占星家离开不久，厄运就向刚刚生下的耶稣逼近。出于对这位未来犹太王的嫉妒，希律派出大批官兵，前往伯利恒清剿耶稣一家。
这天夜晚，约瑟一进入梦乡，上帝的使者就在他梦中显现，告知即将到来的不幸：“希律王要杀害耶稣。你们赶快动身，全家逃往埃及，住在那里，直到我再通知你为止。”
得到启示，约瑟即刻从梦中惊醒。他唤醒熟睡的马利亚，对其讲述了自己梦中的内容。马利亚也知晓这是上帝的旨意，于是二人立即起身，收拾好行装，抱起酣睡中的婴儿，赶着牛车，趁着夜色向南部的埃及逃去。
刚出城没多久，希律的官兵[旅的官兵]就追到伯利恒城。情急之下，约瑟发现一个隐蔽的山洞，于是一家人躲进去，静静观察外面的动静。山洞又黑又小，里面什么也没有，约瑟惶恐，不断向上帝祷告。这时，有一只蜘蛛在洞口默默地织网。
不知过了多久，官兵的声音离山洞越来越近，原来他们刚在城内完成血腥的屠杀，又开始在城外搜索。很快，官兵们发现了洞口。他们正准备进去搜查，却看见洞口的蛛网，于是领头的说：“不用搜了，既然蛛网完好无损，里边一定没有人。”说完就离开了。
就这样，耶稣一家又逃过一劫。官兵走远后他们出了山洞，径直向埃及逃去。埃及向来是犹太人的政治避难所，现在也成为约瑟一家躲避希律王追杀的逃亡地。
直至希律死后，天使又托梦对约瑟说：“要杀害孩子的人已经死了，带着孩子和马利亚回以色列去吧！”约瑟这才决定带上孩子和马利亚，重返故乡。但由于希律的儿子亚基老继位，约瑟一家没回到犹太，而是改道去了加利利的拿撒勒，在那里的一个村落定居下来。
当时的人都知道，基督将出生于犹太的伯利恒。但他怎么会来自加利利的拿撒勒呢？马太的这段记载解答了这一疑难：耶稣确实出生于伯利恒，只是后来又辗转抵达加利利。