孙中山在就职当日，向全国通报宣告“革命的时代”到来了，宣称要“尽扫专制之流毒，确定共和，普利民生，以达革命之宗旨，完国民之志愿”。的确，孙中山廉洁无私的操守、平等近人的风格和民主开放的思想，给人耳目一新的感觉。他衣食住行简朴，和总统府工作人员包括门丁厨子都同立交谈，还便衣简从往来于南京街市，把西方民主作风多少带入了中国。更重要的是，孙中山不营私揽权、用人唯亲。广东方面曾提议孙眉为广东都督，孙中山闻讯即电告广东各团体及各报社，说：“家兄质直过人，而素不娴政治。粤督任重，才浅肆应，绝非所宜；安置民军，办理实业，家兄当能为之。”他还致电孙眉劝说：“粤中有人议举兄为都督，弟以政治非兄所熟习，未登舞台则众人属望，稍有失策，怨亦随生。为大局计，兄宜专就所长，专任一事，如安置民军，办理实业之类，而不必就此大任。”因为孙中山的反对，孙眉最终没能当上广东都督。11清末民初，政治普遍腐败黑暗，孙中山的闪亮作风，果真很有几分“革命时代”的气象。
然而，一位开国总统仅仅有良好的操守是不够的，还得处理好错综复杂的政务才行。
而孙中山当时所面对的政局，混乱如麻、危机重重。
清王朝还在苟延残喘、民国政府尚未得到国际承认、北洋大军虎视眈眈，再加上辛亥革命事起仓促引发的一系列社会问题，让晚清社会像一艘破船一样。新独立的各省驾驶着这艘破船乘风破浪，谈何容易。首先是各省资源紧张，能用的税收、军队有限。其次，各省的独立缺乏统一指挥，独立后更是各自为政。虽然在名义上组成了一个共和国，但是实际上相互争吵、相互拆台。
孙中山总统和革命党人们面对仓促建国，做好快刀斩乱麻的准备了吗？
之前在革命宣传方面的疏漏，此时就暴露出问题了。前文说过，革命党人的宣传局限于反满的民族主义宣传。其后果是，在思想基础上，对于绝大多数中国人而言，甚至包括多数革命党人在内，竟不知民主共和与民权民生为何物？对于建国之后的路该怎么走，大家心里都没谱。
更要命的是，普通的中国人对辛亥革命的认识仅仅是当做了又一次的“改朝换代”。“辛亥革命的实际动员口号主要是反满，这只是个很传统的王朝更替的号召，而且，对王朝的冲击缺乏深度”，客观上也只是完成了王朝更替的历史任务。（朱宗震著：《大视野下清末民初变革》）1912年的普通中国人，谁能说出自己身处的局势和改朝换代有什么区别？在华英国外交官看到，刚刚剪掉自己辫子的革命士兵（原来的清朝新军）在大街上到处拉人剪辫子，而多数老百姓为了躲避剪辫戴上头巾和帽子。于是，民国政府的警察就多了一项任务：到大街上掀行人的头巾和帽子。英国人不无揶揄地写道：“警察对自由的热忱，常常促使他们去攫取那些没有恶意的过路人的帽子，以便查明在这个自由的领域内，这些过路人是否在内心仍然是满清的奴隶。”他们这么做和当年清王朝的专政行为有什么区别呢？当盘辫子已经成为几百年来普通百姓的习俗和心理的时候，怎么能如此强硬地一刀切呢？
基于这种“改朝换代”的认识，那么有功的将士们和革命者们自然就有理由要求分享新政权、享受胜利果实了。而那些对王朝更替有功、事后却没有得到好处的“前革命者”，往往就产生了逆反心理，因为一己私利得不到满足，就走到了革命阵营的对立面去。比如对东南革命有功的应夔丞，以及参加云南革命事后被裁撤的武士英，后来竟成了刺杀宋教仁的凶手。更有人觉得，既然革命的目的是反满，现在民族独立基本实现了，那么革命党就没有存在的必要了，竟然高喊“革命成功，革命党消”，要求取消带有秘密性质的同盟会，给孙中山造成很大压力。
“改朝换代”的思想认识和同盟会本身存在的问题（派系斗争、缺乏执政人才等）搅和在一起，让革命党人祸起萧墙，出现了内讧的苗头。策划上海光复的同盟会员陈其美与光复会的李燮和，在革命胜利后，就爆发了矛盾。陈其美甩开李燮和自称上海都督；而李也不甘示弱，干脆占据了吴淞，自称吴淞都督，和陈其美武力对抗；光复会领袖陶成章则设光复军司令部于上海，招兵买马，威胁到陈其美的权势。陈其美一怒之下，指使“小兄弟”蒋介石暗杀了陶成章；另外还有武昌起义的真正首义英雄：孙武、张振武、刘成禺等人，在临时政府成立后都没有得到“安排”，于是气愤之余开始大肆攻击孙黄。刘成禺公开辱骂孙中山为“海贼”，还和张振武、时功玖等人纠集了一些旧官僚和立宪党人组织了“民社”，推黎元洪为首领，企图与孙中山的临时政府分裂。孙中山遭受了巨大的压力，总统当得并不舒服。
革命之前及之后所产生并出现的各种问题和局限性都是深层次的问题，一时难以解决，而此时的孙中山正在为迫在眉睫的“缺钱”两个字而发愁，哪有时间和精力去解决那些更令人头疼的问题呢。孙中山短暂的总统生涯都在为缺钱而发愁。当了家才知道柴米贵，才知道蓝图和现实之间存在着巨大的差距。
孙中山回国时身无分文，到上海后全靠陈其美送了1000枚银元才组织起了临时政府的框架。当时百废待兴，前线战斗正酣，用钱的地方很多，而临时政府却没有收入（独立各省截留税款自用尚显不够，无力支援中央）。一次安徽前线告急，急电中央催粮催饷。孙中山紧急批示：拨20万元济急。胡汉民持总统手令前往财政部拨款，发现国库之内竟然只有银元10块！财政问题成为临时政府的头号问题。黄兴曾求工商总长张謇设法向上海方面借几十万元以应急，他一拖就是个把月，急得黄兴走投无路。12眼看军队在饥寒交迫中作战，黄兴甚至表示准备“剖腹以谢天下”。
孙中山只能迎难而上，然而没有接受过财政经济训练，让他想出来的方法不异于火上浇油。他想出来的方法是“厉行征发”，希望通过加大老百姓的税负来克服财政困难。黄兴对此表示了强烈反对：老百姓的日子已经很难了，不能涸泽而渔。
更为搞笑的是，正当总统一筹莫展的时候，总统府里有个当差的，说是自己在太平天国的时候给天王洪秀全也当过差，并报告说当年“天朝”即将灭亡的时候在埋下了金银财宝，数额估计还清外债绰绰有余。孙中山病急乱投医，连忙派人去挖，结果什么也没挖到。真不知道这人是不是在恶搞。
最后，孙中山硬是想出了一个“好方法”，计划将独立各省的官办实业公司抵押给外国银行，用借款来解决财政困难。据说，孙中山的这个方法是在日本人的“启发”下想出来的，不久（1912年2月）就发生了南京临时政府批准官办的江西汉冶萍公司改为“中日合办”汉治萍公司，以此向日本借款五百万日元的事件。消息传来，舆论哗然。临时政府尚未有所作为，就将国有企业抵押给了日本。同盟会内部纷纷指责孙中山此举卖国，张謇、章太炎等原来就和孙中山不对付的力量更是拼命反对。张謇致书孙中山、黄兴，抨击“抵押贷款”说：“何至以此区区数百万之款，贻他日无穷之患，为万国所欢笑！”他坚决请辞实业总长的职务。
客观地说，孙中山此举并非卖国，而是政治经验不足，缺乏财政手段。他本人很快就意识到了问题的严重性，诚恳地接受了批评，解释贷款是“民军待哺，日有哗溃之虞，譬犹寒天解衣裘付质库，急不能择”。此议就此结束，不再重提。孙中山虽然把主要精力投在筹款找钱问题上，终日奔忙，却始终没有筹措到足够的款项。临时政府在财务方面的失败，让绝大多数政务难以推行，政府和孙中山本人的威望都受到了沉重的打击。
痛定思痛，孙中山认为问题的根源是“临时”两个字惹的祸。当时西方各国不承认中华民国，依然把持着海关关税这项中国最大笔的收入；临时政府想向西方银行借款，以及提取清王朝在西方银行中的存款等要求都被严词拒绝。因此孙中山认为只要临时政府尽快统一了中国，成为正式政府，就能够破解财政问题和外交困境。而要实现统一，道路无非两条：北伐，用武力推翻清王朝；妥协，让袁世凯逼清朝退位。
在北伐大事上，孙中山曾经进行了认真的准备。1月4日，孙中山就致电广东陈炯明，命令他迅速出兵北伐：“中央政府成立，士气百倍，和议无论如何，北伐断不可懈！广东军民，勇敢素著，情愿北伐者甚多，宜速进发。”11日，孙中山宣布自任北伐军总指挥，任命黄兴为陆军总参谋长，并制定分兵六路直捣北京的宏伟计划。诚如孙中山北伐需要向陈炯明等地方都督要兵一样，孙中山的临时政府本质上是一个空架子，并没有直属军队。由各地派兵拼凑起来的北伐军，几乎是乌合之众；至于各省都督的军队，陆军总长黄兴连调都调不动（他和湖北军界以及浙江军界的关系尤其糟糕），更无法指挥了。孙中山手中无兵，也缺乏统一指挥的威望，导致军令往往出不了南京城。同时，北伐需要大量的军需物资和兵员、军饷，而这恰恰是临时政府没有的。北伐于是很快陷入了进退两难的窘境。
国库见底，北伐受挫，剩下的就只能寻求妥协了。
南北统一：议和与让位
一
在北方，装备精良、训练有素的北洋大军正对南方虎视眈眈。这支军队的统帅是袁世凯。
在清朝末年民国初年的时候，袁世凯的政治声望很高，得到了旧官僚、立宪派和相当一部分的革命党人的好感。作为清朝最后支柱的他，对革命的态度很暧昧。气势汹汹扑向武汉的北洋军完全有可能一举扑灭革命火种，但是袁世凯没有这么做，而是在收复汉阳后，下令北洋军停止进攻。1911年10月底11月初，袁世凯数次派人和武昌方面“和谈”。11月26日，袁世凯与英国公使朱尔典密商，让英国驻汉口总领事葛福口头传话给在汉口筹划组织临时政府的各省都督府代表，提出：停战、清帝退位、选举袁世凯为总统的三项议和条件。
袁世凯的政治底牌很清楚：用清朝的灭亡换取民国的总统职位。
革命党人承认，袁世凯提出的条件是相当“优惠”的。
接受条件，革命党人不废一刀一枪推翻了清朝，北洋大军成为民国的军队，何乐而不为？虽然要推举袁世凯当总统，但老袁毕竟是汉族人，赞同革命，能力、经验和政绩都在那摆着，不见得不是一个总统的好材料。所以，南方许多人认为可以接受袁世凯的条件。汉口的各省都督府代表会议很自然地做出了如果袁世凯“反正”即举为临时大总统的决议。当时武汉黎元洪、江苏程德全和同盟会黄兴、宋教仁、汪精卫等都对这个“交换”点了头。于是，12月18日（孙中山抵达上海前一周）南北代表开始在上海英租界市政厅就这个“交换”的细节进行磋商。
关键时刻，孙中山在圣诞节到达了上海，当时，孙中山多少有些心里没底。一来，袁世凯是货真价实的政治大佬，孙中山只是流亡归来的空头司令；二来，各省代表依然对袁世凯抱有希望，孙中山很难改变众人对袁世凯的好感与支持。各省代表选举孙中山为临时大总统时，就要求孙中山致电袁世凯，声明之前南北代表商定的“交换”依然有效。于是在当选为临时大总统的当天，孙中山致电袁世凯：我前天到上海，各位同志都要我承担起组织临时政府的责任。问他们是什么理由，原来东南起义的各个省，由于缺乏统一的机关，行动非常困难。所以，组织临时政府是他们存在下去的必要条件。我鉴于时局很艰难，义不容辞，只得暂时担任。你正在把旋转乾坤（指推倒清政府）作为自己的责任，这是全国人民都在盼望的事情。但你目前的处境和地位，正处于嫌疑的地位，不能不避开锋芒。所以，由我暂时来担任这个空缺的职位，我只是守着这个职位，等待你来接任，这个心情，将来一定是可以明白的。希望你早日解决这件大事，以安慰4万万人民的渴望。
可见，南方一直“虚位以待”袁世凯“王者归来”。
当然，也有部分人反对袁世凯出任总统。他们认为袁世凯是老奸巨猾、道德败坏的政治阴谋家。比如孙中山当选大总统的当天，《时报》发表了时评《袁世凯之隐衷》，认为袁世凯在革命中的行动“推其心，殆欲将万世一系之专制君主易为袁姓而始快意者也”，毫不留情地大谈特谈袁世凯的发迹史：“以袁氏生平之历史，对于满清，唯知弄权植势；于属吏，则专以贪黩不识字之流为爪牙；至于民事，则除却捕党人，遏民气，□财肥己而外无所能云。”反对袁世凯的人以中下层革命军官为主，可惜他们缺乏宣传渠道，而且在上层的和谈气氛中思想开始混乱起来。
民国已建，南北和平“交换”能否成功，孙中山的态度至为关键。
二
孙中山对袁世凯并不熟悉。他们是两个世界的人，一个是西式的，一个是中式的，之前没有任何思想或者行动上的交集。
就任初期，孙中山接受美国记者麦考密克的采访。麦考密克熟悉北京政坛情况，孙中山就向他征询袁世凯的情况：“你对袁世凯的判断如何？他将依哪一方面的考虑行事呢？”
麦考密克说：“我认识他已有几年，我对他的印象十分良好，与对其他许多人的印象一样。他是个能干的人。而且他做了山东巡抚和直隶总督以来，我认为他是为国家的最高利益行事的，他的确一直献身于他对革新的信念。”
孙中山又问：“你认为他现在的行动是为了改革，还是为了清廷？”
麦考密克回答：“他不得不为清廷谋求最佳的条件。但他真正的利益必定是全帝国的利益——即国家本身，而不是任何个人。我认为他不可能只为其自身的利益行事。”
孙中山：“如果我能拿得准他是如此，我就没有什么焦虑了。”
间接得到的信息让孙中山对袁世凯产生了模糊的印象。他是一个政治乐观主义者，抱有一种乐观的幻想“贼（袁世凯）本汉族，人情必思宗国，而总统复非万世之比，俯与迁就，冀其自新”，和多数人一样认为袁世凯倾向革命，可以加速民国统一。他和其他人一样，为南北和平统一的美好前景所振奋。事后，孙中山说：“谓袁世凯不可信，诚然，但我因而利用之，使推翻二百六十余年贵族专制之满洲，则贤于用兵十万……”
对一个人的认识不可能在短时间内清晰、透彻。遗憾的是，恶劣的局势没有给孙中山太多的时间去观察袁世凯。临时政府在财政上揭不开锅了，外国政府又刁难临时政府，孙中山焦头烂额。内外交困之际，孙中山尽管不了解袁世凯，也倾向于让位袁世凯了。他解释自己的妥协时沉痛地说：“局外人不察，多怪弟退让。然弟不退让，则求今日假共和，犹未可得也。盖当时党人，已大有争权夺利之思想，其势将不可压。弟恐生出自相残杀战争，是以退让，以期风化当时，而听国民之自然进化也。倘若袁氏不包藏祸心，恢复专制，弟之退让，实为不错。”