矛盾激化到一定的程度，必然出现火花。吴三桂被朝廷逼反，他自封“天下都招讨兵马大元帅”，改国号为“周”。最初出师旗开得胜，但到后来互相猜疑，最终走上了失败之路。
一、先声夺人，师出有名
吴三桂哭祭永历睦，悔过当初之是非。也许是哭声悲痛，牵动三军将士的感情，他们觉得朝廷不讲信义，他们决心跟着吴三桂反清。
吴三桂哭陵，是对他的广大将士的思想动员和誓师，激励他们跟随他去同清朝决战。第二天，他又下令三军赴昆明郊外校场阅兵、较射，从军事上再动员。约定：不按时到场的，必以军法从事。
次日，天刚亮，鼓角齐鸣，各镇将士整队入场，军容肃然。吴三桂全身披甲，飞身上马，扬鞭疾驰，手发三矢，皆中目标。三军为之欢呼雷动，演习完射箭，再演练各种武器。校场正南两侧摆列着大剑、画戟、雕戈等长短格斗兵器。吴三桂每驰马一回，即驰至武器处，由侍卫飞递一兵器，他在马上稳稳接住，然后策马疾驰，挥动兵器，如搏战进击，运用自如，恰似“风驰雨骤，英武绝人”。吴三桂以六十二岁的高龄，在飞驰的马上精彩地表演了射箭和各种长短兵器，武艺娴熟，技法高超，威风不减当年！三军看得发呆，不时爆发出欢呼声。吴三桂就是要让他的广大将士亲眼目睹他的雄风，他要使他们相信，虽然他已进人老年，仍然有能力率领他们去夺取新的胜利。他要给他们以信心和勇气，藐视清朝，驱除他们对清朝的迷信和晨惧心理。吴三桂的目的达到了，他为此感到欣慰。
吴三桂欲师出有名，先声夺人，特地制作一道讨伐清朝的檄文，全文如下：
原镇宁山海关总兵官、夸奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军是，擞告天下文武官吏军民人等知悉；
本镇深叨明朝世爵，统镇山海关。一时孛逆倡乱，聚贼百万，横行天下，旋寇京师，痛哉觳皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩乏颠踣，文武瓦解，六官恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离潦炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师勤王讨贼，伤哉！国远夫曷可言？
本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，牵贼选遁，痛心君父，重仇冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之是。幸而贼遁冰消，蕖魁授首，政（正）欲择立嗣君，更承宗社封藩，喜地以谢夷人。不意狡虏连再逆天背盟，乘我内虚，雄踞燕都，窃我先朝神器，变我中国冠囊，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔无及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密会太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，寄命托孤，宗社是赖。姑饮泣臆忍，未敢轻萃，以故避居穷壤。养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听满，柬马瞻星，磨砺警惕者，盖三十年矣！
兹彼夷君无道，奸邪高涨；道义之儒，悉处下辽（僚）；斗筲之辈，成居显职。君昏臣暗，吏酷官贪，水惨山悲，妇号子洋以至慧星流陨，天怨于上；山崩土震，地怨于下；官卖爵，仁怨于朝；苛政横征，民怨于乡；关税重征，商怨于潦；徭役频兴，工怨于肆。
本镇仰观俯察，正当伐摹救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共劼义举，卜取甲寅年正月元旦寅刺，推奉三太子，部天祭地，恭登大宝，建元周启，檄示布间，告庙兴师，克期进发。移会总统兵马上将耿（精忠）、招讨大将军总统使世于郑（经），调集水陆官兵三百六十万员，直捣燕山。长驱潞水，出铜鸵于荆棘，奠玉灼于空汤，义旗一举，响应万方，太快臣民之心，共雪天人之愤。振我神武，剪彼嚣氛，宏启中兴之略；踊跃风雷，建划万全之蓑，啸歌雨露；倘能洞悉时宜，望风归顺，则草本不损，鸡犬无惊；敢有背顺从逆，恋目前之私恩，忘中原之故主，据隆扼隘。抗我王师，即督轶骑，素征路巢覆穴，者稚不留，男士皆诛；若有生儒，精谙兵法，夺拔媍谷，不妨献蓑军前，以佐股肱，自当量材优攞。无靳高爵厚封，其各省官员，果有洁己爱民、清廉素著者，仍单仕；所催征粮谷，封贮仓库，印信册籍，赉解军前。其有未尽事，宜另颁条约，各宜凛遵告诫，毋致血柒刀头，奉镇幸甚，天下幸甚！
吴三桂的这篇“讨清”檄文，论文采虽比不上骆宾王的名篇《讨武兆擞》，却大有气贯长虹之概，不失为名士精心之作。如从内容上考察，此文多有不实之辞，巧饰伪装，随处可见，且回避要害，掩天下人耳目。檄文开头一大段，以当年“讨贼”自任，历敬复君父之仇的盖世之功，向天下人自我夸耀。可是，他当时骑墙山海关，首鼠两端，对一度降李白成一事避而不提。此其一。
他太书不得已借清兵复仇之苦衷，并以最终灭掉李自成而自诩，这也确是事实，但却掩饰了自己完全降清的真相。声称他委曲求全，“养晦待时，选将练兵，密图恢复”明朝已有三十年，云云。可是，他无法解释这三十年他为清朝效命疆场，剿灭农民军，扫荡南明，尤其是擒杀永历帝等血的事实。他坐镇云南，希图永镇，千方百计保存自己的权势与地位，何曾为恢复明朝而做什么准备！因此，对这些事，他只好避而不书一字！他叛明降清，这是不容篡改的历史，无论时人和今人，有谁能质疑呢？即使有人为之辩解，不过是嘲弄历史，徒劳无益！此其二。
檄文声称，当年他曾奉三太子，欲恢复明朝。三太子何曾到过他手？这是从来没有的事！根本谈不上奉三太子人都即位。此事显系三桂伪造，不足为据。如今，已过去三十年，忽然又冒出一个“三太子”，要“恭登大宝”了，这又是弥天大谎！他自己的行为，自称周王，自立年号，就使自己的谎言不攻自破！此其三。
檄文声讨清朝罪行，说得如此吓人，却是夸大之辞，清入关后，废除了明朝一些苛政，采取了恢复生产的措施，特别是到圣祖亲政后，整个形势日见好转，不像他说的，如天怨、地怨，仕、民、商、工皆“怨”，还未达到这种程度。此其四。
檄文的最后一段，极力渲染他兵多将广，势力之大，有报吞中华之概，以此动员人们响应和支持他的行动。他规定数项政策，目的是争取同情者，吓唬那些拥护清朝的人。仅此而已。
檄文表述了吴三桂的目标，是要推翻清朝的统治，建立一代新王朝。但看起来，好像是吴三桂的自白书，或叫做自我“辩解书”。如果我们不加分析地全部相信他所说的话，那就错了，可能会把我们的认识引向歧途！
奇怪的是，吴三桂的这道檄文，不见诸任何清官方或私人著述。在官方书中只说吴三桂“伪檄”四处传布，对其中内容不及一字。这证明吴三桂当时确实发布过檄文。为何置而不书？细想起来，也不难理解。檄文毕竟触及了当年吴三桂与多尔衮订盟等事实，清圣祖和他的廷臣们也不敢作出回答；尤其是檄文无处不痛骂清朝，这对清朝是不光彩的，如刊于官方史书，倒是替吴三桂做了宣传。因此宁可不保留一字，勿使其传世。至于私家著述，为避讳也不敢刊登此文。这可能就是檄文在清代文献中失载的原因吧！
吴三桂的檄文，是他叛清、抗清的宣言书。为动员全国汉人反清，他大量复印檄文，派人奔赴各地传送，他亲自致书平南、靖南两王，并向贵州、四川、湖南、陕西等省跟他有关系的将官击信，动员他们起兵响应。
二、三桂谋反，天子沉着布防
康熙十二年十二月二十一日，差往贵州备办吴三桂搬迁所需夫役粮草、船只的兵部郎中党务礼、户部员外萨穆哈，以十万火急，日夜疾驰到北京，直奔兵部衙门，一下马，上气不接下气，两手抱住柱子，说不出话来。他们已疾驰十一昼夜，累得精疲力尽，一时气厥，口不能言。堂吏见状，知有紧急事，忙用水灌进他俩的口中，过了一会儿，慢慢苏醒过来，第一句话就说：“吴三桂反了！”接着，他们便把吴三桂谋反的事详细地作了奏报……
原来，党务礼、萨穆哈、户部郎中席兰泰、主事辛珠、笔帖式萨尔图奉命至贵州，为吴三桂搬迁置办船只、粮料。他们一到贵州，云贵总督甘文焜最先把吴三桂在云南造反的消息密告了他们。贵州提督李本琛已参与吴三桂的叛乱，他给贵州巡抚曹申吉写了封密信，约他起兵响应，投靠吴三桂。不料此信被甘文焜截获，始知吴三桂起兵迫在眉睫。他大吃一惊，意识到事态十分严重。
他认为，事出猝然，党务礼一行继续留下筹备搬迁事宜，已无必要，当前最紧迫的是，速返北京，向朝廷报告，请兵赴援口在甘文煜的掩护下，党务札、萨穆哈、席兰泰三人偷偷出贵阳，直趋北京。但是，吴三桂的密令已到了贵阳，指令他们暗中据守城隘，严禁出入。
党务礼等行至镇远，守将不给驿马。他们好不容易弄到两匹马，躲过了叛兵的追捕，疾驰至沅州，逃出了吴三桂的势力范围，进入湖南境内，才得到补充的驿马，日夜赶路，终于到达北京！不幸的是，兵部主事辛珠、笔帖式萨尔图没有逃出来。他们被叛兵逮住，劝降不从，被杀身死。与党务礼同去贵州的户部郎中席兰察，因没有马匹，在镇远乘船至常德，换乘驿马，于十二月二十七日到京。
党务礼等逃走后，贵阳形势急剧恶化。总督甘文妮剐办完母亲的丧事，才返回贵阳不久，就赶上了这场突然到来的大事变。他得知吴三桂杀害巡抚朱国治、扣留折尔肯的消息后，立即派他的族弟甘文煜赴京报告。同时又写信给四川期广总督蔡辘荣，向他通报云南的事变。他紧急命令贵州提督李本琛率部扼守盘江。李本琛已怀贰心，先以书信试探他的态度。甘文妮回信，表示誓死守贵阳。李本琛知他无意从吴三桂，便不再听从他的调令。文焜直属的部队，已为吴三桂收买，拒绝服从他的命令，有不少兵士听到事变的消息，纷纷逃窜。这时，纷传三桂兵正向贵阳逼近，城内一片恐慌。甘文煜料到贵阳已不能守，决计离开贵阳。他先令自己的姬妾同府中七名妇女吊死，独自携第四子甘国城率十余名骑兵，赴镇远，打算召湖北兵扼守险隘，堵住吴三桂兵不得出贵州。十二月八日，他们父子驰至镇远（贵州镇远）。守城副将江义已接受吴三桂命令，拒不准进城。甘文焜只好渡河，行至一座寺庙吉祥寺，江义派兵把他们包围在寺内。甘文焜料到已无法逃出，又不甘心受辱，便朝北京方向向圣祖拜别，拔出佩刀，刚要自刎，其子国城忙阻止，请求先死，还投等父亲同意，他夺下刀，猛地朝自己的脖子一挥，迅速把刀还给父亲，身子随即扑倒在地，血涌如注，喷溅到父亲的衣服上。甘文妲不禁赞叹：“儿子的勇气超过我！”举起带血的刀，自刎而死，时年仅四十二岁。随从笔帖式辛珠、萨尔图甘愿从他们父子死。
党务礼等向圣祖仅报告吴三桂杀害朱国治、扣留使臣的事，对贵阳事变、甘文焜父子之死还一无所知。圣祖当而听取党务礼报告的第二天，即十二月二十二日，蔡筑荣提供了更为详细和最新情况的报告，有关吴三桂的名号、国号、贵州提督李本琛从叛、钦差被扣、兵部主事辛珠、萨尔图及甘文焜父子之死等等消息接踵传来，“举朝震惊”。圣祖在得到党务礼的报告的当天，虽说他还没有完全意识到吴三桂的叛乱将给清朝统治造成何等危害，但已感到此事非同小可，他凭着青年人的政治敏感，迅速作出应变的反应。他紧急召见议政王大臣，商讨对策。
当初，在是否批准吴三桂撤藩的问题上，朝廷议政王大臣及各部官员始终存在着严重分歧。只有户部尚书米思翰等少数人主撤，礼部尚书图海等多数人反对撤藩，还有很多大臣不表态，实际也是赞成图海等人的意见。圣祖作41了撤藩的决定，持反对意见的大臣们不敢再坚持。然而，他们最担心的事很快就发生了。吴三桂叛变的消息一传来，原先持两种意见的大臣们又发生了新的争论。主撤的人此时没什么理由可辩，而反对撤藩的大臣们把这场事变归咎于主撤者，纷纷要求追究他们的责任。以大学士索额图为首，要求处死主撤的大臣。圣祖把责任揽到自己身上，说：“此出自朕意，他人何罪？”一句话，便平息了争论，当务之急，是如何应付这场事变。
毫无疑问，制止吴三桂叛乱和预防他把叛乱扩大，只能用军事手段来阻制。圣祖和廷臣们都很自然地首先从军事上考虑，采取何种应急措施来阻止这场叛乱的继续发展。不言而喻，他们恨不得立即把吴三桂擒拿在手，以正国法。措施迅速制定出来，概括言之，第一，荆州（湖北江陵）系长江南北咽喉要地，关系最重。圣祖料吴军必犯湖南，而荆州必先设防。他特派前锋统领硕岱率每佐领前锋兵一名，兼程前往，保守荆州，固军民之心。然后，由荆州再进至常德（湖南常德），“以遏贼势”；第二，为争取时间，由户部负责，预先在沿途出征将士停留处各下粮饷，保证硕岱兵到粮饷亦到。圣祖责成议政王大臣就如何遣派大军、后续部队如何增调到前线等问题，“速议具奏”。
议政王大臣不敢怠慢，很快议定：派满洲与蒙古八旗每佐领前锋各一名，护军各七名，骁骑各十名，汉军每佐领出骁骑各五名，领兵官员视兵数酌量派出。他们拿出此方案请示，圣祖挥笔批准。圣祖接到蔡毓荣的报告后，在军事上又采取了一系列措施：
（一）调兵遣将，分守战略要地。圣祖考虑到广西与贵州邻境，不得不预先设防，立授驻防广西的已故定南王孔有德的女婿孙延龄为“抚蛮将军”、线国安为都统，责成他们“统兵固守”；
（二）命西安将军瓦尔喀进兵四川。圣祖指示说：“四川与滇省接壤，今吴兰桂已反，你可率副都统一员、全部骑兵，选拔将领，星夜赴四川。凡自云南入川的险隘之地，都必须坚守。大兵不日即进剿云南，等我师临境，贼势渐分，如有可乘之机，你即与提督相机进讨。至于西安等处，朕当克期遣发劲旅，前去驻防。”巴蜀乃是滇黔门户。圣祖料定吴三桂必有窥伺四川之心，趁他尚未挥军进川之际，速派兵扼守险要，进可取云南，退可以守，实为万全之策。在征调瓦尔喀进川的命令发出后，紧接着，又命都统赫叶为“安西将军”，率兵同瓦尔喀等由汉中入川，以护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布随同出征。
（三）圣祖视荆州为最重要的战略要地，前已派硕岱率精锐防守，犹感不足，再派多罗顺承郡王勒尔锦为“宁南靖寇大将军”，总统一大批满洲八旗和部分汉将开赴荆州。圣祖特给兵士颁赏，原定凡出征兵士每人白银十两外，此次再增加十两；委署章京的护军校、骁骑校以下，护军、拨什库、甲兵、弓匠以上，各赏银二十两，铁匠等夫役人员也各给银十两。圣祖用重赏来鼓励他们勇赴前线。
（四）以山东兖州地近江南（江苏、安徽）、江西、湖广；山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，为适中之地，分别集结部队，“秣马以待”，随时调遣或应援各邻近地区。这一新的部署，缩短和节省了军队从北京南下的时间，将士免受长途奔渡、鞍马劳顿之苦。圣祖特命副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领是驻太原；
（五）为适应平叛的需要，命直隶各省巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。
在采取军事措施、布置兵力的同时，圣祖又连续采取如下政治措施：