王安石晚年读的最多的是《维摩诘经》和《楞严经》。《维摩诘经》认为，解脱不一定要出家，只要在主观上修养，即使坐拥万贯家财，但只要克制住自己的贪欲，广结善缘，积修功德，则能令六根清净，灵智顿开；即使妻妾成群，但只要一心向佛，则能心地澄明，如同宝月。也许他的这一观点正好符合王安石信奉佛教的需要吧，所以王安石对《维摩诘经》有着特殊的喜爱，表现出特殊的爱好。对于《楞严经》，王安石同样也是十分喜爱。相传王安石在金陵的时候，曾做《楞严经解》十卷。《楞严经》阐述了佛教心性本体论，认为世间一切事物，皆即菩提妙明之心，心情遍圆，含裹十方。众生不明白自己心体性净妙体，所以流转生死。只有视生为梦，视色为幻，才能破除各种偏见。
王安石晚年醉心于佛学，以至于此时的诗句都呈现出了浓厚的佛学色彩。王安石所信奉的主要是禅宗。他以诗言志，引禅入诗，做了大量的禅诗。这些诗词具有很高的艺术成就，随处可见禅的气息。有很多诗，本身用的就是禅宗的语言。如《即事二首》云：
云从钟山起，却入钟山去。
借问山中人，云今在何处？
云从无心来，还向无心去。
无心无处寻，莫觅无心处。
《拟寒山拾得十九首》写道：
风吹瓦堕屋，正打破我头。
瓦亦自破碎，岂但我血流。
我终不嗔渠，此瓦不自由。
众生造众恶，亦有一机抽。
渠不知此机，故自认愆尤。
此但可哀怜，劝令真正修。
岂可自迷闷，与渠作冤仇。
又其中的《无动》：
无动行善行，无明流有流。
种种生住灭，念念闻思修。
终不与法缚，亦不着僧裘。
佛法讲究清净寂灭，超越三世，认为诸法变换过程呈现出生、住、灭三相。生即产生，灭即结束。本身包含着自我否定，自我消解的一面。世间如梦如幻，如露如电，镜花水月，不可把握，故无所求。然而，王安石却认为，世间既如梦幻，修行功德又为的是什么呢？其实这一问题显然是十分尖锐的，利用以子之矛攻子之盾，虽笃信佛教，但却有自己的独立思考，这一点实在是难能可贵的。
元丰七年春天，王安石生了一场病，非常严重，曾经有两日一句话也说不出来，几乎动弹不得。直到六月，王安石的病情才有所好转。此时，他感到自己已近垂暮之年，这使得他觉得自己多年经营的半山园已成累赘了。于是，就在这年秋天，他两次上疏神宗，请求批准将自己筑于蒋山的半山居的园屋捐献给寺院。以期为父母和儿子置办功德，希望他们在另一个世界也有一个好的去处。接着他又将自己的俸禄与王雱死后的赐银所购置饿田产，也一并捐献给了寺院，最后神宗御题为“报宁禅寺”。“报宁”的含意是微妙的，是荆公报熙宁（神宗）的知遇之恩呢？还是报江宁百姓的哺育之恩呢？此名的意味深远，令人感慨万千。所以，后来又改为“太平兴国寺”。王安石自己在江宁城中租屋而居，当年宰相府的显赫已经是完全看不见了。人生如浮云，人的出生就意味着人的死亡，王安石早已参透了其中的奥秘，只想平平静静、简简单单地过完自己的后半生。如此举动也足以表达了他旷达的胸襟和对佛教的深厚感情。
他在《乞以所居园屋为僧寺并乞赐额札子》中这样写道：
臣幸遭兴运，超拔等夷。知奖眷怜，逮兼父子。戴天负地，感涕难胜。顾迫衰残，糜捐何补？不胜蝼蚁微愿，以臣今所居江宁府上元县园屋为僧寺一所，永远祝延圣寿。如蒙矜许，特赐名额，庶昭希旷，荣与一时。仰凭威神，誓报无已。
在这一札子中，王安石再次表达了对神宗皇帝知遇之恩的无限感激，自叹年老体衰，无以为报，惟愿将屋舍一所，作为僧寺，祝延圣寿。作为一个成熟的政治家，直到晚年依然保持着清醒的头脑，倾尽所有赠予寺院，一方面表达了自己的忠心，另一方面也是为了昭显圣君贤相，龙虎风云的千载一时的难得机遇。当然，这也是对佛教所做的一个贡献，因为建寺容易，题名却难，尤其是皇上亲自赐名，无疑给半山园增加了无限的风光和荣耀，然而，山不在高，有仙则名；水不在深，有龙则灵，有了皇帝的赐名，又曾经是大丞相的故宅，这一切都成就了报宁禅院。
晚年的王安石虽然纵情山水，谈诗论佛，生活悠闲，怡然自得，却难以掩盖他内心的痛苦、煎熬和落寞之情。最痛苦的莫过于亲人的离去，先是长子王雱，再是次子王旁与妻子吴氏。亲人的离去更加使得王安石失去了生活的寄托。他就是再洒脱，再豁达，也无法承受这种失去亲人的痛彻心扉的伤痛。
虽然亲人的离去让王安石蒙受了巨大的打击，但他还是坚强的挺了过来，因为他心中还有一个坚定的信念，那就是要完成自己未竟的事业，他要亲眼看着他为之付出了毕生心血的变法伟业在神宗的领导下重焕生机，恢复大宋王朝的宏伟基业。
然而，天有不测风云人有旦夕祸福，上天依旧不肯垂怜于王安石。不久，他的侄婿叶涛匆匆的从江宁城找到王安石，都没来得及歇息片刻，叶涛就向王安石禀报了永乐兵败，皇上卧病在床的消息。王安石立即怔住了，呆呆地伫立在门前，望着远方，神情悲怆，两行热泪默默地流了下来。
永乐兵败的消息对王安石来说无疑又是一个巨大的打击。尽管他现在远离朝政，不问政事，但现在的时局毕竟是他变法之后所产生的结果。在某种意义上说，神宗的胜利就是王安石的胜利，神宗的失败就是王安石的失败。这一切犹如千斤巨石压得王安石喘不过气来。他不敢想象，如果政局还向着更坏的方向发展，自己该如何面对天下千万百姓，自己又有何颜面存活于这世界，他担不起千古罪人的责任。
忧愁与痛苦时刻折磨着王安石，本来就已弱不禁风得王安石更加苍老，浑身瘦的也只剩下了皮包骨头，身体日况渐下。王安石病倒的消息很快传到了神宗那里。很快，神宗就派王安石的女婿蔡卞到江宁来探望王安石。
蔡卞的到来，拂去了王安石积压已久的愤懑抑郁，他立刻盛情款待了蔡卞，翁婿两人从政治谈到文学，当然，谈到最后的还是国家大事。蔡卞不经意间说漏了嘴，那就是朝廷已经在讨论立嗣的问题了。此话一出，蔡卞停住了，他意识到自己犯了个大错，本想避开这个话题，奈何还是说了出来。王安石一听呆住了，整个人木木地坐在饭桌旁，仿佛一具雕塑一般，面无表情，眼睛直直的望着京城的方向，老泪纵横。
原来，神宗和皇后的关系非常好，彼此恩爱。据史料记载，两个人二十年不曾面赤，夫妻相敬如宾，生活的其乐融融。神宗的妃子也很多，先后生有十四子。奈何他的家庭屡遭不幸，到现在为止，已先后有八个皇子去世了，剩下的皇子都是孩子，年纪之小肯定挑不起国家这个大梁，这让神宗颇感苦恼。后来，神宗生了一场大病，病好之后身体大不如从前了。因此朝廷上下都已经开始在讨论立嗣的问题了。
立嗣问题是王安石从未想过的。毕竟神宗才刚刚三十五岁啊，正值壮年，满朝文武百官已经开始讨论起立嗣问题了，可见皇帝的身体确实出现了大问题。虽然他在朝时经常和皇帝闹得不愉快，但神宗终究是王安石的伯乐啊，没有神宗，也许他还是一个山间野夫，纵然满腹经纶，可依旧毫无意义。在他归隐的这几年，他想起来的还是神宗的好，神宗对他的知遇之恩。想到皇帝可能将不久于人世，国家前途依旧未卜，他一句话也没说，有的只是默默的流泪。
元丰八年，神宗的病情越来越严重了。宫中上下早已忙成了一片，太医不分昼夜地守在神宗床旁，给他诊脉熬药。宫外的百姓听说皇帝病危的消息，纷纷哗然，那时候，皇帝就是国家的象征，皇帝的龙体健康与否直接关系着国家的安危与兴盛。忙于为神宗治疗的不仅有太医，还有无数的僧道也做祈福道场为神宗祛病。
元丰八年三月初一，神宗病重无法理朝，经文武百官之请，他的母亲高太后垂帘听政，皇六子立于帘外。
此时，躺在病榻上的神宗皇帝双眼微闭，气若游丝。可是他的神智还是清楚的。依稀之间，他回忆起儿时的快乐，读书的欣喜，第一次登基时接受群臣朝贺的宏伟场面，自己这十几年来兢兢业业为国家操劳的情景，还有许多许多，他断断续续的回忆着…….
殿外，皇太后挽着皇六子静静地走到群臣面前，取出一份谕示，宣告懿旨：
“群臣听旨！”
百官纷纷下跪。
“皇上谕，立延安郡王傭为皇太子，改名煦……”
突然，殿内外传来了皇后，宫女和太监们的失声痛哭。
大臣们惊恐万状。他们低着头悲哀着，强忍着泪水，小声地抽泣。皇太后听到哭声，神情突变，几乎晕倒，被身边的太监搀扶着。皇太子赵煦，嚎啕大哭，奔向父皇的宫室。
元丰八年三月五日，神宗皇帝驾崩了，年仅38岁。壮志未酬的宋神宗，结束了他那充满传奇的一生。他那轰轰烈烈的一生是那样的匆忙与短暂。他的晚年甚至是凄惨悲凉的。战争的失败深深地刺伤了他的心，最终他带着无限的遗憾离开了世间。