1713年，康熙皇帝册封班禅额尔德尼，分化西藏政教权力；1728年，雍正将后藏地方政教权力划给班禅，不受达赖喇嘛管辖；1751年，乾隆加强驻藏大臣的权力。
乾隆年间，六世班禅的一个兄弟是噶玛噶举红帽系第十世活佛，另一个兄弟是札什伦布寺的仲巴活佛，还有一个侄女是香巴噶举桑定寺的女活佛，而八世达赖喇嘛与六世班禅也是亲戚。乾隆皇帝察觉出这个问题，说：“佛岂有为私？”因此，清政府制定了金瓶擎签制度，“去转生一族之私”。
1815年，九世达赖喇嘛年仅11岁就去世了，而在此前西藏各方都说他出生前后有种种“灵异”表现，因此没有进行金瓶擎签。1818年，西藏各方又说找到的灵童也很“灵异”，还要求直接认定，嘉庆皇帝大怒，说“今所报幼童，其所述灵异何足征信”？认为那些“灵异”说法都是扯淡。
1904年，英军入侵西藏，十三世达赖喇嘛土登嘉措前往北京求助，而驻藏大臣、投降派有泰却向朝廷奏报说，土登嘉措“贻误兵机，擅离招地”，清政府革去了土登嘉措的十三世达赖喇嘛名号。1910年土登嘉措在清政府错误政策压迫下逃亡印度，又一次被革去达赖喇嘛名号。
至于清政府干涉活佛转世条件、停止犯罪活佛的转世等等事情，也有很多。从这个角度看来，不是清朝皇帝对活佛不尊崇，只不过这种尊崇是有条件的，如果谋私、舞弊、甚至危害到地方政治和祖国统一，皇帝是不会手软的。
按照以上分析，关于仓央嘉措的身后迷踪便可以排出一个清晰的时间表，而“阿拉善说”里一些难以琢磨的疑案也可以迎刃而解。
1682年，五世达赖喇嘛去世，桑杰嘉措隐匿消息，并延续五世达赖喇嘛生前的政策，继续大力支持噶尔丹。此后他秘密培养仓央嘉措、培植本土势力，希望建立一个以五世达赖喇嘛为模版的政治格局。
1688年起，噶尔丹吞并河套地区、统治天山南北、控制青海后，以哲布尊丹巴不尊敬达赖喇嘛为借口出兵喀尔喀蒙古，期间不听从清政府调停，兵火直接威胁到中原地区。
1690年到1697年，康熙皇帝三次征讨噶尔丹，噶尔丹自杀，其侄子策妄阿拉布坦继任。此时康熙得知五世达赖喇嘛已死多年，对桑杰嘉措狠狠地训斥了一顿，却并不想过度打压，于是认可了仓央嘉措的身份，批准他坐床，以免引起西藏动荡。
1703年，拉藏汗继位，他不满自己有职无权的现状，处处与掌握实权的桑杰嘉措为难。1705年，桑杰嘉措铤而走险，兵败被杀。拉藏汗以仓央嘉措是“假达赖”为借口，请求废黜，并立自己选定的益西嘉措（有学者认为这是他的私生子）。
1706年，康熙派护军统领席柱、学士舒兰下旨意给拉藏汗，要他将“假达赖”仓央嘉措押解到北京来，实际上康熙只不过是试探拉藏汗对中央政府的态度。
1706年冬，仓央嘉措被押解到青海时，和硕特蒙古“西藏派”和“青海派”将他“放行”，并以“病逝”为由上报朝廷。康熙也很满意这样的结局，为了息事宁人、不激化各方面的矛盾，所以在没有尸首、遗物等情况下，认可了这种说法，而且很明智地不予追究。
而“放行”后，也许“青海派”背地里接走了仓央嘉措，由此形成蒙文《哲布尊丹巴传》中的“营救说”，不过，这一说并不影响整个“阿拉善说”的大局。
1707年，拉藏汗未经选定就奏报朝廷，已经立益西嘉措为六世达赖喇嘛，企图造成既定事实。但西藏地方政府和格鲁派并不承认。而为了稳住西藏局势，康熙默认了益西嘉措的身份，只不过，其金印印文为“敕赐第六世达赖喇嘛之印”，而非“敕封”，一字之差，实际上透露出康熙的真实想法。很快，1713年，康熙册封第五世班禅洛桑益西为“班禅额尔德尼”，实际上是削弱达赖喇嘛的治藏权力，治权逐步收归到中央政府。
1708年，格桑嘉措出生，被格鲁派认定为仓央嘉措转世灵童。此后康熙和拉藏汗都曾派人查访，尤其拉藏汗甚至想加害他。于是，1714年前后，格桑嘉措辗转避难到青海，受到“青海派”首领罗卜藏丹津和博硕克图济农之子察罕丹津（此时为郡王）的欢迎。
1715年，“青海派”奏请清政府承认格桑嘉措“真达赖”的身份，并且要武力护送他回拉萨。此时清政府正对准噶尔用兵，不希望青海西藏动乱，因此以武力威慑稳定局势。后来将格桑嘉措送往塔尔寺。这一举动实含良苦用心，塔尔寺是格鲁派的主要寺庙，地处西宁附近，是蒙古和西藏的交通要道，这一方面便于军队保护，另一方面便于格桑嘉措博得两族各阶层人心。
1716年，仓央嘉措来到阿拉善旗，结识了阿旺多尔济一家。
1716年，康熙先后两次给格桑嘉措下旨，旨意中明确表示：“尔实系前辈达赖喇嘛转世。”此时实际上有两个达赖喇嘛，但清政府已经牢牢地将格桑嘉措掌握在手里，而且与“西藏派”和准噶尔部都有矛盾的“青海派”，势力逐渐壮大。
1717年，准噶尔部入侵西藏，杀掉不得人心的拉藏汗，废黜了益西嘉措。此前康熙默认益西嘉措为六世达赖喇嘛，实属不得已为之，毕竟清政府应付不了西藏、西北两线作战，因此，一方面承认益西嘉措、稳定西藏；一方面着力培养格桑嘉措、稳定青海，只等时机成熟后一举解决。此时准噶尔先和拉藏汗火拼，省了康熙很大的力气。
1719年到1720年，康熙任命皇十四子允禵为抚远大将军，对西藏用兵，并护送格桑嘉措入藏。此举可谓一举四得：一、拉藏汗已死，彻底清除西藏的和硕特蒙古势力；二、驱逐了准噶尔部，显示了清政府的实力和威严，得到藏民拥戴；三、将对清政府十分忠心的格桑嘉措立为达赖喇嘛，西藏宗教集团和地方贵族势力从此更加服膺清政府；四、在西藏地方事务上，军事上借此机会驻扎军队，政治上除旧布新，彻底清除蒙古势力在西藏的统治和蒙藏之间多年的斗争，加强中央对西藏的统治。
但“青海派”的罗卜藏丹津原以为自己会接替拉藏汗当个有实权的“藏王”，没有达成个人目的便心生不满，后来公开反叛，这简直是不识时务。此时“青海派”的历史使命已经结束了，康熙驾崩前曾嘱咐雍正尽量与准噶尔部和平相处，西藏也有了清政府驻军，“青海派”的存在还有什么用处？
至此，可以说，康熙当年牺牲仓央嘉措一人换来的十几年稳定，已经收到了成效。
1720年，康熙正式册封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”。实际上康熙不是不清楚，格桑嘉措在藏族人民心目中是仓央嘉措转世，他应该是第七世，只不过，此时准噶尔部还未降伏，他不能将多年前的公案点破。
1724年（雍正二年），雍正册封格桑嘉措为“西天大善自在佛掌管天下佛教知一切斡齐尔达赖喇嘛”，既不说他是六世，也不说他是七世。而恰在这一年，他下令阿拉善旗民众迁居青海，或许，他是知道仓央嘉措当年未死的。
1724年到1745年，仓央嘉措在阿拉善和青海之间往来，据说担任了13个寺庙的堪布。1745年，仓央嘉措在阿拉善圆寂。
1756年，阿拉善当地建造南寺，仓央嘉措的肉身塔也建在这里。
1757年，清政府彻底平定了准噶尔叛乱，在西藏、青海和蒙古等问题上，清政府再无后顾之忧，但当年康熙皇帝耍的政治手腕却是不能被外人知道的，因此乾隆朝有意销毁相关档案，尤其是当年护军统领席柱、学士舒兰揭露“放行”真相的奏折和康熙首鼠两端的后一道旨意，所以正史记载中只存有“病逝说”。
但他想不到，正是这一年，阿旺多尔济写成了《仓央嘉措秘传》。
1757年，格桑嘉措去世。直到此时，乾隆皇帝还是没有确定格桑嘉措是第几世达赖喇嘛，他等的是一个时机，一个尘埃落定的时机。
1760年，乾隆皇帝感念仓央嘉措当年的悲剧性结局，给不起眼的南寺赐名广宗寺，授予镌有藏满蒙汉四种文字寺名的御笔金匾，以此肯定了仓央嘉措的贡献。
但阿旺多尔济是必须死的，于是，不久之后，阿拉善郡王罗布藏道尔吉将阿旺多尔济迫害致死。郡王敢杀活佛，只能理解为有强大的后台支持，罗布藏道尔吉此后也很快去世，恐怕是有杀人灭口的嫌疑。
1780年，乾隆御笔撰文《须弥福寿之庙碑记》，碑文用满蒙藏汉四种文字正式宣布：“黄教之兴……八转世而为今达赖喇嘛”，虽然没有正式册封，但已经默认格桑嘉措的转世灵童强白嘉措为八世达赖喇嘛。
1781年，清政府正式册封强白嘉措为八世达赖喇嘛，从而理顺了历史遗留的达赖喇嘛序位问题。这就是乾隆皇帝苦等的那个时机——变相承认仓央嘉措是真正的六世达赖喇嘛，既不明确否定康熙的“过失”，也不一错再错地丢皇家的脸面，此时清政府对西藏的统治制度完备、人心膺服，没有人愿意细究当年的老账，还给仓央嘉措历史身份的时机终于到来了。