崇祯皇帝一生多磨难，少有闲情逸致，更少有诗作存世，赠予秦良玉的这四首甚是难得，应该也是他的感慨之作。“男儿何不带吴钩，收取关山五十州”，自古以来保家卫国似乎是男子的本职，然而兵临城下之时，众多须眉却贪生怕死，推诿观望，犹豫不前；更有吴三桂“冲冠一怒为红颜”，刘良佐“献上皇帝一枚”，大学士王锋和礼部尚书钱谦益率领“大员一百五十六、马步兵三十二万八千三百”开城投降，……这些实是旷世少有的“奇男子”，最终竟是巾帼女将挺身而出，“请长缨”，“扫胡虏”，力挽狂澜，万里勤王，生生愧煞这些自以为是的须眉男子，难怪要“试看他年麟阁上，丹青先画美人图”。
将军迟暮
天启末年，陕西全境灾荒不断，严重的干旱和虫灾导致庄稼大面积枯死。而素有鱼米之乡美称的江南富庶之地，则由于海外贸易的刺激，将大片土地用于种植经济作物，如此一来粮食产量下降，粮价节节攀升。而朝廷已近乎一个空壳子，早在万历年间，因宁夏、朝鲜、播州三场祸乱，朝廷的军费开支已高达一千二百余万两白银，相当于当时全国三四年的税收总额。国库早就入不敷出，户部天天告急，连官员们的俸禄，将士们的军饷都发不出来。再加北方灾荒直接导致税赋收入减少，明廷根本无力赈灾。贫苦百姓无力购粮，一时间饿殍遍野。人一旦走投无路便只能铤而走险、揭竿而起。比诸历朝，明末的农民斗争如出一辙。最初爆发农民暴动的是灾荒最甚的陕北地区，由府谷的王嘉胤、王自用发端，之后迅速成燎原之势燃遍陕西全境。
崇祯三年（1630年），屠户出身的张献忠聚集十八寨农民响应王嘉胤的反明号召在米脂起义，自号“八大王”，据说他“身长瘦而面微黄，须一尺六寸，僄劲果侠，军中称为‘黄虎’”。
崇祯四年（1631年），农民起义军首领王自用在山西联合各部，组成三十六营。张献忠、罗汝才（绰号“曹操”）相继参加王自用联军，由于能谋善战、果敢勇猛，分别成为三十六营首领之一。
崇祯六年（1633年），张献忠与李自成等归附高迎祥，所部是以高迎祥为盟主的十三家之一，高迎祥称闯王，张献忠、李自成号闯将。罗汝才则自成一军，单独作战，崇祯八年荥阳大会时，亦名列十三家之一。后曾向明三边总督洪承畴投降，屯于郧县（今属湖北）以“受抚”为名，休息兵力。
同年，永平四城收复、满洲军出塞后，秦良玉率石柱兵从京师调回四川家乡，明廷留守秦翼明（秦良玉之侄）驻扎京畿，捍守京师，留马祥麟，张凤仪在京警备。适逢张献忠、罗汝才等九路农民军人马自湖广进攻四川，明廷遂诏令秦良玉无须出兵北上援剿，转而“专办蜀贼”，负责守御川地。
崇祯七年（1634年）张献忠攻克夔州（今重庆奉节），进而围堵太平。夔州为四川门户，自古便是军事重镇，且夔州距石柱仅三日路程，唇亡齿寒，夔州失则石柱不保。石柱在马氏一门一家治下已是两百多年，众多苗家乡亲世代居于此地，如此安身立命之所岂容他人践踏。年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。张献忠一行素闻秦良玉及其“白杆军”的威名，不敢正面冲突，仓皇退回湖广。秦良玉则率军与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，川东亦稍得安定。
崇祯八年（1635年），各路义军被官军围困于河南。十三家义军首领在河南荥阳举行了军事会议，史称“荥阳之会”。为了突破围剿，决定分兵出击，打破官军的围剿计划。作为向东挺进的主力先锋，张献忠连破河南的固始和安徽的霍丘等州县，直指明朝的中都凤阳。
崇祯十三年（公元 1640年），罗汝才率部进入巫山，秦良玉率军狙击。
绰号“曹操”的罗汝才转而突袭夔州，又被秦良玉率兵击走。不久，秦良玉先后于马家寨、留马垭、谭家坪、仙寺岭连续挫败罗汝才一部，夺得其主力大旗，其骁将“东山虎”被杀，副手“塌天”被生擒。罗汝才率残部逃往大宁（今重庆巫溪），与张献忠在巫巴山区会师后，两人联手势力大增，遂越过巴雳河（今重庆巫山县双龙镇大宁河），对秦良玉侄子等人统领的石柱兵发起猛烈进攻。随后又四处安营扎寨，严重威胁四川大部分地区。
崇祯十四年（1641年），因与张献忠不合，罗汝才改投李自成，称“代天抚民威德大将军”，后因受人挑拨，被李自成以私通明将左良玉为借口所杀。
明朝湖广襄阳督帅杨嗣昌乃湖广人，为保湖广一方，他一意孤行，想方设法把张献忠等部赶入四川腹地。四川古称天府之国，山川险要，杨嗣昌竟担心四川当地官军死守险要隘口，张献忠等久攻无果反扑湖广，于是利用手中权势把大批蜀地精兵私下调出，只留二万疲弱士卒给川抚邵捷春守重庆。
秦良玉率三万石柱精兵抵达夔州后，邵捷春则令她把部分士兵移近重庆，与附近守将张令联合作战。此时，绵州知州陆逊之罢官回乡，良玉为其置酒饯行，见良玉心事重重，逊之觉得奇怪，良玉直言：“邵公不懂得用兵之道。我一个妇道人家，蒙受国恩，本已死而无憾，可独恨与邵公同死。”逊之问故，良玉曰：“邵公将我部移近重庆驻地，距重庆仅三四十里，而派遣张令驻扎毫无地利可言的黄泥洼。贼军据归、巫万山巅，我等营地尽在其眼皮底下，如此张令必破。令破及我，我败又如何能救重庆？且督师以蜀为壑，无愚智知之。邵公不在此时和贼军争夺险要山岭隘口，反而坐以设防，此乃败道也。”逊之虽然赞同，却是心有余而力不足。果然，是年十月，张献忠连破官军于观音岩、三黄岭，在竹菌坪（夔州城北），张献忠手下勇将李定国当阵射杀号称”神弩将”的明军老将张令，张令一军全军覆没，秦良玉“趋救不及，转战复败，所部三万人略尽。”最后仅单骑逃返重庆，遭遇平生未有之惨败。由此，杨嗣昌围张、罗贼军于川地的如意算盘彻底落空，川鄂交界地带三十二隘口全部失守，蜀中大乱。损失如此惨重，秦良玉并未灰心丧气，她单骑见四川督抚邵捷春：，“事急矣！尽出吾溪峒卒，可得两万人，我自禀其半（自出军粮一半）半饩之官（官府出一半），足以破贼。”然而这位饱读诗书的文人守抚却瞻前顾后，思虑再三仍未采纳秦良玉意见。一来川地屡经兵灾，府库空乏，粮饷短缺，官仓中早已无粮养兵，二来溪峒兵卒属土蛮，反复不测，如果这些人再趁乱闹兵变，恐怕后果更加不堪设想。史书中的记载仍记忆犹新，昔日元末“官军”中纪律最差的就是杨完者所带领的“苗兵”，那些苗兵不仅剿贼无力，对百姓也比贼寇还要凶狠歹毒。谁人能确保这些溪峒兵卒不像当年“苗兵”那样。古人云：“尽信书不如无书”，一点不假，这位守抚连妇人的一点拼杀劲也没有，难怪良玉都不屑与之同死。可大明朝像邵捷春这般饱读史书却毫无建树的官员实在太多，不亡才是奇迹。
秦良玉只得叹息而归，因损失的兵力无法补充；而起义军部队势力强大，如潮水般涌进川蜀，整个战局已成无力控制之势，蜀地百姓也由此陷入了地狱般的苦难。而邵捷春本人，自然难逃罪责，不久被逮入诏狱，仰药自杀。
崇祯十六年（1643年）冬，秦良玉升任四川总兵官。大明崇祯十七年（1644年）正月，张献忠率马步、精兵数十万，长驱直入夔州。秦良玉再交驰援，终因众寡悬殊，只得败归石柱。为了保全家乡，她曾发布了《固守石砫檄文》。她的失败，标志着蜀地的沦陷。
这时京城已被李自成所率领的义军攻破，明思宗崇祯帝自缢于煤山，大明皇朝在风雨飘摇中彻底崩溃。李自成入主京城，张献忠则想牢牢控制住川蜀，以作为自己的据点。张献忠东征西战，相继攻克万县、重庆、成都，几乎囊括了全蜀，随后在成都称帝，建国号“大西”，只有遵义、黎州及秦良玉的石柱地区未归于“大西”。慑于秦良玉威名，张献忠对石柱弹丸之地无可奈何。各地土司纷纷收到招安印信，各地土司大多畏惧接受。唯独秦良玉接到印信，马上当众毁之，慷慨陈词：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！石柱一地有敢从贼者，族诛之！”六十八岁高龄的秦良玉，带着她手下身经百战的白杆兵，不畏强暴，誓死抗拒，一直到张献忠败亡，起义军终没能踏入石柱半步。
不久，又有噩耗传来，被明廷征调到湖广御敌的秦良玉独子马祥麟战死于襄阳。
1644年清军入关，南明隆武二年（1646年），清军攻占北京，大举南下。大顺、大西农民军余部与南明政权暂时息兵，转而联明抗清。秦良玉也和农民军停止干戈，投入抗清的行列。
1646年 8月，南明隆武政权赐秦良玉“大明太子太保”爵，封“忠贞侯”，调石柱兵抗清，秦良玉以七十多岁高龄毅然接受“太子太保总镇关防”铜印，高举扶明抗清的旗帜，准备前往福建抗清，因郑芝龙叛变，隆武帝被捉，而未能成行。南明隆武政权旋即败亡，遂退守保家园。
清军入川后，狼烟四起，遍地干戈，广大人民备受蹂躏。而秦良玉晚年虽未与清兵直接交锋，却始终坚持抗清立场，以万寿山的万寿寨为据点，不屈不挠，坚持斗争，并在石柱地区实行屯垦，保境安民。至1648年秦良玉去世时，在城东南五十里万寿山仍屯有大批粮草。当时四川战祸连连，百姓十室九空，已到了“弥望千里，绝无人烟”的地步，川东（石柱除外）仅剩数万人，新建立的清朝廷不得不迁移湖广的人口至四川（即有名的以湖广填四川）。当时，秦良玉镇守的石柱弹丸之地成了川地人民逃离兵灾的唯一乐土，附近州县避难归附的百姓十数万家。至清初战乱初步结束，石柱人口不但没有减少，还增加了近十万人，与整个川东地区所剩人数形成强烈对比。
清顺治五年（1648年）五月二十一日端阳节过后，七十五岁的秦良玉，在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，身子突然一歪，猝然离开了人世，无可奈何花落去，结束了她戎马倥惚，驰骋疆场的豪迈生涯，享年 75岁，朝廷谥号“忠贞”。其孙马万年、马万春将祖母葬于石柱县东３公里处、龙河北岸的回龙案（今石柱县大河乡鸭桩村），从她的墓碑题文足可彰示这位女中丈夫不屈的民族气节和赫赫功勋：“明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官持镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯贞素秦太君墓”。秦良玉的一生颇富传奇色彩，这位“骁胆智，善骑射”的女将军，不但长于带兵打仗，更“兼通词翰，仪度娴雅”。
征战之暇还组织女兵纺纱织布，后人凭吊四川营址时曾留下“金印夙传三世将，绣旗争认四川营。至今秋雨秋风夜，隐约笳声杂纺声”的诗句。
直到今天北京宣武门外当年秦良玉驻兵之处，仍保留有“四川营胡同”、“棉花胡同”一类的地名。因此尽管秦良玉一生忠于大明，但清朝张廷玉等人修《明史》时 ，还是特地在将相列传中为之作传 (《明史》二百七十列传第一百五十八：秦良玉传），纵观中国二十四史，能以正史将相列传的女子，秦良玉当数第一，也是唯一！
川人曾在秦良玉驻兵遗址筑四川会馆。祠堂内供奉秦良玉戎装画像，龛前对联云：出胜国垂三百年，在劫火销沉，犹剩数亩荒营，大庇北来梓客；起英魂天九幽地，看辽云惨淡，应添两行热泪，同声重哭天涯。古今两代女英雄亦惺惺相惜，辛亥女革命家秋瑾在《题芝龛记》有三首诗对秦良玉备加推崇：
古今争传女状头，谁说红颜不封侯，马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
执撑乾坤女土司，将军才调绝尘姿。花刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。吾骄得此添生色，始信英雄曾有此？
至今四川石柱县还保留着秦良玉的故居和她用过的武器，根据重庆有关部门对秦良玉所遗留的衣物等遗物测定，其身高约 1米 86左右，是个身材魁梧的女将军。当地百姓提起秦良玉的事迹可谓如数家珍，在她生活过的忠州、石柱两地，人们喜欢把未出嫁的女孩称为“女将”，说到某个女孩，他们总是说“那个或这个女将”，想必这也是人们尊崇秦良玉英雄事迹的缘故。据说，全国只有忠州、石柱两个县的人民有此称谓。这是一种怀念，也是一种自豪，更是一种特定的文化。