候，肯尼迪准备通票反对他。
尽管由于年轻、天主教的信仰、来自民主党内领导人的有限支持以及自己身体方面的疑问，肯尼迪无法在1960年有把握地竞选总统，但他仍宣布自己有意在1960年大选中竞选美国总统。
事实上，肯尼迪觉得这件事本身就是一种前所未有的政治能力的表现。虽然在美国历史上曾有一小批候选人在不到50岁的时候会入主白宫，但还没有谁在43岁就登上总统宝座。在威廉·麦金莱总统遇刺后，西奥多·罗斯福继任了总统职务，但他在1904年竞选连任的时候已经46岁了。更重要的是，历史上只有一位天主教徒竞选过总统——1928年的阿尔·史密斯，并且他惨败在赫伯特·胡佛的手下。
从1957年开始，全美各地邀请他进行演讲的邀请函多达2500多份，而他同意在47个州做144场演说，平均两天一场。1958年初，他每星期收到的此类邀请函平均达100份。民主党在48个州的领导人大都表示肯尼迪是个很有可能参加竞选的人物。1956年民主党代表大会的1220名代表中有409人支持肯尼迪参加1960年总统竞选。在对肯尼迪有所认识的所有潜在选民里，有64%的人相信他具有当总统的背景和经验。
肯尼迪在马萨诸塞州成功连任参议员以及自1956年民主党代表大会以来在全国范围内越来越大的知名度，使他成了许多人心目中1960年总统竞选的有吸引力的候选人。他的活力被看做是应对苏联挑战、经济萧条、种族隔离和“杂乱无章的美国生活”的优势。
尽管肯尼迪取得了广泛的支持，但毕竟他太年轻，国会中的民主党人在总统候选人提名问题上将他排在第四位，列在林登·约翰逊、阿德莱·史蒂文森和密苏里州参议员斯图尔特·塞明顿之后。倾向于让他竞选副总统。肯尼迪并没有接受这一建议，他曾说过：“我没有兴趣竞争副总统，我的兴趣是竞选总统。如果我要当选总统，我就会在1960年成功。如果我这次不成功，那么我可能要等上8年时间，那时会出现一些新的面孔，而我就会靠边站。”
为了抵抗阻碍他的势力，肯尼迪在一开始便公开否认自己是个候选人。在民主党进行的初选中，他面临的主要挑战来自明尼苏达州的参议员休伯特·汉弗莱和德克萨斯州参议员林登·约翰逊 。到1959年秋季，尽管肯尼迪还没有宣布参加竞选，但他已经启动了紧张而疲惫的日程安排，奔波于全国各地，在形形色色的场合向规模不等的人群发表演讲。提高肯尼迪的支持率是赢得胜利的关键，为此，他的弟弟罗伯特·肯尼迪放弃了在参议院的工作，担任了竞选运动的经理。并立刻于1959年10月底在海厄尼斯港别墅里召开了17位主要人员参加的会议。
1960年1月2日，星期六，肯尼迪在参议院秘密会议厅里向300名支持者正式宣布竞选总统。4月5日，在威斯康星州的初选中，肯尼迪获得了56.5%、总计476 024张选票，为该州57年来候选人在初选中获得的最多票数。而且肯尼迪在10个地区中赢得了6个地区的多数票，从而赢得了该州60%的大会代表。5月10日，肯尼迪在西弗吉尼亚州取得了60.8%：39.2%的压倒性胜利，战胜了休伯特·汉弗莱，此后10天内，肯尼迪又在马里兰州以70%：17%击败了韦恩·莫尔斯，在俄勒冈州同样以51%：32%取胜。
到此时，肯尼迪已经是第七次大获全胜，打通了总统候选人提名的道路。但形式并不就此一片乐观。林登·约翰逊于6月5日宣布参加总统竞选，并就麦卡锡问题等话题公开抨击肯尼迪。7月13日，在民主党全国代表大会上，肯尼迪获得了民主党总统候选人的提名，尽管林登·约翰逊在这之前对他进行过中伤，但肯尼迪仍然邀请他加入竞选队伍，成为副总统候选人。
肯尼迪的天主教徒身份一直被认为是能否公正履行总统职务的一大疑问。就这一问题，肯尼迪于1960年9月12日，在德克萨斯州休斯顿对一群新教牧师进行的一次公开演说中作出了明确答复：“我不是天主教的总统候选人，我是民主党的候选人，只是恰好还是个天主教徒。在公共事务上我不是代表我的教派——教派也不代表我。”在这次演说中，他还强调，相比于宗教信仰，1960年的大选中还有很多更加关键的问题。因为战争、饥饿、愚昧和绝望是没有宗教界限的，并且恳求用宗教的宽容心服务于国家的安康。这次演说暂时抑制住了围绕宗教问题的喧嚣声。
1960年9月26日晚，在芝加哥的CBS演播室里，肯尼迪与自己的竞选对手，已经在艾森豪威尔内阁中当了8年副总统、与赫鲁晓夫进行过厨房辩论的共和党总统候选人理查德·尼克松面对大约7000万电视观众进行了美国历史上第一次的总统候选人电视辩论。
在电视辩论中，肯尼迪通过向美国民众直接宣讲自己的开场白获得了初期优势。尼克松则利用介绍和总结的机会突出自己和肯尼迪的不同之处。肯尼迪给人的印象是一个打算应对国家最大问题的领导人，尼克松给选民的印象则是试图在一个政敌面前占据上风的人物。
尼克松的语言很有节制，但相比于肯尼迪却缺乏政治家应有的风度，进一步强化了许多人对他在过去竞选众议员、参议员和副总统时留下的负面印象。大多数通过收音机收听辩论的民众认为尼克松在辩论中占据了上风，但事实恰好相反，所有现场和电视机前的观众都看得出来，肯尼迪占据了上风，他看上去更加轻松，更有自制力。而镜头前的尼克松却显出害怕的样子，脸色阴沉憔悴，脸上的剃须粉被汗水冲出乐隐约的沟痕。
在浅灰色的舞台背景灯光下，身穿浅灰色西服的尼克松淡化成了一个模糊的人影，而肯尼迪的深色西服却在光线反差中显得十分欢快。此后，肯尼迪和尼克松又进行了三次电视辩论。电视这种新的媒体在政治中首次成为了重要的宣传工具，成为了一座里程碑。
在1960年11月8日举行的大选中，肯尼迪以极其微弱的优势战胜了尼克松。当天夜里，虽然根据已经统计出的选票情况表明，肯尼迪可以充分肯定自己已经获得了胜利，但由于在宾夕法尼亚州、密苏里州、伊利诺伊州、明尼苏达州、密歇根州和加利福尼亚州的数字十分接近，无法做出决断，因此他拒绝宣布获胜。
第二天上午他起床后，他获知已经赢得了这六个州的胜利。事实上，加利福尼亚州还在混战之中。并且最终倒向了尼克松，但这已经无关大局。直到中午，最终结果传来之后，他才肯定取得了胜利。尼克松的新闻秘书发表了承认失败的声明后，肯尼迪才同意以当选总统的身份与媒体见面。
在总计6883.7万张选票中，肯尼迪的优势极其微弱，只有118 574票。尼克松的支持者几乎在选举结果揭晓的同时指责说，肯尼迪取胜的原因是伊利诺伊州和德克萨斯州的选票欺诈行为所致。但这种指责无法得到证实。而且尼克松公开采取高姿态，拒绝置疑选举结果。
肯尼迪于1961年1月20日正式宣誓就任美国第三十五任总统，他在就职演说中对国际事务给予了极大关注。他呼吁美国民众承担起更多的义务，做出更大的牺牲。肯尼迪的就职演说与富兰克林·德拉诺·罗斯福的第一次就职演说被并称为20世纪最令人难忘的两次美国总统就职演说，共计1355个单词的演说成为激励型语言和呼吁公民义务的典范之作。同时肯尼迪也是美国历史上最为年轻的当选总统。
当选总统后，肯尼迪在国内政策方面提出了众多计划，如：改善城市住房条件、发展教育事业、改革税收制度、修改农业计划、保护和发展天然资源、为老年人提供良好的医疗保健、反对种族歧视、给黑人以公平权利等。但这些计划在实施过程中大都遭到了来自各方的重重阻碍，尤其是国会。
到1963年7月，美国媒体在评论肯尼迪的内政计划实施情况时指出：政府开支已经达到940亿美圆，1963年的财政赤字将达到70亿美圆，黄金储备量下降到了自1939年来的最低点。大规模减税的议案和给予黑人公平权利的议案被拖延再三，直到1964年肯尼迪遇刺身亡后才获得通过。修改农业计划、援助公立学校法案和其他一些议案，也纷纷搁浅或被迫放弃。
肯尼迪在其任期内废止了一些苛刻的财政方针，放松了货币政策以保持低利率，从而鼓励经济增长。这个举措之后被当做20世纪70年代经济问题的组成部分而受到批评，因为政府庞大的开销助长了通货膨胀。在1962年，肯尼迪提出了总额为1000亿美圆的年度财政预算，在1961年，肯尼迪任期内的第一个年度预算导致产生了美国历史上的第一次非战争、非经济衰退引起的财政赤字。
肯尼迪在任期间，美国政府的对外政策主要围绕以下几个方面：“不对有可能会伤害美国的那些国家的武装力量进行支持和帮助，不提供武器给共产主义国家，不提供核武器给中东国家。”
在肯尼迪担任总统期间，美国对外一共经历四次大事，分别是“猪湾事件”、“古巴导弹危机”、“增兵越南”和“支持太空计划”——
“猪湾事件”：
在肯尼迪当选总统之前，德怀特·艾森豪威尔内阁建立了一个关于推翻古巴菲德尔·卡斯特罗政权的计划。这个计划是由中央情报局和一小部分政府官员负责起草的，目的在于为古巴的反卡斯特罗反革命抵抗者提供武器，然后让这些受过美国训练的抵抗者入侵古巴，并煽动古巴民众，从而削弱菲德尔·卡斯特罗在古巴的力量。
1961年4月17日，肯尼迪命令这些先前被训练的抵抗者开始入侵古巴。在这次被称为“猪湾事件”的入侵古巴行动中，在中央情报局的支援下，1500名来自美国训练营的古巴反动军“2506突击旅”，带着推翻菲德尔·卡斯特罗的梦想，回到了那片土地。然而，肯尼迪在下命令的时候，要求“2506突击旅”在没有美军的空军支援情况下对古巴进行袭击。
1961年4月19日，古巴政府就已经逮捕或者击毙了这群反动者，肯尼迪也被迫要去为释放被俘的1189名生还者而进行谈判。更严重的是，这次行动让菲德尔·卡斯特罗开始提防美国，并且坚信类似的攻击会再一次发生。
“古巴导弹危机”：
古巴导弹危机始于1962年10月14日，美军U-2间谍侦察机拍到了正在古巴建设中的苏联制中程导弹发射井的照片。这张照片在1962年10月16日被提交给肯尼迪。照片预示美国很快就会被陷于严峻的核弹威胁中，肯尼迪也因此陷于进退两难：如果美国攻击这个导弹发射井，可能会直接导致与苏维埃社会主义共和国联盟的核战争；但是如果美国不采取任何行动，则要一直忍受近距离的核弹威胁。由于距离太过接近，如果对方在毫无警告的情况下发射核弹，美国很可能会在未还击之前就被击垮。另一个方面的考虑则是，美国会在它所在的西半球内成为弱者。
许多军事专家和内阁成员希望对核弹发射井进行空袭，但肯尼迪则派遣海军监视所有抵达古巴的船只并做好封港准备。他开始与苏联谈判并要求苏方撤回一切在古巴的防御武器及器械。如果不这么做的话，苏联和古巴人民则要面临封港。 一周后，他和苏联部长会议主席尼基塔·赫鲁晓夫达成了一个基本的共识——一个长期的协议。赫鲁晓夫同意在联合国的监督下撤出导弹，只要美国保证永远不会攻击古巴并且悄悄地移除美国在土耳其境内的导弹发射井。在这次把整个世界向核战争拉近的危机是前所未有的，但所幸被两个领袖的人性所阻挡下来。
“增兵越南”：
肯尼迪在越南方面所涉及的内容一直都被归为机密档案，直到“五角文件”在1971年被公开后才被解密。在东南亚，肯尼迪早在1961年就受德怀特·艾森豪威尔总统的影响开始在越南利用有限的武力对付当地由胡志明为首的共产党力量。在宣布要与蔓延的共产主义做斗争之后，肯尼迪制定了一系列政策。在政治，经济以及军事上对尚不稳定的南越政府给予扶持，其中包括运送16000名军事顾问以及美军特种部队至该区域。肯尼迪还默许使用凝固汽油弹、枯叶剂、喷气式飞机对所有区域进行攻击。美国持续对这一地区进行各种干涉，直到之后直接参与到越南战争当中。
1963年7月，肯尼迪在越南面临了一个危机。当时行政部门的决定是去帮助推翻南越天主教会教主吴廷琰的政权。在1963年，南越军官们推翻了吴廷琰的政权，逮捕并最终杀害了吴廷琰（他的具体死因尚且不明）。肯尼迪肯定了对吴廷琰政权的推翻，其中一个原因就是他担心吴廷琰可能会和中立政府（包括共产主义者在内）谈判，类似的事曾经在1962年在老挝发生过。国务卿迪安·腊斯克曾经说过，“对中立的妥协……就等于投降。”
肯尼迪把美军在越南的数量从800人增加至16300人，然而有历史学家认为，肯尼迪绝非越战的积极支持者。肯尼迪的以及后来林登·约翰逊总统的国防部长罗伯特·麦克纳马拉陈述过，肯尼迪曾经非常想在1964年的选举后从越南抽身出来。不仅是罗伯特·麦克纳马拉提到过这个，一盘由林登·约翰逊录制的磁带也证实了肯尼迪确实计划过从越南撤军——一个约翰逊并不赞成的计划。
还有另一个证据就是在肯尼迪的国家安全措施备忘录第263号文件（1963年10月11日）中下达了在1963年年底前撤军1000人的命令。不过，由于需要推翻吴廷琰的政权，可能实际发生的事情正好相反，但是，自从肯尼迪在美国大学做了关于世界和平的演说后，他在冷战中总体上确实走了弱鹰派的路线。在肯尼迪遇刺之后，新任总统林登·约翰逊在1963年11月26日立即用他自己的NASM第273号文件推翻了肯尼迪之前关于在1963年年底前撤军1000人的决定。
“支持太空计划”：
肯尼迪急切的希望美国在太空竞赛中保持领先。谢尔盖·赫鲁晓夫回忆说肯尼迪分别在1961年6月和1963年秋两度与他父亲尼基塔·赫鲁晓夫商讨在太空计划方面的合资事宜。在早先，苏联在太空探索方面遥遥领先于美国。
肯尼迪于1961年5月25日在议会发表了演说：“首先，我深信我们的国家将在这个十年结束前完成一个目标，即让宇航员登陆月球并安全反回。没有任何单一的航天计划会比这个更能是人类振奋，也没有任何计划比此对远程宇宙探索更重要。也没有任何计划像登月一样昂贵且充满挑战。”
迟些时候肯尼迪于1962年9月12日在莱斯大学发表了演说：“没有一个期望成为其他国家领跑者的国家会在太空竞赛上甘于落后。”
“我们现在选择登月或做任何别的事情不是因为他们容易，而是因为他们充满挑战。”
在与尼基塔·赫鲁晓夫的第二次会谈中，他劝说苏联人进行成本分摊是有益的，美国人在太空项目上稳步前进。美国发射了一颗同步地球卫星并在议会通过了超过250亿的预算给阿波罗计划。尼基塔·赫鲁晓夫在1963年晚期同意了合作，但肯尼迪在协定付诸实施前遇刺。1969年7月20日，肯尼迪遇刺差不多六年后，美国人最终登上了月球。
1963年11月22日，年仅46岁的肯尼迪，在他年富力壮、仕途一片光明的时刻，最终死于阴谋的枪口之下。无论如何，关于这起刺杀案的真相，即便掩埋了数十年之久，也终将有大白天下的一天，就让我们拭目以待，等候2039年的到来。