运价的确定，以运输成本作为主要标准。基于此，交通部驿运总管理处对运输成本的计算方法予以明确规定。其中规定，驿运之运输成本的计算，应根据下列项目计算：（一）资产之利息；（二）工具设备折旧费；（三）经常费用；（四）意外损失。资产之利息包括房屋、运输工具、电讯或其他设备购买费用之利息，折旧费包括房屋、运输工具、电讯或其他设备之折旧，而经常费则为最大一项费用，包括力价、管理费、薪俸及工资、房租地租、养路费、运输工具配件之损耗、房屋工具等修理费、运输工具之租值及牲畜食料等费。此外，意外损失应指行车行船风险损失。对于上述项目的计算方法，利息则以抗战时期中央银行的利息率为标准；折旧费的计算方法：运输工具以每延吨公里为单位，房屋及电信等设备以年为单位，“就每年运输之延吨公里约数，求得每延吨公里之折旧率”；而经常费中最大者为运夫兽力之力价，就四川省办驿运实际运输过程来说，其在运价中的比例占80%以上，“驿运成本之最大数字为力价”，其“构成分子，为‘人’之每日生活必需费用，‘兽’之每日必需生活资料价值”。后来的川东驿运区副主任张兰生在其信函中谈到粮运运价时，则有过简明扼要地概括：“至于粮运运价之规定，则力费部分由仓库与我方驿区洽订，可照洽定之力费加管理费百分之二十左右，此项办法闻正在拟定中。”“力费”即为力价费用的简称。在“力费”基础上加收20%的管理费，操作上简便易行。
当然，仅以运输成本作为确定运价的主要标准，这只存于理论上。在实际驿运定价中，驿运运价还受其他一些因素的影响，除了运输利润不计外，其中最突出的有驿运运输的自然条件和所运货物的品类，这两种因素照样影响驿运运价的确定。
所谓货物的品类影响运价的确定，即指在运输过程中，根据货物的品类，对货物进行分等，不同等级的货物，其运输价格有所不同。“厘定运价之第一步，即须先将各种货物分列各种等级，是谓分等；如目前我国铁路，将货物分为十等，公路将货物分为三等。是货物分等之主要目的，为便于运价之规定与计算，盖货物种类太多，如每一货物，定一运价，将不胜其类也”，驿运货物的分等，则根据公路将货物分为三等的方法，也将货物分为三个等级，以便确定驿运运价，那么驿运货物分等，“大体系照公路运输办法，将货物分为一二三三等，等与等间运价比率，三等为一〇〇，二等为一五〇，一等二〇〇”。
1941年1月9日部令公布的《驿运货物分等表》，即按照公路汽车运输将货物分为三等的方法，将货物分为普通货物、危险货物两大种类进行区分货物等级。其中普通货物分为矿产门、农产门、森林门、禽畜门、工艺门五大门类，每门又分为若干类，每一类，则包括若干种物品，例如无烟煤属于普通货物中的矿产门第一类煤焦类，其等级为第三等；稻米属于普通货物中的农产门第一类粮食类，其等级为第三等。危险货物分为易燃流质、腐蚀及毒性品、爆炸品、杂类四大类，例如火药引线属于危险货物中的杂类，其等级为第二等，汽油属于易燃流质类，其等级为第一等。普通货物一般为第三等，少数为二等，危险货物一般为第一等，少数为二等。根据此《驿运货物分等表》对各种货物的分等，按照三等为100，二等为150，一等为200的等与等间运价比率，以确定驿运运价，一等货物运价高，二等运价低，三等则最低。
驿运运输的自然条件照样影响驿运运价的制定。就陆运而言，有上坡下坡之分，有从低海拔运往高海拔，或从高海拔运往低海拔，一般情况下，往上需更多的人手，运夫、骡马等费力也大，运价就应定得高；往下时则用力少，人手需要也少，运价则应定得低。就水运而言，顺水而行，速度快，船夫用力少，运价则应定低；逆水而行，速度慢，船夫用力也多，运价就应定高。
根据驿运的运输成本，驿运货物的等级以及驿运运输的自然条件等因素，四川省办各级驿运机构，分别制定基本运价标准，作为各线开展驿运的收费依据。例如针对成都至广元间的运价与力价，就是在考虑运输成本及成广间自然条件的基础上制定基本的运价力价表。
从成都至广元为上行，广元海拔高；由广元到成都为下行，成都海拔低。成广间运价的制定，充分注意了板车运输上坡和下坡的自然条件：上坡时，运价高；下坡时，则运价低。由于成都绵阳间地属川西平原，路途平坦，上下坡不太明显，因而上下行运价一致。
再如渠万支线，则根据所运货物之等级及运输途中的自然条件，制定基本运价表。
渠万支线的运价表，根据货物的等级，其运价则按照三等货为100，二等货为150，一等货为200的运价比率确定驿运运价。
基本运价是四川省办驿运各驿运区段站从事驿运的定价基础，基本运价在驿运实际中有时也称普通运价。然而，基本运价的制定，更多地处于一种理想状态，在实际操作中往往面临许多问题。
首先这一基本运价的制定主要根据国民政府所要求的“半工半义务”性质的驿运方针，制定运价上以完成军公运输任务为方向，因而“各线运价之订定，以能支付运输成本为原则”，基本不考虑驿运运输的商业利润，所定基本运价往往低于商运运价。川西驿运区在呈文中，谈到驿运前期之新渝支线时，就提到此一问题：“开运之初，正值枯水时期，载重量大为减少，此时一般商人运货，运价颇高，本线所运全属军粮，船户力价限于行船时所需之各种直接费用较商货运价为低，而一般船户缺乏国家视念，恒以牟利为目的，因而发生规避情事。”其意在指责船户“缺乏国家视念”，不具爱国情操，但其呈文背后也深藏另一层意思：军粮运输运价过低，以船为谋生之手段的船户因无利可赚，甚至或难于收回其成本，不得已采取“规避”的办法。
川东驿运区大竹段大竹站即以川东驿运区所订基本运价太低，不得已揽运天生昌商号的粗纸，由石桥运至渠县，其运价则按照天生昌“大竹川东分社与镛昌等公司现运一般市价”承运，因此该商号所付运价“比本区所订普通商货运价较高”，所得利润以维持驿运站的日常运转。由此可见，川东驿运区揽运一部分商货，就是因为川东驿运区的承运军公物品的基本运价太低，不得已运输商号之商货，以“一般市价”定价，可获一定的利润，以补生活之用费。据四川省驿运管理处的调查，川东驿运区大竹站承运商民轮胎，“该项车胎运价折合每吨公里三十二元有奇，较该区普通运价高逾一倍”，至此可见商货运输的利润之高，军公运输基本运价的低微。
其次，军运事关抗战军机，军事机关也往往以此为借口，极力压低军运运价，使军运运价更低于基本运价，其运价不够支付运输成本，致使驿运机关连连亏损，运夫“潜逃”，船户“规避”，四川省办驿运营运面临危机。在四川省办驿运前期，济楚官盐由云阳雇用民船装运至秭归，每次给价为2000元以上；而军运中征雇民船运输兵员至湖北三斗坪，路途更远，但“九八师杨大队长计每船给价通计只一百余元，比较官盐给价差十五六倍”。军运给价如此低廉，以致四川省驿运管理处在其代电中声称：“查本处主办水运路线，时以军运频繁关系，势必征用多数民船以供运用。惟近来沿长江各县，间有军队强征民船，不给相当费用等情事发生，以致纠纷重出，难于征雇，影响运输实非浅鲜。”经与军事委员会交涉，其后军运运价经规定按基本运价的三等品运价计算，以与“发展驿运事业”之旨相符。时至四川省办驿运后期，物价暴涨，基本运价的涨幅远赶不上物价上涨幅度，军运运价过低尤为明显，其时有人指出这一问题的严重性：“政府倡办驿运，原在便利军运和发展民运，主要对象着重于有关国计民生之军公物资，其一般运价自宜按照各地实际生活需要及成本作最低限度之规定，以期奖诱民众，乐于服役，然现在军运运价给与标准过低，竟不敷夫畜一饱之资，因此，民众不堪其苦，相率逃避，运输大受影响，殊失政府兴办驿运调剂民生之本旨。”另一时人的议论也大致与此相同：“惟关于各地区军运运价，规定标准过低，实不敷维持民兽之最低生活，以致常有规避军运情事。”军运运价竟至“不敷夫畜一饱之资”，过低的军运运价所造成的影响，已与“兴办驿运调剂民生之本旨”根本不相符。据交通部驿运总管理处处长谭炳训所言，1943年7月军运运价“仅等于商运百分之二十五”，可知其运价极低，已难以收回运输成本，“不足维持车船夫马之最低生活”，“相率逃避”应为必然之局面。
因此，四川省驿运管理处极力与上级机关相交涉，提高军运运价，使其尽量接近基本运价。四川省驿运管理处致电交通部驿运总管理处，针对“军队强征民船，不给相当费用等情事”，提出：“兹为排除驿运障碍，便于以后征用民船起见，拟请钧处迅予规定统一征雇民船办法，俾资遵循。”其后军事委员会针对此种情况，重新制订了《军事征雇小轮驳船民船补助金新订给与标准表》和《增订军事征雇夫马车辆租力给与标准表》，规定“各地运送军品如利用驿运站代运，其运费应按当地驿运机关规定支付”。国民参政会三届二次会议上，代表们提议：“驿运军运运价，应比照汽车军运，统按普通运输三等货品给与运价之规定给费。”基于此提议，四川省驿运管理处规定军品运输，“照货主负责运价计算”，此一规定与按基本运价中三等品的运输价格计算之意大致接近。
此外，在实际运输中，四川省办驿运机构有时不得不尽力遵循市场原则，以订约的形式议定运价，而不以基本运价作为定价标准。在四川省办驿运开运之初，除了渠万支线有板车200辆之外，其他四条驿运线，其工具大多征雇自民间，自身并无工具。对于大批的军公物品运输，四川省驿运管理处为按时按量完成运输任务，有时也与民间运输商行，或民间运输公会组织签约，由其向民间有组织地征集民间运输工具与动力，承担军公运输任务。向民间征雇工具与动力，或者由民间运输商行及民间运输公会组织征集工具与动力展开运输，四川省驿运管理处不能以其所制定的基本运价作为征雇和签约的标准，而必须遵循民间习惯，以其时市场价格为标准进行征雇和签约，否则，无人应征，无可签约，军公物品也就无法运输，四川省办驿运工作也就无法开展。据所掌握的资料，在整个省办驿运期间，四川省驿运管理处及其属下驿运机构，与民间运输商行及民间运输公会组织所签订的运输合约，多达26个。运输合约以市场价格为标准，遵循商运习惯，确定运价，再上报驿运总管理处和托运机关，核定后由托运机关按运输总量拨付运费给四川省驿运管理处及其所属驿运机构，由四川省驿运管理处及其所属驿运机构按约定之运价支付运费给民间运输商行及民间运输公会组织，再由民间运输商行及民间运输公会组织支付力费给运夫，支付雇佣金给工具及兽力所有者。
比如，1940年12月25日，开运不久的新渝支线总段，因其本身并无工具，不得不“完全利用民有船只”进行运输，与金堂县赵镇船业公会主席巫克智签订合约，由金堂县赵镇船业公会雇用民船承运新渝支线总段所承担的部分军米运输。在其合约中规定，由船业公会（由巫克智负责）挑选完整坚固的民船，“承雇装运军米柒仟伍百双市石（合计壹仟贰百吨）”，由金堂县赵镇运至泸县，其运费则如此规定：“此项军米运价由甲乙两方议定，并经金堂县第二区区长张新源、商会主席李欣荣、前船业公会主席邓丰三、四川省购运处驻金堂督察员贺介在场证明，每双市石（每双市石净重三百二十市斤）运价贰拾贰元（所有至泸县后卸交其他船只装载，或交存就近仓库，一切装卸费用均包括在内），起运时由甲方付运价款十分之八，余款俟到达泸县将装载军米交清后如数照付。”其中所指甲方为四川省驿运管理处新渝支线总段（总段长张毓灵），乙方为金堂县赵镇船业公会（主席巫克智），并且规定：“此项运米价款由乙方分次负责经收，出具正式收据交付甲方以为凭证，并由乙方按各船应得范围内，分别转付各船主，不得短少或侵扣。”
像省驿运管理处及其所属驿运机构，与各民间运输商行及民间运输公会组织签订的运输合约，数量众多，不必一一述说，其中所需理解的一点是，其约定价格，必须遵循市场价格原则，否则不能成约，如与市场价格不符，则必须调整运价，譬如早在1940年10月31日，新渝支线总段张毓灵与金堂县赵镇船业公会主席巫克智所订的军米运输合约中，就规定：“承运之军米第一批五千双市石，限十日内运出，第二批柒仟五百双市石随到随运，不得延误，但第二批如水位底［低］落时，关于运费再为酌议。”并且所定运价每双市石为“壹拾贰元五角”，而到前述12月25日再签约时，则根据物价情况，所定运价则调升至每双市石运价“贰拾贰元”。
二、驿运运价与物价的关系
抗日战争进入20世纪40年代，随着战事的延长，整个国家物力、人力的消耗趋向极点，物资也随之匮乏，再加之日本侵略者对华的严密封锁，国际物资补给来源日益困难，物资短缺更是雪上加霜。抗战大后方的物价由此迅速上涨。抗战之初，全国物价基本平稳，全国趸售物价指数以1937年上半年计算为100，并以此作为基期物价指数，那么1938年10月为144，相对而言涨幅并不大。时至1939年，物价上涨速度加快，至年底全国物价总指数比1937年上半年上涨了3倍。然而时至1940年，物价飞涨，至年底成渝两地粮食价格与基期物价指数相比，涨幅达5倍，其他商品价格随同粮价攀升，比基期物价指数上涨达7倍，“到1943年12月，物价总指数已增至22304，比上涨了222倍”。至1943年，物价上涨已变得一发而不可收拾了。
物价以加速度方式上涨，给普通民众与政府工作人员生活带来极大的困难，尤其是城市居民生活。此时国民政府亦认识到物价上涨已不利于社会的稳定，1940年3月的成都抢米风潮令国民政府震惊。基于此一认识，国民政府针对物价上涨采取了相应的措施：一方面举行节约运动，促进农业生产，例如1943年在川北推广优良小麦品种2905号达55万亩，效果良好；另一方面对物价施行管制，交通部制定了《加强管制物价方案实施办法》。根据该办法，被认为是物价一部分的运价，也照样被采取管制措施，当然对驿运运价的管制也就不能幸免。