民国元年，在君在上海南洋中学教了一年书。他在这一年中，用生物演进的观点写了一部很好的“动物学教科书”。他的扬子江、芜湖以下的地质调查，好像也是这时期调查的。这一年，他把他的四弟文渊带到上海。文渊那时十四岁，“没有进过学校，没有学过英文，无法考入上海的中学，只好进了当年同济的附属德文中学。”文渊的自述如此（见他的《文江二哥教训我的故事》，香港《热风》半月刊二十二期，1954，8月1日），使我们回想，如果在君当年没有被龙知县救援出来，他的一生事业也许会被埋没在那个风气闭塞的泰兴县里了。
民国二年的二月，在君到北京，做工商部矿政司的地质科科长。那时张轶欧先生做矿政司司长，他是一位有远见的人，认识地质学的重要，在君和章鸿钊、翁文灏，都是他先后邀到工商部去的。张轶欧的计划是要筹办一个中国地质调查所。但当时中国缺乏地质学的人才，一般人士对于地质学的重要，毫无认识。当时北京大学因为地质一门招不到学生，竟把原有的地质门停办了！
在君说：“我这一科里有一个佥事，两个科员，都不是学地质的。‘科’是一个办公文的机关，我的一科根本没有公文可办。我屡次要求旅行，部里都说没有旅费。只有两次应商人的请求，由商人供给旅费，〔我〕曾做过短期的调查。”地质科科长没有旅行调查的经费，当然没有开办地质调查所的希望了。
在君对于中国地质学的第一步贡献是在训练地质学的人才。他利用了北京大学停办地质门的机会，把北京大学地质门原有的图书标本借了过来，由工商部开办一个地质研究班，后来称为地质研究所。他把北京大学原有的一个德国教授梭尔格（Solger）请来帮忙。后来翁文灏先生从比国回来，就在地质研究所做主任教授。民国三年以后，在君自己担任教古生物学。“这是中国人第一次教古生物学。”
翁先生说地质研究所时代的丁在君的教学法：
他（在君）竭力主张注重实地观察。他以为平常习惯由一个教授带领许多学生在一学期内做一次或两次旅行，教授匆忙的走，学生不识不知的跟，如此做法决不能造成真正地质人才。他以为要使学生能独立工作，必须给他们许多机会，分成小组，自成工作。教授的责任尤在指出应解决的问题，与审定学生们所用的方法与所得的结果。他不但如此主张，而且以身作则，有很多次率领学生认真工作。他的习惯是登山必到峰顶，移动必须步行。……
在君先生的实地工作，不但是不辞劳苦，而且是最有方法。调查地质的人，一手拿锥打石，一手用指南针与倾斜仪以定方向，测角度，而且往往须自行测量地形，绘制地图。这种方法，他都一丝不苟的实行，而且教导后辈青年也尽心学习。
这个地质研究所是民国三年开办的，民国五年毕业。毕业的学生就在地质调查所担任各地的调查工作。其中成绩最好的人，逐渐被挑选送到国外去留学。中国地质学界的许多领袖人才，如谢家荣、王竹泉、叶良辅、李捷、谭锡畴、朱庭祜、李学清诸先生，都是地质研究所出来的。
地质研究所在民国五年以后，仍由北京大学收回，重办理科的地质学系。当时在君同北大校长蔡元培先生商定，北大恢复地质学系，担任造就地质人才的工作，地质调查所专做调查研究的工作，可以随时吸收北京大学地质系的毕业生，使他们有深造的机会。
因为这种渊源关系，在君对于北京大学的地质学系总是很关切的。北大恢复地质学系之后，初期毕业生到地质调查所去找工作，在君亲自考试他们。考试的结果使他大不满意。那时候，他已同我很熟了，他就带了考试的成绩单来看我。他说：“适之，你们的地质系是我们地质调查所的青年人才的来源，所以我特别关心。前天北大地质系的几个毕业生来找工作，我亲自给他们一个很简单的考试，每人分到十种岩石，要他们辨认。结果是没有一个人及格的！你看这张成绩表！”
我看那表上果然每人有许多零分。我问他想怎么办。他说：“我来是想同你商量：我们同去看蔡先生，请他老人家看看这张成绩单。我要他知道北大的地质系办的怎样糟。你想他不会怪我干预北大的事吗？”我说：“蔡先生一定很欢迎你的批评，决不会怪你。”
后来我们同去看蔡先生，蔡先生听了在君批评地质系的话，也看了那张有许多零分的成绩单，他不但不生气，还很虚心的请在君指教他怎样整顿改良的方法。那一席谈话的结果，有两件事是我记得的。第一是请李四光先生来北大地质系任教授。第二是北大与地质调查所合聘美国古生物学大家葛利普先生（Amadeus William Grabau， 1870—1946）到中国来领导古生物学，一面在北大教古生物学，一面主持地质调查所的古生物学研究工作。
这是民国九年（1920）的事。
葛利普先生不但果然来了，并且在中国住了二十六年，他死在中国，就葬在北大的地质馆的大门前。葛先生来中国主持古生物学的教授与研究是中国地质学史上一件大事。在君自己曾略述葛先生的事迹：
葛利普先生是德国种的美国人。他的祖父和父亲都是牧师，他却极端反对神秘宗教。他原在哥仑比亚大学当了十六年的教授，到1917年美国加入了欧战，各大学纷纷的发生反德运动，他遂被革了职出来。1920年他到中国来任北京大学地质系的教授，兼地质调查所的古生物主任。他不但是工作极勤而且是热心教育青年的人。当北京大学屡次索薪罢课的时候，他总把地质系的学生叫到他家里去上课。他因为风湿病的原故，两腿不能走动，手指也都肿胀，然而他的工作比任何人要多。（《苏俄旅行记》一，《独立》第一○一期）
在君死后，他的北大助教高振西曾指出葛利普先生教育出来的古生物学人才之多。他说：
今日之中国古生物学家，如孙云铸、杨钟健、斯行健、黄汲清、张席禔、乐森、田奇俊、朱森、陈旭、许杰、计荣森等，直接为葛先生之高足，而间接为丁先生之所培植。“（高振西译葛利普的《丁文江先生与中国科学之发展》，注三。《独立》第一八八期，页二二）
八 民国初年的旅行——太行山与山西铁矿——云南与四川
民国二年十月，南通张季直先生（謇）到北京就农商部总长之职（原有的工商部和农林部合并为农商部）。他是提倡当时所谓“棉铁政策”的。他的次长是武进刘厚生先生（垣），也是实业家，又是矿政司司长张轶欧早年在南洋公学时的国文教员。轶欧极力向这两位新首长陈说设立中国地质调查所的重要。据厚生先生的记载，他做次长只做了三个月。三年一月底就因母丧回南了，但地质调查所的开办费经常费的预算都已提出国务会议通过了，他还“依照张轶欧的计划，用种种方法筹到五万元一笔款子，作为地质调查所的开办经费”。他说，他虽然没有见过丁文江的面——因为他到山西调查矿产去了——但张轶欧已推荐他做地质调查所所长。厚生先生并且在临走之前，郑重的嘱托张季直先生注意这个地质调查所，不可被人破坏。
在这个时候，在君和德国地质学者梭尔格（Solger）正在太行山里旅行。在君十一月十三日到井陉矿务局的总机关所在地冈头村，与梭尔格会合。他们先在冈头同做了三天的调查研究，然后决定分工的计划，梭尔格调查凤凰岭以北，在君调查凤凰岭以南。他们把井陉一带的地形和地质调查明白了，于十一月二十六日会同从井陉步行到娘子关。因为下大雪了，他们改坐火车到太原，在太原住了两天，十一月三十日到阳泉。他们花了八天工夫，调查正太铁路附近的地层次序，煤铁的价值。然后他们决定梭尔格担任测绘铁路以北的地图，东到太行山边，西到寿阳，北到盂县；在君担任测绘铁路以南的地质图，东到太行山边，西到煤系以上的地层，南到昔阳的南境。
在君的路线是：十二月九日离开阳泉，经过义井、南天门，到平定；由平定上冠山，经宋家庄、锁簧、谷头、立壁，东上到浮山；从浮山南坡下来，到昔阳。又从昔阳顺南河，到柴岭，东南到蒙山，东北到凤凰山，然后北上风火岭，到张庄；再经马房、立壁、西郊、东沟、白羊墅，于十二月二十三日回到阳泉。
在君自己说：
我初次在北方过冬，御寒的衣具本来不完备，而这两星期中，早上出门的时候，温度平均在零度以下八度，最低的时候到零度以下十八度。上浮山遇着大雪，上蒙山遇着大风——在蒙山顶上十二点的时候温度还在零度以下十度，所以很苦。但是这是我第一次在中国做测量工作，兴趣很好。回想起来，还是苦少乐多。
他的游记的一部分——不太专门的一部分——见于他的《漫游散记》第六、七、八章（《独立》第十三，十四，十六期）。他这一次调查旅行的记录有三个最重要之点：第一是他指出“太行山”一个名词应该有新的地理学上的定义：那从河南的济源、沁阳，到河北的阜平，山脉是南北行的，那才是真正的太行山。从阜平起，山脉转向东北，绕到北平的北面，再向东连到山海关，这一段地质的构造极其复杂，与太行山本身不同，应该叫做燕山。他附带的指出，太行山的“八陉”，根本没有道理。其中军都陉（即居庸关）、飞狐陉、蒲阴陉（即紫荆关），都在燕山，而不在太行山；而穿过太行山的路没有一条比得上井陉的重要。
第二点是他指出，中国传统地理学把山脉当做大水的分水岭，是与事实不符的。例如唐河、滹沱河、漳河，“都从山西穿过太行，流到河北”。又如棉水、沾水，也都穿过太行。在君说：“可见得这些水道都与现在的地形有点冲突。研究这种水道的成因，是地文学上极有趣味的问题。”
第三点是，他的调查报告是中国地质学者第一次详细的证实山西的“平定、昔阳的铁矿不容易用新法开采，所以没有多大的价值”。德国的地质学家李希霍芬男爵（Baron Ferdinand von Richthofen，1833—1905）在太平天国乱后来游历中国，回去后发表了三大册的报告，其中说到“山西真是世界煤铁最丰富的地方：照现时世界的销路来算，山西可以单独供给全世界几千年。”在君自己说他民国二年到山西调查铁矿，“抱了极大的希望，……以为这一定是亚洲的罗伦（法国最大的铁矿）。”等到他到了阳泉，“在正太铁路以北，天天同梭尔格钻那些土法开采的铁矿洞子，没有看见有0.6公尺以上的矿床，……矿床不但厚薄不均，而且并不成规则的层次。我渐渐的悲观起来。”等到他调查了阳泉以南的地质，“才晓得在阳泉所见的已经是平定、昔阳铁矿最好的一部分。越向南，铁矿越少，越不规则。……我才觉悟平定一带的铁矿在新式的矿冶业上不能占任何的位置。”所以他这一章游记题作《有名无实的山西铁矿——新旧矿冶业的比较》（《独立》第十六期）。他在这一章里详细记载“把铁矿放在泥罐子里，堆在无烟煤里焖出铁来”的土法，他说，“我们不能不五体投地的佩服我们老祖宗的本领！……平定一带既缺乏木炭，又没有可以炼焦炭的烟煤，若不是发明了这种‘焖炉’，根本就不能出铁。”但这种土法是很浪费铁矿的，而且炼成的铁品质很坏，所以“完全说不上与新式工业比较竞争”。
后来农商部又请了几个瑞典地质学者安特生、丁格兰等调查国内的铁矿。地质调查所的中国地质学者也参加，并继续这种调查工作。到民国十年（1921），调查所把多年调查的结果编成一部《中国铁矿志》。翁文灏先生曾在《中国地下富源的估计》（《独立》第十七期）里总括民国十年的估计如下：
全国铁矿砂总储量是九万七千万吨，其中辽宁一省却占了七万四千万吨。除了辽宁，在关内的只有二万三千万吨。就连辽宁在内，照美国每年要开采一万万吨的比例，也九年便可开完。所以中国的铁矿真不算多。……
在君于民国二年十二月底从山西回到北京，第二天就奉到命令，派他到云南去调查云南东部的矿产。这时候他的父亲吉庵先生死了，他回到家乡，办完父亲的葬事，于民国三年（1914）二月三日从上海出发，取道香港、安南，乘滇越铁路，于二月十三日再到昆明。他这一次单身作西南地质矿产的调查，走了一年，到民国四年（1915）初，才回到北京。黄汲清先生在《丁在君先生在地质学上的工作》（《独立》第一八八期）里，曾略记这一次的独力调查旅行的路线及重要性如下：
丁先生第一次大规模的调查为民国二至三年云南之行。他从安南入云南，当即赴个旧看锡矿。随至昆明，复北行考查，经富民、禄劝、元谋，过金沙江，至四川之会理。由会理折而东南行，再渡金沙江，入云南东川府属考查铜矿。复由东川东行入贵州威宁县，又折而南，经云南之宣威、曲靖、陆良，而返昆明。
综其云南四川之行，除研究东川会理之铜矿，个旧之锡矿，宣威一带之煤矿外，曾作有路线地质图，表示地层及地质构造，曾特别研究寒武纪、志留纪、泥盆纪、石炭纪及二叠纪地层，采集化石甚多，一部分已经地质调查所研究出版。丁先生之工作，一方面改正法国人Deprat的错误，一方面建立滇东地层之基础，为后来调查之基。
他在《漫游散记》的第三章以下，曾把这一次长期旅行的不太专门的部分写出来，共分五个大纲领：
一、云南个旧的锡矿（《独立》第二十、二十一、二十三、二十四期。）
二、云南的土著人种（《独立》第三十四、三十五期。）
三、四川会理的土著人种（《独立》第三十六、四十二、四十六期。）
四、金沙江（《独立》第四十八、五十二、八十三、八十四期。）
五、东川铜矿（《独立》第八十五期。此题未完。他另有英文记东川铜矿，载在《远东时报》Far Eastern Review， November， 1915. ）
他的任务是调查云南东部的矿产，个旧本来不在他的调查路线之内。但他觉得到了云南而不到个旧是可惜的，因为中国产锡占世界产锡的第三位，而个旧产锡占中国产额的百分之九十四五。所以他决定在向东去之前，先到个旧去看看。他在个旧调查了近两个月——二月十九到四月十二日——他的四篇个旧游记，写个旧的地形，锡矿的分布，土法采矿冶金业的大成功及其成功的天然因素，土法采矿的缺点，个矿采矿工人的痛苦生活，都是最有力量的记游文字。
例如他写背矿的工人：