从宏观来看，王嗣奭对杜诗思想内容的研究主要有两大方面：
（一）研究杜诗与社会生活的关系，研究杜诗对现实社会的反映。其一，杜诗非常及时、真实、深刻地表现社会生活，特别是当时的政治局势。其二，坦诚表现了杜甫对社会和政治的关注和看法。二者紧密联系在一起。《洗兵马》云：“至德二载九月十日，复两京。次年，改元乾元。十月，郭子仪渡河拔卫州。此唐时所称山东地，而极于海岱皆是也。卫州拔而安庆绪走邺，入城固守，然有破竹之势矣，故云‘收山东’，下云‘收海岱’，实过情语也。此时明皇还京几一年矣，而‘犹思仙仗过崆峒’，岂痛定思痛意耶？复京师后帝宴回纥叶护于宜政殿，而云‘馁肉葡萄宫’，盖为朝廷讳，故用汉元帝待单于事，而且以禽兽畜之，此老杜春秋笔也。禄山反经三年矣，避乱离乡者亦三年，故云‘三年笛里关山月’，悲之也。‘万国兵前’，如风卷叶，暗用草木皆兵，风声鹤唳事，喜之也。帝还京在去年十月，而云‘青春’‘冠冕入’‘紫禁’‘烟花绕’，言京城复见繁华，非必其时。抑公为华州掾，尝以事至东都，或以春时还京师，咏所见者耶？上皇初还，帝备法驾迎之，释黄袍趋拜，欲仍为太子。此时事往矣，而犹曰‘鹤驾通宵’‘问寝龙楼’，必谓既复位后尽人子之礼，与太子时无异也。‘天下尽化为王侯’，微有风刺。当时封爵太滥，甚至以官赏功，给空名告身，凡应募入军者一切衣金紫，公实痛之。故先言‘攀龙附凤’，明谓其凭藉宠灵，而又以‘蒙帝力’申言之，所谓‘君之制也，君何力之有焉’。此公识大体处，非事外语也。人臣明此义，虽功盖天下而不骄矣。公极称张镐，有‘扶颠’‘筹策’语，而人疑之。余考史，至德二载四月，罢房琯而相镐。至次年二月，因论史思明凶险不可假威权，又论许叔冀多诈，临难必变。上不喜，且不事中要，故罢相。已而思明果反，而叔冀果降思明，其料事之审如此，至收复两京，俱在相镐之日，即宰相之功也。蔡宽夫谓收复两京时不闻别有奇功，非‘见与儿童邻’耶？史思明、安庆绪尚在，故云‘青丝白马复何有’，谓无能为耳。……‘健儿归莫懒’，速其成功也。思妇愁梦，从《东山》诗‘妇叹于室’脱来，盖以思家之至情动之，欲其乘破竹之势也。云‘独任朔方无限功’，又云‘郭相谋深古来少’，当时收山东者，诸将也，而公独注意于郭，见公识高虑远。使肃宗果能‘独任朔方’，而不间于阉竖，则太宗之业可复完矣。即此一语，系唐室安危，可以诗人目之哉？”(《杜臆》卷三)王嗣奭用丰富的史料，印证和分析了杜诗所描写的当时的政治军事形势，分析了杜甫对当时宰相张镐和郭子仪的评价，肯定了其提出的独任朔方郭子仪以平定战乱，实现天下安定的政治观点。王嗣奭的分析使我们对杜诗所表现的丰富的社会现实内容和深刻的政治主张有了深入的了解，对杜诗博大精深的内涵有了深入的认识。王嗣奭对《登楼》也有精辟的分析。他说：“此诗妙在突然而起，情理反常，令人错愕，而伤心之故，至末始尽发之，而竟不使人知，此作诗者之苦心也。万方多难，固可伤心，意犹未露，不过揭出‘登临’二字耳。首联写登临所见，意极愤懑，词却宽泛，此亦急来缓受，文法固应如是。言锦江春色与天地俱来，而玉垒浮云与古今俱变，俯仰宏阔，气笼宇宙，可称奇杰。而佳不在是，止借作过脉起下。云‘北极朝廷’如锦江水源远流长，终不为改，而‘西山之盗’如玉垒之云，倏起倏灭，莫来相侵。曰‘终不改’，亦幸而不改也。曰‘莫相侵’，亦难保其不相侵也。‘终’‘莫’二字，有微意在。按《名胜志》：玉垒山在灌县西，众峰丛拥，远望无形，唯云相关也。又按史，广德元年十月，吐蕃陷长安，代宗幸陕，郭子仪击之遁去。十二月，帝还长安，吐蕃以是月复陷松、维、保三州及二城，而剑南西山诸州，亦入吐蕃矣。公诗盖作于此时。而‘北极’一联，盖实录也。至结语忽入后主，必非无为，而未有能知之者。盖后主初年，亦无他过，而后来一用黄皓，遂至亡蜀。肃、代之任李辅国、程元振、鱼朝恩，正与后主之任皓无异，虽有贤臣如李泌、子仪辈，而不得展其略，盖幸而不亡耳。公因万方多难，深思其故，不胜愤懑，无从发泄而借后主以泄之。公屡游先主庙，后主从祀，亦素怀不平，故有感而发。且云日已暮矣，天下事无可为矣。‘聊为梁父吟’，为当时有孔明之才而不得施者一致慨焉，此其所为伤心者也。伤心之极，故高楼之花最堪娱目，而反以为恨也。余游先主庙，配享者只北地王与孔明、关、张、而无后主，岂后人因公诗而撤去耶？钟、谭收此诗入《诗归》是矣，其评犹然说梦，公诗岂易读哉！”“尾句用《梁父吟》，盖伤其时无诸葛也，若有诸葛，则后主虽庸，而黄皓自不敢肆。如此看，较前笺似胜。”(《杜臆》卷六)王嗣奭结合当时的政治和边境形势，阐发了杜甫对国家似北极而不改的信念，对朝廷不能用贤、小人当道的忧虑。分析非常透辟，很有说服力。
（二）研究杜甫所写的“性情”，即杜诗所表达的思想与感情。王嗣奭认为杜诗是千百年来最善于表现自我的诗，是“以我为诗”(《杜诗笺选旧序》)的诗。因此，他认为“史诗”的说法不能完全概括杜诗的特点。事实上，杜诗虽然对社会现实有广泛、准确、生动的表现，但它并非叙事诗，而是抒情诗。它主要是表现杜甫的思想感情的，表现自己的生活理念、人生体验和政治见解。王嗣奭用儒家观念对杜诗进行了观照，认为杜甫深明儒家之道，具有儒者博大的思想感情与襟怀。他说：“余谓古来诗人无如少陵，余旧序似得其概，而因诗悟道，则近始得之，要亦穷所炼也。”(《杜臆原始》)王嗣奭对杜诗所表现的浓厚的儒家思想颇多阐扬。认为杜甫写鱼的诗表现了仁。《白小》云：“起来二句，仁心蔼然，真有万物一体之思。物虽细微，同为水族，乃俗当园蔬用之，贱也。乱肆、倾箱，取之多也。虽他鱼亦以充腹，而此鱼尤为可闵也。按张平子《西京赋》云：‘上无遗飞，下无遗走，攫胎始卵，蚔蠓尽取。’公乃节取四字，谓此群分之命，亦属造物生成，今犹‘拾卵’而‘尽取’之，是何义耶？”(《杜臆》卷八)《又观打鱼》云：“然作诗本意，全在干戈兵革上起，盈城盈野，见者伤心，而不知暴殄天物，其痛一也。故至诚尽人之性，即能尽物之性，一视同仁，初无二理。”(《杜臆》卷五)深刻阐释了杜甫仁者爱人和爱万物的胸怀。王嗣奭认为杜甫的诗大量表现了杜甫热爱人民、忠君爱国的思想感情。他最具创造性的研究是，杜甫有伟大的政治抱负、惊人的政治见解和杰出的安邦治国才能，这些都表现在他诗文中，表现在他对时局和人物的分析与议论中。这正是杜诗热爱人民、忠君爱国思想最充分的表现，也是杜诗最有魅力的地方。他说：“杜少陵自许稷契，人未必信。今读其诗，当奔走流离，衣食且不给，而于国家理乱安危之故，用人行政之得失，生民之利病，军机之胜负，地势之险要，夷虏之向背，无不见于诗。陈之详确，出之恳挚，非平时留心事务，何以有此？杜之诗往往与国史相表里，故人以诗史称之，然岂足以尽少陵哉！”(《管天笔记外编》)他论《北征》说：“余谓诗中作爱君忧国语，谁不能之。观下文所以为君国虑者，如言回纥云：‘其王愿助顺，其俗喜驰突。’二语曲尽夷情，所以却之难，而禁之不易。而‘少为贵’三字，深得处置之宜。又‘官军请深入，蓄锐伺俱发’，见不可全恃夷兵，但借为先驱耳。语语经济中款，此必平日所熟筹于心者，始知怵惕未出，恐君遗失，非口头语也。自比稷契，岂欺我哉。”“公深以借回纥兵为非计，故云‘圣心颇虚伫，时议气欲夺’。后回纥果为唐患。至于收复河洛，则欲长驱幽蓟，故云‘此举开青徐，旋瞻略垣碣’。当时郭子仪、李泌诸臣，亦欲乘河阳之胜，捣贼巢穴，然后还京，惜肃宗不能从，而河北迄不为唐有，以至于亡。观此二事，杜公经纶概见。其云‘虽乏谏诤姿，恐君有遗失’，盖谓此。”(《杜臆》卷二)王嗣奭认为杜甫有卓越的政治眼光，非常善于评估政治风云人物。他对郭子仪、李光弼、李泌的评论，就是绝好的证明。王嗣奭对流行的杜甫好论天下事高而不切的说法进行了批驳，认为杜甫确实有稷契之能。基于这种认识，他认为杜甫的一些咏物诗，也是写其政治理想和政治见解的。他说：“子美善咏马，亦善咏鹰，皆借以写其用世之志与经世之略。《鹰诗》云：‘一世自猎知无敌，百战争能耻下鞴。’具见英雄本色，当时如郭如李，若假之权，而不掣其肘，何忧乎安史，而亦无藩镇之横矣。”(《管天笔记外编》)像这样的评论都体会深微，颇有发明。王嗣奭对杜甫的缺点也有仔细的分析。《催宗文树鸡栅》云：“此诗处分极细，不免迂腐。盖成大事者不宜小察，而钟、谭一味称之，可笑。公因病故养鸡，因养鸡故生出许多琐碎来。既欲养鸡，安得复顾蝼蚁，养鸡多，安免斗争？而欲分别长幼，此皆可笑。即公亦知其不可为常，故云‘倚赖穷岁晏，拨烦去冰释’。‘其流则凡鸟，其气心匪石’，有万物一体之思。”(《杜臆》卷七)生活中的杜甫确实有点迂腐，批评完全是从诗表现的思想出发，符合实际。总之，王嗣奭多角度地、全面地、细致入微地剖析了杜诗展现的思想品格、政治抱负和济世之才，让读者更深入地了解并认识了杜甫其人，创获很多。
王嗣奭封建正统思想浓厚，又是用以意逆志和比兴说诗的方法来研究，故解说杜诗也有明显的错误。他说：“老杜咏物皆诗之比，与他人就物赋物者不同。”(《杜臆》卷三《归燕》)“公凡单咏一物，必有所比。”杜甫的咏物诗虽皆有言外之意，但不一定具体有所比拟。在具体解诗时，也有很多穿凿之处。《曲江》云：“翡翠不屋栖而巢于小堂，比小人之处非其据，石麒麟乃天上之物，而卧于高冢，比正人在位而志不得展。总谓人主昵宵小而疏远正士。‘蛱蝶’‘蜻蜓’俱比小人，而‘深深见’‘款款飞’，则君心受其蛊惑，而病已中于膏肓矣。”(《杜臆》卷二)“江上”二句，如果说是写景寓人世沧桑之感的话，“穿花”二句则近乎纯粹写景。王嗣奭用人主和正人、小人的关系加以解说，牵强附会，完全违背了杜诗的本意。《春夜喜雨》云：“三四用意灵幻，昔人以此为相业，有味其言之矣。”(《杜臆》卷四)把写雨的诗硬用相业来解，实在太穿凿了。
王嗣奭非常重视对杜诗艺术的研究。他论诗重视情境的完美，善于从与内容相结合的角度来研究艺术，既从宏观着眼，又从微观着手，因而他对杜诗的研究新见迭出，巨细皆妙。
他评论杜诗的艺术风格和成就说：“当其搦管，境到、情到、兴到、力到，而由后读之，境真、情真、神骨真而皮毛亦真，至于境逢险绝，情触缤纷，纬相纠，榛楚结塞，他人指告却，少陵盘礴解衣，凡人所不能道、不敢道、不经道、甚而不屑道者，矢口而出之，而必不道人所常道，故其绝尘而奔者以是，舞交逐曲者以是，间有堕坑落堑者亦以是。得之则全瑜，偶失之则任其全瑕。瑕瑜不掩者，固不乏玉之采，即瑕掩其玉者，犹不失玉之瑕。诗之有少陵，犹圣之有夫子，可谓金声玉振，集其大成者矣。”(《杜诗笺选旧序》)又说：“若以世俗之矩矱语诗，则少陵亦有在绳尺之外者。然钩深撷奇，穷变极化，刻画幽眇，攫拏龙螭，如入武库，五兵纵横，可探海屋，万宝璀璨，固辞擅百代之雄也。盖祖汉魏，轶六朝，包四唐，孕宋元，无不入其范围，所以谓之大家。”(《管天笔记外编》)他认为杜诗是杜甫经历、才力、学识的充分体现，是杜甫艺术创造力与传统诗歌艺术的完美结合。在分析具体诗篇的艺术时，往往从与内容结合的艺术表现视角，阐发一点或几点。《晚出左掖》谈杜诗的气象：“老杜诗妙在气象，此于退食时写出委蛇气象。”《月夜》分析了杜甫构思独特，表现曲折。他说：“意本思家，而偏想家人之思我，已进一层。至念及儿女之不能思，又进一层。须溪云‘愈缓愈悲’是也。‘云鬓’‘玉臂’语丽而情更悲。至于‘双照’可以自慰矣，而仍带泪痕说，与泊船悲喜，惊定拭泪同，皆至情也。孟子言穷民无告，盖人处苦难，若有亲人讲话，犹可过日，若寡妇无夫，苦向谁说？今闺中看月者，儿女尚小，虽与言父在长安，全然不解，有夫而与无夫同，其苦可胜道耶？月本伤神，而偏说到‘香雾’‘清辉’，‘香雾’与‘云鬓’相宜，而无奈其‘湿’也，‘清辉’与‘玉臂’相映，而不胜其‘寒’也。以看之久也，月似可怏而实苦也。至他日相会，并倚虚幌，香雾、清辉，不减于今，然追思今日苦，亦必先堕泪而后干，虽乐而不能忘其苦也。然不厌于久看矣。意亦两层，描写情事曲尽。”(《杜臆》卷三)《新婚别》分析了杜诗的语言艺术和民歌表现手法：“起四句是真乐府，是三百篇兴起法，‘暮婚晨告别’是诗柄。一篇都是妇人语，而公揣摩以发之。有极细心语，如‘妾身未分明’二句，‘妇人在军中’二句是也。有极大纲常语，如‘勿为新婚念’二句，‘罗襦不复施’二句是也。真无愧于《三百篇》者。……‘洗红妆’加‘对君’二字，精妙。”(《杜臆》卷三)这些评论都是真知灼见，非常精彩。
王嗣奭对杜诗也有一些很好的注释和考证。如注事典：《覆舟二首》注“姹女凌波日”云：“‘姹女凌波日’，按唐诗：‘谢氏海边逢姹女’。注曰：‘谢端于南海上得大螺，中有美女，曰：我天汉中白水素女，天矜卿贫，令我为卿妻。’公之姹女本此。而兼用《洛神赋》‘凌波’语，总谓水神耳。”(《杜臆》卷八)《即事》注“三寸柑”云：“宋文帝时，义康专朝权，四方馈遗，以上品荐义康，以次品供御。上尝啖柑，叹形味并劣，义康曰：“今年柑殊有佳者。遣人还东府取柑，大供御者三寸。三寸柑当本此，然亦供御之物也。”(《杜臆》卷九)所注都颇有新意。注语典认为《海棕行》“移栽北辰不可得”是受“天上种白榆”诗的启发。《海棕行》云：“‘焉知身出群’奇，‘移栽北辰’更奇，此从‘天上种白榆’脱来。”(《杜臆》卷五)认为《即事》的“断肠秦川”用陇山俗歌。《即事》云：“《三秦纪》：陇山俗歌云：‘陇头流水，鸣声呜咽。遥望秦川，肝肠断绝。’‘断肠秦川’正用此语。”(《杜臆》卷九)其说皆能发前人所未发。王嗣奭也有一些考证。《水宿遣兴奉呈群公》认为“童稚频书札”是因杜甫右臂不能书字，而让儿子代书。他说：“‘童稚频书札’，谓儿子代书，公右臂偏枯，有诗。”(《杜臆》卷九)以杜诗考杜甫，有助于我们对杜甫情况的了解。《园人送瓜》和《热三首》考证“水玉”就是“瓜”，认为前人认为“水玉”是水晶的说法是错误的。《园人送瓜》云：“瓜有水能解炎热，故以水玉称之，此瓜之别号也。”(《杜臆》卷七)《热三首》云：“‘寒水玉’注云：‘水精’，恐是臆解。公《园人送瓜》诗：‘沉浮乱水玉。’谓瓜也。以对‘秋菰’，岂不稳称。”(《杜臆》卷七)王嗣奭的注解和考证也有一些明显的错误。《哀江头》认为“一箭正坠双飞翼”是射箭鸟坠而引百千人发笑，而非杨贵妃笑。他说：“‘一箭’，山谷定为‘一笑’，甚妙。曰中翼，则箭不必言，而鸟下云中，凡同在者虽百千人，无不哑然发笑，此宴游乐事，而注者乃以‘一笑’属妃，而又引贾大夫射雉事为证，其堪绝倒。”这是明显的曲解。《夜宴左氏庄》认为“衣”为琴衣，他说：“‘衣’，琴衣也，衣已沾露，净琴犹张，见主人高兴。琴未弢衣，故用‘净’字，新而妙。”(《杜臆》卷一)实为误解。其实，“衣露”就是弹琴时衣沾露水。仇兆鳌注：“《说苑》：‘孺子操琴于后园，露沾其衣。’”王嗣奭有意求新，反而不得真解。