关于所谓集权制问题，“九月来信”肯定了党的一切权力集中于前委指导机关是正确的，这个原则绝不能动摇，不能机械地引用“家长制”这个名词来削弱指导机关的权力，来做极端民主化的掩护。指示同时认为，前委对于一切问题毫无疑义应先有决定后交下级讨论，绝不能先征求下级同意或者不作决定俟下级发表意见后再定办法，这样不但削弱上级指导机关的权力，而且也不是下级党部的正确生活，这就是极端民主化发展到极度的现象。
关于“党管一切”的口号，指示认为这在原则上事实上都是行不通的，党只能经过党团作用做政治的领导。目前前委指挥军部、政治部，这是一个临时的办法。前委对日常行政事务不要去管理，应交由行政机关去办，由政治委员监督，前委应着眼在红军的政治军事经济及群众斗争的领导上。一切工作归支部这个口号是对的，是作经过支部去工作的解释，但不是与党的民主集权制相对立。
对于朱毛的关系，“九月来信”为此单列一节专门作出指示（“九月来信”在编入《周恩来选集》时曾删去了此节），强调“红军是生长在与敌人肉搏中的，他的精神主要的应是对付敌人”，而此前红四军前委在处理朱毛问题时，存在四个方面的缺点：一是没有引导群众注意对外斗争，自己不先提办法，而交下级自由讨论，客观上有放任内部斗争关门闹纠纷的精神，前委自己铸成这个错误；二是没有从政治上指出正确路线，“使同志们得到一个政治领导来判别谁是谁非，只是在组织来回答一些个人问题”；三是削弱了前委的权力，客观上助长极端民主化的发展；四是对朱毛问题没有顾及他们在政治上的责任之重要，公开提到群众中没有指导的任意批评，使朱毛两同志在群众中的信仰产生影响。指示还特别指出：“一般同志对朱毛的批评大半是一些唯心的推测，没有从政治上去检查他们的错误，这样不但不能解决纠纷而且只有使纠纷加重。”应当说这个批评是很中肯的，也是实事求是的，中共红四军七大给毛泽东和朱德罗列的各项缺点，就存在这个问题。
信中认为，毛泽东和朱德的错误是“工作方法的错误”，并对其错误提出批评：“第一，两同志常采取对立的形式去相互争论；第二，两同志常离开政治立场互相怀疑猜测，这是最不好的现象。两同志的工作方法亦常常犯有主观的或不公开的毛病，望两同志及前委要注意纠正这些影响到工作上的严重错误！”
指示明确要求红四军前委“应立即负责挽回上面的一些错误”，并提出了四条具体办法：“第一，应该团结全体同志努力向敌人斗争，实现红军所负的任务；第二，前委要加强指导机关的威信与一切非无产阶级意识作坚决的斗争；第三，前委应纠正朱毛两同志的错误，要恢复朱毛两同志在群众中的信仰；第四，朱毛两同志仍留前委工作。经过前委会议，朱毛两同志诚恳接受中央指示后，毛同志应仍为前委书记，并须使红军全体同志了解而接受。”
中共中央上述关于朱毛问题处理的各项意见，无疑是正确的，也是经得起历史检验的。它既实事求是地提出了朱毛在工作方法上的缺点，同时又不是过分追究个人责任和进行所谓组织处分，并且强调要在帮助朱毛改正缺点的同时恢复他们在群众的威信。事实证明，朱毛之争确实不是什么权力之争，也不是所谓正确路线与错误路线之争，而是在党与军队关系、在新型人民军队究竟如何建设等具体问题上存在不同的看法。红军刚刚创建之时，如何建党建军没有现成的模式可以套用，一切都处于探索、摸索阶段，而且红四军又是由两支部队合编而成的，其领导人具有不同的经历、不同的个人性格，因而在若干具体问题上出现分歧、产生矛盾，是十分正常的。问题在于当这种纷争产生之后如何去处理，中共中央的这个指示，在某种意义上可以说为解决党内争论问题树立了一个典范。可惜在后来的一个时间里在处理党内矛盾时，并没有很好地运用这种方式，而是自觉不自觉地将党内矛盾动辄用党内斗争甚至是阶级斗争的方式去解决，留下了很深刻的教训。
七、古田会议成为永恒的历史记忆
不少论著认为中共红四军七大之后，红四军内部的争论遂得以停止。这或许是事实，但争论停止的一个客观前提，是这场争论的两个主角实际已经分开，毛泽东去了闽西地方，只有朱德仍留在军中。然而，由于毛泽东的离职和陈毅去中共中央汇报，红四军七大之后，军中的主要领导人只剩下朱德一人，朱既是军长又是代理前委书记，用现在的话说是党政一肩挑，而朱自红四军成立以来一直负责军事，虽然现在不得不兼负军中的政治工作，但毕竟难以做到军政工作同时兼顾，因而七大之后，军中思想政治工作难免有所放松。1930年1月6日红四军前委在给中共中央的报告中说：“四军八九十三个月中，前委机关不健全，毛同志去地方养病，陈毅同志去中央，前委只余朱德同志一人，因此应付不开，政策上发现许多错误，党及红军组织皆松懈。”
虽然红四军七大提出的十三大口号中，有“实行民主集权制”和“反对家长制及极端民主化倾向”的内容，但由于前一阶段对党内争论问题采取“大家放开来争论”态度，这固然一方面有助于军中的民主空气，但另一方面使军中出现极端民主化的倾向。据红四军代理军委书记熊寿祺1930年4月所写的《红军第四军状况（从1929年7月至1930年4月）》说：“七次大会直到九次大会，前委的指导路线都不是集体指导一切问题。一切问题都摆在会场上让大家来讨论，不管他政治分析也好，行动计划也好，请调工作也好，都毫不准备意见到会场来争，往往争论终日得不到一个结论。八次大会前后，前委为了调工作问题（当时很多同志请调工作），常常讨论几个钟头，无法解决。每次开会，都要各纵队负责同志到了才能解决问题。各纵队同志在会场上，为了调人调枪这些问题，当然要为自己说话，于是争论起来，没法解决。前委负责人，只有说些随和话，常常都是这个样子开会。当时有许多同志说，前委是各纵队联席会，但是前委的负责同志还以为要这样才对，才是自下而上的民主制。”
与此同时，军中要求毛泽东回来主持前委工作的声音也日益多起来。面对这种情况，朱德一面决定召开中共红四军第八次代表大会，以“解决‘七大’所没有解决的一些争论问题”。一面亲自给毛泽东写信，希望他能回来主持前委，但遭毛泽东拒绝。据陈毅回忆，毛泽东回信说：我平生精密考察事情，严正督促工作，这是陈毅主义的眼中之钉，陈毅要我作“八边美人四方面讨好”，我办不到；红四军党内是非不解决，我不能够随便回来；再者身体不好，就不参加会了。
9月19日，朱德指挥红四军和地方武装攻占了上杭城，打破了国民党军的三省“会剿”，使红四军获得了一个休整的机会。9月下旬，中共红四军第八次代表大会在上杭城太忠庙召开，会议由朱德主持。这次会议由于前委领导不健全，“会议又没有做好必要的准备，在事先不能拿出一个意见，就让大家讨论。结果会议开了三天，七嘴八舌，毫无结果”。熊寿祺在给中共中央的报告说：“八次大会时，为了一个红军法规中的党代表权力问题，讨论了两天仍旧没法解决，结果还是决定请示中央。八次大会的选举，为了要各纵队都要参加人，决定选举十七人（指前委委员，引者），在大会上临时来推选，把新由中央派来四军工作的张恨秋、谭玺和郭化仁等都一齐选为委员。谭玺当时尚在一纵队，还没有与大会上的人谋面，他的观念正不正确没有人知道，便当选为常委（这是因为提议他的同志说他好，提议了两次，最后一次才通过）。总之。当时前委什么事都是民主，大家要怎样干就怎样！前委事先对选举没有丝毫意见，结果选出来的八届前委，又同从前一样，而且更甚地实行所谓‘由下而上的民主制’，一开会就得争论半天，前委还认为这样才是无产阶级的办法。因此当时全军政治上失掉领导中心，对政治分析也是由大家缓议，各同志又没有报看，哪里议得出！”
这次会议共选出了十七名前委委员，毛泽东是其中之一，陈毅再次被选前委书记，在他未回之前由朱德代理。在会议过程中，第三纵队九支队党代表罗荣桓提出来要将毛泽东请回来，得到不少代表的支持。朱德也有此意，但担心毛泽东不愿回来，于是就由军政治部主任张恨秋给毛泽东写“敦请信”。张恨秋是广东大埔人，这年8月才由中共中央派到红四军工作，即被委以重任，当上军政治部主任，他在信中说，接此信后若不回来，就要给予党内处分。毛泽东当时病得很厉害，接到信后只得坐担架从永定的金丰大山前来，可等到他到上杭城时，“八大”已经开完。大家见他身体确实虚弱，也就放弃了让他回来工作的打算。
这年10月1日，陈毅结束了在上海向中共中央的汇报，携带“九月来信”动身返回红四军。10月22日，在广东蕉岭县的松源与朱德会面。当天晚上，红四军前委召开会议，听取陈毅传达中共中央的指示。会议根据中共中央的指示精神，致信毛泽东请其回到红四军重新担任前委书记；同时，考虑毛泽东因病一时不能返回部队，决定前委书记暂由陈毅代理。
在陈毅回到军中的前两天，那位在朱毛之争中颇为活跃、白沙会议后改任第二纵队司令员的刘安恭，在率部进攻广东大埔的虎头沙时中弹牺牲，时年30岁。
11月2日，陈毅再次给毛泽东写信，请他回前委工作。过了两天，陈毅又写信向中共中央汇报说：“我只有按照中央的办法去做：一、建立四军的政治领导，使全体同志及红军官兵集中力量对外斗争，对外斗争胜利才是我们的出路；二、建立前委的威信，制止极端民主化的发展；三、化除一些同志的成见（朱、毛在内），用布尔什维克党的态度扫除一切敷衍调和模棱两可的陈毅主义（如毛同志所说），对于这个非无产阶级意识的东西，我也不甘落人后地要去打倒他。我回前委后已迭函去催毛泽东同志回前委工作。现已筹备九次大会改选前委。”
11月18日，朱德和陈毅率部抵达上杭的官庄，两人又一次致信毛泽东，请他回军中主持前委工作。23日，部队第三次攻占长汀，红四军前委在这里作出决定，促请毛泽东速回主持工作，并派部队去迎接。这时的毛泽东，一方面健康正在恢复，另一方面看了陈毅传达的“九月来信”，已知中共中央的态度，乃于11月26日在中共福建省委巡视员、组织部长谢汉秋的陪同下，来到长汀与朱德、陈毅会合，并重新担任红四军前委书记。回到红四军后，毛泽东“向朱德、陈毅等表示接受中共中央的‘九月来信’，包括对他工作方式的批评。陈毅诚恳地作了自我批评，并介绍了他上海之行的情况。毛泽东也说他在红四军八大时因为身体不好，情绪不佳，写了一些伤感情的话。这样，相互间的矛盾和隔阂就消除了”。到这时，历时几个月的朱毛之争真正结束了。
11月28日，毛泽东在长汀主持召开中共红四军前委扩大会议。会议作出了三项重要的决定：（一）召开中共红四军第九次代表大会；（二）用各种方法建立红四军的政治领导；（三）纠正党内各种错误倾向，扫除红军内部一些旧的封建残余制度（废止肉刑、禁止枪毙逃兵等）。同一天，毛泽东向中共中央写了一份报告，汇报自己回到红四军的情况和目前的工作计划。信中说：“四军党内的团结，在中央正确指导之下，完全不成问题。陈毅同志已到，中央的意思已完全达到。”
12月上旬，毛泽东、朱德、陈毅率红四军第一、第二、第三纵队撤出长汀，前往连城的新泉与在这里活动的第四纵队会合。然后，全军在这里进行了十天左右的政治与军事整训。同月中旬，他们又率部开赴上杭县的古田村，为中共红四军第九次代表大会作准备。毛泽东依据“九月来信”的精神，结合调查研究的情况，起草了“纠正党内非无产阶级意识的不正确倾向”“党的组织”“党内教育”、“红军宣传工作”等八个决议草案，共达三万字。
12月28日和29日，中共红四军第九次代表大会在古田召开。毛泽东在会上作了政治报告，朱德作了军事报告，陈毅传达了中共中央的指示。会议一致通过了毛泽东起草的八个决议，总称《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》，即史上著名的“古田会议决议案”。大会通过选举，产生了红四军新一届前委成员，他们是毛泽东、朱德、陈毅、李任予（军政治部主任）、黄益善（前委秘书长）、罗荣桓（第二纵队党代表）、林彪（第一纵队司令员）、伍中豪（第三纵队司令员）、谭震林（第四纵队政治部主任）、宋裕和（红四军经理处处长）、田桂祥（士兵代表），毛泽东重新当选为前委书记。古田会议及其决议案在各类中共党史的著述中，已有了详细的记载，在此就不再赘述了。
对于古田会议的历史意义，在中共党史上一直赋予很高的评价，这自然是有其道理的，它确实在党的建设问题上、在新型人民军队建设问题上，都具有创新性的意义。但是也应该看到，古田会议及其决议的形成，与此前发生的朱毛之争有着密切的关系。在这场争论中，朱毛关于党与军队的关系，军队中党如何建设、军队自身如何建设等，曾出现不同意见，产生了争论。正因为产生了争论，就使得争论的双方都对自己的观点和对方的观点进行认真的思考，也使得中央领导层不得不对双方争论的内容提出意见，其结果是形成了一系列关于党的建设、人民军队建设的比较正确的思想。而朱毛之争之所以产生这样一个积极的结果，一个重要的原因，是这场争论从根本上讲不是个人意气之争、权力之争，争论双方的出发点是共同的，这就是如何把军队建设好、把军队中的党建设好。因为有这样一个共同点，因为双方以党的利益为重，故而在经过一段时间的实践检验之后，双方最终达成共识，这就为古田会议的成功召开奠定了基础。
第二年的九十月间，中共中央特派员涂振农在一份报告中说：“据我在那里时的观察，（朱毛）确实都从行动上改正过来。朱德同志很坦白的表示，他对中央的指示，无条件的接受。他承认过去的争论，他是错的。毛泽东同志也承认工作方式和态度的不对，并且找出了错误的原因。过去军政关系的不甚好，是做政治的和做军事的人对立了，缺乏积极的政治领导的精神。同时要说到四军党内虽有争论，但都是站在党的立场上，在党的会议上公开讨论，虽有不同的意见，但没有什么派别的组织，只是同志间个人的争论，而不是形成了那一派和这一派的争论。”
朱毛之间发生的这场争论，由于当时中共中央采取了正确的立场，毛泽东、朱德和陈毅这三个重要的当事人又各自作了诚恳的自我批评，使双方之间的分歧不但得到化解，而且在提高认识的基础上实现了新的团结。