南怀瑾先生首先从民间信仰的角度分析。因长时间战乱，生命也无保障，悲观厌世的情绪充斥着人们的心灵。正当此时佛教思想涌入。生前身后，善恶业力，促成三世因果的报应，与天界地狱间六道轮回的言论，十分契合传统神祗的信仰，使人们找到了命运的寄托，相信今时不幸原是前生业力所造。因此在乱离的世局中，人人信仰佛可得身心的自慰。于是很快传遍了佛教的观念得到传播。
从士大夫阶层来看，自东汉“党锢之祸”以来，受政治和社会风气的影响，汉初儒家传统的学说不能使人满足和信服。魏晋以来，知识分子的士大夫们，都纷纷寻觅思想的新方向，追求命运的象征之学，进入探索哲学的范围，并以旷达思想，崇尚个人自由，逃入玄谈的领域。他们所宗奉《易经》、《老子》、《庄子》所谓“三玄”之学的思想，也正是在这个时候，同佛教传入的“般若性空”学说相遭遇，因此一拍即合，更是变本加厉地形成了遁世而逃入佛法的风气，尤以士大夫阶层——所谓知识分子的名士为烈。
南怀瑾先生进一步指出，正是基于上述两点才使得佛教在中国普遍地传布开展，不过真正使佛教在中国奠定基础的，还是北朝石勒时代的印度名僧佛图澄，和姚秦时代的鸠摩罗什，以及中国名僧道安、慧远、僧肇等数人的力量。经过他们的努力，佛教在中国文化中树立了不拔的根基。
魏晋南北朝时期的佛教
与其说南北朝的文化思想，是玄学的时期，毋宁说是宗教文化思想的时期来得恰当。在梁武帝和北魏武帝时代，印度佛教的教外别传，禅宗第二十八代祖师菩提达摩由海道到达广东，东来中国，与梁武帝一度对话不合，便渡江而北，隐居在嵩山的少林寺，面壁九年，这便是禅宗传入中国的开始。
——《中国佛教发展史略》
魏晋以来，时局纷扰，传统儒学名教解体，名士避世弃儒，老庄的“以无为本”思想蔚然成风，因其立意渺玄，故称“玄学”或“清谈”。当时佛教“般若性空”之学非常契合这一派的“贵无”思想，又有学通儒道，博学多识的道安大师及弟子慧远等，有系统地融合、开展，由此玄谈名士莫不以“般若性空”来充实自己的学识，或增加清谈的资本，佛教也因此深入士大夫阶层而迅速传播开来。
西晋时代，佛教活动仍然以译经为主，竺法护为当时的代表，为鸠摩罗什之前最著名的翻译家。所译经典有《光赞般若经》、《维摩诘经》、《宝积经》、《涅槃经》、《正法华经》等，对大乘佛教的传播影响很大。其中，《正法华经》的著译使观音信仰普及于民间。
西晋末叶，北方五胡十六国纷乱，晋室偏安江左，称为“东晋”。于是中国分治南北二区。北方胡族受到佛教的影响，也大力提倡佛教。例如后赵时期，以佛图澄开启佛教的弘传最为重要。
佛教传入中国后，总体来看，那些译经、讲说、传教和造寺等活动，基本上没有国家力量的介入，而是靠信徒们自身的力量而进行的。佛图澄第一个成功地规劝皇帝石勒、石虎信奉佛法，支持佛教的发展，使佛教受到国家的保护。
佛图澄，本姓帛，西域龟兹人。九岁于乌苌国出家，两度到罽宾学法。能诵经数十万言，善解文义。因此与人辩论时，都能以与汉文化思想相符合的准确意义而使人折服。由于他精深的佛学修养，西域人士都称他是“得道”之士。
佛图澄来华的时间是晋怀帝永嘉四年（310），这一年他来到洛阳，已近八十岁了。在此之前，他曾在佛教盛行的敦煌停留过，到洛阳后，他想建造寺庙，但因匈奴人刘曜（后为前赵国王）攻洛阳，只能作罢，于是“潜泽草野，以观事变”。
两年后，石勒（羯族，山西上党人，后击败刘曜成为后赵国王）屯兵掳掠，大肆杀戮，以此立威，僧人遇害者也很多。佛图澄出于对众生的同情和关怀，决心制止石勒的屠杀行为，以佛法感化石勒。于是他手持锡杖来到石勒兵营门前，通过石勒的一位大将军郭黑略（又作郭默略）的关系见到石勒。郭黑略平生也好佛法，因此，佛图澄向他授五戒，收他为徒。郭黑略后来随石勒出征，总能预知胜负，石勒很惊奇，想不到他会有这样的出众之谋，就问其原因。郭黑略就引荐佛图澄，说石将军天挺神武，有神灵相助，有一位沙门预言将军必能拥有华夏。此前的预测只是这位沙门所言。此沙门就是佛图澄。
石勒立即召见佛图澄，问道：佛道有何灵验？佛图澄一听，就知道石勒对佛法不懂，正好用那些法术来使他看到佛法的灵验而生信。传说佛图澄专好异术，善于诵咒语。他将麻油与胭脂调和后涂在手掌上，掌心就会现影千里之外的事情。他拿一个盆盛满水，烧香念咒，不一会儿，盆中现青莲花，闪闪发光。石勒由此信服佛法，但这实际上是被佛图澄的魔术所摄服，并没有涉及对佛理的了解。佛图澄在此基础上，又向石勒宣说佛教的因果报应理论，劝善弃恶。据说由于佛图澄的劝善，劝石勒少杀戮，当时本来要受屠戮的十之八九都被免死，太原一带，不论是汉人还是少数民族，信佛的顿时增多。石勒也把佛图澄作为机要参谋，凡有大事，必定要征询佛图澄的意见，佛图澄也积极参与其中。石勒得以生擒刘曜，就是采纳了佛图澄的意见。
石勒称帝后，对佛图澄更加敬重，称他为大和尚，甚至把自己的孩子都交给佛图澄在寺中抚养，每年四月初八，石勒都要到寺里去灌佛，对佛教大力支持。
南怀瑾先生对此分析说，每逢时衰世乱，人心颓丧的结果，不是倾向现实，追求奢靡的生活，便是逃避现实，追慕高远的境界。魏晋南北朝时代的中国，由于政治局势的动荡不安，社会风气的颓丧，无处不在地刺激人心而使之走向积极或消极的道路。印度名僧佛图澄慈悲教化后赵石勒，除了宣扬教理以外，唯一特点就是曾显示了许多神通，不但使石勒信仰而减少杀机，同时也使很多人相率信服不已。并且他又传授佛学的修证方法，提倡安般守意（安静、调息、守意入定）的禅定法门，使人们在相信佛教学理之外，又有确实修持方法可循，与中国道家的养生方术，可谓相得益彰，而有异曲同工之妙。后来他的中国弟子道安法师，又是学问博洽，兼通世务，德重当时的学者，而中国佛教净土宗的开山祖师慧远大师，也是他的得意弟子之一。
净土信仰源于古印度。古印度盛行有关人生是苦的基本观念，从而寄希望于脱离现实的娑婆世界，往生超越的净土世界。在中国出现的净土崇拜，大致曾分为弥勒净土和弥陀净土两种，弥勒净土信仰由道安首创，一时盛行于北魏，梁齐间还有所闻，不久即衰。弥陀净土信仰一般认为始于东晋慧远。净土宗，因专修往生阿弥陀佛净土法门而得名。因中国第一代祖师慧远邀约当时名士陶渊明、刘遗民等在庐山建立莲社提倡往生净土，故又名莲宗，白莲社，或“远公白莲社”。
慧远大师在庐山对佛教理论进行了深入研究，他主张佛性之说，认为佛的精神实体是不变的，是永恒存在的，人们应该把达到这一境界作为奋斗目标。佛教徒称佛学是内学，把儒、玄叫做外道。而慧远不仅精研佛学，而且兼通经学和玄学，一身兼儒、佛、玄三家。他认为儒、佛、玄三家作为统治思想来讲，立场基本上是一致的，所以主张“内（佛）外（儒、玄）之道，可合而明”，并以佛学为主，以儒玄为辅，达到会之有宗（佛），百家（儒、玄）同致的目的。
对于促成庐山白莲社净土宗的原因，在南怀瑾先生看来大致可归结为两点：其一是因时代的大势所趋。魏晋以来，自由旷达之风影响社会人心，由颓丧而变成放浪，以致政治更加紊乱，社会更难安定，逃世思想日益增盛，以陶渊明、谢灵运为代表的士大夫阶层所受影响尤烈。刘遗民应邀入山的回信中就有“晋室无盘石之固，物情有垒卵之危”的感伤词句，当时名士遁世逃佛的心情可见一斑。慧远大师以悲天悯人的胸襟，邀约当世知交名士，遁迹山林，也是当时必然的趋势。其二是因养生方术的选择。
两汉、魏晋以来，除了思想上的玄学以外，方士养生之说也大行其道，炼丹药以求神仙长生不老之术的风气也普遍存在。通晓老庄之术的慧远法师认为这些不是究竟方法，于是返求诸己，归到一心。他深通佛学性空的般若之理，学术上又是名匠佛图澄和道安法师的嫡派，深知求得实证的困难，便提倡精神超越升华的念佛法门，可概括上中下三种器识的修持。即使此生不了，也可使灵魂得到超脱的境界。这一修行方法因其简便易行，故自中唐以后广泛流行。宋明以后与禅宗融合，其它如律宗、天台宗、华严宗等，也都兼修念佛法门。由于净土宗的创立，使佛教在中国，确定了宗教的精神和形式，而且直到现在，一句“阿弥陀佛”，已变成中国社会的流行口语，所谓“家家阿弥陀”、“户户观世音”的说法，一直流传至今。
北方佛教到了后秦，由于鸠摩罗什东入长安（401），而更加昌盛。罗什在后秦姚兴的护持下大兴译经事业，南北俊秀仰止云集，门生弟子三千，其中以道生、僧肇、僧叡、道融最为杰出，称为“什门四杰”。罗什的成就，不仅在所译经论的内容上第一次有系统地介绍了根据般若经类而成立的大乘性空缘起之学，而且在翻译文体上也一变过去朴拙的古风，开始运用达意的译法，使中土诵习者易于接受理解，而为义学方面开辟了广阔的园地。罗什对翻译事业有高度的责任感，特别是传译富有文学趣味的大乘佛典如《法华》、《维摩》、《大智度》等经论，使他感到翻译上兼顾信与达的困难。因此，他的译籍在力求不失原意之外，更注意保存原本的语趣。他既博览印度古典，对梵文极有根柢，又因留华日久，对汉文也有相当的素养。同时他对文学还具有高度的欣赏力和表达力。由于具备了这些条件，故能创造出一种读起来使人觉得具有外来语与华语调和之美的文体。
南怀瑾先生认为，姚秦时代鸠摩罗什经西域来中国，大事翻译佛经，弘扬般若佛学，这是沟通中印文化思想，开展佛教文化的最大关键。他的出家弟子中，如僧睿、僧肇辈，都是当时中国的博学才子，他们师弟之间的学问和风度，影响于南北朝的学术界至深，最为当世所仰慕。尤其是僧肇著的《肇论》，融合老庄的思想，倡“般若无知论”，“涅槃无名论”等，为中国哲学思想史和文学史开创了千古的奇局和不朽的名作。在罗什以前的佛教传播，大多靠神通来显化，到罗什东来的时期，才使佛教哲学，与儒、道两家分庭抗礼，变成中国文化学术的一派巨流，以后才有儒、释、道三家之学，构成中国文化全貌的总体称谓。因罗什东来的影响，出家为僧尼的人数增加，品类不齐，颇多竽滥，才使姚秦政府，设立僧正职位的僧官，专门管理僧众。以后便因袭成隋唐以下的历代僧官制度，犹如现代的宗教司。
佛教的鼎盛时期
因玄奘大师唯识法相的弘扬，使印度后期佛教哲学，和大小乘的经典，在中国得以广泛传播。同时因法藏（贤首）大师建立华严宗，使佛教更为兴盛。随天台宗以后，复因华严宗的观点，对全部佛教教理，有更进一层的分判。接着道宣法师极力兴起律宗，佛教戒律的确立，和中国佛教的规范，便从此奠定，基础稳固。随之而来，三论、俱舍、成实等佛教宗派，也欣欣向荣，争放奇葩，各自发扬它的门庭学系，形成中国佛教的十宗教派。
——《中国佛教发展史略》
公元581年，杨坚于北方灭北周而建立隋朝，589年南下灭陈，中国复归统一。当历史由南北朝步入隋唐之时，中国佛教也进入了最辉煌的时期。
隋朝统一中国以后，佛教也综合南北体系，形成了划一的特色。隋文帝生于佛寺，养于佛寺，称帝后大力提倡佛教，广建寺庙，并颁诏保护佛教。隋炀帝也笃好佛教，在扬州时，设“千僧斋”，并请陈朝高僧智顗大师为其授菩萨戒，智顗给他一个“总持菩萨”的法号。即位后，隋炀帝令天下州郡行道千日，总度千僧，亲制愿文，自称菩萨戒弟子，在扬州造弘善寺，使江苏地区的佛教有所恢复。这一时期，智顗大师正式创建了中国最早的佛教宗派——天台宗。由于它形成于浙江天台山，故得名。天台宗的教义主要依据《法华经》，因而也称法华宗。南怀瑾先生认为天台宗以“禅那”的“止观”为佛教实证的方法，用三种止观的体系，统摄全部佛学教理，开始分科判教，对佛学传承，作系统的批判整理。智顗大师著有《摩诃止观》一书，应是中国佛教第一部佛学导论或概论的巨著。按佛教的说法，其理论也来源于大乘空宗一系。天台宗的教义以“止观并重”、“定慧双修”为最高要求，这也是智顗完成南北佛教统一任务的具体表现。智顗“一念三千”学说，是对其止观理论的进一步发挥。