所谓界系之“界”，就是三界九地，指欲界，五趣地；色界，离生喜乐地、定生喜乐地、离喜妙乐地、舍念清净地；无色界，空无边处地、识无边处地、无所有处地、非非想处地；都是有漏界的分类。“系”，系缚，系属义。被哪一界地烦恼所系缚而属于哪一界地。换言之，就是有漏诸法界系的法，不是无漏诸法非系的法。关于哪些有漏的法，分别属于哪一界地者，所以名“界系分别”。但初能变和第三能变不另立此门，因为第三能变能具三性，不一定属于哪一界地，所以不另立一门；至于初能变不特别立一门者，因果相中，异熟果正显这界地，就是第八识为三界五趣总报的果体，系属于受生界的东西。
随所生所系，正为末那识的界系。所生，第八识所受生的处所，这识现行（现行，唯所生所系之一地现起；种子，则遍通于三界），必随着趣生体的第八识受生之处，所以界系全同八识。例如，第八识生在欲界地，此识也就随着系缚于欲界地；乃至第八识受生在有顶地，此识也随属于有顶地。此识恒缘自地第八识为我而恒起我执，故系属于第八识，为第八识所生地的烦恼所系缚。
八、起灭分位门
第七识降伏断灭烦恼的位次，共有三位：一是阿罗汉位，二是无定位，三是出世道位。
出世道者，是指无漏智。世间名有漏，出世间名无漏；道，就是观智，正指根本智和后得的无漏智现行时。此识烦恼任运微细，任何有漏智不能伏灭；唯三乘无漏圣道的观智，才能伏灭。就是把“生我执”反于“生空智”；“法我执”反于“法空智”。生空的根本、后得二智现行时，生执伏灭；法空的二智现前时，伏灭法执。伏灭生执，二乘在见道以上，顿悟菩萨初地以上，渐悟菩萨在回心以后的生空无漏位。伏灭法执，是顿悟渐悟菩萨初地以上的法空无漏位。但有法执的时候，不必定有生执，有生执时，必定有法执。因先迷体而后迷用，生执必依法执而起。二空智则反此，有生空智，不必带有法空智；但法空智必定带有生空智；就是了体，必不会迷于用。
灭定者，是灭尽定，或名灭受想定。圣者厌劳虑粗动之识，依于止息想的作意，入于无心定。此定是生空智或法空智的等流果，最寂静的无漏定，所以不是染污的末那识。
以上两位单是伏灭了染污末那的现行，是此识暂时伏灭位。
阿罗汉是三乘无学果，是此识永灭的位。末那识的烦恼是俱生烦恼，非见道所能断；然是染污的烦恼，不是非所断，是应断的法。
又有依其修行阶段之浅深，而在末那识中立三位，称为末那三位：
1.补特伽罗我见相应位，为末那识缘第八阿赖耶识而起人我见之位。如凡夫、二乘之有学、七地以前之菩萨等有漏心位。
2.法我见相应位，为未那识缘第八异熟识起法我见之位。此乃凡夫、二乘及未得法空智果之菩萨位而言。
3.平等智相应位，乃起平等性智之位，即菩萨以法空观入见道，又于修道位起法空智果及佛果。
三位之中，前二位属于有漏位，第三位则属无漏之位。
以上大约以八段十门明二能变末那识的体义。然在《成唯识论》卷五载，末那识之存在，所引用《入楞伽经》、《解脱经》二种教说及六种道理证明之，此谓“二教六理”。二教：即（1）《入楞伽经》卷九谓，思量之性，名意。（2）《解脱经》谓，染污意恒时与诸惑俱生灭。六理：（1）不共无证明，谓第六识之作用虽有间断，凡夫不共无明，则恒无间断而相续，故须有末那识。（2）六二缘证，前五识以前五根为所依，以前五境为所缘，第六意识亦须有末那识作为其所依之意根。（3）意名证，末那识名意，因系恒审思量，故末那识必须恒存。（4）二定差别证，圣者所入之灭尽定与外道所入之无想定有所区别，因灭尽定无末那识，而无想定有末那识之存在。（5）无想有染证，修无想定而生之无想天，虽无第六意识，但仍有我执，故须有末那识。（6）有情我不成证，凡夫行布施善等，不会成为无漏，无法脱离我执，乃因有末那识之故。
（第五节） 第三能变
第三能变即了境能变，全称为了别境能变，即指眼、耳、鼻、舌、身、意等前六识。此六识具有明白了别显著之对象（如色、声等）之作用，故称了别境能变。第七、第八识则无显著对象之作用。唯佛之前六识对于如“真如”般之对象（细境）亦能加以了别。解释这第三能变，有七段九义。
一、能变差别门
前六识为何有六种差别呢？是不共所依之根，有眼、耳、鼻、舌、身、意六种差别；所缘之境有色、声、香、味、触、法六种差别；依根缘境的能依能缘之识体，也有六种上差别。故六识的得名，有随根得名和随境得名两种：
1.随根得名：随所依之根，立能依识之名。就是随所依的眼、耳、鼻、舌、身、意的六根。眼是照了义，耳是能闻义，鼻是能嗅义，舌是能尝义，身是积聚依止义，这是肉体有形器官；依于这五根而起作用心性的前五识，便予以眼识乃至身识的名称。意，是第七识，若说不共所依而起的识，那就是第六识，所以予以意识之名。随所依而立名，有依、发、属、助、如五义：（1）依义者，依根处所，识依而住故，和用根之力以缘境故。如第六识之根虽无形，但识也住在这无形根中，用以缘境。（2）发义者，识是根所发。例如根变异的时候，末那识之作用或明或昧，近视眼的人，因变异故，识用暗昧也。即如第六识之根来讲，第七识在有漏时，第六识相缚不得解脱，第七识无漏时，第六识也必定无漏。（3）属义者，识的种子，恒属于根的种子。根是异于外境，恒相续故，是以识能随逐于根；因随逐故，得随根发也。（4）助义者，以识须合于根，而有领受之处，因此识有损益时，根也有损益。例如眼识见太阳的时候，则损于眼根；第六识成无漏时，第七识也将有损坏而无漏也。（5）如义者，是识如于根的意思。如眼根等是有情数，故眼识等也变成为有情数也。六七两识也是如此，第六识亦如第七识，只是内法所摄。有以上五种意义之故，随所依的根而立此识名。然而，前五识虽也依意根，因不是不共依，故不名为意识，而且第七、八两识虽也为其所依，因是相续之识，故是当体立名；第六识是间断识故，如前五识随所依的根而立识名。
2.随境得名：随所缘的境界而立能缘的识名。所缘之境，即是色、香、声、味、触、法六境；色是可见义，乃至法是执持义。这个被了别的名境，对于此境，生起了别作用的心性，因为各别不同，故亦名为色识乃至法识。
以上虽有二种的得名，以随根得名通于自在位（所谓自在者，若至第八地菩萨以上之位，即可以五根互用；依着五识的自根，遍缘五境。例如眼识依着眼根，不但独缘色境，其余的四境亦是缘的），随境得名还不能通于自在位（若随所缘立名，则有色识乃至身识的五种区别），故诸论多因其通一切位而具义，从随根得名而为眼识乃至意识。
六识中，前五识依次依五根为所依，以五境为所缘，俱依色根，同缘色境，且皆缘现在，现量境，皆有间断。这五方面前五识相同，总称“前五识”。第六意识遍缘一切有为无为诸法，思惟了别，有四种差别，即：明了意识、定中意识、独散意识、梦中意识。
二、自性行相门
所谓“自性”者，于识体四分中，正当于自证分；所谓“行相”者，即是能缘作用的见分。因体用相异，故分为二门；但以义相近，文合一段，而《唯识三十颂》云：“了境为性相。”
所谓“了境为性”，是显这个识的自性；所谓“了境为相”，是说这个识的行相。“了境”是了别粗显之境的意思，此六识依六根而了别色、声、香、味、触、法的各自粗相显著的境界。这个以境为自性，同时也是行相。其实，了境是识体的作用；至于见分行相，虽不可说了为境性，但因识体是无形的东西，难以指示。当有了境作用时，即可显示这个识体，故说为“了境为性”；了别那粗境的粗了别，是六个识体的作用，则名“了境为相”了。而这“了境为相”，亦兼显此六种识的别名；即是特将此六种予以识名，故此即有粗境了别的意义。
三、三性分别门
六识通善、恶、无记三性。因为六识皆可起善念、恶念及不善不恶之念，若与信等善心所相应，发善心，行善事，即善性摄；若与贪、嗔、痴烦恼心所相应，作恶多端，即恶性摄；若与遍行、别境，不相应行法相应，则是无记性摄。其中第六意识是作意分之识，故自成三性。前五识是任运生起之识，其成善成染，必须由第六识的引导，而成善恶无记，所以前六识皆通三性。然而，六识的三性，是同时并起呢？还是各别而起呢？这在《成唯识论》中，有俱起、不俱起的两说：
1.三性不俱转说：因前五识不是一刹那俱生，三性如何可以同时而起？六个识同缘外境，不同的三性，如何可以同时并起？而且，若是五识的三性同时而转，则意识也应该同时转三性，为什么呢？以五识若是由善变染的时候，必定由于意识的引导；于同一识中，同时有善、不善的两种不同之性并起，岂是正理！故六识不能异性俱时而起。然而，《瑜伽师地论》等说，“藏识一时，与转识相应，三性俱起”，是就多念而说的。
2.三性俱转说：以五识是多刹那相续，又是俱生，故三性可以俱转。凡心缘境，而多刹那相续的时候，须经过五位的次序，这就是所谓的“五心”。五心是率尔、寻求、决定、染净、等流五种。率尔具名“率尔堕心”，若所缘之境现前的时候，能缘之心，即率尔堕入所缘的境中。于缘境的初刹那，对于此缘之境为欲知道是何境界，乃生起希望寻求之心，这叫做“寻求心”。对于寻求的境界知道之后，即能决定了解，这就叫做“决定心”。能决定了解对于所缘的境之后，对于怨亲违顺等境界生起染污（不善、有覆）清净之心，这个即叫“染净心”。此染净心相续的时候，即叫等流心（关于五心的意义，可参阅《大乘法苑义林章》）。而前五识的染净，必定由于意识的引导（故意识的染净心虽是一刹那，而五识的染净心是多刹那）。
四、相应门
具时、依、缘、事的四义，即是此识的相应。此门所明，仍是分析心所法，而心所中之“受”有别的意义，要有特别辨明的必要，故开受为一门，故有的学者列有“三受俱起门”。与六识恒转的心所共有五十一位，分为六位；若就体分别而言，前五识与五遍行、五别境、十一善及根本烦恼之贪嗔痴三者、八个大随烦恼、二个中随烦恼，共三十四个心所相应；而第六识，则与一切心所相应。
此六识转变生起而有间断，苦、乐、舍三受互起故，因此三受皆相应。于顺境起乐受，于违情境起苦受，于中之容境生舍受，故《唯识三十颂》云：“皆三受相应。”但三受与六识的相应，有俱转不俱转义，这与三性的俱转不俱转是同出一辙的。
1.三受不俱转义：前六识是同缘外境的，既是同缘外境，则相违的三受不能并起；而且五俱意识与五识所缘是同，五识若是三受俱转，则同缘的意识，有三受俱转之失。故三受不能俱转。
2.三受俱转义：如前所述，六识可以领纳顺境违境及中容境，所以三受可以俱时转起。第六识不是定和五识相同，若只偏注于顺违的一境时，即起苦乐之受；若不偏注于一境时，则和舍受相应。所以《瑜伽师地论》说：“藏识一时，与诸识相应，三受俱起。”
五、所依门
心心所的生起，必定以因缘依、增上缘依、等无间缘依的三种为所依。前六识的生起，皆以第八识为根本所依止。在这三依里，说因缘依及增上缘依中之共依，即以种子的赖耶为亲因缘而始有前六识的现行；换言之，就是由第八识中的生果的功能，即各自的种子而生起前六识，是六识的因缘依，前五识以五根为不共依。五根若受现行的第八识执受着，则前五识可以说是以现行的第八识为所依，这个根本依的意思，即是共依。第六识也以第七识为所依，第七识若以现行的第八识为不共依，则第六识可以说以第八识为根本共依。这个增上依，即是俱有依之意。
六、俱不俱转门
俱，即俱时转；不俱，即不俱时转。即是论说第三能变的六识现行的时候，这六个识是互相同时并起，或是不并起的义门。在《唯识三十论疏》卷七中说到六识俱转门，虽然是说六识，但实际上这一门只说前五识。盖第六识，无论于前五识起多或是一的地方，必定与其俱转，故没有特论的必要了。若至第七段起灭分位门，唯就第六识的起灭来说明，前五识的起灭就不说了。这前五识的俱转不俱转，则起灭自明，故第六、第七的两段，通说六识的俱转不俱转，亦可以说是共明六识的起灭。
前五识的现起，必须依靠内外多缘方得生起。内缘即第八识中所具有的五识的种子，此种子是五识生起的亲因缘。外缘即：（1）空，空隙距离。（2）明，有光明。（3）根，新依根。（4）境，即新缘境。（5）作意，心要警觉注意。（6）根本依，即现行第八识。（7）染净依，即第七识。（8）分别依，即第六识。（9）种子依，即第八识的种子。故前五识待多缘后，方得现起，所以有生缘的具足与不具。为便于学者熟习牢记，故有《八识缘颂》云：
眼识九缘生，耳识唯从八；
鼻舌身三七，后三五四三；
若加等无间，从头各增一。
又有《九缘颂》如下：
根境空光明，作意分别依；
染净根本依，最后种子依。
每个识照它的缘而生，不可缺一，有缘具足而生，否则不生。如波涛一样，依风缘而起。故《唯识三十颂》云：
依止根本识，五识随缘现；
或俱或不俱，如波涛依水。
七、起灭分位门
起即转变生起，灭即不生起。前五识的具缘不具缘即是起灭的分位。
《唯识三十颂》云：“意识常现起，除生无想天，及无心二定，睡眠与闷绝。”意识，指的是第六意识，乃是对于五识随缘现而说的。前五识是因：（1）寻伺不相应，故不能思虑；（2）由于他缘所引此识始能生起，自己是不能生的；（3）唯外门转，即对外界时方可生起，故生起的时候，必须凭借多缘；因多缘故，所以具缘很难，以是现行的时候少，不现行的时候多。但是，第六意识则不然：（1）因寻伺相应，故自己可以思虑；（2）不由他引而自己可以生起；（3）内外门转，即对外界的五境，也可以缘；对于内界的心法理性等，也可以缘；故借缘因之也减少。因借缘减少，而具缘亦易，六识因此恒时现行，故对前五位说为“常现起”。六识虽说常现起，但遇违缘的时候，则不能生起，故有间断，这即是无心的五位。违缘即：无想天、无想定、灭尽定、极睡眠、极闷绝，因这五无心位，故意识不得现起。除五位外，一切时意识常现起。因为此识有间断，所以与恒时转的七、八两识不同。
无想天，是色界第四禅的广果天中最胜依处，若生到此天，在五百大劫中，于行住坐卧之间，不起心法。外道即计此谓是真的涅槃。这是因为外道遍计，以想心所为生死之因，故厌离此心所；因欲出离想故，乃修无想定而生无想天。其实乃是“不恒行”心灭，并非涅槃。即前六识的心心所，虽然都灭掉，而在加行位中，独厌离想心，故叫无想天，或叫做无想事、无想果。在无想天中，第八识及染污第七识，虽是相续生起；但第六意识只是初生与退没的二时有，于中间五百大劫中，前六识是不生起的，感此果报的叫无想定。修这个定的时候，有微微的心所熏习，这即先是和厌心所俱行的思心所种子的不动业，感广果天总报的第八识。初生此天的时候，虽暂且从第八识生起异熟无记的第六识；但因依着无心的无想定力之故，那异熟第六识遂灭，在五百大劫中成为无心，把这个无心之间，叫做无想天的别报。因此六识都没有分位，故假立为不相应法中的一种。