公元495年，孝文帝太和十九年七月，拓跋宏又亲下诏令：“今欲断诸北语，一从正音。其年三十已上，习性已久，可以允许延缓；三十已下，久在朝延之人，禁止讲解卑语。如果触犯，当作降黜。”不久，又下切诏：“不得语北俗之语于朝廷，违者免所居官。”
很快，北魏又依据《汉志》改革度量衡。年底，孝文帝又废除了北魏长久以来以贸易货的交换方式，下令铸造太和五铢钱，并诏令公私使用。
建成金镛宫后，孝文帝又在洛阳立国子监、太学、四门小学。
太和二十年正月（公元496年2月），孝文帝又做出令人吃惊的举动，他颁布诏书，以为“魏之先出于皇帝，以土德王。夫土者，黄中之色，万物之元也。拓跋氏改姓元氏。”
不仅改皇族拓跋氏为元氏，对于鲜卑贵臣大姓，北魏孝文帝也下诏改姓：拔拔氏为长孙氏，达奚氏为奚氏，乙旃氏为叔孙氏，丘穆陵氏为穆氏，步六孤氏为陆氏，贺赖氏为贺氏，独孤氏为刘氏，贺楼氏为楼氏，勿忸于氏为于氏，尉迟氏为尉氏，“其余所改，不可胜记”。
为了使汉化改革更加彻底，孝文帝又“以范阳卢敏，清河崔宗伯、荥阳郑羲、太原王琼四姓，衣冠所推，咸纳其女以充后宫”，并下诏“定诸州士族，多所升降”，品定鲜卑族的穆、陆、贺、刘、楼、于、嵇、尉八姓为与汉族四大姓相仿的鲜卑大姓。
当然，孝文帝也有矫枉过正之嫌。咸阳王元禧娶隶户女为妻，孝文帝“下诏切责”，并命令他的六个弟弟重新纳娶正室夫人，“前者所纳，可为妾媵”。好好的鲜卑贵族女孩，一下子因为此道“命令”而成了小老婆。至此，六王分别娶汉族大姓的女儿为正妻。
其间，还有一个小插曲：孝文帝与大臣廷议，有人诏议薛氏为河东茂族，孝文帝表示不同意，“薛氏，蜀姓，岂可入郡姓！”正巧，当时担任宫廷执勤任务的羽林监薛宗起正在殿门，听孝文帝如此说，便气呼呼从殿门处直入中堂，入禀道：“臣之先人，汉末仕蜀。二世之后，复归河东，至今已有六世，非蜀人也！今事陛下于北土，难道以后就是虏姓了吗！”言毕，年少气盛的将军把手中铁戟摔在当庭，不顾而出。
孝文帝也笑了。他忙派人召薛宗起回殿，说，“爱卿你说你薛家不是蜀姓就罢了，奈何又挤兑朕为胡虏呢！”于是宣布薛姓为河东郡姓，还鼓励说，“爱卿名宗起，实为起宗啊。”可见，孝文帝不乏大度、幽默和宽容，少了汉族皇帝的忌刻和阴毒。
太武帝时，崔浩想“大整流品，明辩姓族，”得罪了不少鲜卑权贵，并最终导致他数族被诛；如今，鲜卑帝王自上而下进行汉化，竟然能一举成功。
当然，孝文帝的“门阀主义”并非得到广泛支持，汉族重臣李冲等人都坚决反对，他们纷纷以“贤才主义”为宗旨，站在士人立场上抵制门阀主义矫枉过正的形式化。但是，中华之事，有时要达至成功，往往需要“矫枉过正”才能行得通。凡事皆有利有弊，孝文帝大兴门阀，胡汉高门倒是一泯界限，北朝的“寒人”阶层除有武功外，再无寸进之阶。因此，武人阶层乐于见天下“有事”。原先的六镇鲜卑将士逐渐丧失了“国人”崇高的地位，见摒于“清流”之外，最终揭竿而起，给北魏皇权造成了致命的重击。
孝文帝迁都、改姓等等举措，一直以来并没有遇到根本性的抵制和反抗，但他的太子元恂却“以身作则”，首先有惊人之举。太子元恂“体素肥大，苦河南地热，常思北归。”孝文帝赏赐他堂皇汉制朝服，太子元恂之在上朝时穿穿装样子，一回东宫就又换上“胡服”。中庶子高道悦为东宫官属，常常苦谏，劝他别惹父亲不高兴，这位十四岁的大胖孩子不仅不领情，内心十分仇恨跟前这位唠唠叨叨的大儒。其实，所有这些表现，不过是青春期的逆返心理。放在常人身上也罢，但身为太子，一举一动就是天大的事情。
公元496年十月的一个晚上，孝文帝外出，太子元恂与左右密满，召牧马轻骑，率众想逃离洛阳，夜奔平城。临行，他竟手刃高道悦，亲自刺死苦口婆心的属官。
察见宫内乱起，同为宗室的禁军首领元俨立刻守住皇宫及洛阳各个城门。，元恂毕竟羽翼未丰，东窜西窜，跑到半夜也没能跑出去。尚书陆琇得知消息，连夜疾驰，奔告孝文帝。
孝文帝“大骇”，又不敢声张，仍旧继续既定行程，到达目的地后才不紧不慢地还宫。回洛阳后，孝文帝立刻把元恂逮至御前，亲手用大棒教地。气急之下，他又令其弟咸阳王元禧代自己猛揍这个忤逆之子，“扶曳而出，不起者月余。”喘定后，孝文帝马上于清徽堂召开群臣，议废太子。
太子太傅穆亮、少保李冲都是太子名义上的保傅，“并免冠稽首而谢，”表示自己有训导无方的责任。孝文帝并未迁怒于人，表示：“卿所之谢者，私也；我所议者，国也。古人有言，大义灭亲。今元恂违反背尊，欲跨据恒朔谋逆。天下未有无君之国，此小儿今日不灭，乃是国家大祸。”于是，废元恂为庶人，拘于洛阳，“以兵守之，服食所供，粗免饥寒而已。”这位太子身陷囹圄，颇知咎悔，常常一卷佛经在手，很是归心向善。但是，生于天家，有些过错绝对犯不得。一年后，孝文帝巡视代地，中尉李彪上奏说太子又与左右谋逆。已经对元恂大感寒心的孝文帝不问真伪，派兄弟元禧携诏书毒酒，于河阳监所赐死元恂，时年十五，“以粗棺常服”，随便找个地方在当地埋掉。更可惜的是，他母亲白死了，儿子并没有当成皇帝。
除此以外，鲜卑勋贵穆秦、陆睿又等人也不喜南伐迁都汉化之举，想拥立宗室阳平王元颐，最终都为孝文帝镇压，并未造成太大的事端和动荡。
北魏孝文帝汉化，还有不少细微之处，诸如改定官制，一洗昔日杂乱无章的鲜卑旧制，非常系统地统一了内外文武官员的职号；又改定律令，废除残忍的轘首、腰斩等酷刑，除去了从前北魏族诛连座甚众的酷法，显示出孝文德的仁德大度。
北魏孝文帝初期（其实是在文明冯太后掌权时期），还有一项非常重要的举措，即均田制。太和九年（公元485年），北魏频布均田法。法律规定：男子十五岁以上，国家授给露田（不载树木的田）四十亩；女子二十亩。此外，还授男子桑田二十亩，需对每家课种桑五十株，枣树五株，榆树三颗。不适合种桑树的地方，男子授麻田四十方，女子五亩。均田法还规定，桑田可留给农民作“世业”，死后可以不归还国家，其余土地，身死时要还回给国家。因此，这些举措限制了农民的自由迁徙，保障了北魏的租调来源。均田会制定的严密，充分照顾到田地的肥瘦、远近、宽窄等诸多因素，同时，又辅以“三长制”，强化了地方组织，搜括荫户，最终使北魏均田制的实施顺利而到位，“课有常准，赋而恒分”,不仅对当时中国北方的农业恢复起到了重要作用，而且从根本上改变了鲜卑国家的经济结构，使得农业逐渐占据了绝对重要的地位，加速了鲜卑王朝脱离奴隶制的过程。