第一，傅斯年对宪法草案第一条进行提出了异议和修改意见。他解释说：第一条原文，“中华民国基于三民主义，为民有、民治、民享之共和国。”此语在语法上极为不顺，在意义上至难索解，且民有、民治、民享之说本美国大总统林肯之名言，Government of the People，by the People and for the People.如直译之，应为“属民、由民、为民”。此就政府言之，非就国家言之也。若一部宪法开宗明义，在语法上先自不通，自非良事。且吾辈认为五权宪法尽可修正，三民主义不可折扣，敢拟修正案如下：第一条，中华民国为三民主义之民主共和国。第X条，各级政府之施政以民治民有民享为原则（此条置于基本国策之首）。从文字来看，傅斯年的修改使条文更加合乎情理，意义更明确。
第二，关于国民大会、立法、监察之间的关系。这是各方争论的重点，也是关于政治改革的关键，傅斯年对此提出了个人的修改意见。他说：政府所提宪草关于国民大会及立法监察部分，实为五权宪法与议会制度之折衷，无论个人之主张如何，理论家如何感想，目下国内外形势之下，只有取此折衷道路而已。下列签名各人，不欲于原则上有所修改。然原案第二十七条关于国民大会组织者，实为行不通之办法。理由如下：一，以人数言，原案至少约五千人，如县及等于县区之代表不止一人，可至万数，细密的讨论，临时之召集，皆极不易办；二，以成分言，立法委员已在其中，则复决宪法修正案之人即为创制之人；监察委员已在其中，则弹劾总统判官即是原告，不情不理，于此为甚。
第三，关于国大代表，立法委员和监察委员的职权、名额和产生办法等，在讨论中也有很多分歧，这三种人士的职权集中于宪法草案的第26条、第65条和第90条。傅斯年对此分别提出了修改意见。傅斯年阐述说：以运用言，立法、监察委员经常在职，可以其主张锻炼之，而使不集中之各县代表，失去自由的、充分的判断力。基于上列之考虑，似以删去第二十六条一、二两项为妥，谨提第二十六条之修正案如下：
第二十六条，国民大会以左列代表组织之：一 ，依法律由各县及相当于县之其他地方区域选出之代表。二，由侨居国外国民选出之代表。前项各款之名额以法律定之。如此之国大，人数已多而尚可开会，职权难少而甚为隆重，每县选其明德之士，一来京都，亦可收人和之效。
国大人数既已缩小矣，立法、监察委员亦应同样缩小，议会之制，在乎每人每区皆有其代议士，而不必多。多则效能转小，少则更易运用国策。在此内忧外患之国家，国策检讨之速度与深度，是必注意的。谨拟有关两条之修正案如左：
第六十五条，立法委员名额之分配，依左列之规定：一，各省市人口未满三百万者，每省市二人；其人口超过三百万以上者，每满二百万增加一人。二，蒙古各盟共八人，西藏六人。三，侨居国外之国民八人。
第九十六条，监察院设监察委员，由各省市议会蒙古各盟及西藏地方议会选举之。其名额分配依左列之规定：一，每省人口未满五百万者，每省二人，其人口超过五百万以上者每满五百万增加一人。二，每市二人。三，蒙古各盟共六人，西藏四人。
目下省之大小悬殊，故亦应略示人口比例也。是否有当，敬乞公决。
从傅斯年参加宪法草案修改的过程来看，他对宪法草案修改是认真的。每次发言提出的修改意见、建议都是他思想观念的反映，他没有依附国民党政府，也没有迎合其他任何党派，总体上是从中国现实出发，为避免内战，进行和平建国而努力。但从当时的政治形势来分析，国民党政权召开政协会议、制定宪法草案都是没有诚意的，从根本上说，一是为屈服于国际、国内舆论的压力；二是为调兵遣将，发动全面内战争取时间。在这种情况下，傅斯年与许多民主党派和无党派人士所做的各种努力都是徒劳的。
出入政治漩涡
（一）反对《雅尔塔协定》
1946年，中国政治变幻，国共两党矛盾逐步激化，最终导致了内战的爆发。国民党政权领导集团发动内战之初野心勃勃，要在短时期内消灭共产党，在全国实行独裁统治。共产党则沉着应战。各民主党派和无党派的社会贤达此时迅速分化，总体上是在为争取国内和平而努力。
傅斯年在政协会议期间开始认识到国共两党团结合作、和平建国的可能很小。他在给夫人愈大綵的信中曾说：“政治协商会议，忙了一阵，至今尚一无结果，真正在小组中协商之事，无一得结果。看来前途甚悲观。如不得结果而散，又是大闹，此后恐无安静的日子，打虽不致一时又打起，和也和不成，总是僵局而已。” 傅斯年在此信中大发议论说：“我这一年，无端落在国共谈判之边上，故出了这些事！又因北大，自找麻烦事！国共事，今后不再问。北大事，适之先生回来不久了，总要熬出来。”从此信中可以看出，傅斯年对国内局势，尤其是国共关系有较深刻地认识，但是他对国共关系的发展前景认识尚缺乏科学的判断，实际上国共两党内战很快便开始了，此时国际形势的变化再次刺激了傅斯年，使他的政治倾向进一步向国民党倾斜。
1946年2月11日，华盛顿、伦敦、莫斯科同时公布了1945年2月雅尔塔会议的内容，其中包括了关于侵犯中国主权的条款。在雅尔塔会议上，美国、英国为督促苏联在打败德国后迅速出兵中国东北对日本作战，满足斯大林的要求，包括承认外蒙独立、中苏共管中东南满两路，租借大连、旅顺两港，作为苏联在德国投降三个月后对日宣战的条件，应该说美英苏三国首脑的秘密协定严重侵犯了中国的主权和领土完整。傅斯年是具有强烈民族主义倾向的知识分子，他对于俄国在历史上对于中国的侵略怀有敌意。早在1943年，他发表《战后建都问题》，主张战败日本后建都北平，目的就是防御苏联，所以当雅尔塔协定内容公布后，他对苏联侵犯中国的领土主权，美英牺牲中国利益满足苏联的行径表示愤慨。他联络任鸿隽、陈衡哲、王云五、宗白华、储安平等人在《大公报》发表文章，题目是《我们对于雅尔塔秘密协定的抗议》，对苏美英用秘密协议的形式侵犯中国领土主权的行为表示抗议。文章中愤怒指出：“这一秘密协定，违背了联合国共同作战的理想和目标，开创今后强力政治与秘密外交的恶例；影响所及，足以破坏世界和平，重踏人类罪恶的覆辙。这一秘密协定，是为近代外交史上最失道义的一个记录。” 针对苏联的错误行径，傅斯年等人进行指斥，把苏联的行为与帝俄对华的侵略相比拟，文章指出：“苏联所标揭的是打倒帝国主义，然则今日苏联要求恢复其俄罗斯帝国之权力，又何以自解？苏联乘人之难，提出这种要求，其异于帝俄对中国之行为者何在。”傅斯年在联络各界人士对雅尔塔协定提出抗议后，仍不肯罢休，又撰写了长文《中国要和东北共存亡》，登载于《大公报》。在文中傅斯年着重论述了东北地区的历史地位，东北与日、俄的关系，雅尔塔秘密协定对中国的侵犯和中国应采取的态度和对策等。他在文章中着重强调了东北地区在中国发展中的特殊地位，说：“没有了东北，中国永不能成为名副其实的一等国，……没有了东北，中国迫切的人口问题没有解决，社会决不得真正安宁，即永不能走上积极建设之路。然则中国不惜为东北死几千万人，损失国民财富十分之九，不惜为东北赌国家之兴废，赌民族之存亡，岂仅是一个感情的行为，实在是绝对理智的行为”。很明显由于东北地区资源丰富，物产充实，是中国不能缺少的组成部分，“要不惜任何代价来保卫它”。
傅斯年站在国家民族的立场上，反对苏联侵犯中国的主权和领土，在当时有一定的进步性，但他同时认为，中国共产党与苏联有联系，受苏联的支持，因而对中国共产党增加了敌意，他曾在这个时期致夫人俞大綵的信中有明确的表露，他说：“东北糟不可言，仍因自己有此大好第五纵队，非可专骂俄国人，俄国人也太可恶了。”在这里他将中国共产党及其所领导的八路军、新四军视为苏联的第五纵队，实际上含有很深的敌意。
（二）认同国民党政权
1947年6月，傅斯年由妻子俞大綵女士陪同去美国治疗高血压，经过一年的治疗，身体基本康复。傅斯年在国外的一年，正是国内政治形势急剧变化的一年，国共两党的军队经过一年的激烈战争，形势已发生了变化，国民党由原来的优势已转化为劣势，共产党在广大人民群众的支持下，整体上据有了优势。傅斯年虽然身在海外，对国内局势颇为关注，其态度也更加倾向于国民党政权。
1948年8月，傅斯年自美回国。行前，国内友人因国内局势动荡，内战正激烈进行，许多人设法出国避难，劝傅斯年暂住美国静观国内形势发展，傅斯年的学生陈槃曾记述说：“当返国有期而尚未成行之际，有某君者自京中贻书夫人，谓大厦将倾，傅先生欲于此时返归，非计之得。师省书叹曰：‘此君乃不知吾心。余绝不托庇异国，亦不作共产党顺民。将来万一不幸，首都为共党所乘，余亦无可奈何，则亦不辞更适他省；又不得已则退居穷乡。最后穷乡亦不保，则蹈海而死已矣。’”俞大綵鉴于傅斯年的身体状况也想在美国多疗养一个时期，但在傅斯年的坚持下，最后将孩子留在美国，夫妇二人于8月中旬回国。
傅斯年回国在南京定居，继续担任历史语言研究所所长。可是国内政治局势的剧烈动荡牵动着傅斯年，此时，国共两党的内战胜负已经明显，解放军已转入全面反攻，国民党军队有生力量大量被消灭，残余被分割包围在几个地区，士气低落，毫无斗志。政治上，国民党政权内部人心涣散，统治集团上层钩心斗角，争权夺利，各级官员情绪低落，对政权失去信心，寻求退路，在国民党统治区反对国民党政权统治的各种群众运动此起彼伏，从根本上动摇了国民党政权的统治基础。傅斯年自视是国民党政权的臣民，曾经为国民党政权改革政治，完善统治而积极努力，为国民党政权的专制，腐败，趋向衰亡而痛心，所以他回国后目睹当时的政治形势既失望又痛苦，但同时又有些不甘心他所效力的政权灭亡，不时的建言献策。他9月29日上书蒋介石，就自己观察、了解的政治军事形势及自己的意见进行了系统阐述。信共分两部，前一部分是国民党政权政治军事方面存在的问题及解决问题的建议。一是军队作战应“集中兵力，作流动作战，不困守一城”。二是分地训练军队，三是徐州地区的守将与军事部署。傅斯年在信中强调：徐州为南京门户，重兵守护，然刘峙为守军统帅，不能胜任，他说“今日南京一般有识之士，最忧虑者为苏，皖北部之局势，而最忧之对象，即为刘峙将军。刘将军随钧座多年，战前亦有战功，然抗战以来，未有胜仗，举措多失，推求其故，彼有两个绝大毛病：（1）好钱。军人如好赌，好酒，好色，以及好杀，同皆为毛病，然毛病之最大者无如好钱，一经好钱，聪明人亦愚蠢，有作为者亦无作为矣。盖有钱之人，心思在钱，既无清明之气，思考之力，刘将军广好钱财之事，人所共知……（2）天资不足。刘将军不特无近代观念，即一般常识亦在一般高级将领之下，貌虽似奉命唯谨，然以如此知识，实办不了事。”四是皖北战之重要性。傅斯年认为人民解放军的动向：“必以一部兵力攻击徐州之北面及西面，更以主力循黄泛区，蚌埠而作战。”五是北方平津察绥一带今后形势。他认为：“今后共产党如欲扩张，自必向南窜扰，如欲吃棋子，自为傅作义部。傅部之力量，能应付此否，不无问题。南方训练之兵，调至北方，多不可用。故目下只有就冀、察、绥地方充实军队，且宜速为之。”在分析了政治军事形势后，又提出了四项主张，因其切合当时实际，特转摘如下：
一、各地负军事责任者必须专心军事。抗战中因当时情况，若干高级将领养成一种甚为普遍之风气，即于军事之外，更发生甚多兴趣，由经济而政治，乃至文化教育，甚至‘建设哲学体系’，于是宇宙一切之事无不用心，只有军事无暇用心矣。前如汤恩伯，在中原之失败，不能不归罪于其滥用心力，忽略军事；近如王耀武，彼原为抗战后期最优秀军人之一，近年亦因所务太多，而用心分散。此例不胜枚举，其结果则原为良将，竟成废物矣。一矫其弊，似宜责成各作战及练兵各级军官，专以军事为业，政治上须与之合作之人，尽可选其可与合作者，以免磨擦之弊，然军人不可分心，则断断然也。
二、官兵须为一体，今年军事之挫折，主要原因由于官与兵生活悬殊，官富而兵如奴隶。傅作义部之能战，以其在西北荒原之地，未经“城市化”也。今日改革军事，无更要于使“官兵生活一体化”者，此本为历史之通例。欲改其弊，下列各端，未识可采用否？
1.带兵军官即住营房之内，与士兵共其食住，其眷属可住后方，而不可住在其作战地域之大城市，专享富贵，以刺激兵之心理。
2.军官之享用，如家眷之汽车及高门大第，均应由国防部有效节制之。
3.在发饷办法未切实整理之前，溢出饷额可补贴士兵生活，不能转移大城市为商业之用。
4.军风纪之推行，即以军官生活之俭奢为惩奖重要标准之一。
5.士兵汇饷给家及疾病各事，其主管军官，有竭力助其方便之责任。
此不过举例言之。约而论之，与其责以精神上之振作，毋宁责以生活之人民化也。
三、军费开支，须有监管方法，且各主要战区须有视察巡回团以查其用费是否得当，均应以文人及有独立立场者主持其事。日下军费之大，国库已不能应付，然若能得八成之效，犹可自说，今全不如此。大约军队之浪费可列为四项：一、中饱。如浮报等。二、移用。既无监察之人，一经领到，即任其使用，于是东北军区之用费扰乱平津经济，徐州军区之用费扰乱上海经济。三、浪费。全无作用之事，用之不已，如各地大城四围之修堡垒，各地物资之无效使用。四、毁坏。所有交通工具、科学工具以及兵器弹药，任其毁坏。一年之后，无可用者矣。
四、严防军中匪谍。今日军中有匪谍，几为不可讳之事实，其普遍如何？其最上层至何处？皆问题也。此应一面严令各级官员“提高警觉性”一面设有效之纠察。然此等纠察易生流弊，须以简练者为之也。
从这封长信来看，傅斯年颇有披肝沥胆的意思，对国民党存在的弊端，其中包括几个要害问题一一点出，不论出于什么样的动机和目的，傅斯年对蒋介石如此直言敢谏在当时是没有人可以比照的。