同时，王世桢提出“专家治行”的思想。各级领导班子和主要业务部门负责人要从具备一定金融理论知识、有实际领导和管理银行工作经验、有高级技术职称或高学历的人员中选拔。
1987年9月，一位主持日常工作的副行长因为一笔1000万元贷款的审查失当被降职为部门经理，招商银行开始转向走“专家治行”的路子。1987年10月，王世桢“三顾茅庐”聘来已从中国银行武汉分行行长位置上退休的薛禹闰同志担任常务副行长（当时称常务副总经理），同时聘请了一批来自国有专业银行的业务骨干。当时领导班子全是博士、硕士，都是金融专业人员。各分行的行级领导也都是具有高级技术职称的、在银行工作多年的专业人员。
而“专家治行”在1993年更是发展到了极致，王世桢在1993年3月27日召开的招商银行第八次董事会（这次会议被招商银行内部称为“七大”）上，举荐新一届招商银行领导班子，聘任李麦秋同志为常务副行长，万建华、施永庆、章秉权、陈伟同志为副行长。李麦秋、万建华、施永庆、陈伟均来自中国人民银行系统。
除了“专家治行”，王世桢还提出要通过“公开招聘”广纳人才。第一次公开招聘，就提拔了几个支行行长、部门经理。1991年，招商银行组织了六次面向全国的公开招聘，应试者达1000多人，通过考核、面试择优录用107人。
王世桢说：“招商银行不会埋没人才。只要你有聪明才智并发挥出来，就一定不会被埋没。”
除了选拔人才，招商银行从成立开始就特别重视人才的培养。
王世桢向董事会提出：“有两件事你别限制我花钱，一是培训人才，二是搞电脑。”对此，董事会也很支持，现在的培训中心和电脑中心成了招商银行在深圳最早的两栋物业。而人才和技术也成了日后招商银行的核心竞争力。
这一系列如今看来司空见惯的举措在当时不啻一股清新的改革之风，极大地调动了员工的自主性，使招商银行逐步树立起了优质服务的社会形象。王世桢说：“一个有利于广揽人才、发现人才、培养人才的用人机制，正是招商银行取得成功的主要原因。”
增资扩股
有好的机制、好的队伍，还要有战略性的科学决策。王世桢日后总结道：“作为一把手，要有思想，要善于思考，善于决策。”
这期间，王世桢主导了招商银行的两件大事：确定全国性银行的发展目标；增资扩股，确立现代企业制度。这为其日后发展奠定了极为坚实的基础。
经过艰苦努力，招商银行取得了一定的经济效益。1987年年底，全行资产总额为人民币4.4亿元，到1988年年底，资产规模达24亿元，实现税前利润3246万元。1992年年底，招商银行总资产达99.6亿元。
但是，由于银行业务涉及全国部分大中城市，而招商银行营业机构局限在蛇口一隅，大量的资金组织不进来，向各地发放的贷款又不好管理，这种状况很快成为制约招商银行进一步发展的严重障碍。针对这种状况，王世桢认为招商银行应该向全国性银行的目标发展。
然而，仅凭一家股东，招商银行是难以把规模做大的，若不形成一定的规模，银行的作用就难以真正体现出来，为中国金融体制改革探索新路子也就只能是一句空话。既然要办银行，就应该办成真正的银行，就要为银行将来的发展着想。企业办银行是一个新生事物，是一种改革，而完善银行体制，也是一种改革。
王世桢回忆：“1个亿资本金太少，但让招商局拿出很多资金也不可能，而股份制是中国正在走的道路，是个方向，于是我就向集团提出，招商银行是不是搞股份制，招商局由独资变为减持股份？”
在1987年11月16日召开的招商银行第二次董事会上，王世桢提出了招商银行向全国性银行发展的目标和增资扩股的想法，将招商银行由独资兴办的银行改变成股份制的商业银行。
袁庚等招商局的领导十分开明，没有把银行变成自己的“私有钱庄”。董事会同意了王世桢的提法，并对银行章程进行了修改。经过半年的酝酿，1988年8月11日召开的第三次董事会通过了增资扩股的方案。
1989年1月17日，中国人民银行下文，同意招商银行资本金从1亿元增加到4亿元，股东由1家增加到7家。新吸纳的股东包括当时的中国远洋运输总公司、交通部广州海运局、广东省公路管理局、山东省交通厅物资工业公司和中国海洋石油南海东部公司，最后一家是秦皇岛港务局。这一次增资扩股的范围并不大，然而，招商局持有的股份却由100%减至45%，走出了至关重要的第一步。这次增资扩股带来了很大的影响，招商银行成为中国第一家由大企业法人持股的股份制商业银行，建立了股份制银行决策经营制度，为中国银行产权制度改革提供了宝贵的经验。
随着业务的发展，1993年招商银行又进行了第二次增资扩股，壮大资金实力。第一次增资扩股的范围还只是在交通部系统内，但1993年，交通部系统也拿不出更多的资金，招商银行采取了“社会公开募股”的方式，这一举措进一步摊薄了招商局和交通部系统的股份。招商银行成立了“扩股增资工作小组”，兰奇任组长。第一次增资扩股是没有溢价的，1股1元钱，但第二次增资扩股则成功实现溢价发行。注册资本增加到11.23亿元，股东突破交通部系统，增至98家。
再后来，招商银行又进行了几次增资扩股，注册资本增加到42亿元。
走出蛇口
1993年3月27日招商银行召开了第八次董事会，会议上通过的总行领导班子新旧交替、二次扩股增资、迁址深圳市区三项重大决策，促使招商银行只用了四五年的时间，实现了从较小区域市场走向全国的梦想。
当时把总部搬迁到深圳是很有难度的。王世桢事后回忆，当时“向董事会提议并做了大量工作”。招商银行当时最好的车是一辆奥迪100，车上写的是“蛇口招商银行”，给外界的感觉是，招商银行是蛇口的银行，这一公众认知强烈阻碍了招商银行实现全国性银行的发展目标。
招商局旗下第一家搬离蛇口的金融企业是平安保险，1991年平安保险搬离蛇口。据说，当时袁庚是有想法的。某种程度上，由于平安保险从蛇口迁到深圳，使蛇口成为南方的金融中心变成了泡影。但后来，袁庚的想法发生了转变，转而支持平安保险和招商银行走出去。
1994年，招商银行成功实现总部搬迁至深圳。事实证明，这半小时路程的距离，对招商银行的发展具有战略性影响。
而真正确立招商银行全国性银行地位的是北京分行的建立。
说到北京分行的建立，离不开一个人——后来任招商银行副行长的万建华。万建华自“五道口”毕业后留在中国人民银行总行从事宏观研究。1992年，万建华在澳大利亚读博，回国探亲的时候，途经香港，受到王世桢的热情接待，王世桢力邀万建华加盟招商银行。由于参与创办招商银行，万建华对招商银行一直非常关心。当时，深圳在邓小平“南方谈话”的推动下，更是热火朝天，万建华后来叙述，在当时有志青年眼中，深圳好比当年的延安。而从事理论研究的万建华也有自己去商业银行实践的冲动。于是，在王世桢的力邀下，万建华没有过多的思量就毅然决定加盟招商银行。
1993年4月，刚刚加盟招商银行两个月的万建华接到陈小宪的一个电话。当时陈小宪是中国人民银行北京分行副行长，这一次随北京金融考察团到的深圳。这个考察团由北京各综合经济部门的副职组成，受北京市领导的交代，到深圳谈金融合作，引进深圳新的金融机制。此前，深圳市政府领导和北京市政府领导已经会过面，表示要加强两地的金融合作。考察团来了，深圳市政府安排见面的是深圳发展银行。考察团和深圳发展银行谈了一天，谈得有些乏味。
第二天，陈小宪就给万建华打了这个电话。老同事、老朋友来深圳，自然是要见面，两人就约了一起吃饭。没想到，就是这次会面开启了中国人民银行与招商银行之间的合作。
经过洽谈，招商银行提议双方出资成立招商银行北京分行，按照管辖分行的模式运作，并以分行的名义筹集1亿元资本，招商银行占50%，北京市方面找了几家公司出资占50%。
当时交通银行、广东发展银行都是二级法人，各级分行都是和当地政府合作，搞二级法人，银行运作风险很大，总行没法管，容易失控。当时中国人民银行正在研究，要求两家银行把二级法人变成一级法人，各级合资分行都变成独资分行。那边要撤二级法人分行，这边要设二级法人分行，显然不合适。中国人民银行在处理文件的时候就加了一段，同意招商银行北京分行设立，作为一个改革的探索，但批准为招商银行全资直属分行。
这事出乎所有人的意料，批下的文也不能退回去。就这样，招商银行借着与北京市政府的合作，顺利进入北京。而北京市方面的投资则投到了招商银行总行，在总行层面上合作。北京市政府还下了文：同意陈小宪任招商银行北京分行行长（正局级），招商银行北京分行为局级单位管理。
1994年7月8日，招商银行北京分行正式开业。
在此期间，沈阳分行、香港代表处、兰州代表处、西安代表处、海南代表处也相继成立，至此，招商银行初步形成“全国性股份制商业银行”的格局。