《草堂诗笺》选用底本很好，校刊也精良，为读者提供了一个很好的杜诗读本。钱谦益经过认真比较，选用宋版吴若本为底本。他说：“杜集之传于世者，唯吴若本最为近古，他本不及也。”(《钱注杜诗·略例》)钱谦益学识渊博，藏书极富，他选吴若本为底本，确实是有眼光的，是正确的。同时，钱谦益照录原吴若本的校语，又做了一些新校。《送孔巢父谢病归游江东兼呈李白》(《钱注杜诗》卷一，以后略去书名)“珊瑚”校：“一云三珠。”“春寒野阴春景暮”校：“一云花繁草青春日暮。”“是征路”校：“一作引归路。”“惜君只欲苦死留，富贵何如草头露”校：“一云：我欲苦留君富贵。何如草头易晞露。”“照”校：“荆作点。”在全诗的结尾，有校云：“一本云：巢父掉头不肯住，东将入海随烟雾。书卷长留天地间，钓竿欲拂珊瑚树。我拟把袂苦留君，富贵何如草头露。深山大泽龙神远，花繁草青风景暮。仙人玉女回云车，指点虚无引归路。若逢李白骑鲸鱼，道甫问信今何如。”《寄裴施州》(卷六)“此”校：“一作比。”“衡”校：“英华作珩。”“感”校：“晋作减。”“羔”校：“一作丝。”“龙蛇”校：“刊作蛟龙。”“辞”校：“一作辟。”“后来况接才华盛”校：“英华此句下有遥忆书楼碧池映七字。”《草堂诗笺》不仅在正文中有校，注中有时也有校。《天育骠骑歌》(卷一)“守天育”注：“胡仔曰：东坡书此诗，作‘字天育’。郄昂《马坊颂碑》：唐初得马于赤岸泽，命张万岁傍陇右驯字之。从‘字’为是。”《赠卫八处士》(卷一)注：“近时胡俨曰：常于内阁见子美亲书《赠卫八处士》诗，字甚怪伟，‘惊呼热中肠’作‘呜呼热中肠’。”以书和碑来校，足见钱谦益对校勘的重视。从版本上说，《草堂诗笺》确实是一个好版本。
《草堂诗笺》的注非常有成绩。它对以前的注进行了清理。他说：“注家错谬，不可悉数。”并举例：曰伪托古人，曰伪造故事，曰傅会前史，曰伪撰人名，曰改窜古书，曰颠倒事实，曰强释文意，曰错乱地理。他对正确的注进行了吸收，对伪注、错误的注，或有部分错误的注，进行改正，还自创了很多新注。
钱谦益的注有四大特点：
第一，注释比较准确，引证材料信实丰富。《遣兴三首》(卷三)其二“南望马邑州”注“马邑”：“唐志：马邑州，开元十七年置，在秦、成二州山谷间。宝应元年，徙于成州之盐井。故城隶秦州都督府。《中州集·祝简廉夫诗说》云：鲍钦止注此诗云：马邑州在成州界。旧注，马邑州在雁门，与子美作诗处，全无关涉。”引《唐书·地理志》注马邑州，非常有力，又引《中州集》说明宋人已有马邑州在秦、成二州山谷间之注，并说明旧注马邑州在雁门的错误。《戏赠阌县秦少公短歌》(卷二)“多才依旧能潦倒”注：“潦倒：《北史·崔瞻传》：魏天宝以后，重吏事，谓容止蕴藉者为潦倒，而瞻终不改焉。此正用《北史》语。能潦倒，犹言其蕴藉如故也。”不泛注“潦倒”的一般含义，而引有关“潦倒”为“蕴藉”之意的书证，专释其蕴藉之意。所注确切、精炼，不枝不蔓。
第二，考证性地注，对所引材料的错误加以辨析，力求注释准确、深入。《醉时歌》题下原注：“赠广文馆博士郑虔”注：“郑虔：《旧书》：天宝九载，国子监置广文馆。《唐语林》云：天宝中，国学增置广文馆，以领词藻之士，郑虔久被贬谪，是岁始还京师参选，除广文馆博士。虔闻命，不知广文曹司何在。执政谓曰：广文新置，总领文词，故以公名贤处之，且令后代称广文博士自郑虔始，不亦美乎？遂就职。按，广文馆于国子监增置，故云不知曹司所在。《新书》云：久之，雨坏厩舍，有司不复修完，寓治国子馆，自是遂废。非实录也。《长安志》：韩庄在韦曲之东，退之与孟郊赋诗，又送其子读书之所也。郑庄又在其东南，郑十八虔之居也。《通志》：郑庄即郑虔郊居，李商隐有过郑虔旧隐诗。”注指出新书言郑虔寓国子监之误，而考出郑虔之居在长安韦曲之东南，这对于我们阅读杜诗“石田茅屋荒苍苔”的诗句颇为有益。《寄裴施州》(卷六)注：“裴施州：裴冕。宝应元年以右仆射充山陵使，坐附李辅国，贬施州刺史，数月移澧州。大历中，复征为左仆射。元载撰冕碑云：以直遇坎，牧蛮夷者二。大历四年冬，复诏入相，薨于长安，按，冕自施召还，当在大历二年之间。二年二月，史已载左仆射裴冕置宴于子仪之第，碑但记其入相之年也。史称自施移澧，碑不详其先后，以公诗考之，冕盖久于施州，当是自澧移施也。史于移官先后，如高适彭蜀，严武巴绵之类，每多错误，皆当据公诗考证之。”根据杜诗和史料比勘印证，认为裴冕是由澧州刺史改任施州刺史，而非如史言由施州刺史改任澧州刺史，所言颇为有理。这对于阅读杜诗非常有益，同时还可以纠正史书记载之谬。像这样的注，无论其注的态度、眼光、方法，都远远高于一般注家。
第三，注非常注意利用唐代有关材料，突出其有关唐代现实方面的内容。杜诗是表现唐代现实的，故用唐代有关材料来注，最为贴切，最为得体。《北征》(卷二)“寂寞白兽闼”注：“白兽闼：《三辅黄图》：未央宫有白虎殿。《王莽传》：自前殿南下椒除，西出北虎门。《山堂考索》：开元中，鹡鸰集白虎庭木，则唐亦有白虎之号也。颜鲁公《康使君碑》：父国安，直崇文馆，大学助教。迁博士，白兽门内供奉，崇文馆学士。”唐代宫廷有白兽门，殆由白虎演变而来。用颜真卿所作碑“白兽门”注杜诗“白兽闼”，非常准确。《九成宫》(卷二)注：“九成宫：《寰宇记》：在麟游县西一里，本隋仁寿宫。开皇十三年，杨素于岐山北建。平山堙谷，馆宇相属，督役严急，作者多死。高祖不悦。及幸新宫，游观乃喜。贞观五年复旧宫，以备清暑。改名九成宫。”“迹是雕墙后”注：“雕墙：魏征《九成宫醴泉铭·序》：九成宫，隋之仁寿宫也。冠山杭殿，绝壑为池。跨水架楹，分岩竦阙，高阁周建，长廊四起，栋宇胶葛，台榭参差，仰视则迢递百寻，下临则峥嵘千仞。珠璧交映，金碧相辉。照灼云霞，蔽亏日月。观其移山回涧，穷泰极侈，以人从欲，良足深尤。”这些注使读者对唐代九成宫的来历及盛况有非常深刻的印象，和杜诗写的九成宫兴衰形成鲜明对比，增强兴衰之感。本来，“雕墙”一语勿须注，但钱谦益用魏征《九成宫醴泉铭·序》注后，使杜诗的内涵更丰富了，这就是钱注的高明之处。
第四，非常重视对有关政治时事的注。杜诗的最大特点是对社会生活和国家大事的迅速反映。钱谦益注重视诗所表现的重要时事政治，非常有利于对诗的政治时事内容的理解。《洗马兵》(卷二)“中兴诸将收山东”注：“收山东：十月，广平王统郭子仪等，与贼战于陕城之新店，官军与回纥夹击，大败之。安庆绪自苑门夜遁，走河北，保邺郡，广平王入东京。”“独任朔方无限功”注：“朔方：《旧书》，玄宗大阅六军，南趋关辅，至彭原郡。房琯败于陈陶斜，方事讨除而军半殪，唯倚朔方军为根本。”“常思仙仗过崆峒”注：“崆峒：《雍录》：崆峒山，在原州高平县，即筓头山，泾水之所以发源也。《元和志》，陇山在陇州，陇山之北即灵州，灵州即灵武也。肃宗即位灵武，南回至原州入，即崆峒在回銮之地矣。《南部新书》：崆峒山，在松州，属陇州西北界。蜀破，后路不通，即古之空桐也。”“成王功大心转小”注：“成王：乾元元年三月，广平王俶自楚王徙封成王。五月，立为皇太子。”《哀王孙》题下注：“《旧书》，六月九日，潼关不守。十二日凌晨，自延秋门出，微雨沾湿，国忠与贵妃及亲属，拥上出。亲王妃主皇孙以下，多从之不及。平明，既渡渭，即令断便桥。辰时，至咸阳望贤驿置顿。《通鉴》：上出延秋门，妃主皇孙之在外者，皆委之而去。是日百官犹有入朝者。至宫门犹闻漏声。三卫立仗俨然。门既启，则宫人乱出，中外扰攘，不知上所之。王公士民，四出逃窜山谷。”“夜飞延秋门上呼”注：“延秋门：《雍录》，玄宗幸蜀，自苑西门出。在唐为苑之延秋门，在汉为都城直门也。既出，即由便桥渡渭，自咸阳望马嵬而西。《雍录》有汉唐要地参出图，唐禁苑西北，包汉长安故城，未央宫，唐后改为通光殿，而出即延秋门。”“东来橐驼满旧都”注：“橐驼：《史思明传》：禄山陷两京，以橐驼运御府珍宝于范阳。不知纪极。”“朔方健儿好身手”注：“朔方，哥舒翰将河陇朔方兵及藩兵，共二十万拒贼，败绩于潼关。”“窃闻天子已传位”注：“传位：天宝十五载七月，肃宗即位于灵武。《安禄山事迹》：禄山深宫高居，残虐日恣，酷如狼虎，百姓骚然，间牒日至，士庶潜议亡归。知肃宗即位灵武，皆企官军。相传曰：皇太子从西来也。人皆奔走。市肆为空。”“圣德北服南单于”注：“南单于：《光武纪》：匈奴薁鞬日逐王比，自立为南单于。于是分为南北匈奴。建武二十五年，南单于遣使诣阙贡献，奉藩称臣。开元中，玄宗使郭知运讨逐回鹘，退保乌德健山，南去西域一千七百里。肃宗即位，九月，南幸彭原，遣使与回鹘和亲。二载二月，其首领入朝。”从这些注释我们可以了解杜诗的内容与当时政治军事局势之间的关系，深刻认识杜诗的现实主义内涵。同时，这些注与笺的内容互相补充，相得益彰。更难能可贵的是，很多笺证都有少见的材料和不同寻常的见解。《潼关吏》(卷二)“慎勿学哥舒”注：“哥舒：初，哥舒翰请坚守潼关。郭子仪、李光弼亦谓潼关大军，唯应固守，不可轻出。玄宗信国忠之言，遣中使趣之，项背相望。翰不得已，抚膺恸哭，引兵出关。然则潼关之失守，岂翰之罪哉。公诗曰‘慎勿学哥舒’，其意归责于趣战者也。”其材料与看法都与一般注不同，使人耳目一新。
《草堂诗笺》的注也有未谛处。首先是注与内容不合。《九日寄岑参》(卷一)“畴能补天漏”注：“天漏：《梁益记》：大小漏天，在雅州西北。《寰宇记》：邛都县漏天，秋夏常雨。僰道有大漏天，小漏天。”用“漏天”注“天漏”，不确切。杜甫时在长安，尚未入蜀，对蜀中是否有漏天这样的故事并不一定知晓。这样注杜，是不能令人首肯的。当然这只是沿袭前人的错误。有些注不够详细。《七月三日亭午已后较热退晚加小凉稳睡有诗因论壮年乐事戏呈元二十一曹长》“健步闻旱魃”注：“旱魃：《神异经》：南方有人长二三尺，走行如风，名曰。注曰：俗曰旱魃。”杜诗是否用此典，很难说，至少此典与杜诗含义有不一致处。而旱魃即旱鬼，杜诗即用此意。《诗·大雅·云汉》：“旱魃为虐，如惔如焚。”《山海经·大荒北经》：“蚩尤请风伯雨师纵大风雨，黄帝乃下天女曰魃，雨止，遂杀蚩尤。魃不得复上，所止不雨。”虽不是僻典，但注出来似乎更完整些。有些注有曲解文意和牵强附会的地方。《洗马兵》(卷一)“鸡鸣向寝龙楼晓”本是颂扬肃宗向玄宗问安，而钱注却认为是讽刺肃宗对玄宗虚情假意，不能尽子道。其注云：“问寝：肃宗即位，下制曰：复宗庙于函洛，迎上皇于巴蜀。道銮舆而反正，朝寝门而问安，朕愿毕矣。上皇至自蜀，即日幸兴庆宫。肃宗请归东宫，不许。此诗援据寝门之诏，引太子东朝之礼以讽喻也。鹤驾龙楼，不欲其成乎为君也。颜鲁公《天下放生池碑》云：迎上皇于西蜀，申子道于中京。一日三朝，大明天子之孝。问安侍膳，不改家人之礼。东坡云：鲁公知肃宗有愧于是，故以此谏也。《高力士传》：太上皇至凤翔，贼臣李辅国诏收随驾甲仗。上曰：临至皇城，安用此物。悉令收付所由。辅国趋驰末品，小了纤人，一承攀附之恩，致位云霄之上，欲令猜阻，更树动庸。移仗之端，莫不由此。”所注虽不错，却与杜诗本意背道而驰。
笺是钱谦益对杜诗深刻内涵的阐释。特别是对杜诗涉及政治时事的内容，阐释尤多。其特点是引据史实，结合诗的内容，说明杜诗真实、深刻的含义，也抒发自己的见解与感情。《哀王孙》笺曰：“至德元载九月，孙孝哲害霍国长公主，永王妃及驸马杨驲等八十人，又害皇孙二十余人，并刳其心，以祭安庆宗。王侯将相扈从入蜀者，子孙兄弟虽在婴孩之中，皆不免于刑戮。当时降贼之臣，必有为贼耳目，搜捕皇孙妃主以献者，不独如孝哲辈为贼宠任者也。故曰‘王孙善保千金躯’，又曰‘哀哉王孙慎勿疏’。危之也，亦戒之也。有宋靖康之难，群臣为金人搜索，赵氏遂无遗种。读此诗，如出一辙。”通过钱谦益所引的史料和对此问题的阐述，使我们对诗所写的时事背景、诗的主旨、其深刻的内涵都有深刻的了解，进而对亡国之君的家族大遭杀戮这一历史现象有所认识。这样的笺无疑对读者阅读杜诗非常有益。《塞芦子》(卷二)笺曰：“是时贼据长安，史思明、高秀岩重兵趋太原，崤函空虚。公以为得延州精兵万人，塞芦关而入，直捣长安，可以立奏收复之功也。首言五城荆杞，惜其单虚，无兵可用也。思明自博陵寇太原，舍河北而西，故曰割怀卫。秀岩自大同与思明合兵，故曰西未已。二贼欲取太原，长驱朔方河陇，而长安西门之外，皆为敌垒，故曰回略大荒来。崤函盖虚尔也。急驱塞芦子，言塞芦子而疾驱长安，非壅塞之塞也。薛景仙守扶风，关辅响应，取道扶风，与景仙合力，则收复尤易也。故曰芦关扼两寇。深意实在此，此公之深意也。王深父以为不当撤西备而争利于东，宋人又有塞芦子以拒吐蕃者。荆公极推深父，不应无识至此，此诗所论，乃至德二载未收京时事，与留花门似非并时之作，或事后追记之也。”钩微抉隐。阐述安史之乱中，杜甫分析当时形势，提出用精兵一万，从塞芦子取长安的军事战术。这也就是《塞芦子》的主旨。《入奏行》笺曰：“剑南自玄宗还京后，于绵益二州，各置一节度，百姓劳弊。高适为蜀州刺史，因出西山三城置戍论之，请罢东川节度，以一剑南西山之不急之城，稍以灭(减)削，疏奏不纳。公以阆州王使君进论巴蜀安危表，亦请罢东川兵马，悉付西川，与适议合。而是时适在成都，与公往来草堂，则罢西川捐三城之奏，适盖与公谘议而后行也。此诗云‘此行入奏计未小’，盖适以此疏托侍御入奏。故题曰入奏行也。‘兵革未息’以下，隐括入奏之语。‘江花未落’以下，望其奉圣旨以苏蜀民，相与沽酒相贺。白饭青刍，下及马奴，宴喜之至也。”深刻揭示了诗的内涵，阐释了杜甫的军事和政治主张，表明了诗的重要意义。