铁三角联手，推行新政
如果说治理边防是张居正实现治国安邦理想的台下演练的话，借助穆宗去世提供的契机，彻底掌权就是张居正实现他的政治理想的正式登场。借助李贵妃的危机意识，以及冯保的干政愿望，张居正和他们在朝廷与宫廷之间，围绕在小皇帝的周围，形成了一个牢固的铁三角，为自己的一系列改革提供了强大的后盾支撑。
和历代王朝末期的情景一致，明朝后期的皇帝虽然一个比一个沉溺女色，但子嗣却都不怎么旺盛。穆宗也是如此，他的皇后陈氏没有为他生下一儿半女。李贵妃因为替皇帝生了个儿子，就从因家贫没有出路而进宫的宫女，一跃成为大明王朝权力核心区域的关键人物。此时的李贵妃面对虎视眈眈的权臣，还有内外交困的朝政，又想到孤儿寡母的情境，不仅产生了极大的危机感。极力希望有一个既能办事又很忠心的人来辅佐年幼的小皇帝，这时早就进入内阁，又在治理边疆上已经初显身手的张居正就成了首选人物。
另一方面，由于从贫寒之家进入皇宫的李贵妃并不擅长处理朝政，她既不可能像武则天那样篡位自己走向前台自立，也没有垂帘听政的胆略与能力。她只想保住自己和自己的亲生骨肉的荣华富贵和至高地位。这样一来，大明王朝的国事就仅仅成了皇室乃至贵妃母子二人的内务。这时候，向来以攀附权贵保持受宠地位，专为宫廷处理内务的太监们就有机可乘了。此时，一向喜欢诗书既有谋略又有涵养的太监冯保就成了李贵妃最信得过的人。
隆庆二年（1568年）七月，首辅徐阶被在野的高拱借助宦官的势力，挤出内阁，致仕归乡了。接下来的首辅是忠厚老实的李春芳。隆庆三年（1569年）十二月，穆宗召回高拱，心胸狭隘的高拱因李春芳曾阻止他报复徐阶而怀恨在心，终于在隆庆五年（1571）五月，将李春芳逼迫出阁，自己坐上了内阁的第一把交椅。此时，张居正是吏部尚书兼建极殿大学士（内阁次辅），地位距高拱仅一步之遥。
一路走来，张居正对权力中心的斗争有着切身的体会。从徐阶的下台和高拱的复出，他发现了一个被其他人忽视的但又深刻影响朝政的角落，那就是后宫。因此，面对强硬的对手，也是他走上权力核心的最大障碍高拱，张居正更加留心内廷的动向。
中国历代王朝都有宦官专权，内宫主导朝政的历史积弊。而到了明朝后期，由于皇帝不理朝政，在机制上又没有大臣参与理政的正规渠道，这就使得权臣和内宫的勾结更加频繁。再加上皇帝不放权，把一切政务大权都集聚在内宫，这就给宦官当政提供了条件。
为了适应这种格局，皇帝不得不加强对内廷太监的管理，并对太监们分门别类，各司其职互相牵制。在宫廷内部形成了一个与朝廷平行的管事班子。外朝廷只有议事权，内廷却有最终的拍板权，有替皇帝草拟文件，替皇帝加盖大印的特权。在明廷的太监中，权力大小。明朝内务府衙门有二十四个，计有十二监、四司、八局，共二十四个衙门。十二监为司礼监、内官监御用监、御马监、司设监、尚宝监、神宫监、尚膳监、尚衣监、印绶监、直殿监、都知监。四司为惜薪司、宝钞司、钟鼓司、混堂司。八局为兵仗局、巾帽局、针工局、内织染局、酒醋面局、司苑局、浣衣局、银作局。除浣衣局外，各衙门皆设在皇城中。二十四衙门各设掌印太监、少监、监丞、大使、副使、典簿、令、丞、常随、奉御小内使等管理，是宫廷内侍奉皇帝及其家族的机构。
权力最大的是司礼监太监，而司礼监又有两个主要掌权太监，一个是掌印太监，一个是秉笔太监。秉笔太监替皇帝签字，但他没有掌印太监权大。而冯保一直做了三朝秉笔太监，一直等待着机会，他想做个掌印太监。但一心想专权的高拱也知道这个位置的重要性，就策动他的皇帝学生穆宗对后宫太监进行了相应调整。但让冯保失望的是，这次调整却没有他的份。在高拱的干预下，没有心计、比较老实的陈洪和孟冲后来居上做了掌印太监，这使得冯保暗自痛恨高拱，这也成为后来他报复高拱的主要原因。而张居正正是因为很早就意识到了内廷的重要作用以及太监们的地位，所以处处留心，借助内阁与秉笔太监的工作来往，及早地结识并讨好了很有野心又有心计的太监冯保。
而冯保呢，也看得很清楚，在穆宗时代他是没什么可能了，因为高拱是穆宗的老师。但一向喜欢学习的冯保把目光放在太子也就是后来的万历皇帝身上，他凭着自己的修养和学识甘当小万历的启蒙老师，又尽到了一个奴才应有的责任，是小万历的贴身保姆。他在各方面都对万历产生了很大的影响，达到了形影不离的程度，万历亲切地称他为“大伴”。就这样，冯保暗自记着高拱的仇，高拱却得意洋洋地做自己的内阁首辅大臣。直到隆庆皇帝穆宗突然驾崩，一切又像火山一样爆发了。随着皇帝的去世，宫廷内外朝廷上下发生了一次巨大的变化，有人称之为大政变。而这次“大政变”的最大赢家既不是老谋深算的高拱，也不是别有心计的冯保，而是深藏不露的张居正。
隆庆六年（1572年）五月的一天，穆宗坐朝的时候，站起来走了几步忽然倒下，语言含糊不清，就中风昏迷了，司礼监太监冯保急忙扶持穆宗回宫。随后，便召大学士高拱、张居正、高仪至乾清宫，由冯保宣读诏书，托付他们辅助嗣皇。穆宗在弥留之际，还专门召张居正到他的病榻前，握着他的手，久久不肯放开。不久，年仅36岁的穆宗便撒手人寰。张居正饮泣不止，在以后的日子里，愈加感到受诏辅孤责任的重大。
小皇帝万历刚一继位，高拱就发动了一次对冯保的弹劾案。原因是在冯保宣读的皇帝遗诏中，把自己升任成掌印太监，高拱就说诏书是冯保自己拟的，要求其他官员一起弹劾冯保。而且他还想通过改变行政流程来取消太监的大权，并想以此为突破口进行改革。改革在这时成为一个必然选择，差别在于不同的提法和不同的改法。但高拱的举措显得多少有些冒失，他一开始就想把最根本的问题在解决，这无疑是一种幼稚的想法。作为一个需要通过改革来中兴充满危机的明王朝的掌权大臣，他的这种行事方式迟早是要失败的。只不过没想到他的落马来得那么突然、那么迅速。
作为一个忠于朝廷的老臣，高拱的忠心是毋庸置疑的。但问题是他不懂朝廷是属于谁的，似乎朝廷专属于他的学生穆宗，穆宗一驾崩，他就痛哭流涕，像天塌下来似的，好像朝廷也因此完蛋了。因此，他随口一句“十岁的小皇帝怎么能治国啊”的感叹，好像在为穆宗申述自己的艰巨使命似的。但这句话落到冯保的耳朵里就成了把柄，他马上把这话转告太后。于是，戏剧性的一幕出现了，眼看着与权力中心又一次擦肩而过的张居正，在无望的等待中获得一个千载难逢的机会。
隆庆六年（1572年）六月十六日，这是一个令张居正刻骨铭心的日子，因为这一天成为张居正政治生涯中一个至关重要的转折点。这天清晨，新继位的十岁幼主神宗召集大臣到会极门，高拱匆忙赶去，没想到这也是一个让他死不瞑目的日子。冯保宣读了皇后陈氏、皇贵妃李氏及皇帝的谕旨：“大学士拱揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管，我母子旦夕惊惧。”限令高拱立即回籍，不许停留。没有一点儿思想准备的高拱，只觉五雷轰顶，当时就瘫在地上。
高拱一去，张居正升任首辅。六月二十三日，高仪病故，顾命大臣中只剩下张居正一人了。此时的张居正，无论是地位、资望还是能力、才学，朝内都无人能与他相比，可谓权倾朝野，誉冠群臣。
48岁的内阁首辅毕竟还很年轻，他的老师徐阶，他的政敌高拱，都是年近花甲才坐上这个位子的。为此，他内心暗暗庆幸，庆幸上苍对他情有独钟，庆幸机遇对他格外垂青。
张居正并没有陶醉在政治斗争的胜利当中，他知道自己面对的首要问题是巩固地位，并且利用皇帝年幼这一有利时机，将国家的大权把握在自己的手中。
巩固地位的关键之一是要得到与后宫关系密切的权宦冯保的支持，二是要取得皇贵妃李氏的信任。前者问题不大，他们在推倒高拱的斗争中已取得默契，因而后者是关键所在。
李氏为神宗生母，原为裕王府的一名宫娥，隆庆元年（1567年）三月才被穆宗晋封为贵妃。小皇帝凡事都听从母亲的意见，因此，结好皇贵妃李氏，便能取得皇帝的支持，以巩固首辅地位，总揽朝纲。
神宗即位不久，就召见张居正，并提出生母皇贵妃李氏的尊号问题。按照明代的制度，皇后应为皇太后，皇贵妃只能称太妃，一般不能加表示尊崇的徽号。但为了取得皇贵妃李氏的支持，张居正打破祖制，破例把尊皇后陈氏封为仁圣皇太后，尊皇贵妃李氏为慈圣皇太后，两宫遂无区别。万历六年（1578年），又加仁圣太后尊号仁圣贞鼓皇太后，加慈圣太后尊号慈圣宣文皇太后，两宫亦无区别。张居正因此博得慈圣太后的好感与信任。
神宗生母上尊号后，地位提高了，张居正便请她以太后身份移居乾清宫，亲自教养年幼的皇帝。这时，慈圣太后便将大权交给张居正，神宗也对张居正言听计从，尊敬地称他为“先生”或“少师张先生”，待以师礼。
善于把握时机的张居正将一切都安排妥当了。有了皇帝的支持，有了后宫的信任，还有内廷太监的配合，他还等什么？万历元年（1573年），大明王朝又迎来一个新的纪元，张居正也开始了他的新征程，开始了他的新政改革之路。
张居正从执政危机中胜出，与李太后、冯保结成铁三角，从此结束了内廷和外廷的明争暗斗，使统治集团的核心达到高度统一。他们有不同的地位、身份和利益，但在改革中都以大局为重，相互默契配合，几乎无懈可击。
张居正当政后，面临的是持续30年的混乱朝政，徐阶的败北前鉴不远，赵贞吉、高拱的狼狈离职也历历在目。距离他渴望的权力中心越来越近，可他却越来越有压力。以往强烈的使命感作用下的推力，如今已经渐渐变成强大的责任感及其带来的阻力。收拾这个烂摊子，肯定要面对很大的压力，这一点他早有清醒的认识。所以，总是步步为营小心翼翼，每一步都考虑得很周到，做到有条不紊。面对可能会出现的阻力，他早就做好了心理准备，一上任就告白自己的心情：“愿以其身为薄荐，使人寝处其上，搜溺垢秽之，吾无间焉。”对于即将到来的挑战，他已做好了经受大苦大难的准备，宁可做铺地的草席，任人践踏，也不放弃革新朝政的初衷。以这样的决心、毅力，怎能不打破常格，开创新局面！
24年前他上呈《论时政疏》，5年前再上《陈六事疏》，矢志改革的夙愿，经过二十多年的酝酿和准备，已经成竹在胸。如今大权在握，有了大展雄风的机会，怎能不大刀阔斧地推出新政？然而，令人意想不到的是，他最先宣布的不是变法，而是“遵守祖宗旧制，不必纷纷更改”。
尊祖制，重典治国
隆庆六年（1572年）六月以后，政权落到张居正手中。曾经豪言壮语“愿以深心奉尘刹，不于自身求利益”的张居正终于盼来了亲自操权开始改革的日子。面对即将到来的一切，他做好了充分的准备，就像和朋友书信来往时说的那样：“去年，当主少国疑之时，以藐然之躯，横当天下之变，比时唯知办此深心，不复计身为己有。”他以一种忘我的精神全身心投入，把自己彻底融入关系到大明王朝生死存亡的改革当中。
作为一个有谋略的政治家，他比其他愿意投身的改革者更大的优势在于，他清楚地认识到了内忧外困的根本原因。他认定嘉靖年间因为军纪废弛而导致的鞑靼入侵，以及后来隆庆年间广东、广西爆发的农民起义，一切的症结只是在于纪纲不振。所以，他开始提出的措施就是整饬纪纲，也就是要在官场发动一次整风运动。
在明代后期，本来是作为专权的皇帝考察官员的京察制度，随着皇帝的不理朝政，渐渐成了权臣互相争斗的武器。张居正认识到，只要京察的大权在手，便可以澄清吏治，整肃官场，为自己的新政扫清障碍。就在隆庆六年七月间，张居正奏请举行京察，五品以下的由吏部、都察院会同考察，四品以上的责令自陈。他准备以还京察于皇帝的祖制来获得自己在京察中的主导权。京察结束后，他又代笔写了一份诏书，让神宗下诏戒谕群臣，诏书全文如下：
朕以幼冲，获嗣丕基，夙夜兢兢，若临渊谷，所赖文武群臣，同心毕力，弼予寡昧，共底升平。乃自近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧为躐取之媒，鼓煽朋俦，公肆挤排之术，诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错，遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至于不振；九德何由而咸事。朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡，无党无偏，王道平平。”朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋依阿淟涊以随时，毋噂沓翕訾以乱政。任辅粥者当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路。典铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门。有官守者，或内或外，各宜分猷念以济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直以资听纳。大臣当崇养德望，有正色立朝之风；小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域；尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美钦？若或沈溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！
就是说，本来是作为皇帝左控臣子的一种权柄的京察制度，被一些拉帮结派的人搞坏了，成了他们钩心斗角的工具。这样下去内斗一直不止，怎能解决问题？现在，我作为新皇帝主持这一次典查，对官场进行彻底清扫，以后你们就各安其位，好好做事，不要整天想着怎么把谁整倒自己上去这一类的事情。大小官员都是一样的，你们都要各自自持，不要随便逾越自己的职责。如果谁要重返旧习，再搞朋党之争，不好好各司其职安心做事，那我可就要按祖宗制定的那些严厉法典行事了，到时候可别怪我心狠，我只不过是依祖宗法典行事而已，希望你们也按祖宗旧制做事，遵守旧有的典章制度。
张居正深知要想执行新政，就必须先稳定官场，使政令能够畅通持久。在倡导人治的封建体制下要达到政令畅通，就只有先稳定人事，使官员减少变动，以此来保障政令的持续执行。虽然这看起来是比较脆弱的维系，但在当时的条件下，这已经是唯一可供选择而且也是效果最好的选择了。