据记载，也就是9月29日这一天，蒋介石约傅斯年、胡适会餐。此信是傅斯年预先写好，会餐时面交的，还是会餐时蒋介石征询胡适、傅斯年对当时国事意见，傅斯年连夜书写的？不论属于哪种情况，都说明傅斯年与国民党政权和蒋介石的关系都非同一般，也说明傅斯年虽不在其位而谋其政，以在野的身份向国民党政权、蒋介石建言献策，试图对行将灭亡的国民党政权努力挽救。
1948年下半年，国民党政权败局已定。其军队的有生力量被消灭殆尽，残余部队士气低落，完全失去了战斗力；在经济上，因货币改革失败，经济全面崩溃；在政治上，国民党政权人心失尽，内部人心涣散，政府官员情绪低落，惶惶若丧家之犬，许多人在寻找退路，以求保全身家性命。傅斯年对国民党政权腐败现象深恶痛绝，蒋介石落到这步田地也早在他意料之中，但是多年来形成的对于共产党和人民政权的政治偏见，使得他迟迟不能与国民党政权决裂，而把自己牢牢的拴在了国民党政权这个失去了控制的破船上，随波逐流，任其沉浮。他对于国民党政权的失败痛心疾首，对局势的发展悲观失望，陷于苦闷彷徨之中。
11月6日，傅斯年在致美国友人的信中叙述了他对国家形势的认识和自己的心情状况，他认为东北国民党军队失败是注定的，徐州战区和平津战区失败也是早晚的事。“财政阵线，因金元（券）之失败，完全垮台。”因此他对国民党政权的前途已完全失望。他对自己当时的心情和前途也进行了叙述，他说：“我所以对于自己完全没有忧虑，只是眼前这个四千年的民族，要不又××一度为苏联征服——其惨较×××尤甚——心中不能释然偏又毫无用力之处。……国内之腐败，令人一切寒心。”很显然，他在思想上已认同国民党政权，很有些“以身相殉”的迂腐心态。相当巧合的是，傅斯年写此信后仅一周，11月13日，陈布雷自杀，深深刺痛了傅斯年的心扉。陈布雷曾自言搞了一辈子政治，从政而不懂政治，他对现实不满，但却把政治改良的希望寄托在蒋介石身上，虽为当政者的高级幕僚，但始终不染政客作风，保持清正耿介的操守。傅斯年政见、品格与陈布雷相似，故二人私交甚好，常互相引为挚友同志。陈布雷自杀后的几天里，傅斯年也曾萌生过追步陈氏、了此一生的念头。据追随傅斯年的一位学生回忆说：“当首都仓皇之日，同时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师因之精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师卒未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”又据俞大綵回忆说：1948年底，南京行将被解放军攻克，她原打算护送患有心脏病的母亲离南京赴广州，而后转投香港治病；但又担心傅斯年旧病复发，再加上他情绪低落，随时有轻生危险。于是左右为难，迟疑不决。后傅斯年之弟傅斯岩告诉俞大綵，说傅斯年身上带着一瓶安眠药，随时可能服毒。俞大綵顿生警觉，遂放弃广州之行。
傅斯年与陈布雷虽为挚友，但二人所走的道路并不完全相同。陈布雷久已涉足政界，乃蒋氏政权中之要人。傅斯年议政而不从政，不担任蒋介石政权的行政职务，只是在学校或学术机构中任职。陈布雷考虑的是政治前途、个人名节，而傅斯年所考虑的，首先是学术研究的前景和学术机构的去留，其次才是国民党政权的命运。所以，在陈布雷自杀的消息乍一传来时，傅斯年或一时产生过自杀的念头，但却未作出这样的决断，其根本原因是傅斯年对社会、学术的责任心。
1948年11月，国民党政府在大陆败局已定，开始重点经营台湾，对台湾人事进行调整，决定由陈诚代替魏道明任台湾省主席，傅斯年出任台湾大学校长。当时的教育部长朱家骅对此回忆说：“大家正感到台湾的重要性，或将因此而更为增加，想把它变成为文化的中心，所以对台大校长的人选，也不能不特别慎重。我考虑再三，觉得只有再和孟真先生商量，当时他回国不久，夙疾方瘥，当然不愿再任繁剧，重损健康。可是我复相劝，他又公而忘私，慨允担任。”12月15日，国民党行政院正式决议由傅斯年出任台湾大学校长。
傅斯年在此期间重点办了两件事，一是将大陆的重要文物典籍与史语所整体迁移到台湾，二是设法将平津地区科技学术界部分知名人士接出，并尽量转移到台湾。
抗战全面爆发后，历史语言研究所收藏的文物典籍和北平故宫博物院等处保存的一批文物整理转移。傅斯年的学生陈槃曾记叙此事。他说：“国家多难，研究所辗转播越者数矣，始则由平迁沪、南京，继则由京而长沙，而桂林，而昆明，而南溪。复员后，始重返南京。案本所同事凡数十，书籍古物，箱以千计，虽崎岖间关，艰难万状，而公物得以保全无恙，学术研究得以进行不辍，师之功大矣，然而师之心力，瘁于是矣。洎三十八年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计，一日，师召集同人会议，惨然曰：研究所生命，恐遂如此告终矣。余之精力既消亡，且宿疾未疗，余虽欲再将研究所迁至适当地区，使国家学术中心得以维持不坠，然而余竟不克负荷此繁剧矣。今当筹商遣散，虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽其最大努力，妥为绍介安置。同人此时，以学术自由之环境，既已感受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜，一时满座情绪，至严肃，悲哀，有热泪为之盈眶者。师于是不觉大感动，毅然曰，诸先生之贞志乃尔，则斯年之残生何足惜，当力命以副诸先生之望耳。本所迁移之议，于是遂决。”傅斯年四处奔走，求告各方，将史语所及其中研院保存的大批文物古籍安全运到台湾，最初安置于龙梅镇。在此期间，傅斯年与翁文灏、朱家骅等人商议决定将保存在北平等地的珍贵典籍和文物运到台湾。从文物典籍免于被国民党军队败亡时毁灭这个角度来说，傅斯年的行动是值得肯定的。
1948年11月底，辽沈战役结束，中国人民解放军挥师进关，迅速将平津地区分割包围。北平是北方经济、政治、文化中心，也是高校、学术研究机构集中的地区，大批知名学者、科技人才集中此地，为把这批专家学者从北平转移出来，傅斯年亲自找到蒋介石，经蒋批准，由傅斯年、蒋经国、陈雪屏等人组成领导小组，负责将北平有关人员接出。由于傅斯年长期在学术界工作，与学术界人士的关系密切，故对此事特别热心，据亲自参与其事的人士回忆说：民国三十七年冬天，政府发表傅先生接长台大之后，虽然当时的教育部朱家骅部长劝他早日到台湾接事，可是傅先生那时候正在南京奔走一项在傅先生认为比到台湾接校长职务更重要而更迫切的工作，那就是营救即将沦陷在故都北平的学人们到南京来。傅先生在当时虽不是任何教育机构的负责者，可是他认为这是国家的大事，争取出来的学人越多，越对国家有利，同时他认为他自己虽无此“责任”，却有此“义务”，所以他整天的跑教育部、国防部、交通部、青年部，其辛劳情形，除非实际参与其事者，无法加以想象。
12月中旬，北平已被解放军严密包围，傅斯年接转北平学者的事正在紧张进行，傅斯年通过其内兄，交通部长俞大维联系飞机直到北平城内机场，12月15日、16日致信北京大学秘书长郑天挺，要求其组织人候机，报中说：“空运队可即派两架机到平，兄前信中所开三批名单，作一次走，又中航机亦可能到平，其他可走者，应即准备勿延，与剿总联络，务即办好送斯年。”在此信的附件中特别强调此行动获得蒋介石的批准：“今日胡先生与总统谈及由总统指定三人小组，陈雪屏、蒋经国及弟，大绂则由弟联络，大维大买（卖）力气，每日调度至可感。”同时，傅斯年又致电平津路局局长石树德，要求其译转梅贻琦、袁复礼、郑天挺等高校负责人，提出迎接的人员名单。其名单主要包括四类人：（一）各院校馆所行政负责人；（二）因政治关系必离者；（三）中央研究院院士；（四）在学术上有贡献并自愿南来者。并且每一类都提出了具体名单，但是由于学者和知名人士中许多都已认清了蒋介石及国民党政权腐朽本质和即将崩溃的现象，自愿与国民党政权决裂、迎接即将到来的全国解放。所以很少一部分人乘飞机离开北平，多数人留在了北平。
社会政治思想评析
在20世纪上半叶中国向西方学习的过程中，西方自由主义思潮、无政府主义思潮、各种社会主义思潮等都在中国思想文化领域得以广泛传播，并培养和造就了一大批具有自由主义倾向的知识分子，他们对当时的政治、思想、文化等产生了较大影响，其中有许多知识分子根据中国的现实社会状况从中寻求医国救民、改革社会的良方。傅斯年就是其中具有代表性的一位。他在长期的探索中，将自由主义思潮的自由、民主和社会主义思潮的经济平等结合在一起，将自由社会主义的理念作为自己追求的目标，并为此奋斗了一生。长期以来，在讨论和研究中国自由主义思潮时都曾提及傅斯年的自由主义思想，但缺少对傅斯年自由主义与社会主义相结合思想倾向及表现的系统论述。今就此个案进行阐述。
（一）自由社会主义：傅斯年主要思想倾向
自由主义是在欧美广泛传播的社会政治思潮，19世纪末传入中国。如同各种思潮在中国的传播一样，自由主义在中国的传播过程中，也与中国的思想文化不断地发生着碰撞和融合，形成了各种不同的流派和体系。正如有的学者所指出的：“西方自由主义自传入中国之后就发生了重大变形。虽然由于思想的传承，中国自由主义同西方自由主义依然存在着某些‘家族相似’的共同特征，但在基本文化性格上，它却深深地烙上了中国近现代社会环境和思想文化的印痕。”应该说，西方自由主义在２０世纪上半叶对中国社会产生了重要影响，最主要表现为培养和造就了一批具有自由主义思想倾向的知识分子，这批知识分子曾活跃于当时中国政治、社会、文化各个领域，对中国近现代历史的发展产生了重要影响。
傅斯年自称是一位自由主义者，许多同时代的人和后代的研究者也都把他归类于自由主义知识分子，他一生的思想倾向和行为也确实具有浓厚的自由主义色彩。应该说，傅斯年是一个具有代表性的自由主义知识分子，在傅斯年的言论和自践中，他特别强调自己是自由社会主义者。所谓自由社会主义，按照傅斯年的论述，主要是自由主义与社会主义相融合，在政治和社会领域要求自由与民主，在经济领域要求经济平等，缩小贫富差距。他在《评英国大选》一文中特别强调了自己的自由社会主义理念：“我平生的理想国，是社会主义与自由并发达的国土，有社会主义而无自由，我住不下去；有自由而无社会主义，我也不要住。所以我极其希望英美能作成一个新榜样，即自由与社会主义之融合。”《评英国大选》是傅斯年1945年7月30日为《大公报》撰写的论文，他在这个时期撰写的一系列政论对自己的自由社会主义理念进行了系统阐释，说明他的自由社会主义理念已基本成熟。
人的思想观念形成和发展是有一个过程的，一般要经过反复学习、认识和实践。傅斯年对自由社会主义思想的阐述虽然是20世纪40年代，但将自由主义和社会主义相结合的观念应该追溯到新文化运动时期，当时他受胡适等人的影响，积极参加新文化运动，与罗家伦等人创办《新潮》杂志，在《新潮》杂志发表的一系列论文中，对自由社会主义及相关的问题进行了阐述。如他在《人生问题发端》一文中对西方思想流派及其主要观念进行了介绍，其中包括西方自由主义的代表人物及其思想倾向，他在最后总结自己的人生观时概括为一句话：“为公众的福利自由发展个人” (The free development of the undividuals for the common welfare)，他对这种观念的解释说：“怎样叫做自由发展个人？就是充量发挥己身潜蓄的能力，却不遵照固定的线路。怎样叫做公众的福利，就是大家皆有的一份，而且是公众求得的福利。就是因为个人的思想行动，没有一件不受社会的影响，并且社会是永远不消灭的。”也就是说，为了社会的发展和进步，要经常提高个人的素质和能力。发展自己要不受政治和社会的制约。应该说充分发挥和张扬个性，提高和发挥个人的潜能，改造社会，促进社会进步。傅斯年这种观念应该说是受胡适的影响。胡适在新文化运动中特别强调解放个性，自由发展个人，傅斯年、罗家伦等人都深受其影响。实际也就是强调自由主义理念。在同一时期，傅斯年及同时代的青年学生对世界革命进程进行了论述，认为以俄国十月革命为标志开始了平民为主的社会革命。他们认为：“以前法国式的革命是政治革命，以后俄国式革命是社会革命。革命以后民主主义同社会主义，必定相辅而行。其大概的趋向，大约可以分为经济政治社会三方面。经济方面的趋向将来都偏重集产政策，以一切的实业全受公家的支配，使最大多数的人民都有可以享受的幸福。”同时，他们认为在社会革命中，民主主义同社会主义固然日益接近，就是社会主义同个人主义也是相关的而不是反对的。正因为俄国社会革命的结果是社会主义，并且社会主义同民主主义、个人主义可以融合而共同推动社会进步。所以他们对俄国社会革命抱乐观和欢迎的态度。正如傅斯年所说：“吾于俄国状态绝不抱悲观，以为近世史之精神，全在思想自由。”应该说，傅斯年的自由社会主义思想在新文化运动时期已经初步形成。在以后的社会生活中不断发展，逐步成熟。