诸子之中，章太炎对庄子的评价最高。他说：“若夫九流繁会，各于其党，命世哲人，莫若庄氏。消摇任万物之各适，齐物得彼是之环枢，以视孔墨，犹尘垢也；又况九渊、守仁之流，牵一理以宰万类者哉。”章氏曾专门作《齐物论释》以发挥庄子的思想。对于这部会通佛、庄的大著，章太炎自许极高。在与人书中，他称：“所著数种，独《齐物论释》、《文始》，千六百年未有等匹。”
根据他的弟子记载，章太炎民国初年就曾慨叹，自己的经史小学均有传者，唯独诸子哲理后继乏人：
先师尝言：经史小学，传者有人，光昌之期，庶几可待。文章各有造诣，无待传薪，惟示之格律，免入歧途可矣。惟诸子哲理，恐将成广陵散矣。
这固然反映了章氏于发明诸子哲理处的自负，但也未始不与诸子学说的性质有关。正如太炎所常说，诸子之学是一种“主观之学”，它寻求的是义理而不是史实的异同。讲义理就必须靠“直观自得”。因此，它并不像经史小学那样有辙迹可寻。章太炎自己就承认，治子远比治经为难。所以，当他称“说诸子之法与说经有异”时，这恐怕并不是一句泛泛之论，其中实在饱含着他个人治学的种种心得与甘苦。
章太炎的诸子学研究影响很大。无论是抬高荀、韩还是特别表彰老、庄，在当时都起到了平视各家、解放思想的作用。他对墨家和荀子的名学思想的发掘开创了中国逻辑史研究的先河。他诠释诸子思想的作品如《原名》、《明见》、《齐物论释》等受到梁启超、胡适等人的交口称赞。可以说，晚清诸子学的复兴与章太炎的努力密不可分。
必须指出的是，章太炎之所以表彰诸子，不仅仅是基于个人对义理之学的偏爱，也不仅仅是出于反孔批儒的政治需要（有一个时期，他的确如此）。他认为，研究周秦诸子，还有两种更根本的作用：一是可以追求真理：“盖学问以语言为本质，故音韵训诂其管籥也；以真理为归宿，故周秦诸子其堂奥也。”二是可以振兴民德和改造国性：“若夫周秦诸子，趣以张皇幽眇，明效物情，民德所以振起，国性所以高尚。”前者是治学的归宿，后者则关乎民族国家的前途。
把研究周秦诸子看成是振起民德、高尚国性的工具，说明即使在纯粹追求真理的“主观之学”领域里，章太炎仍然无法忘怀他的民族主义理想。
三
胡适的治学道路与章太炎完全不同。胡适受的是新式教育，走的是留学路线，修的是哲学专业，信奉的是实验主义，与章太炎的经学出身、小学训练几乎找不到任何相似之处。可是，由于某种特殊的缘故，两人在学术上还是扯上了意想不到的关联。
这得从胡适对“方法论”的偏爱说起。
在20世纪中国学术史上，胡适也许是最喜欢讲方法的大学者。他认为，研究对象是死的，但研究方法可以很灵活。具体主张的应用是有限的，但方法的作用却可以无穷。因此，他非常热衷于宣传“科学方法”。他甚至声称，他的许多作品都可以当作“方法论”去阅读：
我这几年的言论文字，只是这一种实验主义的态度在各方面的应用。我的唯一目的就是提倡一种新的思想方法，要提倡一种注重事实，服从证验的思想方法。古文学的推翻，白话文学的提倡，哲学史的研究，《水浒》、《红楼梦》的考证，一个“了”字或“们”字的历史，都只是这一个目的。
胡适曾把自己所理解的“科学方法”概括为十个字：“大胆的假设，小心的求证。”这十个字也成了他一切学术活动的指导思想。
胡适承认，他对科学方法的认识主要来自于西方。有两个人对他的影响最大，它们分别是赫胥黎和杜威。赫胥黎教他怎样怀疑，教他不信任一切没有充分证据的东西。杜威教他怎样思想，教他把一切学说理想都看作待证假设，教他处处顾到思想的结果。并且胡适还特别指出，他所掌握的这种圆满的科学方法论，是欧洲科学发达二三百年之后才逐渐形成的。
不过，当把目光转回到中国时，他却获得了一个惊人的发现，就是清代学者特别是考据学派同样掌握了这种方法的精神，并已经应用到他们的研究实践中去。胡适为此而非常高兴，直到许多年后，他还自豪地说：“很少人曾想到现代的科学法则和我国古代的考据学、考证学，在方法上有其相通之处。我是第一个说这句话的人。”
胡适所发现的考据学派的“科学方法”主要体现在文字、训诂、校勘和考订等领域。在这些与经典考校有关的学科内，材料的归纳、通则的确定及史实的订正都是最基本的研究手段。胡适认为，这几项已足以证明，清代学者会怀疑、懂归纳并且知道验证的重要性。这正是“科学方法”的表现。
一提到考据学派，自然少不了“能为正统派大张其军”的章太炎。在《中国哲学史大纲》的导言里，胡适曾特别指出章太炎与其他考据学家的不同：
清代的汉学家，最精校勘训诂，但多不肯做贯通的工夫，故流于支离碎琐。……到了章太炎方才于校勘训诂的诸子学外，别出一种有条理系统的诸子学。太炎的《原道》、《原名》、《明见》、《原墨》、《订孔》、《原法》、《齐物论释》都属于贯通的一类。《原名》、《明见》、《齐物论释》更为空前的著作。
这种评价真是高极了。“贯通”是指把每一部书的内容融会贯穿，寻出一个脉络条理，组成一种有头绪的学说，大体相当于胡适常说的“系统的整理”。胡适认为，宋儒的特点是重贯通，但由于不明校勘训诂，所以流于空疏和臆说；清代汉学家的特点是精于校勘训诂，可又不做贯通的工夫，故陷于支离琐碎；只有到了章太炎才把这两者融会起来。按照胡适的标准，既然清代的汉学家都已掌握了成熟的“科学方法”，那么善做贯通工夫的章太炎就更不在话下了。
在《大纲》自序里，胡适再一次提到章太炎：
我做这部书，对于过去的学者我最感谢的是：王怀祖、王伯申、俞荫甫、孙仲容四个人。对于近人，我最感谢章太炎先生。
从这些话里，足可看出胡适对章太炎的推尊程度。
问题是，章太炎未必会接受胡适的这种好意。从章氏自己的学术理路看，“贯通”根本算不得什么像样的评价。能做贯通工夫即使不属于校勘、训诂的要求，它也至多只能归到“考迹异同”的客观之学。把《齐物论释》这部章氏自许为会通“华梵圣哲之义谛、东西学人之所说”的“直观自得”之作归到“贯通”一类，简直就是在贬章太炎的身价！
胡适对章氏著作的这种明显的“误读”，足以说明两人在治学道路上有着实质性的不同：
首先，两人的学术兴趣迥异。章太炎虽然受的是朴学训练，擅长于考证经史，但由于佛典的影响，他对义理之学有同情的了解。而胡适虽以哲学为专业，但却更钟情于历史，特别是其中的考证学。胡适自称是有“考据癖”的人，他可以花二十年时间去做一件有关《水经注》的辨伪工作而乐此不疲，全靠这种对历史考证的浓厚兴趣。事实上，胡适在学术史上的贡献主要就集中在历史领域，如哲学史、小说史、禅宗史等等。
其次，对“方法”的认识不同。章太炎虽然也有关于治学的种种心得，但并不像胡适那样“方法”先行。他所总结出来的一些看法，如“说经之法”与“说诸子之法”的不同，都是根源于他治经治子的经验。相反，胡适对“方法”的执著则来源于一种哲学思潮。正如他自己所指出：
杜威对有系统思想的分析帮助了我对一般科学研究基本步骤的了解。他也帮助了我对我国近千年来——尤其是近三百年来——古典学术和史学家治学的方法的，诸如考据学、考证学等等的认识。
胡适相信，只要掌握了这种“科学研究的基本步骤”，那么无论应用到什么地方，都可以获得大量的发现或知识的进步。西方近代文明把这种“科学方法”应用到了自然界，所以有科学的突飞猛进，造就了一个日新月异的现代文明。中国人把这种“科学方法”应用到了书本、文献的考证上，出现了清代考证学的勃兴。这些均说明“方法”可以超出研究对象之外，具有独立的价值。正是基于这种信念，胡适才把自己一生的学术活动差不多全部奉献给了这种“科学方法”的实践。