乙未丙申之间，蹙蹙无所就，侍朝为之筹划甚至。（《庚辛亡友传》）
朱筠弟子李威去年始自福建入京，今年始见先生。后作《从游记》，有云：“及门章学诚议论如涌泉，先生（指朱筠）乐与之语。学诚姗笑无弟子礼，见者愕然，先生反为之破颜，不以为异。藉者，借也。”（《笥河文集》首）
先生三十九岁。
困居北京，援例授国子监典籍。（《庚辛亡友传》）
秋，因朱筠、朱棻元、张方理之介绍，访梁梦善于蠡县，周震荣于曲阳。时震荣以清苑县丞，署曲阳县事，始与先生结深交（《庚辛亡友传》、《朱府君墓碑》、《周筤谷别传》。《内藤谱》，曲阳作永清，误。可参看卷七，庶几先王之志焉者，《周府君墓志铭》）。其后先生屡馆畿辅，至于携家自随，中历悲欢离合，且有死丧疾厄患难之遭，震荣与休戚周旋于其间者，一十二年。（《周别传》）
震荣是年即调永清知县。（《周筤谷五十屏风题辞》）
清帝命史馆立《贰臣传》。（《东华录》）
先生四十岁。
春，因周震荣之介，主讲定州之定武书院。既萃诸生而课以文，复授州之秀童以小学而榷其塾师之日课。诸童颇用斐然。（《书孙氏母子贞孝》、《庚辛亡友传》、《与定武书院诸及门书》）
周震荣延先生主修《永清县志》（《周筤谷别传》、《周府君墓志铭》）。先生以五月去定州，至永清。（《与定武书院诸及门书》、《庚辛亡友传》、《周府君墓志铭》、《周筤谷题辞》）
秋初入京应顺天乡试。主考官山阴梁国治（瑶峰）恶经生墨守经义，束书不观，乃发策博问条贯，杂以史事，以觇宿抱。榜发，先生中式，谒梁。梁曰：“余闱中得子文，深契于心。自成一家。启弥封，知出吾乡，讶素不知子名。询乡官同考者，皆云不知。闻子久客京师，将恐大地不足容架阁矣。”君抚膺叹绝，乃能韬晦如是！”（《庚辛亡友传》、《梁文定公年谱书后》、《张公墓志铭》、《周府君墓志铭》、《国朝耆献类征》、《梁国治传》）
先生前此尝七应乡试，凡三中（兼副榜），一荐，一备，二落。（《与汪龙庄简》）
洪亮吉《北江诗集》有赠先生诗，当是此年所作。
自君居京华，令我懒作文。我前喜放笔，大致固不淳。君时陈六艺，为我斧与斤。不善辄削除，善者为我存。仪真有汪中，此事立绝伦。藐视六合间，高论无一人。前者数百言，并致洪与孙。勖其肆才力，无徒嗜梁陈。我时感生言，一一以质君。君托左耳聋，高语亦不闻。（原注：君与汪论最不合。）君于文体严，汪于文体真。笔力或不如，识趣固各臻。别君居三年，作文无百幅。以此厚怨君，别为风气，君闻当瞪目。是其研索之苦，而投卷于公卿间者，多易其诗赋举子艺业而为名物考订与夫声音文字之标：盖骎骎乎移风俗矣。
五月二十七日，戴震卒于北京，年五十五岁。戴震为当日朴学第一大师；清代朴学至戴氏而始大成；至戴氏诸弟子——段玉裁、王念孙等——而始光大。先生对于戴氏，虽时有贬辞，但他确能赏识戴学的好处，先生作《朱陆篇》，即为戴氏而作的。《朱陆篇》云：
……宋儒有朱陆，千古不可合之同异，亦千古不可无之同异也。末流无识，争相诟詈，与夫勉为解纷，调停两可，皆多事也。然谓朱子偏于道问学，故为陆氏之学者，攻朱氏之近于支离；谓陆氏之偏于尊德性，故为朱氏之学者，攻陆氏之流于虚无：各以所畸重者争其门户，是亦人情之常也。但既自承为朱氏之授受而攻陆王，必且博学多闻，通经服古，则河汉矣。
余尝语君：“史学不求家法，若西山、鹤山、东发、伯厚诸公之勤业，然后充其所见，当以空言德性为虚无也。今攻陆王之学者，不出博洽之儒，而出荒俚无稽之学究，则其所攻与其所业相反也。问其何为不学问，则曰支离也。诘其何为守专陋，则曰性命也！是攻陆王者，未尝得朱之近似，即伪陆王以攻真陆王也。是亦可谓不自度矣。
荀子曰，辨生于末学。朱陆本不同，又况后学之哓哓乎？但门户既分，则欲攻朱者必窃陆王之形似，欲攻陆王者必窃朱子之形似。朱之形似必繁密，陆王形似必空灵，一定之理也。而自来门户之交攻，俱是专己守残，束书不观，而高谈性天之流也。则自命陆王以攻朱者固伪陆王，学士侈于闻见之富，即自命朱氏以攻陆王者亦伪陆王，不得号为伪朱也。同一门户，而陆王有伪，朱无伪者，空言易而实学难也。……
《跋甲乙剩稿》自评云：“甲午乙未，各自成家，江南修志而复入都门，学识方长而文笔亦纵横能达，然不免有意矜张也。”
陆王之攻朱，足以相成而不足以相病。
《周书昌别传》云：
余……乙未入都，……（书昌，与桐）二君者皆以博洽贯通，为时推许。伪陆王之自谓学朱而奉朱，朱学之忧也。盖性命事功合而为一，朱子之学也。求一贯于多学而识，而约礼于博文，是本末之兼该也。诸经解义不能无得失，训诂考订不能无疏舛，是何伤于大体哉？……
末流失其本。朱子之流别，以为优于陆王矣。然则承朱氏之俎豆，必无失者乎？曰，奚为而无也。今人有薄朱氏之学者，即朱氏之数传而后起者也。其与朱氏为难，学百倍于陆王之末流，思更深于朱门之从学；充其所极，朱子不免先贤之畏后生矣。然究其承学，实自朱子数传之后起也，不过千年，其人亦不自知也。……朱子求一贯于多学而识，寓约礼于博文：其事繁而密，其功实而难；虽朱子之所求，未敢必谓无失也。然沿其学者，一传而为勉斋、九峰（黄幹，蔡沈），再传而为西山（真德秀）、鹤山（魏了翁）、东发（黄震）、厚斋（王应麟），三传而为仁山（金履祥）、白云（许谦），四传而为潜溪（宋濂）、义乌（王祎），五传而为宁人（顾炎武）、百诗（阎若璩），则皆服古通经，学求其是，而非专己守残空言性命之流也。……生乎今世，因闻宁人、百诗之风，上溯古今作述，有以心知其意：此则通经服古之绪，又嗣其音矣。无如其人慧过于识而气荡乎志，反为朱子诟病焉，则亦忘其所自矣。夫实学求是，惟冀有当于《春秋》经世，与空谈性天不同科也。考古易差，解经易失，如天象之难以一端尽也。历象之学，后人必胜前人，势使然也。因后人之密而贬羲和，不知即羲和之遗法也。今承朱氏数传之后，所见出于前人，不知即是前人之遗绪，是以后历而贬羲和也。……攻陆王者出伪陆王，其学猥陋，不足为陆王病也。贬朱者之即出朱学，其力深沉，不以源流互质，言行交推；世有好学而无真识者，鲜不从风而靡矣。
周永年以藉书名园，藏书近十万卷，中多精本。
古人著于竹帛，皆其宜于口耳之言也。……今之黠者则不然：以其所长有以动天下之知者矣，知其所短不可以欺也，则似有不屑焉。徙泽之蛇，且以小者神君焉。其遇有可以知而不必且为知者，则略其所长，则贪奇嗜琐，以为未可与言也；而又饰所短，以为无所不能也。雷电以神之，鬼神以幽之，键箧以固之，标识以示之，于是前无古人而后无来者矣。天下知者少，而不必且为知者之多也，……故以笔信知者，而以舌愚不必深知者。……其人于朱子盖已饮水而忘源；及笔之于书，仅有微辞隐见耳，未敢居然斥之也。此其所以不见恶于真知者也。而不必深知者，习闻口舌之间肆然排诋而无忌惮，以为是人而有是言，则朱子真不可以不斥也。故趋其风者，未有不以攻朱为能事也。非有恶于朱也，惧其不类于是人，即不得为通人也。
先生晚年复作《书朱陆篇后》，明言此篇为戴氏而作。此篇前半论戴学为朱学的正传，真是特识，欲以斯意刊定前史，非研究学术渊源有所得者不能为此言。先生不满意于戴氏，凡有数端。第一，戴氏论修志，与先生不合。先生述戴氏语，有谓“僧僚不可列之人类，因取旧志名僧入于古迹”。此言若确，戴氏真该骂了。第二，先生述戴氏论古文，谓“古文可以无学而能，余生平不解为古文词，后忽欲为之而不知其道，乃取古人之文反复思之，忘寝食者数日。一夕忽有所悟。余因与桐往见书昌于藉书之园。翼日取所欲为文者（适按，者字当删），振笔而书，不假思索而成，其文即远出《左》、《国》、《史》、《汉》之上”。此言若确，当是戴氏天才本高，自述其经验如此。（今观段玉裁所作《戴氏年谱》，似戴氏实曾用过古文的功。先生所引，襞之勤，或有不实。）但先生是用过苦功学古文的，故疑戴氏自欺欺人。第三，最重要的是戴氏攻击朱子，先生述其口谈有云：“自戴氏出而朱子侥幸为世所宗已五百年，其运亦当渐替。”先生是维持“宋学”的人，故对于此事最不满意。先生说：“至今徽、歙之间自命通经服古之流，不薄朱子则不得为通人；而诽圣谤贤，毫无顾忌。流风大可惧也。”先生于此等处仍有“卫道”的成见，或尚含有好胜忌名的态度。
但先生对于戴震的学问，确有卓绝的了解。如《书后》云：
凡戴君所学，深通训诂，究于名物制度而得其所以然，将以明道也。时人方贵博雅考订，见其训诂名物有合时好，以为戴之绝诣在此。及戴著《论性》、《原善》诸篇，于天人理气实有发先人所未发，时人则谓空说义理，可以无作。是固不知戴学者矣。
此与先生平日论学宗旨一致。先生平日深恨当时学者误把“功力”看作“学问”，见了“学问”反不认识，讲求史学，反以为不如“功力”，故他能为戴氏抱不平。
是年先生有《与李讷斋太守论碑刻书》、《与定武书院诸及门书》。
是年先生不时回京。冬，始识罗有高（台山）。周意在流通，颇似今之图书馆。（《庚辛亡友传》）
先生四十一岁。
春初，冯廷丞以失察江西文字狱得罪，逮刑部，旋被赦出。先生自永清入京，时往看他。罗有高亦时过冯君。是时京师讲梵学者，周永年最为渊奥而独深契有高。有高貌清癯，又持长斋不肉食。先生因诘有高：“佛氏言人死为羊，羊死为人。信乎君所食者，来生则反报乎？”曰：“然。”先生曰：“然则贫欲求富，但当杀掠豪贾；贱欲求贵，但须劫刺尊官：来生反报，必得富贵身矣。”有高不能难，而甚惜先生不信其言。冯氏诸友与有高言议往往甚洽，先生每杂以谐戏，则哄笑而罢。（《庚辛亡友传》、《冯瑶罂别传》、《东华录》）
先生旋成进士。归部待铨（《庚辛亡友传》）。自以迂疏，不敢入仕。（《冯瑶罂别传》、《柯先生传》）（题名碑于先生名下注：“浙江会稽县人”，而先生之父镳下注：“顺天大兴县人”。盖先生以国子监生资格应北闱，故籍贯不改。）
先生挚友之同年者，无取方圆求备，周棨（晴坡）、张维祺（吉甫）、凌世御（书巢）。（《庚辛亡友传周跋》、《凌书巢哀辞》）
六月，朱筠五十岁生日，先生有《屏风题辞》，述朱氏论文之旨，谓“有意于文，未有能至焉者；不为难易而惟其是，庶几古人辞达之义矣。……而其要乃在于闻道。
即此时之事。不于道而于文，将有求一言之是而不可得者。”
五月，返永清，续修《永清志》。周震荣待先生甚优，先生自述修志时事云：“丁酉戊戌之间，君馆余修《永清志》。以族志多所挂漏，官绅采访，非略则扰，因具车从，橐笔载酒，请余周历县境侵游，以尽委备。……得唐宋辽金刻画一十余通，咸著于录。又以妇人无阃外事，为功良不可少。然观止矣！至若前人所谓决断去取，而贞节孝烈录于方志，文多雷同，观者无所兴感，则访其见存者，安车迎至馆中，俾自述其生平。其不愿至者，或走访其家，以礼相见，引端究绪，其间悲欢情乐，殆于人心如面之不同也。前后接见五十余人，余皆详为之传，其文随人更易，不复为方志公家之言。”（《周筤谷别传》、《庚辛亡友传》）
是年，先生之母史孺人卒。（《朱笥河集·祭史孺人文》、《冯瑶罂别传》、《庚辛亡友传》）
先生为作《藉书园书目叙》，言周君“尝患学之不明由于书之不备，书之不备由于聚之无方，故弃产营书，久而始萃”。末云：“群书既萃，扩四部而通之，更为部次条别，申明家学，使求其书可即类以明学，由流而溯源，斯则周君之有志而未逮者也。”观此文，可知先生此时心思所注。
父母遗柩，后皆归葬会稽之棲凫。（《丁巳岁暮书怀》、《章氏家谱》）
是年正月，作《章氏二女小传》，二女皆从兄允功之女，次女所嫁非人，抑郁而死。先生作传，但知日务增华，深致不平，对于择婿问题颇致感慨。
周震荣次其先世谱牒，尝商榷体例于先生。（《周松岩先生家传》）
馆永清时，间从周震荣入都。震荣置酒行馆，招致一时同人若王念孙、邵晋涵、任大椿、周永年、顾九苞、吴兰庭、刘台拱（端临）、史致光（余邨）、章廷枫（晓河）与先生等，宴会极欢。（《庚辛亡友传》）
先生四十二岁。
遇危疾。（《周筤谷别传》）
是年七月，《永清志》成。（《与李讷斋太守书》、《庚辛亡友传》及其周震荣跋。于是四方才略之士挟策来京师者，莫不斐然有天禄石渠句坟抉索之思，即王伯厚氏之所为考逸搜遗。）（先生有《又与周永清论文》书，中云：“永清撰志，去今十二年，和州则十八年矣。”据此，知《永清志》大概成于《和州志》六年之后。）
是年著有《校雠通义》四卷（《跋酉冬戌春志余草》）。此书原稿，后两年游古大梁时遇盗失去，前三卷幸有朋友抄存本，其第四卷竟不可复得。（同上）
《永清志序例》十五篇，今载《文史通义》外篇二。《永清志》较《和州志》颇不同，今列表如下：
《和州志》 《永清志》
皇言纪 皇言纪
□ 恩泽纪
官师表 职官表
选举表 选举表
氏族表 士族表
舆地图 舆地图
建置图 建置图
营汛图 □
水利图 水道图
冬初，趋省从女于涿州，仲冬再往，则女已死。（《章氏二女小传》）
田赋书
（中间尚有四书，名佚） 六书（礼，吏，户，遗籍秘册荟萃都下，兵，工，刑。）
艺文书
政略 政略
列传 列传
阙访 阙访
前志 前志
文征 文征
《永清志》凡六体，共二十五篇。《文征》五卷，计：
《奏议》，《征实》，《论说》，《诗赋》，《金石》，各一卷（据刘刻本。通行本则无金石一卷）。
《校雠通义》今存三卷，共十八篇。中多有极重要的见解，往往与《文史通义》互相发明。例如《原道篇》说古代“官守学业皆出于一，私门无著述文字”；又说“六艺非孔氏之书，乃周官之旧典也”：这都是《文史通义》的重要观念，但此略而彼详耳。他极力推崇刘向、刘歆父子，故有《宗刘》之篇。他论校书之法，很多可注意的：一、互著（重复互注）。二、别裁（裁其篇章，别出门类，如《管子》中之《弟子职》入小学）。三、辨嫌名（一书数名者，必当历注互名于卷帙之下；一人而有多字号者，非马端临氏之所为整齐类比，亦当历注其字号于姓名之下）。四、采辑补缀（辑佚书）。五、书掌于官（平日责成州县官考求是正，著为录籍，略如人户之有版图）。六、广储副本备雠正。时议咸谓前史榛芜莫甚于元人三史，而措功则《宋史》尤难，君遂慨然自任。七、有所更定，必载原文。八、著录残逸。九、藏书。此外，他还有一条极重要的意见：
窃以典籍浩繁，闻见有限；在博雅者且不能悉究无遗，况其下乎？校雠之先，宜尽取四库之藏，中外之籍，择其中之人名地名官阶书目，凡一切有名可治有数可稽者，略仿《佩文韵府》之例，悉编为韵；乃于本韵之下，注明原书出处及先后篇第；自一见再见，以至数千百，皆详注之；藏之馆中，以为群书之总类。至校书之时，遇有疑似之处，即名而求其编韵，自四库征书，因韵而检其本书，参互错综，即可得其至是。此则渊博之儒穷毕生年力而不可究殚者，今即中才校勘可坐收于几席之间，非校雠之良法欤？
此即今所谓“索引”之法，后来汪辉祖的《史姓韵编》与阮元等的《经籍纂诂》，都是这一类的书。
七月，先生访周震荣于顺义役次。震荣置酒高会，出《永清志》示坐客。张维祺、周争聘先生修志，不得，遂各就所治成书。（《庚辛之间亡友传》，周震荣跋。但原文“辛丑”系“己亥”之误。）
秋后，馆座师梁国治家，课其子仲将读。（《庚辛亡友传》，及周震荣跋，《上梁相公书》，《周筤谷别传》。）
先生四十三岁。
仍馆梁国治家。冬，辞馆，岁事殊窘。（《庚辛亡友传》）
第三女殇。（《丁巳岁暮书怀》诗注）
先生四十四岁