1886~1896年这10年对于罗斯福来说是飘忽不定、前路不明的10年，罗斯福一方面藏器待时，一方面勤奋工作，他对自己所渴望的政治成功究竟有多大把握，恐怕连他本人也说不清楚。但有人却说得十分肯定。在此期间见过罗斯福的作家布拉姆·斯托克在日记里写道：“（罗斯福）将来一定会当上总统。他是个既不能被哄骗、也不怕恐吓、更不能收买的人。”
罗斯福自幼对海军和海战史十分着迷，他的两个舅父都曾在南北战争时期服役于邦联海军。罗斯福于1880年结识了美国海军上校马汉，后者于1890年出版的《海权对1660~1783年历史的影响》研究了制海权与大国兴衰的关联，海权至上的思想深刻影响了当时的各国领导人，也强化了罗斯福的信念，只有急剧扩张海军力量才能与欧洲列强平起平坐。1897年威廉·麦金莱总统任命他为海军部副部长。海军部长约翰·隆（John Long）长期称病、不理政事，麦金莱对海军也不感兴趣，以致罗斯福大权独揽。他致力于海军现代化，并且大力推进美国的造舰能力。他的工作为未来的美西战争作了出色的战略准备。
1898年2月15日，美国海军缅因号战舰在哈瓦那港被击沉，罗斯福认为将西班牙势力驱逐出古巴和菲律宾的天赐良机到来了，虽然麦金莱并无此雄心。这一事件发生后的第十天是星期五下午，约翰·隆因故临时不在办公室，罗斯福越俎代庖，向海军加勒比海舰队司令和停泊于香港的舰队发出战备命令。隆部长事后对此越权行为也无意追究。4月25日美国国会向西班牙宣战，美西战争爆发，美国海军的两支主力舰队早已整装待发，罗斯福主动辞职从军。当时他的这一决定不少人大为震惊。亨利·亚当斯大叫：“难道他的妻子死了？或是跟什么人吵架了？还是他已经发疯了？”他的上司朗也认为他真的失去了理智，嘲笑他“将只能在佛罗里达的沙地里骑着马，驱赶着叮在他脖子上的蚊子”。也有人预测，“如果时来运到，他会做成某种了不起的事情的！”他的亲朋好友中，没有人支持他的决定，反对最激烈的要数妻子伊迪丝和朋友洛奇。
4月23日，麦金利总统下令征招125万名志愿兵参战，其中包括3个由具有特殊素质的边疆居民组成的骑兵团。陆军部长阿尔杰很理解罗斯福急于上前线的心情，决定将第一骑兵团的指挥权交给他，授予上校军衔。罗斯福表示，自己对部队的装备不够熟悉，需要有一个习惯的过程，他建议由伦纳德·伍德任团长，他自己做伍德的助手，任中校。阿尔杰认为罗斯福太傻，给他出主意说，由他任上校团长，而伍德任中校团副，具体工作可由伍德去做。罗斯福却自傲地回答说，他不愿意踩着别人的肩膀往上爬，坚持要伍德任团长。陆军部只得同意这个安排。但待到第一骑兵团招募士兵的消息一传出，人们都一直认定这个团是“罗斯福的团”，伍德的名字很少被人提及。应征的边疆牛仔、体坛名宿趋之若鹜。
临上战场前，他做了充分细致的准备，购买了无烟火药，添置了两匹好马，还让纽约的眼镜商订做了10多副钢边眼镜，以备在战场摔碎眼镜之所需。后来作战时，他把备用的眼镜装在马褡裢里，一次一颗子弹射中了他的马，有士兵说马一定受了伤，他却说：“我知道！可谁知我的眼镜怎么样了？”有趣的是，罗斯福参战的消息竟传到西班牙，而且越传越神。马德里的一家报纸说：“美国军队的总司令是一个叫做特德·罗斯福（特德是西奥多·罗斯福的爱称）的人，此人从前做过纽约警察”，毕业于“一所叫做哈佛学院的商业学校”。
在整个战争中，最著名的战役就是攻打圣胡安山。在攻打圣胡安山的前夕，伍德调任新职，罗斯福升任团长，授上校衔。
圣胡安山乃是扼守圣地亚哥的屏障，攻占这座险关，即可直取该城。西班牙人在此驻扎重兵，战斗打得十分激烈。在大举进攻之前，罗斯福和他的团已从山下的营地行进到茶壶山的山脚扎营待命。西班牙人猛烈攻击他们的阵地，导致数人伤亡。罗斯福命令士兵撤入山林隐蔽。炮击过后，美军开始全面出击。罗斯福率部绕到山的右面，等候攻击的命令。冲在他们前面的正规军在圣胡安小溪受到西班牙人阻击，尸累成山，令勇猛的骑兵们大为骇异。
不久他们即接到行动的命令，开入圣胡安山下的一个小山包后面隐蔽起来。按照作战部署，罗斯福的团队只是后备力量。但罗斯福不愿坐视他人去抢头功，便一再派人请示上司，要求主动出击，终于获准协助正规军攻击圣胡安山。
接下来的战斗危险而激烈。冲在前面的正规军停滞不前，罗斯福对他们吼道：“让我的人过去！”他本人脖子上系一条手帕，成了一个十分显眼的靶子。一颗子弹擦着他的眉毛飞过。他一路冲在前面，奔到山顶时，发现身边只有一个士兵了，而山上的西班牙人却很多，如果不是后面的部队马上跟进，不知会发生什么事情。勇猛骑兵抢在正规军的前头攻占了茶壶山。此山本来无名，因士兵上山后看见地上扔了不少装糖的壶，便顺口叫它茶壶山。接着，罗斯福又率部参加了攻占圣胡安山主阵地的战斗。由于太过紧张，他竟忘了下命令，只顾自己朝山头冲过去，身边仅5人跟随。待他回头下令时，已有两人被打死了。他们全团人马在枪林弹雨中冲锋，迫使西班牙人放弃阵地，圣胡安山被顺利占领了。
在整个战斗过程中，罗斯福一直骑在马上。这在冲锋时真是危险之至，因为他鹤立鸡群，成为敌人射击的突出目标。据自己说，骑在马上的主要目的是让士兵们时时看到自己的指挥官冲锋在前，起身先士卒的表率作用，同时也便于下达命令。在这次战斗中，罗斯福的团损失89人，在所有志愿兵团队中是伤亡最重的。他很为自己的勇猛骑兵而感到骄傲，因为他们承担了最危险的任务，率先攻占了圣胡安山。这一仗实际也是整个美西战争中最重要的战役之一，因为突破这个关口，西班牙人的军事重镇圣地亚哥就已完全暴露在美军的炮火之下。从军事学的角度看，美军能够攻占圣胡安山，完全是悖乎常理的。美军人少火力弱，又是从下往山上攻，居然能一次得手，实在匪夷所思。这是一次带有罗斯福风格的战斗，在不经意中作出令人惊异的事情来。罗斯福在战斗中身先士卒，英勇无畏，已披人们奉为传奇英雄，授勋之议很快传开。但是当时并没有授勋，直到2001年，国会追授他荣誉勋章。罗斯福的小儿子小西奥多·罗斯福中将由于1944年的诺曼底登陆战役中的英雄表现也获得荣誉勋章。罗斯福父子均获此项荣誉，在美国历史上这样的家庭仅有两个。
从古巴归来后，罗斯福再度进入纽约政界。纽约是美国最大的州之一，其在全国政治中的地位，主要表现为它拥有为数最多的总统选举人票。任何政党如欲在大选中赢得胜利，就必须重视这个州。而纽约的各政党组织，对本州在全国政治中的分量亦颇为清楚，为了控制州内事务，不惜动用一切手段。共和党和民主党围绕各种职位的选举明争暗斗各显神通。在那个政治十分腐败的年代，多数政客均有这样或那样的污点劣迹，像罗斯福这样有点政治理想和从政道德、又具备全国性声望的人，实在是凤毛麟角，因而被共和党人看好为1898年的州长候选人。他之所以被推举出来，并非由于共和党人欣赏他的才能和抱负，而只是要利用他的名望来实现本党对纽约州的控制。对罗斯福来说，在奥尔巴尼的州长办公室与白宫之间，仅有一步之遥，由州长而总统，无疑是一条坦途，因此，他十分重视此事。当年11月7日选举揭晓，罗斯福以17794票当选州长，其时他度过40岁生日仅10天。
在罗斯福自己看来，在他担任州长期间所作的最实在最重要的贡献就是制定《福特法案》。官商结合在当时是个十分严重的问题，造成一系列危害极大的后果。这种结合的突出表现就是党魁政治。大党魁，本身就是大资本家。他们运用金钱来操纵政治谋求权力，又利用权力来增加财富。罗斯福虽不得已而与党魁们周旋，但从心眼儿里是不满于金钱与权力的结合的，他恪守从其父那里继承的政治信念和从政道德，对林肯式的民主理想神往不已。在他做州议员的时候就对政客与资本家相互勾结的腐败现象采取过行动，现在身居州长之位，更想整肃纽约政治，限制财富对政治的控制，以维护民主制的正常功能。
1899年3月27日，罗斯福向州议会提交的咨文指出，对大公司征税太轻显然不太公正，因为大公司既然从州里获得种种特权，就应当向州里上缴其收入的一部分。因此，他大力支持制定一项法律，就大公司所拥有的公共事业特权进行征税。当时议会已收到几项这类法案，其中有一项是由民主党参议员约翰·福特提出的，规定对该州经营煤气、管道、快运等公共事业的大公司征收普遍州税。罗斯福对这个法案很感兴趣，决心促成其通过。罗斯福预计，如果此时坚持要通过福特的法案，必定会遇到百般阻挠，因此做了很多努力。同时向报界透露，如果《福特法案》获得通过，他是乐于签署的。出乎他的意料，4月12日福特的法案竟在参议院神秘地获得通过。罗斯福便利用这个机会公开出面支持该法。4月14日他要求众议院马上将该法送交他签署。结果却受到阻挠，众议院不仅毫不理会罗斯福的要求，反而提出一项与《福特法案》完全相悖的法案，有意展开没完没了的辩论，以便拖至4月28日本次议会休会。他亲自出马，与议员逐一接头商谈，动员一切可能的力量支持《福特法案》。最后，罗斯福不得不动用州长所拥有的最后武器，向议会发布紧急咨文，要求议长立即将法案支付表决。但是议长不仅不向议会宣读罗斯福的咨文，反而将咨文文本撕成碎片。这对州长的权威是一个极大的侮辱，罗斯福奋力加以还击。就在这时，他又收到大公司代理人的警告，如果他再次发出咨文要求通过《福特法案》，那他将永远不会再获得任何职位的候选人提名，因为没有哪家大公司会出钱支持他的竟选。罗斯福此时已是离弦之箭，那里还有回头的可能，他置种种威胁利诱于不顾，在28日上午再次向议会发出紧急咨文，用更为强硬的语气要求众议院立即通过《福特法案》。他还警告说，如这次议长不公布他的咨文，他将亲自到议会来宣读。这次议会的代理人作出让步，将《福特法案》交付表决，结果以109对35票的绝对优势获得通过。在这场短兵相接、险象环生的较量中，罗斯福虽然获得胜利，却付出了沉重的代价：他已完全得罪了大公司代理人，今后的政治命运受到新的威胁。5月22日，他又对议会发出特别咨文，要求尽快将修改过的法案通过，并解释说，这么做对大公司只有好处，没有坏处，他本人乃是大公司的真正朋友。经过几个回合的折冲樽俎，罗斯福于5月27日签署了修改过的法案。
罗斯福州长任内还推进了纽约的文官制度改革和劳工立法。他在1883年参与制定的那项文官改革法，已于1897年为共和党占多数的议会所废除，其目的是最大限度地满足共和党人分赃的欲望。罗斯福在文官制度改革协会的协助下，提出一项新的文官制度法。该法在当时的美国州一级文官立法中，乃是较为出色的一项法令。在劳工立法方面，罗斯福也作了尝试。他促成了几项改善劳工处境的法令的制定。其中一项旨在改善经济公寓的“血汗工厂”的工作条件；一项强化了工厂检查制度（主要检查工厂的生产安全条件）；一项对女工和童工的最高工时作出了规定；一项规定对州政府的雇员实行8小时日工作制。此外，他还加强了劳工监督局的权力，以保证工人免受资方的过度压榨。这些立法反映出罗斯福在社会问题上态度大有转变，也使纽约州跟上了当时一些在社会改革方面走在前面的州。
罗斯福在全国政治中的声望逐步上升。1899年夏天，他前往新墨西哥州参加勇猛骑兵团的第一次聚会，沿途每个火车站都有一大群人在欢迎他，他感到自己所受的乃是总统候选人的礼遇。在堪萨斯，威廉·艾伦·怀特已经在为他的总统提名而进行活动。怀特认为，“就人格植根于人民心中的深度而言，无人能出西奥多·罗斯福之右，他不仅是1904年总统的可能人选，他就是正在走向20世纪的美国”。
1900年大选，共和党推举他做麦金莱的副总统候选人，罗斯福有苦难言，不得不违背自己的初衷而接受了提名。麦金利1897年出任总统时，美国经济已开始从1893年危机的谷底上升，经过几年的复苏，经济再度呈现高度繁荣景象，麦金利因此而得享“繁荣的总统”的美誉，共和党的政治资本更为雄厚。民主党再次推举布赖恩为旗手，重弹自由银币的老调，市场似乎不大。布赖恩是个富有感召力的演说家，但现在他碰上了一个更厉害的对手。罗斯福的个人形象和演说才能已屡经证明，在当时是罕有其匹的。这次麦金利几乎没有亲自出面竞选，重大事情基本上是由罗斯福承担的。至11月3日，罗斯福足迹已至24个州，行程21209英里，在567个城镇发表了673次演说，每一天都在高度紧张的日程中度过，非体格强壮精力充沛者莫为。
西奥多·罗斯福与家人
麦金莱赢得了大选，罗斯福也跟着进了白宫。不过，副总统这个闲差对于罗斯福这样的人而言，显然非常无聊。这段时期，他给人留下印象的行动是，在一次演讲中说出能表达其行事作风的名言：“温言在口，大棒在手。”为了替1904年作一些必要的铺垫，为了取得企业界的理解与信任，他特意邀请JP摩根共进晚餐，以示和解，并暗示他在纽约的反企业行动不会影响他以后的经济政策。他自我解嘲地把这次与老摩根的会面称为“代表了我在与有势力的阶级打交道时力图成为一个保守派的努力”。摩根对这次会见颇感满意，回去后便着手组建美国钢铁公司，该公司成立时注册资本近14亿美元，乃是当时美国最大的垄断企业。除此之外，罗斯福重操旧业，读点法律；或与妻子儿女一起外出旅行，过着悠闲的生活。