万历二十八年（1600年）初，朝廷派遣总督李化龙集结四川、贵州、湖广各路地方军合力剿匪，马千乘与秦良玉率领三千白杆兵也征召之列。虽然播州山高水险，白杆兵却如神兵出没，经常给予叛军出其不意的打击，出奇制胜，这自然都得益于长期严格的山地训练及特殊装备。叛军亦闻风丧胆。
虽说政府军攻势强大，叛军仍负隅顽抗，调集所有兵力死守播州城，分别在邓坎、桑木、乌江、河渡和娄山关设下五道关卡，每道关卡上均布置精兵防守。作为主力先锋，秦良玉带领五百白杆兵攻打邓坎。邓坎守将杨朝栋根本不将区区五百兵力放在眼里，五千精兵全部列阵准备一举歼灭秦良玉一部。面对十倍于己的敌军，秦良玉毫不畏惧，身跨一匹桃花马，手握一杆长矛，威风凛凛地杀入敌阵。敌兵迅速如潮水般涌来将其团团围住，秦良玉丝毫不乱方寸，左挑右砍，东突西冲，长矛飞舞之处，敌兵纷纷殒命。待渐渐靠近主将杨朝栋之际，她忽然飞身腾跃，众人尚未反应过来，杨朝栋已被揪至马上牢牢钳制。主将被擒，敌军立时阵脚大乱，白杆兵乘胜追杀，半晌工夫，五千敌兵死伤无数，溃不成军。
攻下邓坎后，剿匪大军乘胜追击，又顺利地拿下了桑木、乌江、河渡三关，直达播州外围的娄山关。娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，山势高峻险要，道路狭窄，与海龙囤并称天险，堪称播州城的天然屏障，易守难攻，仅凭一条小路通行，大批兵马只能望而兴叹，实属“一夫当关，万夫莫开”之地。白杆兵再次接令攻打娄山关。详细研讨之后，秦良玉与夫君马千乘决定不予强攻，转而巧取。这天凌晨，秦良玉与丈夫双骑并驰，前往关口正面诱敌，两杆长矛上下翻飞，挡关的敌兵应声而倒。后面援兵赶紧前来救援，敌兵越聚越多将秦良玉夫妇层层围住。此时数千白杆军突然从天而降，由关口两侧包围过来，敌兵防不胜防，损失惨重。原来，趁秦良玉夫妇诱敌之际，白杆兵将士从关卡两侧的悬崖处，凭着白杆长矛首尾相联，攀越上关，出其不意地击杀敌军。攻下娄山关后，剿匪大军一鼓作气，攻克了叛军据点播州城，杨应龙与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。
万历二十八年（1600年）十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于闹市。至此，平播一战以明廷完胜告终。论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，秦良玉随夫出征便展露锋芒立下汗马功劳，“连破金筑七塞，取桑木关，为南川路战功第一”，其巾帼不让须眉的英勇行为得到了大明总督李化龙的嘉奖，他命人打造了一面镌刻着“女中丈夫”的银牌赠予时年二十六岁的秦良玉，立时“女将军”的英名远播四方。
播州之役虽然耗费了湖广、四川、贵州三省财力，但是，正如当时的官员朱国桢所说，如果不平定播州，四川周边的少数民族就要纷纷效仿杨应龙，非但四川不保，云南、贵州也可能不保。后来，瞿九思编《万历武功录》，称平定杨应龙是“唐宋以来一大伟绩”。
鸳鸯袖里握兵符
万历四十一年（1613年），马千乘死于狱中。《明史》记载，石柱部民状告马千乘，朝廷将其逮捕入云阳狱，不久病死狱中。其实真正的死因是，万历派遣太监丘乘云前往石柱监督开采银矿，这些下派的监税太监大权在手，胡作非为，以开矿为名义，到处敲诈勒索。马千乘因开矿之事得罪丘乘云，丘公公索贿不成怀恨在心，指使手下捏造罪名，将马千乘投入云阳狱中，马千乘终不堪折磨病重而死，年仅 41岁。
马千乘冤死，昔日温馨和睦的家庭而今仅剩孤儿寡母，石柱百姓群情激奋，纷纷要求向大明朝廷讨个说法，惩戒丘乘云。秦良玉深明大义，毫无反叛之心，含泪隐忍埋葬了丈夫，甚至再三劝解众人，晓以大义。按土司父死子袭，子幼则妻袭之制，因此时马家的继承人马祥麟年纪还小，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，遂令袭职，任石柱宣抚使。秦良玉得掌兵柄，从此卸裙钗，易冠带，侍女卫队皆戎装雄服。在那个男子拥有绝对话语权的时代，一个女子要在一群男子中发号施令实属不易，但她却以柔弱的双肩担起了丈夫遗留的千金重担，不但力保石柱一方平安，更在之后的南征北讨中，声威大震。《明史》中这样称赞秦良玉：“为人饶胆智，善骑射，兼通词翰，仪度娴雅。而驭下严峻，每行军发令，戎伍肃然。”
光阴荏苒，就在万历皇帝大肆怠政、纵情声色的时候，东北的白山黑水之间，女真一族已悄然崛起。
万历四十四年（1616年），女真酋长努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁新宾县）建立“大金（后金）”，开始连连发动对明朝的进攻。
万历四十七年（1619年），萨尔浒一役（战场在今辽宁抚顺以东），明军惨败，开原、铁岭沦陷。明神宗调集八万大军征边应敌，不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。辽东官兵“一闻警报，无不心惊胆丧”，甚至“装死苟活，不肯出战”。辽东军情告急，严重威胁大明国都北京城的安全。举朝震惊。朝廷急调永顺、保靖、石柱、酉阳等土司兵赴辽救援。此时已四十六岁的秦良玉立即调遣其兄邦屏、弟民屏率五千白杆兵先行，接着自统精卒三千与子祥麟赶赴辽东战场。邦屏、民屏率兵抵辽阳后奉命镇守沈阳西南浑河附近。
万历四十八年（1620年），秦良玉的白杆兵已与后金军队打了几场硬仗，极大地挫伤了后金兵的锐气。这时，明神宗万历皇帝朱翊钧驾崩，享年 58岁，葬于定陵。明光宗朱常洛继位，光宗在位仅一个月就崩逝，十六岁的皇子朱由校登上皇位，是为明熹宗。万历长达三十年的罢工，明朝朝政长年陷于瘫痪，已内外交困，风雨飘摇；加之前后仅短短几个月时间频换皇帝，朝廷一时无人主事。天启元年（1621年），后金再次乘虚而入，一举攻占沈阳，气焰更加嚣张，势头更加猖獗。
为了尽快夺回大明国土，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏率“白杆兵”一马当先，强渡浑河与后金兵激战，无奈遭敌兵四面袭击，因寡不敌众，秦邦屏和千余士兵战死沙场，秦民屏身陷重围。秦良玉闻讯，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。浑河血战虽未能取胜，却在极其艰苦的情境下杀敌数千，重创后金部队，被誉为“辽左用兵来第一血战”。兵部尚书张鹤鸣奏称：“浑河血战，首功数千，实石砫、酉阳二土司功。”
浑河血战之后，因秦良玉智勇双全，朝廷命她镇守榆关（山海关）。秦良玉则先遣使入都，赶制一千五百件冬衣抚恤士卒，随后整顿余部，亲率三千精兵直赴榆关。榆关是后金占据辽阳进窥中原必经的咽喉要道。后金军屡次派重兵前来叩关挑衅，秦良玉却毫不理会，她坐镇榆关，一方面抚恤百姓，救济饥民，安定民心；一方面命令部下加强戒备，戮力防守，伺机而动，榆关防务固若金汤，有力地挫败了敌军的挑衅阴谋，有效地打击了后金南侵的嚣张气焰。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭镞，援弓连发三箭，射死三个敌人，后金将领大惊，从此不敢轻易再来山海关挑衅。为此，马祥麟在军中还获得了“赵子龙”、“小马超”的美誉。
北上援辽却遭遇兄亡子伤，年近五十的秦良玉悲痛万分，她上书皇帝，陈述了白杆军作战及伤亡情况。天启皇帝闻报，深为感动，御赐“忠义可嘉”匾额，并赐良玉诰命夫人，进二品官服，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授民屏都司佥事之职，也重赏了白杆兵众将士。不久榆关战事稍平，秦良玉奉令回川再征兵二千援辽，抵达石柱仅一天，正赶上永宁宣抚使猓猡族奢崇明反叛。奢崇明以奉诏率兵二万援辽为名，进入重庆，久驻不发，自称大梁王。继而乘虚进逼围困成都，严重破坏了抗清的形势。奢崇明的党羽樊龙占据重庆后，听说秦良玉带兵回到了石柱，由于同为“土司”乡亲，便派人携大笔珍宝前往石柱与秦良玉“通好”。秦良玉大怒：“我受朝廷厚恩，正思报效国家，岂能与叛贼为伍！”当即斩了贼使，并火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻占重庆。紧接着，她又挥师西上救援，派民屏、侄儿翼明、拱明率四千兵马倍道兼行，自带六千精兵长驱西进，直赴成都，赶走了围攻成都的奢崇明部众，先后拿下红崖墩、观音寺、青山墩等几个大寨，彻底消灭了叛军势力。当时川地一带诸土司“自治”部落皆收受叛军贿赂，大多数逗留观望，唯独秦良玉率石柱兵奋勇拼杀。明廷叙功，授秦良玉为都督佥事，拜为石柱总兵官，她的兄弟和子侄皆获擢升。成都之围顺利解除之后，秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的百姓纷纷涌上街头，扶老携幼，争相一睹女将军风采。这时秦良玉已是五十开外，虽然青春不再，但是数十年的戎马生涯，却将其磨砺得英姿勃发、气宇轩昂，双目炯炯有神，双颊红润饱满，身跨桃花马、手持梨花枪，尽显大将风范。成都百姓将其奉若神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜。都人闻白杆兵至，聚观者如堵，马不能前。
成都巡抚朱燮元设盛宴为秦良玉及部众庆功，秦良玉与当地官员同坐一桌，开杯畅饮。酒酣耳热之时，一位临座的巡抚署官员，也许是被秦良玉酒酣面红的神态迷住了，竟忘乎所以地从桌下伸过一只手来，拉住她的衣角抚弄不放。秦良玉悄悄抽出佩刀，猛地割下被牵的衣角。举座皆惊，秦良玉却面不改色，依旧谈笑风声，倒是那位失态的官员羞愧地离开了席位。
川地安定之后，天启皇帝“优诏报之”，并下令文武大臣对待秦良玉要以礼相待，不得疑忌。投桃报李，感动之余秦良玉亦更加卖力报效明廷。
数年之后，贵州水西一带再起祸乱，一个叫安邦彦的匪首招兵买马，占据了贵阳以西的千里之地，自立为罗甸王。朝廷再次诏命秦良玉率白杆军入黔平乱，秦良玉义无反顾，很快就消灭了安邦彦，平定叛乱，但为此也再次遭受了痛失亲人的打击，其弟秦民屏战死沙场。
天启七年，明熹宗朱由校驾崩，其弟朱由检继承大统，是为明思宗，即崇祯皇帝。此时，后金也已改国号为清。
大明崇祯二年（1629年）十二月，清兵又一次利用明廷换帝之际发难，皇太极攻榆关不入，遂由蒙古人作向导，率十万辫子军从龙井关绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，次年又向东连克永平、滦州、迁安三城，形势极为危急，崇祯皇帝匆忙下诏征调天下兵马勤王。崇祯三年（1630年），秦良玉接到十万火急的勤王诏书之后，火速“出家财济饷”，裹粮率师，提兵赴难，星夜兼程，直抵宣武门外屯兵。当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十万有余，均屯驻在蓟门近畿一带，却互相观望，畏缩不前。唯秦良玉慷慨誓师，率先奋勇迎敌。在京师外围，“白杆军”即遭遇“大辫子军”。对于白杆军，大辫子军并不陌生，昔日浑河血战场景依然刻骨铭心，这些身材矮小手持超长锐矛士兵的骁勇着实不可小觑，为此大辫子军的士气自然稍受影响。呐喊冲杀之际，白杆兵将士人数虽然仅有数千，却无不以一当十，威猛如虎，五十五岁的秦良玉勇武亦不减当年，打得清兵落荒而逃。加之山海关久攻不下，皇太极担心日后遭首尾截击，于是连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去。北京之围得解，崇祯皇帝感慨万千，特在平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐一品官服、彩币羊酒，并亲自赋诗四首以彰其功。其诗如下：
学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
蜀锦征袍手剪成，桃花马上请长缨。世上多少奇男子，谁肯沙场万里行？
胡虏饥餐誓不辞，饮将鲜血带胭脂。凯歌马上清呤曲，不是昭君出塞时。
凭将箕帚扫胡虏，一派欢声动地呼。试看他年麟阁上，丹青先画美人图。