帝师既受到元帝的尊崇，也对元帝负有一定的义务和职责。帝师是元朝中央政府中的高级官员。作为宣政院最高负责人，帝师负责向皇帝举荐该院“居第二者”的宣政院？使及以下各级官员。全国藏族地区所设三个宣慰使司都元帅府中的高级官员，如宣慰都使元帅、元帅、万户等，须经帝师或宣政院提名，而后由皇帝任命。元朝以萨迦本钦统领卫藏13万户，对本钦的任免也要根据帝师的提名。此外，帝师作为皇帝在佛教方面的老师，要负责向皇帝传授佛法、授戒，为皇帝举行灌顶仪式，还要为后妃、皇子等皇室成员授戒。帝师统领天下僧尼，主管全国佛教事务，要遵照皇帝的旨意主持佛事、弘扬佛教，为在位皇帝祈寿延年，为已故皇帝资祈冥福，祈祷国泰民安、风调雨顺。因帝师承担如此重任，故不可或缺。凡遇帝师因故暂离京师，皇帝即另委一人担任此职。如公元1276年，八思巴奉旨返藏，忽必烈即委任他的弟弟仁钦坚赞接任帝师。元顺帝时的最后一任帝师喃加巴藏卜，于公元1372年以元朝高级藏族官员的身份归降明朝，公元1372年被封为炽盛佛宝国师。他向洪武帝朱元璋举荐过百余人，全是元代官员。到了明清两朝，帝师一职被废止。
●元太子真金之死
公元1283年，忽必烈册封比他小好多岁的南必为皇后。老夫少妻，忽必烈渐渐感觉有些体力不支，于是依赖皇后干预朝政，这引起诸多大臣的不满。一位不要命的大臣竟然上书忽必烈，希望他退位，将皇位禅让给太子真金。尽管御史台都事玉昔贴木儿和中书右丞相安童商量将奏本压下，但此事到底让忽必烈知道了。忽必烈闻之大怒，立刻将那个大臣革职查办，但他却没有难为安童和玉昔贴木儿。
回到后宫，忽必烈思忖良久，下令召太子进宫。太子真金早就知道有人上书要父皇禅位给自己的事。他自幼学习儒家思想，十分忠君，从未起过非份之想，一听说此事，就已背上沉重的心理包袱，后来竟吓出病来。此时父皇召他入宫，他明知“是福不是祸，是祸躲不过”，就战战兢兢、如履薄冰地进宫了。
看到眼前这个一表人才，随自己南征北战的爱子，忽必烈不知是一时冲动，还是出于真心，竟对真金说：“真金，父王己经老了，有些体力不支，今后就将这皇位禅让给你，如何？”真金一听，双腿一软，跪在忽必烈面前，颤声说：“儿臣不敢有非份之想。”“哎！”忽必烈不等他说完就插话道，“这怎么能算非份之想啊，这位子早晚还不是你的？我还能把它带到棺材里去？”“儿臣从未这样想过，求父皇开恩，废掉儿臣这个太子吧？”真金听了忽必烈的话，更加大惊失色，口不择言，竟请求忽必烈废去自己这个太子的头衔。忽必烈见他如此，良久，叹了口气，摇摇头道：“你去吧。”
真金回到家里，怎么想，怎么觉得父王的意思是让自己死。真金有了这个想法，再加上他心病加重，久治不愈，最后竟真死了。紧跟着，右丞相安童也死了。忽必烈痛失爱子，身边又少了安童这样的得力助手，非常苦闷，又加上已是7s岁高龄，身体每况愈下。
●忽必烈平叛乃颜
乃颜是铁木真幼弟铁木哥斡赤斤的玄孙，其封地为今大兴安岭及嫩江、松花江流域，大约占东道诸王封地的一半，有举足轻重的影响。为了加强中央对东北的控制，公元1286年，忽必烈将山北辽东道宣慰司改为东京行省，引起东道诸王的不安。于是，乃颜主动与西北叛王海都联络，海都答应相助。
公元1287年年初，忽必烈觉察到乃颜谋反的征兆，下令向东北调兵，任命丞相伯颜镇守和林，切断东、西道诸王的联络。二月，任命诸王彻里帖木儿节制东北诸军，做好平叛的准备。四月，乃颜发动叛乱，诸王纳牙等人纷纷准备响应。忽必烈心中十分忧虑。侍卫阿沙不花自告奋勇去说服诸王不要造反，得到忽必烈批准。阿沙不花北上晋见纳牙，骗他说：“诸位大王准备响应乃颜，现在乃颜已经派使节向朝廷投诚了。大王一起兵，定会成为独自与皇上对抗的罪魁祸首。与其如此，不如请大王亲自去见皇上，以表明心迹。”纳牙听信阿沙不花之言，未参加叛乱，大大削弱了乃颜的势力。
在离间了乃颜为首的同盟之后，忽必烈决心亲征。六月初三，忽必烈率大军到达撒儿都鲁（在今内蒙古）。乃颜部将塔不带、金风奴率兵6万来攻，直逼忽必烈的大帐。司农卿铁哥说：“敌众我寡，应该以疑兵计退敌。”于是，忽必烈命人打开伞盖等陈设，端坐在胡床上喝酒。塔不带见忽必烈如此镇静，以为其身后必有大军，于是按兵不动，扎营坚守。当天夜晚，元军中的汉军将领李庭自告奋勇率壮士千人，携带火炮夜袭敌营。叛军惊恐不安，天一亮就撤走了。元将博罗欢率兵追击，进至哈刺河（在今内蒙古）。乃颜派哈丹（铁木真弟合赤温之孙）率万骑来攻，被玉哇失的元阿速军击退。元军直追至不里古都伯塔哈（在今内蒙古）。同月十六日，忽必烈亲率大军到达失列门林（亦称潢河，今西辽河），与乃颜主力相遇。乃颜军号称10万，以车辆环卫为营。元军以步兵、骑兵相结合，冲击敌阵。激战半日，大破叛军，生擒乃颜。忽必烈下令将乃颜处死，以傲效尤。
乃颜被处死后，一部分叛乱之王仍然不投降，同年七月，乃颜的同党失都儿进攻咸平（今辽宁开原北）。忽必烈命辽东宣慰使塔出协助皇子爱牙赤平叛。元军先后在建州、辽水等地与叛军激战。塔出两次中箭，仍带伤指挥作战，并在混战中击毙叛军大将帖古歹。叛军溃逃，元军一直追到金山（在今内蒙古）。忽必烈见东北战局已定，便留下大臣玉昔帖木儿辅佐皇孙铁穆耳剿灭残余的叛军，自己于八月班师回朝。残余叛军是以哈丹的都队为主。十月，元军在木骨不刺（在今黑龙江）大破哈丹，大伤其元气。同时，重建了辽阳行省，来加强对东北的治理。公元1292年，元军在鸭绿江畔杀了哈丹的儿子，不久，哈丹自杀。至此，东北的叛乱也被平息了下去。
●元仁宗尊儒改制
元武宗海山即位之初，便册立同母弟爱育黎拔力八达为“皇太子”，从而将其皇储地位确定下来。公元1311年年初，年仅31岁的海山于玉德殿去世。爱育黎拔力八达顺理成章地以监国者身份总揽朝政，等候即位登基。爱育黎拔力八达早就对吏弊深恶痛绝，主张以儒学“治天下”，“振纪纲，重名器”，来不及等到登上皇帝宝座，便开始他的亲政活动。他以“变乱旧章，流毒百姓”的罪名首先铲除了武宗朝尚书省“蠢国乱政”的主要势力，并且组建起自己的施政班子，着手清理被武宗朝搞乱的措施和机构。爱育黎？拔力八达完成了这一系列步骤后，于同年三月正式即皇帝位，是为元仁宗。仁宗即位后努力改变武宗施政时的混乱局面。他本人亦精通儒术，在持政期间大力推行科举，任用儒家学派的高明人士为朝中大臣，很有儒家风范。他再尊儒术的做法受到儒臣和后世史家的高度赞扬，故《元史》中称赞他：“其孜孜为治，一遵世祖诚宪云。”
●南坡之变英宗死
元仁宗爱育黎拔力八达是一位比较积极推行“汉法”的皇帝，可他的母亲答己是一个认同旧法的女人。她与他的亲信铁木迭儿、失烈门等人勾结在一起，总想左右仁宗的政策。但仁宗已经羽毛丰满，身边有许多亲信大臣，答己对他无可奈何，便想办法控制皇太子。
本来，应该立元武宗海山的儿子和世瑓做皇太子。答己见和世瑓已长大成人，怕将来无法控制，仁宗的儿子硕德八刺才13岁，而且性格软弱，将来肯定能乖乖地听话，便劝仁宗立硕德八刺为皇太子。仁宗起初不同意，不愿违背跟哥哥立下的誓言。铁木迭儿很会蛊惑人心，他对仁宗说：“皇位是您夺得后让给海山的，如今再传给自己的儿子，这是理直气壮的事儿，谁能反对呢？”仁宗便下诏立硕德八刺为太子，又封和世瑓为周王，派到云南去了。
仁宗在公元1320年去世了，17岁的硕德八刺继位，就是元英宗。仁宗去世后，答己马上就任命铁木迭儿当右丞相，将仁宗的亲信大臣杀的杀、撤职的撤职，好叫小皇帝乖乖地听话。可英宗这些年学了不少汉族文化，很想实行汉法来治理国家，并不愿意听他祖母的话。有一回，铁木迭儿的一个亲信犯了罪，铁木迭儿请答己去说情，可英宗说：“刑罚是列祖列宗定下来的，哪能随便更改！”答己见英宗不听话，便后悔不该让他当皇帝。过了几个月，答己的亲信失烈门与平章政事黑驴密谋发动政变，想推翻英宗。但这个秘密让英宗知道了，他迅速就派人逮捕了失烈门和黑驴等人，这才知道这一切全是答己指使的，英宗不愿追查，只是把失烈门等人处死了。
英宗见自己的地位很危险，便任命安童的孙子拜住做左丞相，支持他主管朝中大事，使铁木迭儿成了一个不管事儿的右丞相。就在双方矛盾进一步发展的时候，公元1322年秋天，铁木迭儿和答己先后都死了。这时，英宗便不容情了，下诏追查铁木迭儿的罪行，将他的儿子八里吉等人处死，将他的另一个儿子锁南罢官，并将他的家产全部没收。可拜住等人却没有处死铁失，他是掌管禁卫军的军官，是铁木迭儿的义子。铁失一心想找机会杀死英宗为义父报仇。早在公元1322年夏天，英宗正在上都避暑，忽然觉得心神不安，便要做佛事。拜住说：“现在国家钱财不足，还是不要办吧。”那些受铁失收买的喇嘛却一个劲儿怂恿英宗做，还劝英宗实行大赦。拜住听了十分生气，说：“你们只想捞钱财还不知足，还要包庇罪犯！”铁失和他的亲信听到后，以为拜住还要追究他们的罪行，便决定发动政变。
这年八月初五，英宗自上都返回大都，行至南坡时，就歇了下来。这天夜里，铁失安排他的亲信站岗，自己与锁南等16人闯入英宗和拜住的大帐。拜住听到外边有动静，便出来察看是怎么回事。拜住一看铁失他们全拿着明晃晃的大刀，便大吼一声：“大胆！你们想做什么？”话音还没有落下，拜住便被铁失的弟弟一刀杀死。此刻，英宗听到拜住的喊声，正要披衣下床，铁失冲进来，将英宗一刀砍死。这就是历史上有名的“南坡之变”。
铁失等人杀死拜住和英宗，便拥立忽必烈太子真金之孙也孙铁木儿做皇帝。也孙铁木儿见铁失得手，也便不说什么，当了皇帝，他就是元泰定帝。
●三帝纷争天下乱
南坡之变后，元朝诸王迎忽必烈太子真金之孙也孙铁木尔为帝，即元泰定帝。泰定帝以前丞相拜住之子答儿麻失里为宗仁卫亲军都指挥使，彻里哈为左右卫阿速亲军都指挥使，并将远徙诸王统统召回。接着，立八八罕氏为皇后，皇子阿刺吉八为皇太子，封武宗次子图帖睦尔为怀王。次年，命怀王居于建康（今南京），并遣使赴北边周王和世瓎处，以谋和解。年底，和世瓎遣使进贡，恢复了关系。
公元1328年春天，泰定帝在打猎时患病。这时，武宗旧臣、握有兵权的枢密院同知燕铁木儿与诸王满都等密谋政变，拥立武宗后裔。倒刺沙等为防止武宗一系重登帝位，将怀王自建康迁往江陵。三月二十五，泰定帝自大都赴上都，倒刺沙、满都等扈从。燕铁木儿随西安王阿刺忒纳失里留守京师。七月初十，泰定帝死于上都。倒刺沙、梁王王禅、辽王脱脱等执政。燕铁木儿与阿刺忒纳失里在大都秘密召集武士，准备政变。
八月初四黎明，百官集于兴圣宫。燕铁木儿率阿刺铁木儿、索伦赤等17人手持兵刃，大呼立武宗之子为帝，有不从者斩。当场扣押中书平章乌伯都刺、伯颜察儿等人。然后，占领内廷，查封仓库，收缴印信，召集百官入朝听命。任命前湖广行省左丞相别不花为中书左丞相，太子詹事塔失海涯为中书平章，前湖广行省右丞带还为中书左承，前陕西行省参政王不怜吉台为枢密副使，与中书右丞赵世延、同金枢密院事燕铁木儿、翰林学士承旨亦列赤、通政院使寒食分典机务，调兵守卫京师及附近关口。同日，燕铁木儿派遣前河南行省参政明里董阿、前宣政使答里麻失里赴江陵迎怀王入京，密谕河南行省平章伯颜派兵护送。八月初五，发钞赏赐宿卫京师的军士，开始在居庸关、卢儿岭、白马甸、泰和岭、迁民镇等地布防。八月初七，再派使节撒里不花等南迎怀王，同时放出话说怀王已至京郊，以安民心。八月初九，明里董阿到达汴梁（今开封），将京师情况告诉伯颜。伯颜也是武宗旧臣，当即表示全力支持。他扣押了持反对态度的官员，调兵遣将，征集粮草，派勇士5000人先行迎接怀王，自己率大军随后接应。不日，明里董阿等到达江陵，偕怀王图帖睦尔启程进京。八月十八，怀王因陕西官员反对政变，传令伯颜兵屯渣关。次日，在上都的诸王秃满等人图谋响应大都政变，事泄被杀。八月二十二，在上都的阿建卫指挥使脱脱木儿率部投奔大都，燕铁木儿命其守卫在北口。次日，上都诸王及执政大臣分兵进攻大都，两个统治集团终于兵戎相见。
九月初一，倒刺沙在上都立皇太子阿速吉八为帝，改元天顺。九月十三，在燕铁木儿等人一再请求下，图帖睦尔在大都即位，是为文宗。文宗登基时表示自己即位只是为了安定人心军心，一俟周王到京立即让位。随后，上都派和大都派展开了激战。
十月十三，齐王月鲁帖木儿、东路蒙古元帅不花帖木儿等率兵围困上都。倒刺沙等奉皇帝印玺出降，梁王王禅逃走，辽王脱脱被杀，天顺帝不知所终。上都派已群龙无首，各路上都军已成强弩之末。文宗、燕铁木儿在击败上都军的同时，派遣使节北迎周王。于是，周王和世獭自北边南还。
公元1329年年初，撒迪等人奉文宗之命劝进。正月二十八，和世瓎即位和宁之北，是为明宗。三月初四，文宗派中书右丞相燕铁木儿捧皇家印玺赴明宗行宫。不久，燕铁木儿到达明宗行宫。明宗下诏大都所封一切官爵照旧。三月十二，举兵造反的四川行省平章囊加台投降，原上都一派的残余势力全部被消灭。紧接着，明宗派彻彻都等为使节赴大都，立文宗为皇太子。彻彻都等到达京师后，图帖睦尔接受了皇太子之位，并于次月启程北迎明宗。八月初一，图帖睦尔到达明宗行宫所在地王忽察都，明宗大宴太子、诸王及大臣。八月初六，明宗被燕铁木儿毒死。燕铁木儿奉太子还上都，这样，文宗图帖睦尔便再次即位上都。至此，三帝纷争才告终。
三帝纷争事件充分表现出了元统治集团内部贵族为争夺帝权斗争的激烈程度，元朝社会动荡由此可见一斑。
●元修宋辽金三史
元初，元世祖忽必烈便曾诏令修《宋》《辽》《金》三史。然而，长时间以来，修史都停留在议论阶段。议论的焦点是宋、辽、金三朝究竟谁是正统。有人主张以宋为正统，立为帝纪，以辽、金为窃据，当人载记；有人主张以辽、北宋、金为北史，南宋为南史。汉人主张以宋为正统，蒙古人起至漠北，对此当然不能接受。这样，三史的修编工作就耽搁了起来。