杨菊贞这时已经下定了二次进京上控的决心。她又两次入监探视杨乃武，问杨乃武在京在杭有哪些朋友可以帮上忙。杨乃武告诉她：在杭州可先去看汪树屏，他是癸酉同榜的举人，在白尼山汪家是有名气之人，对朋友讲义气肯说话，能急人之急。他祖父在京里做过大学士，京里也有不少世交。他哥哥汪树棠，是个小京官，去看他时，把京控的诉状给他看看，让他知道案情的曲折，他一定肯尽力帮忙。第二个要看的就是好朋友吴以同，是“胡庆余堂”胡雪岩的西席，他也一定会帮忙。杨乃武还对她说，把京控的诉状多抄写几份，到京分别投呈各有关衙门在京的浙江同乡。
杨菊贞探监后，先去看了汪树屏。其时汪树屏也先与夏同善谋过面，听夏同善隐约讲及杨乃武一案的冤情。所以杨菊贞一来，他满口答应，除写了封给汪树棠的信交她带去外，还联系了在京、在籍的士绅及同榜的举人十八人，联名打公禀，向都察院控告，说杨乃武、葛毕氏一案，浙江承审大小官员，一味刑求，严刑逼供，草菅人命，罗织冤狱，请将全案提京复审。
杨菊贞又去“胡庆余堂”看了吴以同。吴以同把胡雪岩自上海回来后，仔细了解杨乃武案件，如何安排他与夏同善谋面，以及夏同善如何被说动等情况都告诉了杨菊贞。并且告诉杨菊贞，胡老板早已留下话，要吴以同操心，等杨菊贞一来，马上通知他。
吴以同带着杨菊贞去见胡雪岩。胡雪岩又听杨菊贞把整个案子细述了一遍。最后胡雪岩道：“乃武这案子，我也是回来后才知道。照理，是在三府这一级就可以弄清的。现在时机已过，也只好委屈你打京控了。不过请你放心，除了夏同善外，我再介绍几个人与你，进京后你把我的信交给他们看。”
胡雪岩又详细问了杨菊贞进京上诉状的人数。最后，他拿出二百两银子，要杨菊贞收下，作为来去的盘缠及在京的用度。另外还有三百两银票，告诉杨菊贞收藏好，一路上尽带现银未必方便，有了银票，进京后可在胡雪岩的钱庄里兑成现银。并另修一书，让杨菊贞捎带给胡雪岩在北京钱庄的档手，告诉他若杨菊贞有何需要，务请及时给予方便。
杨菊贞跪下深深叩谢。自从案子发生后，为了诉讼费用，杨家的十多亩桑田，连同所住的房子，都已经当卖掉。二次进京的盘缠，杨菊贞正苦于没有着落，只是爱弟情切，她从没有因为盘缠无着打消京控的念头。现在胡雪岩出手资助，无异于是救人于水火之中。
当时胡雪岩就让人磨砚备纸，胡雪岩口授大意，由吴以同执笔。写完后吴以同再念一遍，待措辞、文意都满意后，誉改清楚，分别封好，交与杨菊贞，要她上京后一一面呈。
波澜再起
有了这么一些准备，同治十三年（1874年）九月，杨菊贞偕詹新风，连同荣绪及“被告”姚贤瑞，经过一个多月的跋涉，到了北京。他们先去看了夏同善，递交了胡雪岩的信。夏同善夫妇即接见了杨菊贞姑嫂二人，看了杨乃武京控的诉状，介绍她二人去遍叩在京的浙江大小官员三十余人，并叫她们向步军统领衙门、刑部及都察院投送诉状。
由于有了胡雪岩别宴上的那次深谈，夏同善对杨乃武的案情及解决的可能办法也都有了深一层的看法。他情知官官相护，既有利益上的考虑，也有面子上的考虑。胡雪岩暗示他，杨昌浚及三府已经定案，这时候如果利用旧好平级关系让他强改，那于面子上是过不去的。办法只能如胡雪岩的提示，由上而下，公事公办。既是上面压过来的，于地方官的威严也就不至于有太大伤害。不过夏同善也明白，像杨昌浚这样的人，在打败太平军中立了战功，名重一时，那面子与安定时期一步一步熬过来的地方官有所不同。杨昌浚未必那么简单，杨乃武的案子未必那么好办。
因为考虑到这一点，他多次访问了大学士翁同和。夏同善将杨乃武、葛毕氏一案的原委，向翁同和做了详细的陈述，并请翁同和看了杨乃武的京控诉状。翁同和说：“严刑取供，素干禁例，严刑之下，何求不得，果有冤情，必使平反。”他答应夏同善，待去刑部查阅了全部卷宗后，再定对策。
翁同和查阅卷宗也并不那么顺利。翁是状元出身，职位又崇高，朝中官员对他都很尊重，但由于刑部尚书桑春荣先已接到杨乃武一案的“书帕”（书信贿赂），恐翁来阅卷，徒生枝节，迁延拖累，就与翁发生争执。这时刑部分管浙江司狱的一个官，是林则徐的第五个儿子，他细看过全部资料，也认为案情可疑，不宜轻率入奏，即将全案卷宗送给翁同和。翁当晚翻阅全卷，发现可疑之处甚多，便逐条签出，送回刑部，请刑部送回更审。
由于夏同善等浙江在京官员帮助说话，杨菊贞的二次京控总算没有被驳斥，得到都察院、步军统领衙门的重视。加上翁同和的当面干预，有关部院的奏疏，并奉两宫太后皇上的谕旨：“务得实情，勿枉勿纵”，刑部不得不派人重新审理此案。
但这次派去的钦差大臣却是个庸吏，名叫胡瑞澜。他是科班出身，从未理过刑狱案件。其时刘锡彤、杨昌浚等人都已开始重金贿其左右，并联络一些乡绅联名向胡瑞澜寄公禀，说杨乃武谋夫夺妻，是士林奇耻，请速付典刑，以正大法，毋为浮议所动。胡瑞澜张惶无主意，结果又听信陪审官之言，用了大刑，日夜熬审。杨乃武这时也已志坚，虽熬刑仍不诬服。毕秀姑熬刑不过，只得再次诬服。胡瑞澜不顾审讯矛盾，照原拟罪名奏结。
提京复审，昭白天下
夏同善得知此审仍是偏袒，便携浙籍在京官员张家骧（也是翰林编修）等人拜访了翁同和，说胡瑞澜徇情枉法，非提京复审，无以息众议而肃官箴。时浙籍汪树屏、吴以同等人的联名控状已到都察院部，详陈了此案的曲折冤情及严刑逼供的惨状，都察院据情转奏。翁同和又亲见两宫太后，请将此案提交刑部，务得实情。慈禧听政以来，对地方权臣疆吏的擅权自恣，目无朝廷，亦时思趁便稍挫其气焰，就派了御史王昕等人密查。王昕查访得很细心，回到北京后，如实向慈禧太后面奏，谓“此案如不提京复审，万难理清案情。如确有冤抑，人命关天，皇上皇太后英明仁孝，岂容草菅，权臣弄法，更不能置诸不论。”这话引起了慈禧的重视。这时，翁同和、夏同善、张家骧等一些在京文臣，面请太后，谓此案如不提京复审，平反冤情，浙江将无一人肯读书矣。在此情势下，慈禧才于光绪元年（1875年）十二月十五日下了一道谕旨：“着即提交刑部秉公审讯，务得确情，毋得稍有疏忽，致干处戾。”
案情致此，杨菊贞的京控才算有了明白交代。此后，刑部大审，因为气氛已经与在省内诸堂会审大为不同，杨乃武才得以从容将始末道来，尤其讲了他为民写状告粮官，结果与知县刘锡彤结怨之事；毕秀姑也尽诉前番大刑之下，胡乱诬服，都属迫不得已，并将刘锡彤的儿子刘海升强奸了她，以及刘海升如何哄她，说杨乃武为新科举人，假供是他下毒，他也不会斩头等等情况供了出来。
案情大白。最后一步，就是把葛品连尸体运京化验，看一看是否属于中毒致死。如果是，再查明毒从何来，如果不是，属于病亡，自然就不再有偏抑了。
光绪二年（1876年）十二月初，葛品连尸棺到京，初九日，刑部提集人犯，到海会寺验试。刑部仵作报称无毒。两旁观众欢声雷动，喊叫“青天有眼”。
刑部结束此案的奏疏，到光绪三年（1877年）二月二日才上去。二月十六日，慈禧下旨，批准了刑部奏疏，杨昌浚等三府有关官员及胡瑞澜着即革职，刘锡彤“发往黑龙江效力赎罪，年逾七十不准收赎”。到二月底，杨乃武、毕秀姑出狱。
出狱那天，杨乃武的妻子詹新风、姐姐杨菊贞，还有汪树屏、吴以同等人，都到大牢门前等候。杨菊贞看到杨乃武走出牢门，扑上去抱着他放声大哭，詹新风也哭得泪水涟涟。杨乃武却反而平静，安慰他们说：“死里逃生，夫妻姊弟相逢，应该高兴才是，哭什么呢？”他边说边走向汪树屏、吴以同，又拱手又下跪，感谢他们虎口救人，义重如山，今生难报。这时杨乃武不禁热泪盈眶，欲哭无声了。汪树屏、吴以同扶起杨乃武，也为之凄然。
杨乃武出狱后，对夏同善、张家骧一些在京的浙江同乡，一一踵门叩谢，一个月以后才回到杭州，即去叩谢了胡雪岩。杨乃武一案，若不是胡雪岩这里出了一个转折，不知要拖到何时，也不知杨菊贞的京控能否有个回音儿。杨菊贞等人在京的用度及联络，多亏了胡雪岩写信给他的钱庄档手，时相关照。后来又与吴以同商定，派吴以同早日赴京周旋安排，才迎来了这么一个好结果。
杨乃武一家，早已为这场官司卖光了家产。胡雪岩又资助他二十两银子，除赎回房子外，又买了十多亩桑地，杨乃武回到余杭，仍以种桑养蚕为生，直到1914年去世。毕秀姑（小白菜）出家做了尼姑，后来庵中没了香火，她就以养猪、种菜、养鸡为生，死于1930年。