在互挖“墙脚”的同时，又都利用宫中各种关系，在父皇面前，诋毁对方。建成与齐王元吉常住京城，宫中关系较多，在这方面占有优势。据说二人曲意伺奉父皇跟前诸妃嫔，贿赂无所不至，以求在父皇跟前说好话。而世民则不事妃嫔父皇，遇事还要坚持原则，故多得罪之处，妃嫔们自然不会在高祖跟前说他的好话，有时还要说坏话。一次李世民侍宴宫中，因思念生母早亡，不能见到后来的情况，不禁流下眼泪来，高祖看见后不大高兴，诸妃嫔乘机进谗说：“现在天下无事，皇上年龄已大，正应该好好享乐高兴，而秦王却流泪，肯定是憎恨我们这些人。您老人家一旦万岁以后，秦王还能容得下我们母子？肯定会把我们都害了！”并痛哭流涕，说：“皇太子仁孝，陛下如果能将我们托付于太子，太子一定能保全我们！”高祖听了，自然越发对李世民不满，对李建成有了好感。只要遇有机会，建成、元吉与世民又都分别偷偷地觐见父皇，直接在高祖面前攻讦对方，高祖只好根据当时的情况，说些不痛不痒的和事的话。
随着双方矛盾的越来越激化，从肉体上消灭对方的谋害行为也时有发生。可能由于史传者的掩饰，似乎这类行为均由建成和元吉所为，世民则除了最后一次动手玄武门外，并无它举。据史载，元吉曾不止一次要亲自动手消灭世民，但建成曾加以阻止，多少反映出建成本性中厚道的一面。史载比较明显地谋害李世民的行为，至少有两次。一次是乘高祖郊外行猎之时，建成将自己的一匹烈性胡马让给世民，并请世民陪猎。世民乘此马逐鹿时，烈马几次狂跳，将世民摔出一丈多远，险些丧命。世民后来对人说：“他（指建成）想用此马害我，但死生有命，这有什么用处！”建成获悉后，又让妃嫔在高祖耳边进谗：“秦王说他有天命，将为天下主！”高祖大怒，把世民召进宫大训一顿，说：“天子自有天命，不是智力可求的，你急的什么？”并要下狱审讯，恰因突厥人寇，不得不用李世民，方才免审，让世民带兵迎战突厥。另一次是建成请世民赴宴，酒中下毒，世民饮后心痛不止，并吐血数升，幸亏回府后解救及时，方保住生命。
对双方的这种越演越烈的明争暗害，作为父亲的李渊当然比谁都感受深切。但他处在两难之中，一方是按照传统原则确定的皇位继承人，另一方是功业盖世的实力人物。手心手背都是肉。在通常情况下，他只能是居中调停，希望缓解双方的矛盾。在特殊情况下，他也曾动过解决一方的念头，但最终没有实际行动。史载武德七年（624年）六月，高祖带世民、元吉去了仁智宫，留建成居守京都。原任太子东宫侍卫的庆州都督杨文干私募壮士送往长安。建成在元吉陪父皇去离宫时，曾暗嘱元吉就便除掉世民，同时又派手下二员郎将给杨文干送去甲杖，欲里应外合，但这派出的两人却往离宫向高祖报告，高祖大惊，手诏建成赴离宫，建成犹豫再三，还是遵命前往，被高祖囚禁；高祖同时派人去庆州召杨文干，杨干脆举兵反叛。高祖派李世民去剿灭，并在临行前有所许愿。世民去后，李元吉与妃嫔在高祖面前，再三为建成说情，封德彝等朝臣也为之劝解，高祖又改变初衷，复让建成回京师留守。世民当然大失所望。既然作为父皇的高祖李渊不愿也无法解决问题，剩下的途径，好像就只有兄弟相残、流血宫门了。
就在双方闹得不可开交的时候，突厥南侵。建成推荐元吉率军北征，并准备乘机带走世民手下的一些将领，高祖同意。据说建成与元吉密谋，要在世民为出兵送行之际，除掉世民。有人将这一机密告诉了世民。大难临头，世民召集手下文武商议，长孙无忌、尉迟敬德等人力主世民先发制人，迅速除掉建成与元吉。世民决心下定后，秘密入宫见高祖，告建成、元吉种种不法行为，并将欲借出兵送行之机加害自己的阴谋也一并告发。高祖听后，愕然半晌，说：“明天我亲自鞠问，你应早一些向我报告。”
世民料定建成、元吉明早会进宫见父皇，便在必经之门——玄武门设下伏兵。第二天早上——武德九年（626年）六月四日早上，李建成和李元吉在得到宫内张婕妤派人送来密报后，果然趋马直奔玄武门而来，要进宫见高祖去辩驳世民的告状。这时早已埋伏在玄武门的伏兵袭击建成和元吉，建成被李世民砍死，元吉被尉迟敬德射杀。建成的随从本想发动攻击，但见主人和齐王元吉已被害，立刻瓦解了。李世民见大功告成，即派尉迟敬德进宫去向高祖报告。高祖当时正在宫内湖上划船，大惊大怒之余，也只好面对现实，3天后即顺势而立李世民为皇太子，两月后，正式传位于李世民。世民即位，号太宗，次年改元贞观。这就是“玄武门之变”。
对于“玄武门之变”，当时及后世的人们，评说不一。但无论褒贬扬抑，大都囿于事件本身及相关人物。如果我们将眼光放长远一些，则可以从这一事件之中，发现封建时代皇位接班人培养制度中无可克服的一些弊端，对现代社会人事制度的改革，也不无警戒之处。
“玄武门之变”发生后，当时的史传记载，多有曲饰。据说还是唐太宗本人非常关心对这件事的记载，几次提出要看实录。房玄龄等人把删简后的实录呈上，太宗看后，觉得文字记载，语多隐晦，就对房玄龄说：“从前周公讨平了管叔、蔡叔的叛乱而周朝安定，季友毒死了叔牙而鲁国安宁。我做的事，其大义与这些事相同，是为了安定国家，有利于百姓的缘故罢了。史官提笔记录，何必费神去隐瞒？应立即删除虚饰多余的文字，直截了当把事情原委写出来。”魏征也趁机进言说：“我听说皇帝处在极尊贵的位置上，没有什么顾虑惧怕，国史是用来惩罚坏的奖励好的，记载不真实，后代有什么可看呢？陛下现在命令史官改正文词，符合最公正的修史原则。”无论唐太宗对自己一手策划的这件事的性质的评价是否正确，他对修史者的这种要求，无疑是值得称道的。
尽管如此，后人对“玄武门之变”的史载真实程度，仍颇多怀疑。至于对这件事的评价，则更是见仁见智，众说纷纭。但无论是褒是贬，是扬是抑，大都是就事件和人物本身加以分析评说。直至今天，国内外的史学界，也还没有一个比较统一的认识。这也是很正常的。
如果我们将视野稍微放宽一点，将眼光稍微放长远一点，就不难发现，唐朝的“玄武门之变”，以及封建社会中其他一些类似“玄武门之变”的事件，揭示出封建时代皇位接班人制度中无法克服的一些弊端。这些弊端，对当代社会的人事制度改革，也有一定的警戒作用。
有人曾对正史所载的中国封建社会中历朝皇位继承的情况作过一个粗略的统计，结果发现，按照封建社会皇位继承原则，以嫡长子为皇太子，以皇太子继承皇位的，不到历朝历代皇帝总数的一半。就是说，大多数后来登上皇位的人，并非是按正常的接班人制度和程序培养出来的人。“玄武门之变”中登上皇位的李世民，只是其中的一个。这难道不令人深思，从接班人制度中，而不是从单纯的具体的接班人身上去寻找原因吗？
预立嫡长子为皇太子，以皇太子为皇位的法定继承人，这种皇位接班人选择培养制度，有其一定的必然性和合理性，但在封建专制制度下，又有其自身无法解决的弊端和矛盾。
古人取水首先，它不能保证所选择的继承者的优秀性。这是因为，既然是嫡长子承位，那么，不管这个嫡长子本身的素质如何，够不够格。他一生下来，就是法定的皇位继承人。嫡长子的皇位继承人地位一旦确定，别的优秀者就无法与之进行公平的竞争，只能诉诸非法渠道和手段，这既不能保证优秀者就一定能够取而代之，又加剧了统治秩序的混乱。嫡长子的皇太子地位一旦明确后，他往往会囿于名位而失去更多的实践机会，不能更好地培养、造就自己所需的优秀品质、才干和业绩，这本身难免给自己顺利接班带来不利的因素。李建成被立为皇太子后，大部分时间坐守京师应付日常事务，李世民则经常挂帅四出征战，二人的业绩与威望差距越拉越大，随着实力的变化，地位的易换也就在所难免了。
其次，它极易招来各方势力的或明或暗的攻击。在权力之争中，皇位是最具诱惑力的。一个人一旦被预立为皇太子后，就等于在社会上，尤其在权力角逐场中竖起了一块最大的靶子，任各种人物从四面八方来射击。不用说那些原本平庸之辈，就是品质才干极为优秀者，也常常防不胜防，难以招架。多少被立为皇太子者，其中也不乏极为优秀者，在登上最高宝座之争中，被攻击得遍体鳞伤、气息奄奄，有的就是在到达最高宝座的一步之途中，倒了下去。在没有普遍的、平等的、公开的竞争中，以一人之身去敌万人之争，成功率能有几何，是不难想见的。
还有，它常常会造成皇储与皇权之间的矛盾。在封建专制制度下，皇权是不可分割的，具有极强的排他性。皇权与相权的长期矛盾和斗争，就是明证。皇储（太子）与皇权（皇帝）之间，同样极易形成矛盾和斗争。在多数情况下，皇储在受到四面八方的攻击中，如果与皇权尚无大的矛盾，还可抵挡一阵，若本身已与皇权发生严重矛盾，则前途就会非常不妙。多少被立为皇太子者，他的安危成败，往往系于皇帝一念之中。以一人之身敌万人之争，难；以皇太子一人之身应付皇帝一人之身，也难；有时，甚至更难。就这一点而言，在引发“玄武门之变”的过程中，唐高祖李渊自始至终没有对太子李建成采取易位的行动，是十分难得的，尽管他和皇太子之间不是没有任何矛盾。虽然他的努力没有成功，最终还是发生了兄弟相残的宫门喋血事件，但在这一制度的框架之中去评价高祖，确实不能苛责于他。李世民以实力问鼎并且获得成功的事实说明，符合人类社会生存进化基本规律的力量，总要与有碍于社会文明进步的制度之间发生冲突，并在不时的胜利中推动社会进步。
对于封建时代皇位继承制度的弊端，在当时社会中也不是无人知晓。为了减少矛盾和可能发生的弊病，有时也做过一些改动。如清朝的皇位继承人，采取由皇帝选择人选后秘藏于诏而不宣的办法，这似乎减轻了被立为皇储者所受的攻击和压力，但同样没能从根本上避免上述的种种矛盾和弊端，有时，还会把问题弄得更加复杂化。如雍正皇帝即位问题，至今仍是一个谜，在他即位的过程中，兄弟争斗相残的程度，也不亚于前朝前代。历史的经验教训一再告诉我们，只有采取与当时社会发展程度相适应的办法，尽量用平等的、民主的、公开的原则和办法选拔人才，才能确保真正有才德的人在能干事的时候走上能干事的岗位，推动人类社会一步步向文明进步的方向发展。