这里着重谈谈清代杜甫集的注释。杜甫集历来就很难注，虽经宋元明学者的多方努力，完成了基本的注释，但仍存在三大问题：（一）有一些生僻难注的事典和语典没能注释。（二）注释较粗糙，有一些该注释的典制、时事背景等没有注释。（三）单一的专著的注释较少精品，未注的地方较多，错误也不少。清代杜甫学者在继承宋元明注释成果的同时，克服了他们存在的问题，把杜甫集的注释提升到一个新的高度。学术如登塔，总是自下而上，所见更远。首先，有所突破，将宋元明未注释的事典和语典等基本都进行了注释。宋元明未注释的地方，虽然数量并不大，但由于较生僻，非常难注，需要非常高的学识和很大的精力投入。难注之处的基本解决，是整个清代杜甫学者共同努力的结果。其注释的发明散见于很多杜甫学的著作中，钱谦益《杜工部集笺注》、朱鹤龄《杜工部诗集辑注》、仇兆鳌《杜诗详注》、顾宸《辟疆园杜诗注解》、张溍《读杜堂杜诗注解》等则比较多。其次，有较明确而完备的体例，完善了宋元明杜甫学者注释不够完善的诗的时事背景、典章制度、人名地名等注释。第三，产生了各具特色的注释精品，如前面提到的钱谦益、朱鹤龄、仇兆鳌、张溍等的著作。这些著作注释比较完善、精炼，较少错误。
清代杜甫学者对杜甫文进行全部注释。杜甫作品的研究，历来特别重视诗，文则受到冷落。就注释而言，注家只注释诗，几乎不注释文。在清之前，宋代的吕本中、杨长孺注过《三大礼赋》，也有人零星注过单篇的杜甫文，至于全部的杜甫文，则一直没有人注过。到清代，朱鹤龄注完了全部的杜甫诗和全部的杜甫文。这是杜甫文的第一次全部注释，也是杜甫集的第一次全部注释。朱鹤龄的杜甫文的注释，与诗的注释一样，质量很高，在杜甫的注释史上占有重要的地位。其后，张溍又在《读杜堂杜诗注解》中对杜甫文进行注释和评论。张溍的注释有自己的特点，和朱鹤龄注释比，相对要简略明白一些。而他的评论则是开创性的工作，是对杜甫文的第一次全面研究，在杜甫的研究史上占有重要地位。仇兆鳌《杜诗详注》和杨伦《杜诗镜铨》都将张溍关于杜甫文的注释和评论全文收录，可见清人对其高度重视。总之，清人对杜甫文的注释和评论，有着重要的意义。
杜甫之学识博大精深，古人一直叹杜甫集难注。难注的原因，除注者不具备杜甫所具备的一些知识外，还有很多客观因素，如杜甫时代的典籍大量散佚，一些俗语已无人知晓，一些史实也难知详情，杜甫作品本身在流传中造成的错误也无法校勘。这些都使杜甫集留下了一些无法注释的东西。社会在发展，学术在变化，随着一些文物和新发现的文献问世，有些不可注的东西，也许会变得可以注释。而清代杜甫作品注释的诸多缺陷，还有清人未注到之处，为后人更好地注释它留下了很大的空间。我们相信，超越清人的、新的、集成式的、有创造的精湛注释之作，一定会在不太久的将来问世。
五
清代是封建社会末期，儒家思想仍然是统治思想，而新的民主色彩的思想已经滋生，西方资产阶级思想也渐渐传入中国。这种情况自然对杜甫研究产生巨大影响。清代研究杜甫的学者，政治思想差异很大，学术思想与方法的差异也很大。其研究杜甫，视角与观点也大相径庭。顾炎武、申光涵为明代遗民。钱谦益为贰臣，由明降清，而暗有复明之意，思想复杂。金圣叹为狂狷之士，本质不离儒家思想，而又有某些叛逆行为。仇兆鳌为正统的官僚。潘德舆虽为布衣，却是儒家思想的卫道士。各自不同的政治思想背景，对杜甫的研究产生了决定性的作用。因此，清代杜甫研究，虽带有时代的共同特征，却是百花齐放。
在杜诗内容研究方面，清人对很多诗篇的主旨提出了新的见解。其中，钱谦益、金圣叹、浦起龙新见尤多。钱谦益解杜甫《收京三首》其二，认为肃宗汲汲御丹凤楼下制，是篡位，认为诗“‘忽闻哀痛诏，又下圣明朝’，盖讥之也”，认为“玄宗内禅，故目之曰‘帝尧’。史称灵武使至，上用灵武册，称太上皇，亦可谓殆哉岌岌乎矣。公心伤之”(《杜工部集笺注》卷一〇)。其解便与众不同。浦起龙解杜甫《剑门》云：“夏客云《剑门》诗，因《剑阁铭》而成，用古而能胜于古者。愚按，孟阳之铭，是一篇喻蜀文，有德不在险意。故其词曰‘凭险作昏，鲜不败绩’，为反侧子告也。子美之诗，是一篇筹边议，有怀远之德意，故其词曰‘后王尚柔远，职贡道已丧’，为当宁者告也。翻古而非用古，夏客误矣。”(《读杜心解》卷一)其解与古人异。清代学者敢于冲破传统的观点，在杜诗的内容研究方面大胆探索。
儒家思想仍然是清代杜甫研究的指导思想。在研究的时候，清人以儒家思想为准绳，深入阐发杜诗的深刻内涵，阐发杜甫的思想境界和崇高人格。像前代学者一样，清代学者认为杜诗的核心价值在于表现杜甫忠君爱国、忧国忧民的思想，认为杜甫的言行和思想是儒家思想的很好体现。但是清代学者的阐述要深刻得多，准确得多，细致得多，可以说清代的研究又上升到了一个新的层面。潘德舆谈杜甫的忠君爱国，说：“黄氏生曰：‘杜公屡不第，卒以献赋受明皇特达之知，故感慕终身不替。虽前后铺陈时事，无所不备，而于当时荒淫失国，唯痛伤而不忍讥，此臣子之礼也。说者不得公心，影响附会，辄云有所讥切。此注杜大头脑失差处，妄笔流传，杜公之目，将不瞑于地下矣。’按，宋氏濂曰：‘注杜者称其一饭不忘君，发为言辞，无非忠君爱国之意，至于率尔咏怀之作，亦必牵就为说，子美之诗，益不白于世。’此论最通。夫杜即爱君，岂有篇篇寄意者？果如是，徒形其琐琐好名而已矣。此注者之凿也。黄氏之说，剧得杜意，然黄氏亦有所本。宋张戒《岁寒堂诗话》已讥唐人咏杨妃者，为无礼于君矣。此等处有关名教，学诗者之开宗明义章也。顾黄氏谓杜公‘献赋受明皇特达之知，故感慕终身不替’，此论亦陋。君臣之义，无所逃于天地之间，何关穷达事！使明皇不赏《三大礼赋》，子美将肆其诋耶？抑肃、代二帝于子美无知己之感，便可不需感慕耶？意在主持名教，而发论不本于性天，即不可以教忠而明礼。然则，‘大头脑差失处’，黄氏亦未能免。子美诗云：‘葵藿倾太阳，物性固莫夺。’斯言也，乃纯臣之言也。”(《养一斋李杜诗话》卷三)认为杜甫的忠君爱国是出于天性，没有任何的功利目的，因而是最纯洁、最高尚的。潘德舆对于杜甫忠君爱国的认识不仅超过前代学者，也超过清代的前辈学者。潘德舆对杜甫的交游，也用儒家思想进行了评论。他说：“王氏应麟曰：‘鲜于京兆，仲通也；张太常、博士，均、垍也。所美非美。然昌黎之于于、李实类此。杜、韩晚节所守，如孤松劲柏，学者不必师法其少作也。’按少陵酬应投献之诗，不尽符其平素鲠直之谊，盖唐人风气使然，亦不独于鲜于京兆、张博士也。《投哥舒仆射》诗云：‘君王自神武，驾驭必英雄。开府当朝杰，论兵迈古风。’而《潼关吏》则云：‘哀哉潼关卒，百万化为鱼。请嘱防关将，慎无学哥舒。’何其前后违戾如此？此皆古人躁率失检处。而置之集中，不肯删其少作，又见古人朴实，不讳过也。然于翰等，犹可解曰：前时败阙未见，自不应逆探其恶而斥之。若王维、郑虔，大节已玷，犹从而美之曰‘一病缘明主，三年独此心’。‘反复归圣朝，点染无涤荡。’何其深加惋惜乃尔！至称维曰天下‘高人’，称虔曰‘天然生知’，此真不能为少陵解矣。予尝反复推求其故，以少陵植志立身，忠爱贞洁，岂于此大节而反忘之？只缘于朋友一伦，长厚太过，有悱恻缠绵之仁，而无刚健断决之义。见维之取痢称瘖、作诗志痛也，则以为心尚可原。见虔之潜以密章达于灵武也，则以为未忘反正。而不知寺中之伪署，市令之求摄，皆法之所不得宥，而义之所必当绝也。故太白之可谅，在于辞官而逃。维与虔之难逭，在于已污伪命。少陵混视为一，虽无损于己之节目，然已增后学之疑矣。”“且朋友，以义合者也。友如未污，则当辨其冤于‘伤心’‘严谴’之时，友如已污，则当绝其交于功罪核实之日，此非硁硁自好也，义也。今也知其污而不得鸣冤，又痛其穷而为之饮泣，此温良而不断之失也。乃曰‘不以成败论人’，交谊始可歌泣，是少陵之偏好，亦皆为天地之常经，岂非疑误后人之极者哉？总之，爱古人者当为其诤臣，不当为其佞友。少陵只以中允、司户文学绝人，遂成偏好。然文章本非性命，朋友究次君亲，此义偶疏，难为典训。故‘食肉不知马肝，未为不知味’，学者不读昌黎上于襄阳、京兆李实等书，少陵赠张学士、鲜于京兆、哥舒仆射等诗，未为不知韩杜，而况《赠王中允》《送郑十八》等作，大有累于义理者哉！剔其繁枝，乃识孤松劲柏之成就非常处。此予之爱杜，而非予之谤杜，深于诗教者必知之耳。”(《养一斋李杜诗话》卷三)论述既实事求是，又合情合理，非常有深度，表现出很高的学术水平。
清代研究杜诗的一个重要特点，是将考据的方法与以意逆志的方法结合，来阐扬杜诗的主旨。以意逆志是传统的文学研究方法，也是古代最常用的研究方法。但它在运用时往往没有客观的依据，实际上是凭研究者的感觉来操作，故非常容易堕入穿凿附会的深渊。杜甫的很多诗有深刻的社会内容与政治内容，而清代有朴学的传统，学者们便搜寻与杜甫作品相关的唐代史料，来与杜甫作品内容比勘研究，以史证诗，或以诗证史，即所谓诗史互证。从更高的层次，以意逆志地来解读杜诗，深入挖掘杜诗的思想内容与社会意义，挖掘杜诗丰富的内涵。这样，可以使人们更多了解杜诗与社会现实的密切关系，更深刻地认识杜诗的伟大社会价值。当然，在诗史互证中，特别是在以意逆志中，难免有把无关的史实硬与杜诗扯到一起的地方，难免有郢书燕说、曲解杜诗的地方。
清人对整部杜甫集做了非常高的评价，认为杜甫一生完全践行了儒家思想，而表现杜甫一生言行的杜甫集堪称经书。潘德舆将杜甫比作孟子，将杜甫集隐然比为六经。龚鼎孳说：“诗之有少陵，犹文之有六经也。”“文无奇正，必始乎经，诗无平险，必宗乎杜。此少陵之诗与六经之文，并不朽于天地间也。”(《杜诗论文序》，《杜诗论文》)将杜诗与经书相提并论。金圣叹更将杜诗称作最高经典，说：“读先生诗，真如闻无上甚深之经典，使小儒意见都尽。”(《秋兴八首·别批》，《杜诗解》卷三)经书是儒家思想的最好表现，是封建社会人们思想与言行的指南。清人把杜甫集评为经书一样的著作，是高度肯定书中所表现的纯粹的儒家思想，是高度肯定杜诗所能起的伟大的教育作用。
清人研究杜甫还有一个重要现象，即借研究杜诗表达自己的思想感情，所谓借杜言志。杜甫怀王佐之才，忠君爱国，却流离颠沛，坎坷不用，引起很多士人的同情与共鸣。怀才不用，是封建社会的普遍现象。因此，清代一些学者借研究杜甫，抒发自己像杜甫一样的忠君爱国的热忱，表达自己像杜甫一样怀才不遇的苦闷，宣泄自己像杜甫一样困顿的牢骚。有时更是推开来，就研究者所关心的一切问题，抒发自己的思想感情。抒发的方式各有不同。大致说来，有两种：一种是无我的境界，只谈杜甫，不谈自己，而将“言志”的思想感情，融入到对杜甫的论述中；另一种是有我，在研究杜甫中，找合适的机会直接抒发自己的思想感情。金圣叹解杜甫《蜀相》诗：“丞相不可见于今日矣。然当时若非三顾草庐，丞相并不可见于昔日也。天下妙计，在混一不在偏安。丞相受眷于先，并效忠于后，虽不能混一天下，成开济之功，然老臣之计，老臣之心，是如是也。‘死而后已’者，老臣所自矢于我，捷而后死者，老臣必仰望于天。天不可必，老臣之志则可必。第七句‘未’字‘先’字妙，竟似后曾恢复而老臣未及身见者，体其心而为言也。当日有未了之事在，今日长留未了之计，未了之心。”(《杜诗解》卷四)其解新颖而细致。接下来议论与感慨云：“嗟乎！后世英雄，有其计与心而不获见诸事者，可胜道哉！在昔为英雄之计，英雄之心，在今日皆成英雄之泪矣。”该议论站在历史的高度，通观几千年社会的发展史，指出社会中很多士人都有安邦治国的大志和韬略，但绝大多数都无法实现，最终抱恨终生。这其中也包含着金圣叹自己。这种借研究杜诗来言志，不仅抒发了研究者的思想感情，而且从更广阔、更深刻的层面阐释了杜诗。
清代的杜甫研究，穿凿附会比较多。流传到现在的一些重要的杜甫研究著作，都有不少明显的穿凿附会之说。一方面清人对前人的穿凿附会深恶痛绝，一方面他们自己又在制造新的穿凿附会。钱谦益说：“宋人解杜诗，一字一句，皆有比托，若伪苏注之解屋上三重茅，师古之解笋根稚子，尤为可笑者也。”(《杜工部诗集笺注·略例》)取笑黄庭坚解《春日忆李白》“何以异于此乎”。而他自己对有的杜诗的解说，其穿凿可笑，丝毫不亚于宋人。浦起龙说：“杜之祸一烈于宋人之注，再烈于近世之解。”(《读杜心解·发凡》)称之为祸，可见穿凿附会的普遍与严重。就是浦起龙自己，也在所难免。造成穿凿附会的原因，主要是人们研究的理念与方法所致。首先，在研究杜诗时，人们总认为杜诗有政治含义，有微言大义。其次，用以意逆志作为基本研究方法，而这个方法实际上难以捉摸，以意逆志成为了想当然。而传统的比兴说诗的方法与以意逆志相表里，最终把研究者引向穿凿附会的道路。第三，一些研究刻意求新求深，最终也走向怪，走向穿凿附会的邪路。实际上，造成穿凿附会的原因，在古代各个时代都存在，就是学术风尚最盛的清代也无法克服。因而造成这种情况：一个时代在摈弃前代穿凿附会的同时，自己又在制造新的穿凿附会，最终无法走出这个怪圈。
清代对杜诗艺术的研究也有巨大的发展。
清代学者研究杜诗的艺术，着力探讨杜诗艺术的主要特点、艺术的“窽要”，试图解开杜诗艺术的秘诀，寻求杜诗艺术的规律。翁方纲的《杜诗附记》就是主要探讨杜诗艺术的。翁方纲说：“吾所欲读杜者，何为哉？非欲考史也，非欲缀辑词藻也，唯欲知诗之所以为诗而已。”(《杜诗附记》)意思非常明白，就是想通过探讨杜诗艺术的特点，进而掌握诗歌艺术的规律。在研究方法上，他们尽量熟悉全部杜诗，综合思考，融会贯通，努力寻求艺术的诀窍，寻求艺术的规律，摆脱了前人印象式的研究，即兴式的论说、灵感式的论说，在一个更高的层面上进行艺术研究。
研究杜诗的艺术需要很高的诗歌理论。清代很多学者有自己的诗歌理论体系。他们用自己的理论体系研究杜诗，往往有独到的见解，有自己的发明。沈德潜用格调说，王士禛用神韵说，翁方纲用肌理说来解杜诗，多有创见，使人耳目一新。尽管有时失之奇异，失之褊狭，但总能给人启迪。其余如仇兆鳌、杨伦、浦起龙、金圣叹、査慎行、何焯、朱彝尊、潘德舆也有很多精辟的见解，给人很多教益。