但是，清政府派往美国监督留学的官员陈兰彬等，以留学生学运动、学跳舞，不穿长袍马褂而穿西服，不行跪拜礼而行握手礼，甚至于有的学生剪了辫子等，认为“他们纵能学成归国，非特无益于国家，亦且有害于社会”，向清廷建议将留美学生撤回。总理衙门大臣奕虽是要求实行新政的人，他对留学生违背“祖训”却接受不了，便奏请于公元1881年(光绪七年)五月，“将出洋学生一律调回”。留美学生自公元1872年(同治十一年)首批出洋，至公元1881年（光绪七年）撤回，最长者达9年。出国时的12—16岁的少年，归来时已是20多岁的青年。他们在美国虽未完成计划的学业，但都受到西方的教育。这些留学归国的青年，后来逐步成为中国政界、军界、学界、工商界等方面的知名人物和科技骨干，为中国近代建设做出了贡献。据不完全统计：从事行政和外交者24人，其中成为领事、代办者12人，外交次长、公使2人，成为总长者1人，内阁总理1人；加入海军者20人，其中成为海军将领者14人；从事教育者5人，其中成为大学校长者2人；从事实业者30人，其中成为工矿负责人者9人、工程师6人、铁路局长3人等。
洋务求强。曾国藩、李鸿章、左宗棠等在上海、南京、福州相继办起了近代军工厂，多聘请洋员充当技术指导。这就是所谓的“洋务运动”，它包括举办新式军用工业，编练新式军队，加强国防建设等，其宗旨是“求强”与“求富”。奕强调学习“西学”，制造“西器”。他认为，“采西学”、“制洋器”早在清初康熙大帝时就进行过了，如今再搞是发扬光大祖制和传统。
公元1861年(咸丰十一年)十一月，安庆军械所办成，并很快仿制出一批洋枪洋炮。曾国藩集合起湘军军官、幕僚试看演射。后膛枪、开花炮的威力、射程、射速、准确度、杀伤力比起鸟枪、抬枪和土炮的确强多了。湘军和幕僚拍手称赞，曾国藩兴奋不已。
海军建设，主要还是向外国购舰。19世纪70年代，由李鸿章主持向英国购买的军舰有“龙骧”、“虎威”、“飞霆”、“策电”、“镇东”、“镇西”、“镇南”、“镇北”等炮艇。19世纪80年代，德国的军火和造船工业有了突出的发展，李鸿章转向德国订购战舰。
同治三年，清政府才开办大型兵工厂，计有江南制造局、金陵制造局、福州船政局、天津机器局、西安机器局等20余个。而规模大、有典型性的为江南、金陵、福州、天津、汉阳等几个兵工厂。
江南制造总局。是曾国藩与李鸿章共同创办的一个规模最大的军事工业。公元1865年（同治四年），李鸿章委托海关道员丁日昌买下设立在虹口的美商旗记铁工厂，把上海、苏州两个洋炮局搬至上海，成立了大型军事工业制造局。同治六年，曾国藩主张在该厂制造轮船，又在上海海关拨出两成关税，为造船经费之用。此后，工厂逐年扩充，计有洋枪厂、洋炮厂、炮弹厂、火药厂、轮船厂、炼钢厂、子弹厂、水雷厂，并设有学校和翻译馆，其规模较为宏大。同治七年，造船厂造出了第一艘轮船，取名“惠吉”，至中法战争前共制出15艘军舰，最大者为2800吨，小者只有数百吨。
金陵制造局。是公元1865年(同治四年)李鸿章任两江总督时把马格里主持的苏州洋炮局迁到南京雨花台，并加以扩充，更名为金陵制造局，主要制造大炮和弹药。到光绪初年，该厂计有三个机器厂，还有火药、火箭、水雷等工厂，规模也很大。
福州船政局。设于公元1866年(同治五年)，是闽浙总督左宗棠创设的造船厂。该厂所聘洋员分别任监督和副监督。该厂由炼钢厂、船厂和学堂三部分组成。工厂尚未建成，左宗棠便调往西北镇压回民起义，该局由福州船政大臣沈葆桢接办。公元1869年(同治八年)，该局造出第一艘轮船，取名“万年青”，到公元1874年(同治十三年)，共造出轮船15艘。此后外籍工匠全部撤走，由船政学堂的毕业生接管技术工作。到甲午战前，又造轮船20艘。中法战争前制造的轮船质量较差，全为木壳船，直到公元1884年(光绪十年)才能制造铁甲舰，其造船技术一直未见提高，同英、德等国所制的铁甲舰和巡洋舰皆无法相比，中法战争之前所造的军舰多数毁于中法马尾之战中。
江南制造局、金陵制造局、天津机器局皆为李鸿章直接控制，这三个军事工业统称为“北洋三局”。
这些军事工业的出现，引进了先进的科学技术和大机器生产，对吸收西方先进科学技术和科技人才培养，起到了积极的作用。
重修圆明园
同治十二年（1873年）正月，同治帝亲政，时年18岁。他亲政时，诏“恪遵慈训”，就是要遵守圣母的懿旨。他亲政后也办了些事，如在西苑紫光阁会见日本国大使副岛种臣、俄国大使倭良嘎里、美国大使镂斐迪、英国大使威妥玛、法国大使热福理、荷兰国大使费果荪，并接受他们呈递国书。同治亲政只有一年多的时间，他亲自主持经办的一件大事就是重修圆明园。
慈禧退帘后，想到宫外游冶愉悦，回忆起当年的圆明园生活，她懿旨重修圆明园。这是重大的工程，至少要花几千万两白银。九月，同治帝发布上谕：兴修圆明园以为两宫太后居住和皇帝听政之所，让王公以下京内外大小官员量力捐修。恭亲王不好完全拒绝，报效银2万两，指令户部先拨银2万两。拨款之后，朝廷震动。接着百官疏奏，反对重修圆明园。御史沈淮疏请缓修圆明园工程。同治览奏大怒，立即召见沈淮，严词申责。接着御史游百川再上疏谏阻，同治又下谕将游百川革职。经过一段准备，公元1874年（同治十三年）1月，圆明园重修工程正大光明殿、天地一家春（原慈禧住处）等处先后开工。
四月，同治视察圆明园，慈禧亲自看取图样，应修殿宇不下3000余间。七月初六日，发生广东商人李光昭自称“圆明园李监督”，借购修园木料诈骗白银30万两的事件，引起朝臣反对。同治帝仍不理睬，继续其工程。七月十八日，恭亲王奕、大学士文祥等十人（三位亲王郡王、三位御前大臣、三位军机大臣、一位师傅）联衔疏奏，请停止圆明园工程：“宜培养元气，以固根本；不应虚糜帑糈，为此不急之务。”同治帝与十重臣几番面对面地辩论，他明知错误，仍不悔改。当大家一再反对时，同治帝准备发上谕，以十大臣“朋比为奸，谋为不轨”的罪名，宣布将十大臣革职。两宫太后见事情闹大，只好出面调解。其结果是：革十大臣职的上谕没有发布，重修圆明园改为修葺三海。
死因疑案
同治即位时才六岁，而死的那年仅十九岁。这样的一个小皇帝，他是怎么死的？有人说他是嫖妓后得了风流病梅毒而不治身亡；有人认为他是得了清朝人最感到可怕的天花，当时的医学根本治不了这种病；也有人认为他是被慈禧太后害死的。众说纷纭，莫衷一是。
同治得性病说，在同治死后流传颇广，《清朝野史大观》叙述得十分详细。书中说同治帝十分敬爱端庄贞静的阿鲁特皇后，但慈禧太后淫威滥施，同治帝和皇后不能款洽相亲。慈禧特别喜欢侍郎凤秀的女儿，想册立她为皇后。凤秀的女儿人长得很漂亮，但举止特别轻佻，同治帝并不喜欢。慈禧强迫同治帝去爱不想爱的凤秀女儿(后被立为慧妃)，让同治尽失情爱之乐，于是微服出外纵情淫乐，寻花问柳。北京外城的著名妓院中，清朝的官员是常客，同治生怕被臣下撞见，不敢去，只带了一、二个小太监在内城与私窑子中卖淫的女子取乐。当时还有太监在东华门内开烟馆，藏垢纳污，导男引女，供其取乐。侍读王庆祺又进春药，同治纵情享受。
时间一长，就感染了梅毒。开始同治帝自己并没有意识到，但后来病症发到了脸上，继而发到背部。召太医来诊治，太医一看，大惊失色，知道这是淫乱所致，但又不敢说出来，反而去请示慈禧，询问是什么疾病。慈禧下旨道：“恐怕是属于天花。”太医就拿治痘症的药来医治，自然这样的药是不见任何效果的。同治帝得病后内心十分急躁，厉声大骂御医：“我得的不是天花病，为什么要当作天花来治疗？”太医奏道：“这是太后的旨意呀！”同治帝这才不说话，而内心咬牙切齿地发恨。临死前的几天，同治帝的头发全部脱落，下阴部溃烂，发出极其难闻的臭味，据说溃烂处有洞，能看得见腰肾。该书作者悲叹道：“可叹，自古中国之帝王因酒色而致夭亡者不知凡几，然未有死于淫创者，只有法国弗朗西斯一世也患淫创而死，可谓无独有偶矣！”