(3)关于宪法草案修改的意见。政协会议召开期间，专门成立了宪法草案组，召集人莫德惠、陈启天，成员包括孙科、邵力子、周恩来、吴玉章、常乃惠、罗隆基、章伯钧、傅斯年、郭沫若。从成员组成来看，出席政治协商会议的国共两党领导人都集中于此组。不言而喻，制定和修改宪法草案是政协会议的重头戏，事关建立什么样的国家政权、怎样按法定程序建立国家政权，所以国共两党及各民主党派的首脑人物都相当重视这个组的讨论。另外，张君劢作为民盟代表被邀请，他当时正在英国考察，1月9日接到政协要求回国参加政协会议通知，11日才开始启程回国，16日到达重庆。分组时没有明确他参加何组，因而与会时他可以根据自己意愿参加任意一组的讨论。他本是法学专家，所以也参加了宪法草案组。
1月19日，政协会议举行第九次大会，专门讨论宪法草案问题。大会首先由孙科对国民党1936年公布的“五五宪草”要点作了说明，并代表国民党方面陈述了对“五五宪草”的认识，强调：国民党并不以此宪草为天经地义，一字不可更易，但是其中“三民主义的最高原则”和“五权制度”不能变更。在孙科作说明时，会场中“要求发言条子即纷纷传到主席台”。孙科说明以后，黄炎培、沈君儒、傅斯年等人相继发言。
傅斯年在发言中特别强调了两点：在中央要实行议会制度，在地方要实行自治，“省长民选”。发言的要点如下：
谈到国民大会，便联想到议会政治的问题。我一向有两个主张：第一在中央，要有议会行议会制度，不然便不能表现民主精神实行多党政治。第二在地方，要实行自治，省长民选，但省区必须缩小。关于国民大会问题，照政治协商会议所决定的四项修改原则，其第一、四两条的规定，应该有一个先决问题，即是议会政治精神是否容纳在宪法之中。在行议会制度下，假如国民大会还是存在，有它的好处，也有它的缺点。就缺点说：一、国民代表任期，不论四年、六年一任，国民大会会期不论一年、三年一次，国民代表除了出席会议以外，没有别的任务。二、由一、二千国民代表行使选举、罢免、创制、复决等权，还不是直接民权。就好的方面说：一、总统与立法院冲突时，可由国民大会表决决定。二、国民大会选举总统、副总统及一部分立法委员、监察委员等，使立法、监察委员从多方面产生。我主张立法委员一半由全国选民选举，余一半由国民大会及全国性职业性团体各选举一部分。监察委员一半由各省参议会选举，余一半由国民大会及大学教授、法官各选举一部分。至于创制、复决两权之行使，我想不论由全体国民或国民大会行使创制权，因为国民知识等原因，只能限建议权，经通过后送由立法院制定法律：复决权之行使，也是一样的困难。所以我们对于创制、复决两权之行使，有彻底检讨的必要。最后要声明一点，我有一个定见，即是坚持议会制度。傅斯年强调实行议会制度，主要针对国民党政权“五五宪草”而言，“五五宪草”是国民党一党执政的宪法，自然不能适合多党政治和发扬民主精神，这一点很有积极意义。
大会各委员的发言，都提出了个人或党派的意见，议论纷纭，莫衷一是，无法得出统一结论，于是交宪法草案小组讨论。
在小组讨论中，小组成员由于代表的界别和各自的立场，观点不同，对中国今后采用什么样的宪法争论激烈。当时有四种宪法蓝本可供人们选择，一是孙中山所拟定的，也就是国民党政权所实行的五权宪法，二是英国式宪法，三是美国式宪法，四是苏联式宪法，苏联式宪法与国民党实行的五权宪法是一党专制式的宪法，而英美则是多党制议会宪法。在讨论中，国民党代表要求以五权宪法为蓝本，而民主党派和无党派人士多主张英美式宪法，共产党代表根据当时情况，也希望实施英美式宪政“以期打破国民党垄断政权之局。”争论的焦点主要是，以五权宪法还是以英美宪法为蓝本。争论过程中，张君劢提出了以五权宪法之名行英美式宪法之实的方案。
张君劢是宪法专家，熟悉各国宪政制度，他根据孙中山直接民权的学说，批评“五五宪草”的国民大会制度是间接民权，而非直接民权，故他主张把国民大会从有形改为无形，公民投票运用四权（即选举、罢免、创制和复决）就是国民大会，不必另设国民大会；同时，以立法院为国家最高立法机关，行政院为国家最高行政机关，行政院只对立法院负责，而不对总统负责，立法院有权对行政院投不信任票，行政院有解散立法院、重新进行大选之权；限制总统权力，使他仅成为名义上的国家元首，而不负实际政治责任。张君劢这套方案的实质，是要“把立法院变成英国的众议院，行政院形成英国式内阁，总统相当英国女王，行政院长相当英国首相。”
张君劢的这套方案提出后，“在野各方面莫不欣然色喜，一致赞成”，周恩来表示“佩服”，国民党代表孙科也表示支持。据参加会议的梁漱溟说，孙科所以支持张君劢的方案，有他自己的野心，即“孙科私下安排，他将来是行政院长，当英国式的首相或日本式的首相，把蒋介石推尊为大总统，实际上是英王”，这样他就可以掌管国民党大权，而置蒋介石于有名无权的地位。由于孙科是孙中山的儿子，在国民党内的地位很高，又是国民党出席政协会议的首席代表，他既然表示支持张君劢的方案，其他国民党代表，包括参加宪法草案组讨论的邵力子也就无可奈何，不便明言反对。于是，大会以张君劢的方案为基础，结合其他方面的意见，达成了宪草修改的十二条原则。
傅斯年在参与讨论中，主张实行美国式宪政制度。他对张君劢提出的宪草修改的十二条原则以及有关内幕了解比较清楚，担心此原则被通过，国家将再度出现混乱局面。他曾致信王世杰，要求王世杰采取应对措施。王世杰（1946年）2月1日的日记有如下记载：“两日以前（应指1946年1月30日），政治协商会议之成败方值千钧一发之际，傅孟真致函于予，谓此次协商结果，将使国民党与蒋先生于半年内崩溃，促予退出协商会议，并辞去外交部长。予复函拒绝之。”同时，在1月31日举行的政协会议闭幕大会上，傅斯年对宪法草案修改十二条原则表示不满，但为顾全大局，仍然投了赞同票。
（二）参与宪法草案的修改
根据政协会议的决议，政协会议闭幕后于2月上旬成立《宪草审议委员会》，委员会成员25人，“由政协五方面各推五人组织之，另推会外专家十人共同工作”。组织成员中，国民党方面有孙科、王宠惠、王世杰、邵力子、陈布雷；共产党方面有周恩来、董必武、吴玉章、秦邦宪、何思敬；青年党方面有曾琦、陈启天、余家菊、杨永浚、常乃惠；民主同盟方面有张君劢、黄炎培、沈钧儒、章伯钧、罗隆基；无党派方面有傅斯年、王云五、胡霖、莫德惠、缪云台；有关专家有吴尚鹰、林彬、戴修骏、史尚宽、楼桐荪、吴经熊、周览、李中襄、钱端升、周炳琳。蒋介石指定孙科为召集人。该委员会的职责是“根据政协会议拟定之修改原则，并参酌宪政期成会修正案，宪政实施协进会研讨结果及各方面所提之意见，汇总整理，制成五五宪草修正案，提供国民大会采纳”。2月14日，宪草审议委员会召开首次会议，决定成立协商小组，并议定五项程序。但是，未待宪草审议委员会根据十二条原则对“五五宪草”进行修改，国民党方面就提出了修改十二条原则的要求。
政协闭幕的当天，国民党召开中央常务委员会会议。会上，谷正刚、张道藩等人大吵大闹，他们说“国民党完蛋了！什么也没有了，投降给共产党了！宪草十二条原则把‘五五宪草’破坏无遗了”。他们对五项协议都表示不满，对于宪草（修改原则）尤其不满。蒋介石也表示：“我对宪草（修改原则）也不满意，但事已至此，无法推翻原案，只有姑且通过，将来再说。”2月10日，蒋介石在对国民党部分负责人发表谈话时又声称，政协通过的“宪草所决定之原则与总理遗教出入颇多”，宪草如照此修改，“本党不啻自己取消其党纲，而失其存在之地位”，“祸患将不堪言”。他要求国民党代表在宪草审议委员会会议上联合发难，提出修改十二条原则的要求。2月14日，宪草审议委员会开会后，国民党代表即提出要对十二条原则加以修改。他们“主张维持‘五五宪草’之原则”，“反对政治协商会议修改宪草修正国大决议之原则”，“反对内阁制，主张总统制”；不同意省长民选，省自订省宪。国民党的提议，遭到了中共方面的反对。民盟代表张君劢等人也力主维护政协宪草十二条原则，认为“宪草修改原则与政协全部决议案有连带关系，为协商一大成就，未容变更”。自2月14日至19日的5天里，宪草审议委员会共开了6次会议，国共两党及各方代表由于立场和政治利益的不同，进行了激烈的论辩。
这里着重介绍一下傅斯年在协商小组会议的几次发言，从中了解傅斯年的宪政思想与他要求政治改革的思想观念。
关于宪政体制，傅斯年主张实行美国宪政制度，他在一次发言中阐述自己的观点说：“英国内阁事实上只是议会的行政委员会，在中国现状下实行责任内阁是不可能的，所以中国将来大体要实行美国制度。英国国会对内阁的信任票，始于劳莱乔琪，后来成为习惯，但不在宪法内规定。”按照宪法草案修改原则：司法院即国家最高法院、考试院的职责着重于公务员及专业人员的考试选拔。对此傅斯年没有多少异议，他说：“修改原则对于司法、考试两院的规定，我完全赞同。考试是偏重学术性的业务，应采委员制。司法院的大法官名称有人以为不妥当，我建议改为‘大理’。”实际此名称也未被采用。
当时，国民党《中央日报》刊载的傅斯年发言有误，傅斯年借发表更正声明之机，阐述了自己关于宪政模式的观点，他说：“今天报载昨日本人发言有‘目下只有二路可循：（一）完全抛弃民主，（二）遵循苏联道路。’本人未说此话，此话亦绝对不通。本人在讨论中央制度时说：‘苏联的制度是一党的，中国既将为多党政治，故无从取法，然则欲求民主之实现而运用多党政治，舍议会政治外，实想不到他途。至于议会政治亦有不同，则另一问题。’请秘书处通知中央社更正。”把这与傅斯年关于采用美国制度的发言结合起来分析，傅斯年的中央宪政思想是相当明确的，基本上否定了苏联制和英国制，采用了国民党五权宪法与美国总统制的结合，保证了多党议会制。关于总统、议会和监察权力关系，傅斯年也有一个发言，其中对宪法草案修改原则进行了进一步修改和补充，他说：“我赞同枚荪先生提出的意见，假使立法院、监察院的职权，能维持修改原则的规定，在五权宪法中容纳议会制度，那末国民大会可以成为有形的，职权也可以相当修正。照修改原则第一条第三项之规定，总统之罢免以选举总统之同样方法行使之。总统既由各县选举，总统的罢免也由各县发动，那地方上天天可以闹罢免，使中央政府常常在紧张状态中，也不是安定政治之道。所以我主张立法、监察两院的委员，除照修改原则的规定以外，另由国民大会选举一部分，以免地方色彩太浓，而成为上下或左右两院。这样将来监察院弹劾总统，也可以交国民大会复决。”傅斯年对中央政治体制的设计，既没有迎合按孙科、张君劢制定的宪法草案修改十二条原则，也没有完全遵照国民党政府要求的修改原则，而是总结世界主要国家宪政的利弊，而取其长处和优点，避其短处及弊端，以建立中国特色的、符合中国国情的宪政制度。
傅斯年对宪法草案修改原则中，关于地方制度设施的条款也提出了系统的修改意见，并在两次发言中进行了系统的阐释：“本人对于地方制度四项原则，除第四项不赞成外，前三项都赞成，不过条文中的若干名词应加考虑。（一）确定省为地方自治最高单位，省可以为地方单位，与县成为两级单位，但省区必须缩小，所以本人不赞成用‘最高’二字。同时，本人主张‘省’字可以保留，或者可以用‘州’字代替。至于缩小省区，应注意下列三项：（1）人口以不超过一千万为单位，（2）参照清代设道制度，（3）人口过少，而有少数民族之地区可不划分。（二）省与中央权限之划分，采均权主义一点，大家赞同，但应于宪法中明白列举，不可另以法律定之。我以为军事、外交必属于中央者外，财政的关、监、统三税（监税极不公道，应短时期内取消），警察的训练服装，亦归中央掌管。经济事业应就实际需要而分别规定。教育、大学可仍由国立，专科学校可由省办。此外各项职权与业务均须详为规定。（三）省长民选是应当的，但在行使初期，中央可在地方设观察使或观察院，以便监督地方是否执行中央政令。（四）关于省宪，假如省与中央的权限划分清楚，我不知省宪的内容有什么可以规定，所以我认为省宪没有制定的必要。”
从傅斯年对地方政制、权力，地方与中央的关系的阐述来看，既对宪法草案修改原则有所坚持，同时对具体制度、设置有所修改，但修改的原则是扩大地方的自治和民主执政的权力，削弱中央政权对地方的严密控制。
在宪草审议委员讨论宪法草案修改的过程中，国民党政权几次提出修改原则和要求，其核心是加强中央和总统的权力，中国共产党和民主党派、无党派人士虽然也因各自的立场、利益的不同，对某些问题发表不同的意见，但总的来说，能够协调一致，共同与国民党政权代表进行斗争和争辩。傅斯年则保持自己的个性，从国家、社会、民众的利益出发，言个人所言，很少受别人影响。
1946年3月，经有关各方反复讨论、争辩、妥协，宪法草案修改的主体部分获得确认，在此基础上开始了宪法草案的起草。据记载，宪法草案的起草由十个委员会分头进行，由孙科负责。而宪法专家张君劢认为此种办法不可行，就私下动手草拟了一部宪法草案，起草时坚持三个要点：（一）欧美民主政治与三民五权原则之折衷；（二）国民党与共产党利害之协调；（三）其他各党主张之顾到。拟定草案后，张君劢告诉孙科，他“已草了一部宪草，大家要也好，不要也无所谓，谁想就被接受了，由雷秘书长（震）印出来，作为讨论的基础。”张君劢拟定的宪法草案共14章149条。宪草审议委员会和政协综合小组审议这部宪草时发生了激烈的争论。争论最久也最激烈的是行政院对立法院负责的问题。根据政协通过的宪草修改十二条原则，张君劢宪草规定：行政院为国家最高行政机关，对立法院负责，实际上仍是强调英国式的责任内阁，而国民党政权坚持实行“五五宪草”的总统制，反对行政院对立法院负责，主张行政院应向总统负责。另外对许多具体条文也进行了热烈讨论和争辩。傅斯年曾几次发言，对其中的某些条款提出了具体的修改意见。