根敦嘉措恰恰就是一位政治天才，并且做了两件为黄教后人立规的事情：一是在哲蚌寺的西南角兴建了甘丹颇章宫（意思是“兜率宫”），它在布达拉宫建成之前一直是达赖活佛的驻锡之处，所以后来达赖活佛创建的政教合一的政权便被称为甘丹颇章政权；二是为黄教设立了“第巴”这个职位，“第巴”是“头人”或“管家”的意思，黄教的第巴也就是整个黄教寺院经济体的大管家，将来黄教掌握了政治权力，第巴也就自然升级成了整个藏地的管家，也就是最高执政官了。将来的仓央嘉措就将在甘丹颇章的政治遗产与第巴的巨大阴影里艰难周旋，而无论甘丹颇章与第巴的源头，还是仓央嘉措前世的源头，都可以在这个时代里找到。
前文讲过，当桑耶寺建成之后，寂护大师为一些藏地的贵族青年举行出家受戒的仪式。相传这次受戒的一共有七个人，后来被称为“七觉士”。直到这一刻，西藏才终于有了自己本土的住寺僧侣，桑耶寺和“七觉士”就是西藏佛教本土化的开始。
如今，多少个世代过去了，“七觉士”的后人仍然在藏地延续着当初的佛缘。1546年，这一年是明朝的嘉靖二十五年，在遥远的西方，天文学之父第谷在这一年降生，引发了天主教分裂的马丁·路德在这一年去世，而在西藏的哲蚌寺里，德高望重的僧侣们用最隆重的仪式迎来了一名年仅四岁的幼童，由住持为他授戒，并为他命名为索南嘉措。从此，这名叫做索南嘉措的幼童就留在了哲蚌寺里，接受着僧人们最周密的照顾、最精心的教育，还有最崇高的礼敬。
索南嘉措就是“七觉士”的后人，父母都是与黄教关系很密切的一个政治集团的贵族。黄教的杰出领袖根敦嘉措已经圆寂了，而索南嘉措就是根敦嘉措的转世灵童。至此，资历最浅而后劲最足的黄教终于也有了自己的活佛转世系统了。
索南嘉措自称为三世活佛（这时候还没有“达赖”这个称呼），追认根敦嘉措为二世活佛，追认那位在日喀则创建了扎什伦布寺的根敦朱巴，宗喀巴的小弟子，为一世活佛。细心的读者应该记得，噶玛噶举派黑帽活佛的转世世系也是这样被追认出来的。
转世活佛的出现给了黄教的僧人们以莫大的信心，因为随着小灵童一天天地成长，所有人都惊讶地看到：根敦嘉措的天赋与记忆真的在索南嘉措的身上复活了。尤其是等索南嘉措成年之后，整个黄教大大受益于他的政治天资。在那些年长僧人的泪水模糊的眼里，索南嘉措的身影完完全全和根敦嘉措重合在了一起。这是奇迹，但它真真切切地发生了。
索南嘉措最重要的一次政治活动就是在青海湖畔进行的。在本书的楔子里，六世达赖仓央嘉措被蒙古军队一路押解，沿着青海湖畔西进中原，而在他的三世之前，索南嘉措却也置身于青海湖畔蒙古人的大营里，只不过他是以贵客的身份，为蒙古人带去佛教的纯良和友善。两件事相隔一百二十八年，活佛在人间转生了三次。人世的变换，远远快过了沧海桑田。
水草丰茂的青海湖畔，这时候已经驻进了蒙古的土默特部。这时候的蒙古早已经不是成吉思汗和忽必烈时代的蒙古了，所谓合久必分，各个部落自行其政，各有各的汗王。土默特人的汗王就是在明史上大大有名的俺答汗。
俺答汗一直很想和明朝人恢复边境贸易，为此不惜动用武力，就像西方列强在清朝后期用武力逼迫清政府开设通商口岸一样，只不过俺答汗是落后文明的那一方。一种很流行的说法是，明朝的高级官员巧施政治手腕，促成了具有里程碑意义的所谓明朝第一次民主表决，这才同意了俺答汗的边贸请求，有了所谓的“俺答封贡”。这个故事虽然很能高涨我们的民族情绪，但“民主表决”云云完全是虚构出来的，其历史原型不过是历朝历代都有的普通廷议而已。
汉人虽然还没有那么先进的政治意识，俺答汗却琢磨出了一些朴素的先进道理：他越来越发现打仗很容易吃亏，搞经济贸易和文化交流却总能占到便宜，所以和平建设的心便越来越重了，对外交流也越来越积极了。
尤其对于土默特蒙古来说，不仅明朝是先进文明，西藏一样也是先进文明。等索南嘉措应了俺答汗的盛情邀请来到青海湖畔之后，很主要的一件事就是以佛教的力量劝说蒙古人废除一些夫死妻殉之类的陋俗。索南嘉措更是借助俺答汗的力量，让蒙古人抛弃了原始的萨满崇拜，一律改宗佛教。这是一件双赢的事情，对于俺答汗，佛教的引入既可以促进本部族的生产力，也可以巩固自己的统治；对于索南嘉措，不仅佛法传播得更广了，而且给黄教结了一个强大的外援——后一点尤其意义深远，蒙古的政治势力从此将和西藏的黄教生出一连串的爱恨情仇，愈演愈烈之下便缔造出一个最复杂的局面给将来的六世达赖仓央嘉措来看。
索南嘉措与俺答汗的这次会晤，还开创了一个极重要的先例：索南嘉措赠给俺答汗一个尊号，大意是“聪明睿智的转轮王”；俺答汗也赠给索南嘉措一个尊号，叫做“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，大意是“超凡入圣、智慧绝伦、显密成就登峰造极的大海上师”——“达赖喇嘛”就是这个尊号里的最后四个字，“达赖”的意思是大海，“喇嘛”的意思是上师。就是从这个时候起，索南嘉措的这个转世系统才有了“达赖喇嘛”的称号，一直沿用到现在。
互上尊号看上去是一种最廉价的政治手段，但它确实意义很大，作用也很大。尊号看上去似乎只是一种奉承，其实远没有那么简单，这里边包含着非常审慎的政治技巧。这些内容，我们还将在后文里一一看到。
俺答汗这次延请索南嘉措，还意味着土默特蒙古和黄教成为盟友关系了。加强盟友的势力对自己当然也有好处，于是俺答汗就向索南嘉措建议，派人向明朝进贡。索南嘉措在进贡的时候，还附上了一封给明朝权臣张居正的信，希望明政府能够准许这次的进贡，更希望从此可以开个先例，以后也能允许自己定期进贡。
这个意思乍听上去有点蹊跷，实则暗含着一个政治意图。因为明朝在外交上有一个制度，不是谁都可以进贡的，对于宗教人物，国师以下的人不允许进贡。所以，明政府同意让索南嘉措进贡，就等于承认了他的国师地位。
几家欢喜几家愁，黄教的人自然欢天喜地，噶玛噶举派的人却愤愤不平。噶玛噶举派一直是黄教的死对头，两派的斗争之尖锐，简直到了小心眼的地步——在噶玛噶举派得势的时候，甚至出台过这样的法令：凡是黄教僧人遇到噶玛派僧人，必须向后者行礼致敬。
斗争不断升级，后来又发展成了各引强援，兵戎相见。而现在索南嘉措先机占尽，噶玛噶举派便只能忍气吞声地等待转机了。
等来等去，转机终于来了：明政府邀请索南嘉措到北京做客，这本是黄教和明政府巩固外交的一次良机，没想到索南嘉措竟然在途中圆寂了。
在漫长的历史里我们太多次地看到，一位政治领袖突然死亡的时候，往往也就是敌对势力兴风作浪的时候。噶玛噶举派早已经和后藏的藏巴汗结成同盟，虎视眈眈地等着可能出现的每一个机会。
对于黄教来说，领袖的圆寂虽然是个突发事件，但他们早就有了成型的解决办法：索南嘉措并没有死，他只是让灵魂暂时脱离了这一个肉体，很快便会从某一个母胎里转世重生。所以，谁也不要想借机作乱，因为达赖活佛永远也不会死去。
最幸运的是，索南嘉措的转世灵童诞生在一个最理想不过的家庭：他的父亲就是俺答汗的孙子，黄教从此便有了一位蒙古活佛。小活佛被命名为云丹嘉措，由蒙古军队护送入藏，这就是四世达赖。
四世达赖在入藏之初，护送他的蒙古军队就和藏巴汗的军队打了一仗，一个幼童的成长就这么风雨飘摇地开始了。四世达赖的佛学老师是扎什伦布寺的住持罗桑却吉坚赞，这是一个很重要的人物，他在日后被清政府封为四世班禅，此时他对四世达赖的教育将为黄教开创一个班禅和达赖互为师徒的传统。
终四世达赖的一生，噶玛噶举派剿灭黄教的心思从来都没有动摇过，政治斗争和军事斗争此起彼伏，明里有军队，暗里有刺客。四世达赖终于有一次没有能防住，在哲蚌寺里遇刺身亡，时年不过二十七岁。
派出刺客的是新一任的藏巴汗，对他而言，仅仅刺杀了四世达赖是远远不够的，因为这只是毁掉了他的一个肉身而已，如果真身永远都能转世，难道还永远这样杀下去不成？藏巴汗决定斩草除根，一劳永逸：既然四世达赖圆寂了，那就凭借自己手中的政治和军事力量严下禁令，从此禁止黄教的活佛转世。
当然，如果四世达赖真要转世，这是谁都禁止不了的，但只要没人敢去确认他的转世灵童，对藏巴汗而言也就够了。再看黄教原先的两大外援，随着俺答汗的去世，土默特蒙古的实力已经不足以和藏巴汗抗衡，明朝也进入了自己的多事之秋，过不了多久就要改朝换代了。黄教若要渡过这个难关，恐怕只有靠运气了。
3．五世达赖：仓央嘉措的前身
智度菩萨母，方便以为父。
一切众导师，莫不由是生。
——《维摩经·佛道品》
获取政治权力也许只是佛教的一个“方便法门”，若没有这个权力，教派连生存都得不到保障。