傅斯年等人在延安考察5天，其中毛泽东等中共领导人同他们进行了三个半天的会谈，双方交换了对时局的看法，最后在和睦、融洽的气氛中，达成了向国民党政府提出的两点共识：一、停止国民大会进行；二、从速召开政治会议。并将会谈内容写成《延安会谈纪录》，由六参政员带回重庆。
六位参政员的身份和立场又有差别，正如黄炎培所说：“我们六个人虽都在参政会，有相同的主张，但有不相同的立场。褚先生是国民党老党员。左、章两先生各有他们所代表的党，我和冷先生、傅先生都没有党，但傅先生是以学者的身份，而我和中间几位先生，还有些民主同盟的关系，可是立场虽有小异，主张却是大同。”傅斯年因为党派关系，又是学者身份，自然比较超然。
除了和中共领导人会谈，傅斯年等六人还参观了延安的市容、街道，访问了一些在延安的故旧，并访问了解了延安地区的劳动人民的生活状况。7月2日，中共领袖毛泽东、周恩来、朱德等人设宴招待傅斯年等六位参政员，当时延安刚开完中国共产党的第七次代表大会，许多党政军领导人还留在延安，没有回抗战前线，此时都出席作陪，与六参政员一一见面，其中主要的有贺龙、刘伯承、彭真、高岗、聂荣臻、陈云等。宴会后，表演了文艺节目，傅斯年等人对延安的治理、民风颇多感慨。
傅斯年与毛泽东是二十余年以前的老相识。“五四”时期，毛泽东曾在北大任图书管理员，傅斯年是大名鼎鼎的学生领袖，十分受人注目，他经常出入于图书馆，所以毛泽东认识了他。后来毛泽东回到湖南创办《湘江评论》，与傅斯年等在北大创办的《新潮》遥相呼应。傅斯年在《〈新潮〉之回顾与前瞻》中列举五六种“最有价值”的刊物，《湘江评论》就是其中之一种。后来他们虽然走上了不同的道路，政治观点有分歧，但这一段交往还是很值得回顾的。所以值傅斯年专程来访之际，毛泽东单独约他畅谈。据说他们两人从时局谈到历史，从抗战谈到国共合作，天上地下，古今中外，无所不论，谈了整整一个晚上。谈到“五四”运动时，毛泽东称赞傅斯年在反封建主义方面的重大贡献，傅斯年则回答说：我们不过是陈胜、吴广，你们才是刘邦、项羽。毛泽东只是报之以微笑，并未作正面回答。会谈结束时，傅斯年向毛泽东索要墨宝一幅，以志留念，毛泽东慨然应允。7月5日，毛泽东将条幅写好送给了傅斯年，条幅写唐人咏史诗一首：
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。坑灰未烬山东乱，刘项原来不读书。
另附有毛泽东的亲笔书信一封，内容如下：
孟真先生：
遵嘱写了数字，不像样子，聊作纪念。今日闻陈胜吴广之说，未免过谦，故述唐人语以广之。
傅斯年以陈胜、吴广自况，把毛泽东、蒋介石说成是刘邦、项羽。这里他把“五四”运动比作大泽乡起义，视为推翻旧政权的开端，而把毛泽东为代表的共产党与蒋介石为代表的国民党之争比作刘项之争，认为他们之间的斗争是争夺国家最高统治权的抗争。毛泽东书此条幅，显系将搞独裁专制的蒋介石比作秦始皇，暗示那些真正起来推翻蒋政权的力量，不是一般读书之人，而是刘邦、项羽一样的下层民众。
7月5日，傅斯年一行回到重庆。7月7日，第四届一次国民参政会开幕，当天下午他们会见蒋介石，汇报了延安访问的结果，并将《延安会谈纪录》交给了国民党政府。
抗日战争胜利后，国内局势发生了重大变化，国共两党的关系如何发展是许多人忧虑的问题，人们的普遍心理是团结统一，休养生息，和平建国。蒋介石迎合民众心理，打出了和平谈判、团结建国的旗号，分别于8月14日、20日、23日亲自给毛泽东发了三封电报，邀请毛泽东去重庆谈判。为了争取抗战胜利后避免内战，广大劳动人民能在和平的环境中重建家园，毛泽东、周恩来、王若飞三人于8月28日飞赴重庆谈判。这次和谈得以实现，固然有多种因素，但傅斯年等人的延安之行，在国共两党之间传递和谈信息，应该说对谈判起了一定作用。
国共两党领导人谈判期间，傅斯年仍利用在野学者身份积极活动，为和谈成功而努力。毛泽东同志在重庆谈判期间，经常在张治中住所桂园办公，毛泽东到达重庆的第二天，傅斯年、黄炎培等赴延安的六位参政员便前往桂园拜访毛泽东，就国内局势和谈判的许多问题进行了交谈。9月1日，傅斯年等人和毛泽东共同出席了庆祝中苏友好同盟条约签订的鸡尾酒会。9月2日，蒋介石设宴招待毛泽东、周恩来等中共领导人，傅斯年也应邀出席了宴会。9月5日，傅斯年在自己的工作单位中央研究院与赴延安的其他五位参政员设宴，招待毛泽东、周恩来、王若飞等人，双方就许多问题再次畅谈。
傅斯年在抗战胜利前后，致力于全国团结抗日，消弭内部矛盾，为和平统一，建立民主国家奔走于国共两党之间，为促成国共和谈尽心尽力。这是他社会活动中的大事，也是他全民族团结一致，抗日救国思想的实践。同时也是他视中国共产党为抗日救国重要力量，促使国共团结抗日的重要尝试。
有一点今日看来颇为遗憾。傅斯年此去延安，共产党的领导人对他甚是友好，但他却留有不好的观感，影响了他对共产党的整体认识。罗家伦在《元气淋漓的傅孟真》一文中有所记载：“他在重庆被国民参政会推举为访问延安代表团的五代表之一。他回来以后，和我谈过几次，他认为当时延安的作风，纯粹是专制愚民的作风，也就是反自由、反民主的作风。他和毛泽东因为旧曾相认的关系，单独聊了一夜天。上天下地的谈开了，谈到中国的小说，他发现毛泽东对于坊间各种小说，连低级小说在内，非常之熟。毛泽东从这些材料里去研究群众心理，去利用民众心理的弱点，所以至多不过宋江一流。……孟真反共是由他一贯的精神而来的，根本是由于他最高的国家民族的意识；更进就是由于他反专制、反压迫、反违反人性的主张。这些残酷的现象，都是共产党所代表的。”罗家伦是后见之明，是在傅斯年死后的回忆文章中记叙述的。傅乐成的记述与罗家伦的回忆有相似之处，与傅斯年的言论差距不会太大。同时在此期间傅斯年在致夫人俞大綵等人信中颇后悔去延安考察访问。他在1945年8月1日致俞大綵的信中曾说：“所有到延安之一切，以前不能谈，待我回去，详细告你，以为笑乐。”在不久的另一封信中又说：“此时要开政治会议……一切至今之困顿，皆因两念所误：一，赴延安（然后有此协商会议）。二，为北大，公私交弊，言之可叹。”两信虽没有对去延安发表系统评论，但在信的字里行间，表示了对共产党的不满。在以后的社会活动中对共产党也时有讥评。说明傅斯年这个时期思想有所右转，进一步倾向于国民党政权。
政治协商与改革
傅斯年、黄炎培等六位参政员，1945年7月1日访问延安，与中国共产党达成停止国民大会进行、从速召开政治会议两点协议。回到重庆后将中国共产党提出的五点建议以《延安会谈纪录》形式交给了国民党政府，并在召开的国民参政会上向国民党政府呼吁：“主张缓期召集国民大会，先召开各党派及无党派人士政治会议谋求妥协办法”。在以后的时间里，中国共产党又通过不同途径向国民党政府提出召开党派国事会议的建议，1945年10月，国共重庆谈判期间正式就召开政治协商会议达成协议，《延安会谈纪录》规定由国民政府召开政治协商会议，邀集各党派代表及社会贤达协商国事，讨论和平建国方案及召开国民大会各项问题。
（一）傅斯年与政协会议
经过一段时间的筹备，国民党政府1946年1月6日公布了《召开政治协商会议办法》及会员名单，经蒋介石聘请共38人，其中包括国民党8人，共产党7人，民主同盟9人，青年党5人，无党派代表9人。傅斯年作为无党派人士被邀请参加，其余8人是莫德惠、王云五、胡霖、邵从恩、钱新之、缪云台、李烛尘、郭沫若。当时有人评论：除国共两党人士外，“其他政团也可说是集过去一般所认为‘反动派’或‘反革命’之集大成，随时可以‘危害民国罪’绳之于法的，如今却将他们聚集一起在‘政治协商会议’成为座上嘉宾，商讨国家大计，不能不说是现实需要所造成的一大奇迹。”
政治协商会议邀请的38名委员中除莫德惠赴东北宣慰、张君劢在美未归、张澜和黄炎培因病请假未能参加外，其余34人应邀参加，蒋介石亲自主持并发表讲话。
后人曾对政协会议评论说：“政治协商会议的召开，是符合国家民族的根本利益，适合广大人民的意愿要求的，是以政治协商方式解决政治的范例。”政治协商会议召开在当时是一个大事，曾引起各方面的重视，在开幕式上除蒋介石发表讲话外，周恩来、沈钧儒、曾琦等人分别发表讲话。其中蒋介石讲话冠冕堂皇地强调了召开政商会议的目的、作用和要求，他说：“本会议召集的目的，是邀集各党派代表和社会贤达来共商国是。我们所要商讨的是国家由战时渡到平时，由抗战进到建国基本方案。也就是怎样集中一切力量，以开始建国工作的问题……今后政治上和社会上一切设施，都要尽量纳之于正常的轨辙，加强法治的精神，以立宪政的基础……本会议虽然不是由人民选举而产生。但各位先生热心国事，关切民生，一定能体察人民真正的愿望，认识人民迫切的要求。”蒋介石对政协委员提出三点要求：“第一，要真诚坦白，树立民主的楷模……第二，要大公无私，顾全国家的利益……第三，要高瞻远瞩，正视国家的前途……” 蒋介石的讲话不仅是给政协会议定基调，也表明了国民党政府对政协会议的态度。
政治协商会议设秘书处，由雷震任秘书长。委员分五个组进行专题协商，即政府组织组、施政纲领组、军事问题组、国民大会组、宪法草案组。
据核查，38名政协委员中有22人曾担任国民参政会参政员，傅斯年即是其中之一。傅斯年被分到宪法草案组，会议期间他积极参与，尽职尽责。在他的档案中保存了几份他发言的草稿，从中可以看出他当时对政治体制建设和改革的思想理念，也可以从中认识他当时的政治态度。
政治协商会议1946年1月10日开幕，31日结束，共22天，其间大会与小组会议间隔进行，会议要求与会各委员充分发表自己的意见，正如蒋介石在开幕词所说：“如有意见，深望尽量陈述，政府无不可以考虑采纳。”傅斯年在大会和宪法草案组会议上皆曾积极发言，为国家能够在抗战胜利后走上和平建国道路，化解国共两党矛盾，避免内战提供了有益的建议，其中也反映出他广博的中西方政治体制与制度方面的知识和渴望和平的愿望。概括他的言论和建议，有以下几个方面内容：
(1)和平建国的指导思想与原则。傅斯年认为，中国人民经过无数艰难困苦，做出了巨大牺牲，终于取得抗日战争的胜利，一定要万分珍惜这来之不易的和平建国机会，不论国民党政权，还是各民主党派都应出于公心，捐弃私见，顾大局，顺民意，本着国家、民族利益高于一切的原则，为和平建国共同努力。他对《和平建国纲领》贡献的意见充分表达了他这方面的思想。他阐述总指导思想时说：
际兹八年抗战卒底胜利之时，人民之死亡以千万计，财富之损失以亿兆计，生者待养，病者待医，大敌虽已败却，疮痍犹待补救，国家虽列于强国，人民尤陷于贫困。中国国民政府鉴于战争业已结束，建设应即开始，爰特邀集各党派代表既社会贤达举行政治协商会议，共商国是，俾人民得以昭苏，国家进于宪政。兹经一致同意左列纲领。
总纲（“党派协定”）：
①确定三民主义（及国父遗教）为建国之最高准绳。
②全国力量，应在蒋主席领导下，共同合作前进。
③确认各党派之平等合法地位，用人不分党派。
④各党派相约以国家民族之利益为最先，捐弃成见，放弃武力斗争，停止宣传战争，俾便集中意志与力量，以建设和平、民主、统一、团结、自由与富强的新中国。
⑤确认蒋主席所倡导之政治民主化、军队国家化，为达到和平建国必由之途径。
傅斯年对《和平建国纲领》总纲的阐述近似官话，其中特别强调和平建国要在蒋介石的领导下，有些不合情理，实际查阅当时的一些文件，许多都将此条列入文件中，其中对当时局势和社会情形的认识是真实的，五项具体条款大体符合当时局势，具有一定的可行性。
⑵ 对政治体制与制度改革建言献策。傅斯年在参与宪法草案修改的讨论中，对国家政治体制改革和政治制度建设提出许多建议和意见。在《和平建国纲领》政治方面，傅斯年的意见包括政治设施的建设、政治体制的创新和发展等内容。关于政治体制和制度改革方面的条款共九条：
①施政以贫困、疾病、蒙愚为政治之对象，以民主、自由、科学为进步之目标。
②一切国家设施，应顾及全国各地主，各阶级各职业人民之正当利益，保持国家在此时之平衡发展。
③厉行监察制度，严禁贪污，便利人民自由告发。
④实行文官制度，保障称职人员，用人以能力资历为标准，并去除戚谊、乡谊、学谊、干请等弊端。
⑤简化行政手续，分层负责，务期人有专任，事有专责。
⑥确保司法独立，充实法院人员，提高待遇与地位，简化诉讼程序，改良监狱。
⑦裁撤一切骈枝机关，与效能甚低之机关，提高文武公教人员之待遇。
⑧实行预算决算制度，认真审计，简化税制，归并征税机关，并以资产及收入定累进之税则。
⑨征用逃避及冻结之资本与产业，以平衡收支。
这里，傅斯年特别指出政治机构、国民大会、地方自治、军事等项暂缺，由于这些小组他没有参加，也不是这方面的专家，没有专门研究，所以没有涉及这方面的具体内容。
另有一部分是关于抗战胜利后复员和善后工作的建议，从中可看出傅斯年关心基层民众利益和生活疾苦的思想，其建议共五条，具体内容是：
①政府停止兵役及豁免田赋一年之法令，应由各级政府切实执行。
②妥善照顾残废军人，及抗战军人家属与遗族，协助退伍官兵就业。
③协助义民，难民还乡，给以交通上之便利。
④速治黄河水患。
⑤严办汉奸，停止附逆分子之公权。
从此要求中可看出，傅斯年将抚恤抗战军人及遗属，救济民众和惩治汉奸，都列入了政治改革和平建国的纲领之中，表现了他和平建国兼顾各方利益的思想观念。