多尔衮取得山海关大捷后，以吴三桂军为先导，率领八旗军向北京进发。沿途官兵，献城投降，奉表称臣。李自成则于四月二十六日败归北京，四月三十日，匆匆称帝，放火烧毁紫禁城一些宫殿，弃京西走。
五月初二日，多尔衮率领清军，从朝阳门进北京城。多尔衮进紫禁城，临武英殿御政。多尔衮御政中的一件大事，就是定都的问题。睿亲王多尔衮建议迁都北京，但英郡王阿济格表示反对：“初得辽东，不行杀戮，故清人多为辽民所杀。今宜乘此兵威，大肆屠戮，留置诸王，以镇燕都。而大兵则或还守沈阳，或退保山海，可无后患。”多尔衮以太宗皇太极遗言回答了其胞兄：“先皇帝尝言，若得北京，当即徙都，以图进取。况今人心未定，不可弃而东还。”
年方7岁的顺治帝，自然采纳多尔衮迁都的意见。同年十月初一日，顺治帝因皇极殿(今太和殿)被李自成焚毁，便在皇极门(今太和门)张设御幄，颁诏天下，“定鼎燕京”。
祖、父28年奋争未能实现迁鼎燕京，7岁的福临却实现了。他在多尔衮的辅佐下，“入关定鼎，奄有区夏”。所以，福临身后得到的庙号是“世祖”，而他的父亲皇太极的庙号仅是“太宗”。
这一切都来得太突然，甚至于令人来不及思索；这一切又来得太轻易了，让人不能不怀疑这是“天福降临”。
“顺”利“治”国
福临戏剧性地登上了政治舞台，并在这个舞台上活动了18年。这18年，他做了8年傀儡，其间主要是摄政王多尔衮在发号施令；后10年才逐步实现乾纲独断，当上了主角。顺治朝的18年：剃发、易服、圈地、占房、投充、逋逃，是其六大弊政；定鼎北京，保护皇宫；攻占南京，统一中原；废除三饷，兴利除弊；亲善蒙古，治理西藏；惩治贪官，整顿吏治；崇文兴教，倾心汉化，则是其六大功绩。历史学家对这段历史的评价可说是毁誉参半。这位顺治皇帝六岁登基，十四岁亲政，二十四岁去世，打理朝政、主持军国大事十年，政绩颇多。但民间于这位青年皇帝传说较多的却是他与董鄂妃的爱情及其本人消极厌世闹着要出家的故事。其实顺治在政治上是很有作为的。他亲政之初，国内军事、政治、经济各方面都是危机四伏，而这位长期生活在关外的满洲皇帝连汉文的奏章都看不太懂，更不要说学习历代汉家皇帝的治国经验了。但他以皇帝之尊，并未沉溺于享乐，而是极其刻苦地学习汉族文化，天不亮就起床读书，为了背诵一些名篇名著，彻夜不睡。在每日处理大量的军务政务的同时，汲取了大量的文化知识，不断完善他的统治方法和手段。
在军事上，面对全国蜂起的战乱，他广泛听取各方面意见，制定了重抚轻剿的策略，大胆放手地任用汉族降官，不断取得军事上的胜利，稳定了国内局势。在政治上，他整顿吏治、严惩贪官，力求建立廉洁、高效的行政机构。在经济上，他招抚流民，鼓励开荒，免除自明末以来对百姓的种种科派，连各地向皇上进贡土特产品也下令免除，救灾救荒，大力发展生产。
顺治在治理国家方面，清明之举不少，其中比较突出的一条是他能诚心听取下情，容许臣下犯颜直谏，即使提的意见非常尖锐，他也不以为忤。相反，臣下不提意见，他反而不高兴。如此大度的气节，不仅远远超过他的先辈，对其后代也发生着深刻影响。清朝诸帝大多勤政而有作为，能听得不同意见，很少如前代皇帝，一语不合，便把提意见甚至提建议的大臣打个皮开肉绽，直到要了人家脑袋。这里顺治皇帝的表率不能不说对他的后人有着重要的影响。更难得的是，当时的福临，只有十几岁，二十出头，以我们今天许多家庭的条件来看，还不过是个孩子，但那时的福临就能有这般见识，这般作为，实属难能可贵了。
意外死亡之谜
福临在人生的舞台上活动的时间十分短促，24岁时就匆匆谢幕。福临的人生，短暂却绝不平淡，他的亲情，他的爱情，甚至他的死，都让人褒贬不一，一言难尽。
公元1661年(顺治十八年)正月初八，大清帝国第一位入主中原的天子福临告病身亡。其子玄烨即位，就是清圣祖康熙皇帝。
顺治的死因是什么呢？《清史稿》《顺治实录》《清实录》等清官方的史册中，关于顺治之死仅有寥寥数字：“十八年春正月壬子，上不豫。丁巳，崩于养心殿，年二十四。”语焉不详，给人讳莫如深之感。
野史与民间传说最广的说法，是顺治因一代名妓董小宛去世而遁入空门，出家五台山。此乃传说，不足为据。
非官方的史书则说顺治因病而逝。于是清史学者孟森提出了“天花说”。《平圃杂记》对此亦有详细记述：顺治十七年底，福临染上天花，礼部奉旨宣布免去元旦大朝庆贺礼。正月初二，顺治为祈求佛法庇佑，亲自把最宠爱的太监吴良辅送到悯忠寺剃度，作为自己的替身。正月初四，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患病。初五日，宫殿各门所悬的门神、对联全部撤去。接着传谕全国“毋炒豆，毋点灯，毋泼水”，并下令释放所有在牢囚犯，以祈祝皇帝康复。初七日夜，福临死于养心殿。非官方说法，也不足为据。
最近又有一种新的说法：顺治皇帝被郑成功军队炮毙于厦门。
1660年5月，郑成功在南京打了败仗，退守厦门。清朝趁机派大将军达素集中广东、福建、浙江三省兵力攻打厦门郑成功的军队。经过激烈战斗，1661年2月，海门、高崎、钟宅三路清军都被郑成功击退，顺治皇帝正是在这次战役中被炮击身亡。证据为《延平王起义实录》的手抄本。
《廷平王起义实录》是泉州南安的郑成功宗亲郑梦彪从郑氏后人手中得来的。由于手抄本年代久远，内容文字晦涩难懂，郑梦彪将复印件委托郑成功研究专家、厦门郑成功博物馆原副馆长张宗洽进行研究。张宗洽在研究过程中，意外发现了两段直指顺治皇帝死于厦门的惊世之言。
张宗洽先生认为，以往关于顺治死因的种种说法均多可疑之处，因此至今仍是悬案。此次新发现的史料为史学界提供了一个全新的研究方向。经过对几种说法的比较，他本人觉得顺治死因的这一新说更为可信。其中有两段与顺治之死有关的文字：
其一为：“有人密启藩主以高崎之战伪帝顺治实在思明港被炮击没，达素秘密而不敢宣，及京中查无下落，召达素回京，达虏惧罪自杀。至是太子即位，宣顺治于正月崩者，伪虏之伎俩也。藩曰：余亦计之，但当时恍惚未敢再信”。译为今文即：有人密报郑成功，顺治皇帝是在厦门思明港被炮轰而死的，大将军达素不敢公布这一消息，京城中查不到顺治的下落，召达素回京，达素畏罪自杀，后太子即位，宣布顺治驾崩，这是朝廷掩盖的手段，郑成功说：“我也意识到了这点，但当时觉得恍恍惚惚，不敢相信。”
其二为：“初太师在京屡以书谕藩招抚。藩不肯，然虏顺治亦不之罪也。至是顺治崩，执政者与太师有隙，遂对虏太子谏以藩能击崩主父，我皇岂不能杀害其父乎。虏太子纳之，至是新即位而太师遂遇害。”文中所说太师即南明太师郑芝龙降清后，初到北京时，屡次写信劝郑成功投降都以失败告终，但顺治只是将他软禁，没有治罪，顺治死后，辅臣苏克萨与郑芝龙有仇，向太子建议：“郑成功可以用炮击死我们的先皇，皇上难道就不能处死他的父亲吗？”太子采纳了他的意见，即位不久后，郑芝龙就被处死。
此外，除了这两段直证顺治死因的文字：“报伪朝顺治崩，太子即位，是为康熙。藩喜曰，伪朝大丧，且达素新败，虏必无暇南顾矣，我当速取公夷为根本地，然后再图北征。”张宗洽先生认为，这段文字解释了郑成功对攻台时机的选择。
顺治死因新说虽然尚缺乏更多相关史实的证实，但却并非孤证。一些流传在厦门民间的传说可以为其提供佐证。而在没有任何正史记载顺治到过厦门的情况下，厦门民间为何会生出这样的传说，颇值得寻味。
据厦门郑成功纪念馆馆长何丙仲介绍说，他从前听爷爷讲过这样一个民间传说：顺治曾询问五台山的和尚，被告知自己会死在“牛屁股”，顺治大惑不解。后来，郑成功领兵在厦门翁港岸牛家村与清兵对决，一日，部下大将军点燃大炮正要发射，郑成功突然发现对岸有一人头上闪闪发光，当即调转炮位对准发射。谁知那正是顺治皇帝冠上夜明珠发出的光芒，顺治皇帝当场被击中，死于牛家村，应验了五台山和尚的预言。
另一相关的无鳔江鱼的传说在福建民间文学丛书《郑成功的传说》和厦门文化丛书《厦门掌故》中均有记载：俗传，明末清初，郑成功据岛抗清，满清胡帝亲征。郑军沿港岸与之激战，清兵船驶入警篑港，进退无路，成了瓮中之鳖。清帝见状大惊，急命弃船登岸，却被郑成功缺嘴炮击中，当场毙命落水，遂尊此炮“缺嘴将军”。港中鱼因食皇帝肉而形变，厦门俗语：“江仔鱼食皇帝肉，畅快无肚”即从此出。
“顺治被郑军炮毙于厦门”的新说，从情理上推论，这种可能性并非不存在。
其一，顺治皇帝对郑成功，一直是持拉拢态度，希望以招抚平乱。《先王实录校注》记载，顺治曾写信给郑成功，信中批评多尔衮把郑芝龙扣押的行为，并向郑成功道歉。此外，郑成功在南京吃了败仗后，曾派手下外交官蔡政到北京晋见顺治，与朝廷就招抚之事谈判。谈判未果，顺治并不为难，还遣其出京，建议他到江南和地方官员谈谈。
年轻的顺治是位有心作为的皇帝，在朝中施政之所以难以放开手脚，主要是受到以多尔衮为首的一些朝中老臣的压力。在对待郑成功的问题上，顺治和多尔衮意见相左。顺治曾在给郑成功的信中批评多尔衮，而顺治遣蔡政出京后，蔡政遭到朝中实权人士的追杀。顺治皇帝随大军南下亲征，一是可以离开朝廷，充分做主；二是董妃新丧，他借机散散心。
顺治随军征讨郑成功，兵力上是占绝对优势的，而且清军有全国的大后方，郑军仅据一大陆死角死守，胜负似乎一判即明，这也是顺治皇帝敢于随军前往的前提。然而，清军从公元1660年7月开始，至次年春败退，连续数月未能拿下，几乎有些不可思议。一方面由于郑成功用兵有方，另一方面，或许是因为顺治有政治方面的考虑。或者是因为顺治皇帝之死而退兵。
清史对此讳莫如深。在清官方的史籍中，对顺治的日常行为都有详细的记载，比如在(《清史稿？世祖本纪二》中，光是他“幸南苑”的记载就有22次。而涉及死因，却只有“十八年春正月壬子，上不豫。丁巳，崩于养心殿，年二十四。”这样粗疏的记录。由此不难推断，顺治一定是非正常死亡，而且死因一定让清廷很难接受。如果顺治真是因为出天花而死，清史似乎没有太大的隐匿必要，而如果他死于一个前朝流寇手中，而且连个御驾亲征战死沙场的名声都没有，此种死法在清朝看来，绝对是丢脸丢到家了。