陈霸先死时，“内无嫡嗣、外有强敌，宿将皆将兵在外，朝无重臣。”章皇后虽是妇人，也非常明敏，急召侄儿临川王陈蒨入都，秘不发丧。但老皇帝尸身逐渐发臭，中书侍郎蔡景历又怕在宫内做棺材“斤斧之声闻于外”，泄漏消息，便与宫人用蜂蜡做棺材，先把陈霸先尸身密封起来，免得臭味招苍蝇。
侯安都还军时正好与陈蒨相遇，便一起驰还建康。众臣皆推陈蒨为帝，这位临川王“谦让不敢当”；章皇后觉得自己亲生儿子陈昌在长安未归，开始时不肯下令让侄子继位，朝廷上下惶惶不决。最后，还是侯安都在朝会中表态：“今四方未定，何暇及远（来不及等陈昌来继位）！临川王有大功于天下，应共立之！今日之事，后应者斩！”于是，侯大将军按剑上殿，入后宫见章皇后，索取玺书，“又手解（陈）蒨发，推就丧次”，让他以皇储身份发哀举丧。于是，陈蒨就成为陈朝的第二任皇帝。
听闻陈武帝也死，一直秣兵历马的王琳便于560年三月进军栅口，陈将侯?在芜湖屯军，双方相持。西南风起，处于顺风的王琳“自谓得天助，引兵直趣建康”。但侯?等人从芜湖连连出兵，跟随王琳军后，“西南风翻为（侯）?用”。王琳派军士掷火攻陈朝水军，“皆反烧其船”，侯?也使火功，大败王琳，接应王琳的北齐军在西岸“自相蹂践，并陷于芦荻泥沼中”，死伤无数。最后，王琳乘小船突阵逃跑，只与左右亲随及妻妾数十人挣得性命，跑到北齐地面寻求庇护。画虎不成反类犬。假使周瑜地下有灵，非得大大讥骂王琳一番。
打败王琳与北齐联军，不久又破反叛的熊昙朗、周迪等人，陈文帝的帝座算是坐稳了。
陈霸先当皇帝时，屡向西魏乞要儿子陈昌，魏人扣住不放；陈霸先一死，陈蒨继位，西魏居心不良，反而马上放陈昌归建康。由于王琳起兵阻道，陈昌一直被挡在安陆。王琳败后，道路通畅，陈昌便启程返建康，行于半路，陈文帝封其为衡阳郡王。由于自恃是陈霸先嫡子，陈昌对于自己没有及时当上皇帝很生气，给堂兄陈蒨写信，“辞甚不逊”。
陈文帝很不高兴，对侯安都说：“太子快回来了，我得找个地方当藩王去养老。”侯安都明白人，陈文帝又是自己当时力推，马上回答：“自古岂有被代天子！”自告奋勇，侯安都带兵去“迎接”陈昌。
过江时，侯安都挥却陈昌左右，自己与这位“真太子”两人登于船楼顶处“赏景”，没说几句，侯大将军就掏出绳子把陈昌双手捆缚，以布塞口，头朝下扔入江中淹死。然后，侯大将军带自己人换船，凿漏了陈昌座船，遍杀陈昌从人以灭口。诸事办完，侯安都上表，宣称陈昌渡江时遭遇“事故”，船坏被淹死。
陈昌之死，看似可怜，从历史角度看，此人也是活该。北周宇文氏奸狡，总爱挑拨别人骨肉相残从中取利。萧纪与萧绎相争，宇文氏得巴蜀；萧?与萧绎相斗，宇文氏得江陵。陈昌身经数事，按理应该从大义出发，拒不返江南也好，或低调返江南作一藩王也好。他如此气势汹汹回去与堂兄争位，假如被一些人拥戴，陈朝内乱必起，宇文氏又可趁间得利，灭亡建康汉文明最后一脉。由此观之，正是陈昌的“愚而不仁”，也怪不得陈文帝的“躁而不义”。
陈昌丧柩至建康，陈文帝假装悲痛，“亲出临哭”，把堂弟风光大葬。葬礼毕，立封侯安都为清远公。
杀掉堂弟，但亲弟陈琐还在长安，陈文帝便以割地为条件，以土换人，西魏终于把陈琐“归还”给陈文帝。这位文帝亲弟一回来，便授侍中、中书监、中卫将军，以安成王的尊位统摄文武大政。天道好还，陈文帝死后，正是这位皇帝亲弟陈琐废掉了陈文帝的儿子，自己坐上帝位。
陈文帝天嘉四年（公元563年）六月，陈蒨又除掉了对他有拥戴大功的司空侯安都。
侯安都，家成师，始兴曲江人，数世为郡里大姓。自陈霸先岭南起兵，侯安都就拥兵相从，“攻蔡路养，破李迁仕，克平侯景，并力战有功。”尤其是攻杀王僧辩，侯安都作为先锋将、先锋兵，单身一人被人扔过石头城女墙，确实独胆英雄。如此一个赳赳武夫，“工隶书，能鼓琴，涉猎书传，为五言诗，亦颇清靡”，文武全才，世所罕有。而后，侯安都又率兵屡破北齐军，生擒数员北齐大将，并协助周文育擒斩梁宗室萧勃。沌口一战，虽败于王琳，侯安都又能虎口脱脸，威名未堕。陈霸先死后，推陈文帝继位，杀掉碍事的陈昌，又进败王琳、留异，于陈文帝而言，侯安都怎么说也是第一功臣。所以，投桃报李，陈文帝荣显侯安都一家老小，其父陈文捍病死，文帝在建康予其风光大葬；侯安都小儿子侯秘才九岁，就被授为始兴内史，副省级干部。
由于功勋卓著，又“有恩”于陈文帝，侯安都慢慢“膨胀”起来，多次招聚文武之士，“或射驭驰骋，或命以赋诗，第其高下，以差次赏赐之”，完全就是个曹操大丞相陈朝版。而且，其部下将帅仗着侯安都势力，多违法乱纪，朝廷查处，纷纷逃入侯安都处躲避，廷尉也不敢抓人。“世祖（陈蒨）性严察，深衔之。”侯安都恃功自傲，无所收敛，“日益骄横”，连给皇帝的书奏也不依格式，批公文一样随开随启，想写什么就写什么。
最过份的一次，陈文帝在皇宫宴饮重臣，侯安都酒酣兴起，箕坐斜靠，大声问陈文帝：“现在您与作临川王时候比感觉如何？”陈文帝愠怒，假装没听见，不答。侯安都不识趣，连问好几次。陈文帝强按怒气，回答说：“为帝虽是天命，也多亏明公之力。”侯安都闻言大笑。
大宴毕，侯安都借着酒劲，又向皇帝说要借用御用帐饮器具，转天想把全家老小都带来也摆他数桌欢饮一次。“世祖虽许其请，甚不怿。”果然，侯安都第一天满载妻妾家小，自己坐在御座上，其文武宾客坐在群臣位上，“称觞上寿”。陈文帝闻报，更是杀心顿起。
其实，侯安都也就是恃功骄傲，倚老卖老，没有任何不臣之心或篡位的企图。重云殿大火，他自己亲率甲士带甲仗剑入卫，指挥救火，对于老陈家尤其是陈文帝一直忠勇不贰，但这种带兵入宫之举更使陈文帝“甚恶之”，认定他有谋篡之心。中书舍人蔡景历（为陈武帝做大蜡棺材那位爷）揣知上意，便密奏侯安都要谋反。陈文帝便下诏征侯安都为江州刺史，征南大将军，令他从京口还建康受命。
侯安都没什么戒备，率大批文武从官入城。陈文帝亲自在嘉德殿“私宴”侯安都，刚喝一杯酒，卫士冲入，把侯大将军五花大绑捆了起来。同时，御林军又尽夺侯安都属下将校的兵杖和兵权。转天，陈文帝“赐死”侯安都，时年四十四。
虽下诏称侯安都“骄暴滋甚、密怀异图”要谋反，陈文帝也觉亏心，未忍对侯家加以连坐族诛，“宥其妻口家小，葬以士礼”。估计缢死侯安都之前，陈文帝与他也见过面，两人哭诉谈心，侯安都才明悟“功高不赏”的古训，可见，功高权重，根本就不是什么好事。侯安都并非是那种只知打打杀杀的粗蛮武将，知书达理，竟也不知韬晦之计，没事总让皇帝下不了台，身死家存，还算不幸中的万幸。陈霸先有知人之明，登基之际，品评诸将，就曾这样说过侯安都：“侯郎傲狠而无厌，轻佻而肆志，并非全身之道。”此言果验！
陈文帝在位七年，于天康元年（公元566年）四月崩殂，谥曰文皇帝，庙号世祖。史称，陈文帝“起自艰难，知百姓疾苦。国家资用，务从俭约……妙识真伪，下不容奸，人知自励矣。”观其在位所为，确实是个不差的皇帝。