（一）下令停撤平南王、靖南王两藩。圣祖各给两王一道手诏，给靖南王的手诏内云；“朕闻云南作乱，靖南王相应周守地方，不必搬家。平南王亦如之。”立即召还前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣粱清标、陈一炳回京。
（二）原吴三桂属下文武官员，以厦现仍在直隶各省者，无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，“概不株连治罪。自今以后，各宜安心守职，无怀疑虑。”
（三）为防止内外沟通。圣祖听信议政王大臣会议的意见，将三桂子吴应熊“暂行拘禁”，待“事平”再作处置。廷臣们怀疑应熊及属下官员对吴三桂谋反可能知情。所以采取防范措施，也是必要的。
（四）向各重要军镇，指授方咯，多方安抚和鼓威他们守御地方。圣祖非常重视陕西省情，因为该省跟京师甚近，又控驭西北边疆，它的存在对京师的安全至关重要。因此圣祖特给陕西总督哈占、提督张勇、王辅臣发去紧急谕旨：要他们注意发现吴三桂散布的“伪札、伪书”，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。他称赞他们是朝廷擢任的“股肱之臣”，捍御边疆，绥辑军民，惟他们是赖。圣祖此举，实为思想政治动员之一策，极力笼络他们实心任事，为朝廷效力。圣祖的这一对策，在以后的平叛中日益显示出重大作用。
（五）具有重要意义的一项政治措施，是在十二月二十六日采取的，即正式下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告。全文如下：
逆贼吴三桂，穷蹙来归，我世祖章皇帝（顺治）念其输款投诚。授之军旅，赐封王爵，盟勒山河，其所属将卉崇阶世职，恩赉有加，开阃云南，倾心倚任。追及朕躬，特隆异敷，晋爵亲王，重寄于城，实托心膂，殊恩优礼，振古所无。讵意吴三桂。性类穷奇，中怀狡诈，宠极生骄，阴图不轨，于本年七月内，自请搬移。朕以吴三挂出于诚心，且惫其年齿衰迈，师徒远戍已丸，遂克所请，令其休息，乃敕所司安插周至，务使得所。又特遣大巨前往，宣谕朕怀。朕之持吴三桂，可谓礼隆情至，蔑以复加矣。
近览川湖总督蔡毓荣等疏称，吴三桂径行反叛，背累朝豢养之恩，逞一旦鸱张之势，横行凶逆，涂发生灵，理法难客，神人共愤。夸削其爵，特遣宁南靖寇大将军统领劲旅，前往扑灭，兵威所至，克期荡平。但念地方官民人等，身在贼境，或心存忠义，不能自拔；或被贼驱迫，怀疑最罪，大兵一到，玉石莫分。朕心甚为不思。爰颁救旨，通行晓请，尔等各宝安分自保。无听诱胁，即或谖从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父子兄弟亲族人等，见在直隶各省、出仕居住者，已有请旨，俱夸各安职业，井不株连。尔等毋怀疑眠，其有能擒斩吴三桂头、献军前者，即以其爵爵之，有能诛缚其下渠魁，及兵马城池，归命自效者，论功从优叙录。朕不食言。尔等皆联之赤子，忠孝天性，人孰无之！从逆从顺，吉凶判然，各宜审度，匆贻后悔。地方官即广为宣布遵行。
圣祖的讨吴谕旨，核心内容，阐明了朝廷同吴三桂毫不妥协的原则立场和准备实行的各项政策。谕旨一反以往对吴三桂的无限赞扬、大张挞伐和声讨。例如，过去一向称赞他开关迎降为“归诚向化”，实为明智之举，而今则说他“穷蹙来归”、“性类穷奇”、心怀“狡诈”云云。通篇谕旨，一笔勾销吴三桂为清朝夺取全国政权所建立的不世之功；相反，不厌其烦地说明自顺治以来两朝给予他的隆礼厚恩，斥责他背恩反叛。公平地说，清朝没有亏待他，给予的酬报无以复加。但对于撤藩一事，以圣祖为首的清朝统治集团没有说实话。声称是吴三桂自请撤藩，朝廷为照顾他年迈齿衰，不忍心让他久驻遐荒，故允其所请。这都是冠冕堂皇的话。骨于里却对吴三桂日益猜忌，不予信任，时刻想撤他的职，削他的权。一旦撤藩成功，吴三桂接受朝廷的安排，下一步将如何处置无兵无权的三桂？事情远没有发展到这一步，我们还不能做出肯定的回答。但有一点可以肯定，如吴三桂撤藩后能安分守己，尚能过得去，倘有差错，后果可想面知。
吴三桂在他讨清的檄文中，大谈他当年委曲求全借兵复仇的壮举，反复申明当时跟多尔衮订有立明太子的协议，谴责清朝违背诺言，阴谋夺取了全国政权。对此重大问题，圣祖讨吴的谕旨不曾道及一字，干脆加以回避。这就叫“王顾左右而言他”！圣祖所持的立场，必欲将吴三桂置于死地，悬赏要吴三桂和他的核心成员的头颅。可以看出，圣祖和他的心腹太臣对吴三桂痛恨的程度！由此，我们便推断出，在撤藩前朝廷对吴三桂已经是又怕又恨。所以，吴三桂一叛变。圣祖毫无招安、劝谕之意，却持异常强硬的态度，企图把他衡底消灭。“克期荡平”，颇有灭此朝食之慨，恰恰反映了圣祖急欲消灭吴三桂的基本思想。
圣祖与吴三桂互讨的谕旨、檄文，各持一端，遇有于己不利之事，则避开辩论，而以自己有利之处攻击对方的短处。这才是：一旦翻了脸，历史事实也随之而翻！这也恰恰是历代封建统治者政治斗争的伎俩，是没有多少信义可言的。
圣祖讨吴檄文，与上述军事、政治各项措施及其政策，都是在圣祖接到党务礼、蔡毓荣的报告后，仅仅六天（12月2l~27日）之内做出的，而且都是由圣祖亲自裁定，其中不少是他自己提出来的。政策性的规定和措施，一经确定，圣祖立即付诸实施。大胆、果断、迅速、沉着，体现了年轻的皇帝圣祖的思想风格。这大概是吴三桂始料不及的吧！事实表明，他把圣祖估计得过低了。他认为，只要他一起兵，就会使朝廷、圣祖惊慌失措，手忙脚乱。他想错了。圣祖临事不慌，在紧急状态下，却能有条不紊地进行部署，当机立断，异常迅速地采取果断措施，足以应付眼前突然发生的事变。
从军事上说，圣祖所采取的政策，反映了他的战略思想：以荆州为重点，加强其防御。抵挡叛军的正面北进；以四川、陕西为侧翼，派八旗兵进驻四川，其目的是预防叛军经四川进人陕西，威胁北京；以兖州、太原为南北东西的中继站，集结兵力，随时听调出击。广西方面，授孙延龄以兵权，固守防地，以牵制叛军的北进。这些措施，初步构成了圣祖的战略防御体系，基本符台此时的形势需要。
从政治上来看，圣祖采取的几个实际步骤，也是相当有力的。他停撤平南王尚可喜、靖南王耿精忠两藩，这是对他原定三藩同撤的政策的一个重大调整和修正。撤藩前，圣祖没有预料到将会出现什么麻烦，更没有想到会激起三藩特别是吴三桂的反抗。他所说的“撤亦反，不撤亦反”，是事后的遮掩之词，并非事先想到的。在处理三藩问题上，圣祖确实失之于轻率。如果真像他所说的撤藩“必反”，为何没有预先设防？却只派了几个钦差去办理，以为一切顺利，高枕无忧。事实已经证明，他采取的三藩同撤是一大失误。吴三桂叛变，固然有他的根本利益所在，面圣祖估计不足，政策不当，才使矛盾激化，迅速转变为公开的武装对抗。因此，圣祖的这一政策，不仅激起吴三桂的反抗，而且由吴三桂带头倡乱，又扩大为全国性的内战。毫无疑问，发生这场大动乱，圣祖是不能推卸责任的。值得赞许的是，圣祖能在事变面前，很快认识到区别对待的必要性，因而迅速地改变三藩同撤的政策，紧急下令，尚、耿两藩停撤，诏削吴三桂王爵，发布通告，声讨其叛乱。这一结果，不过是实施了撤藩前大部分大臣所主张的区别对待的政策。那时，他们同意尚、耿两藩搬移，主张吴三桂留镇，怕的是他闹事。此刻，颠了个倒，让尚、耿留下，只撤吴藩，削去其爵位，把他置于朝廷的叛逆地位。圣祖这样做，目的是稳住和安抚尚、耿不使其倒向吴三桂一边，不得不区别去留，分化三藩的势力。从平叛的需要出发，留下他们镇守地方，实为必要。否则，二藩一撤，福建、广东一时无人防守。岂不是丢给了吴三桂！
圣祖对广西将军孙延龄的政策，也体现了他孤立吴三桂的意图。当三藩请求撤藩时，也波及到是否要撤孙延龄。他原是定南王孔有德属下一个无名小卒，后被有德赏识，不断提拔，还把自己的独生女儿孔四贞嫁给了他。他如登龙门，今非昔比了！有德死后。朝廷为追念其功绩，特令延龄为“广西将军”，“掌管王旗”，驻桂林。他出身卑微，才望“庸劣”，为朝野所轻视，平时，他擅自杀人犯法，已被都统王永年揭发。现趁三藩并撤时，朝廷内外诸臣，开始攻击他，要求撤他。广东道御史鞠殉，首先“开炮”，参奏孙延龄。奏文一开头，就说他原是一个“标员”，“年齿素轻，位权未重”，只因他配定南王之女，才执掌该王所属军队。接着，说他“终属外姓，论名分”，他无承袭勋爵之理；论军心，“多有未肯帖服之情”。鞠珣又引述广东广西总督金光祖的奏疏中揭发孙的许多不法之事。他要求将孔四贞跟孙延龄“撤回京师”，孔有德所部官兵，或归并正黄旗，或分隶八旗，另派将军统辖。孙延龄本不足道，朝廷并不担心他会生事，因此并不想急于把他撤下来，而是派官调查后“再议”。经查证，犯罪属实，将他罢职。三桂一叛乱，圣祖便改变了主意，特授他“抚蛮将军”之职，令其固守广西。圣祖由轻视一变而为重视，其意仍是孤立吴三桂。况且孙延龄毕竟是定南王孔有德的旧人，并有孔四贞佐助，只有用他为将，统率孔有德旧部，可保无乱。笼络住孙延龄，亦能稳住军心。从集中力量打击吴三桂这个主要敌人的战略考虑，圣祖的这一政策是可取的。
以圣祖为首的清朝统治集团对吴三桂的态度，从一开始就栗取了毫不妥协、坚决镇压的立场。其一系列措施，都表明他把吴三桂视为最主要、最危险的敌人。圣祖发布的讨吴三桂谕旨已清楚地说明了这一点，即使又相继发生了陕西王辅臣、广西孙延龄、福建耿精忠等人的叛变，他仍然坚持把吴三桂作为主要的对手和打击目标。他所采取的一系列政策都是针对吴三桂的。这一点并没有错。然而，在平叛初期，圣祖和谋臣们对整个形势估计不足，总以为吴三桂一人造反，翻不了大局，平息不难。尽管他曾在几个战略要地部署兵力，不过是预防性的，不曾料到平息吴三桂叛乱后来所遇到的困难，也不曾想到平叛时间如此之长。正是基于这个思想·他根本就不想和吴三桂和解。不久。叛乱几乎蔓延到全国，他才感到形势的严重，一度被迫向吴三桂作出和解的姿态。
一场关系清朝命运的殊死大搏斗正在展开，谁胜谁负，一时还难以预料，人们正拭目以待。
三、轻取四省，康熙怒杀姑父
吴桂从昆明出兵，势如破竹。
吴三桂进军的第一个目标是贵州。当地军政官员几乎全部投向了吴军。吴三桂把胡国柱留镇云南，自率诸将取贵州，于康熙十二年十二月二十八日驰至贵阳。马一宝已前驱人城，贵州提督李本琛迎降。李本琛是甘肃西宁人，原明总兵官高杰的外甥。他最初是总督洪承畴的部下，官至游击。明亡后，弘光政权大学士史可法推荐他为总兵，隶属高杰。后来，高杰被李定国杀害，任命他为提督，统其部属。顺治二年，豫亲王多铎南征，本琛事部十余万降清，以原官随大军菠江。平定江南后，他回到北京，隶属汉军正黄旗。顺治十年，他随同洪承畴再次南下，协助承畴经略五省。顺治十二年，加右都督，充任左标提督总兵官。顺治十四年，随承畴取贵州。顺治十六年，经承畴推崇，授贵州提督，特加太子太保衔，以表彰和奖励他立下的军功。吴三桂任云贵总管后，两入关系密切起来。当吴三桂辞总管时，他上琉陈述吴三桂功绩，请求朝廷继续留任他。由此可见他们的关系非同一般。
李本琛是贵州的军事长官，他投向吴三桂，清朝在贵州的军事即告瓦解。吴三桂一到贵阳，就授他为“贵州总管大将军”之职。本琛欣然受命。
在李本琛之后，投降吴三桂的还有贵州巡抚曹申吉。这里，需略作交代。他是山东省安邱人。他既不是靠降清得仕，也不是以军功升职。他是在顺治十二年考中进士后，始步入仕宦之途。先授庶吉士，再改授内翰林院国史院编修，充任日讲官。此后，又历任多职，至康熙六年提升为礼部侍郎，狄年，授以显职贵州巡抚。他的简历表明，他在仕途上一帆风顺，而且进展很快。他与明朝并无政治关系，跟农民起义军也无丝毫瓜葛，他所得到的一切荣誉和地位，都是清朝给的。谁料吴三桂到了贵阳后，他也乖乖投靠了吴三桂！仍以原官出任贵州巡抚。
辽东人王永清，以黔西镇总兵官叛清“从逆”。圣祖说他“身膺重任，甘心从贼”。
吴三桂兵进贵阳，兵不血刃，传檄而得贵州全境。该省曾由吴三桂总管，心腹遍布各处，后来吴三桂辞总管任，该省在实际上仍是吴三桂的势力范围，处于他的控制之下，他的讨清檄文最先到达这里，他的心腹即起兵响应。
康熙十三年（1674年）伊始，吴三桂正式称“周王”，废弃康熙年号，称周王元年，改元“利用”，同时废康熙制钱，自铸货币，名日“利用通宝”。
有一儒生，曾上书吴三桂，对他改年号提出不同意见。他说，应奉明朝为宜，仍称前朝所封“平西伯”，有鉴于以往的教训，宜应“缟素待罪，以告天下”，那么，忠臣义士谁不倾心于复明的事业！而今义旗一举，便自视为“开国”，建立新朝，岂不是瓦解天下人之心！自此，人们看清王的志向不在复明，有谁还能随从你呢？
从一六四四年清军入关，夺占北京，明朝亡国，至吴三桂叛清，刚好三十年；如从永历帝被擒，南明覆亡，也只有十余年。明朝的遗老大都健在，明亡时二十岁前后的人，到这时，也不过三四十岁。他们对前朝的事记忆犹新，仍抱有怀恋之情，特别是那些曾同明朝共命运的人，其怀恋的感情怕是更深沉、更强烈，复明的愿望尚未泯灭。一旦有机会，这些人就会毫不迟疑地参加反清复明的斗争。因此，打出复明的旗号可能更有号召力，也符合人们的普遍愿望々但是，吴三桂集团的大多数人的想法并非如此，他们自恃武力，急欲夺取全国政权，建立一代新王朝，一跃而成为开国勋臣，宁肯拥戴吴三桂为新君，却不愿再立明朝的旧名号。吴三桂则惧于以往效忠清朝、绞杀明朝无法向天下人交代，不如创立新朝。这位儒生建言，让他公开坦诚地表示悔罪，求得天下人的谅解，大事可成。吴三桂做不到这一点，因而对其建言置之不理。
康熙十三年（1674年）下半年，吴三桂聘请原明朝步卿李长祥，待之宾礼，向他询问方略。李长祥说：“赶快改定为大明名号，以收拢人心，立怀宗（明崇祯帝）后裔，以鼓舞忠义。”吴三桂把李长祥的话拿来向方光琛和胡国柱征求意见，他们坚决反对，说：“当初项羽立义帝后，又把他给杀了，反而动了天下之兵；而今天下在王（三桂）掌握之中，它日又置怀宗后裔于何地呢！”说来说去，他们就是要建自己的一代工朝，与其后来把所立明朝后裔杀掉篡位，倒不如现在干脆就不打明朝的旗号，立自己的名号，才名正言顺。他们也自恃天下已在掌握之中，用不着再打已故明朝的名号为自己起义的旗号。但没有想到随他起义的都是明朝的遗将，他们都是对明朝有怀念之情的将士，打上复明的旗号，能更多的收买人心。