但是，与历代的改革家不同的是，张居正用来改革人事的方式是不改革，而是稳定为先，不主动有针对性地对官场进行改动，这就避免了反对派的人人自危。主政者拿稳了大权，就没有以拉帮结派的方式来维系自己的影响力的必要。张居正已经和冯保及太后形成了稳定的铁三角，扫除了自己的后顾之忧。所以，他也就不怕谁能撼动自己的位置，更没有必要和谁过不去了。
既然操权者不拉帮结派，其他的人也就不敢率先违制了，这就使官场从朋党之争的内耗中得到了解脱，获得了初步的稳定。张居正上台后没有遭到任何弹劾，这其中的原因主要在于他没有利用自己的大权去排除异己。看似可能会对官场大动筋骨的京察，最后以皇帝的谆谆告诫结束，并没有贬黜多少官员，这就使人人自危的局面很快得到缓解，大家虚惊了一场，之后都意气风发地准备好好大干一场。而且得到皇帝的许诺，暂时不会做大的变动，这样使所有的官员都获得安全感，大家的干劲更足了，张居正的凝聚力也随之增强。
托古改制是历代改革者惯用的手段，但一般的改革者如果没有全面的战略眼光，往往会把自己引入循环推理的旋涡，最终只能夸夸其谈，仍然解决不了实际问题。张居正始终坚持自己的原则，一切以解决当下问题为中心，他不为托古而托古，这就使得他在利用古制古人为自己说话的时候显得得心应手更胜一筹，往往使反对者只能无言以对，丝毫没有反抗的机会。
传统的儒士一掌权就想着怎么样把皇帝架空，进行所谓的王政仁政。殊不知，这种理论是基于战国时代各诸侯独自当政使得天下分崩离析的时代背景的，是以孔子为代表的儒家为了重新集中王权，对各诸侯提出的一种忽悠理论，为的是把诸侯架空，重新还政于执掌天下的周朝天子之手的一种策略。谁能想到后来的腐儒们要把这一招用来对付本身就是掌管天下的历朝天子呢，这正好达到了相反的功效，把天子架空了，天下因为权臣当道而又陷入纷争和内斗。
张居正对这些死读书的腐儒简直是咬牙切齿，而后来的所谓开明思想，又一味尊崇已经糅合了佛家思想尤其是禅宗思想的阳明心学，走向玄谈。这使得张居正在他的时代的流行文本中很难找到变革新政的可靠的理论支撑，他不得不求助于古人。这时，他饱读经书的那段经历派上了用场。他做什么事都是引经据典，从来不用自己的语言发表自己的见解，这或许是所有的现代学术大家惯用的计策。但在当时，张居正无疑是吃螃蟹的人。这样做，既达到了抵制反对者的功效，又顺便表明了自己的政见，可谓一举两得。
张居正准备实行大政，很多大臣也期待他实行大政。那些只会读圣贤之书的文弱之士，希望张居正能按孔子、孟子说的那样，敦促皇帝执行所谓的王政。但是，他们忘了朱元璋上台杀了多少儒士，朱棣又杀了本来是朱元璋留给辅佐建文帝的大儒生方孝孺。皇权和儒生本来就是对立的，因为儒生的那一套只有在削弱诸侯力量架空诸侯时对皇权有利，但他们现在却跑到本应该维护的地方大搞架空之术。这于情于理都是不合适的。
张居正根据现实状况提出的一些执政纲领很快就使这些儒士们大失所望，他们把现有问题的出现都归结为王道不行，但他们本身就不知道什么是王道，怎么行才算是行王道。他们纷纷议论：我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在看他的议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真使人失望。
张居正听了以后，只是一笑：“诸公真是太抬举我张某人了，我怎么能使国富兵强呢？孔子论政，开口便说‘足食’、‘足兵’。舜令十二牧曰‘食哉维时。’周公立政‘其克诘尔戎兵’，难道他们说的不是富国强兵吗？我如果像诸位所说的是在富国强兵，那岂不是完成了孔夫子的夙愿，实现了尧舜周公的遗嘱了吗？”
后来的这些儒生，只知道断章取义，高谈阔论，不注重现实：“剽窃仁义，谓之‘王道’，终涉富强，便云‘霸术’。不知王霸之辨，义利之间，在心不在迹，奚必仁义之为王，富强之为霸也？仆自秉政以来，除密勿敷陈，培养冲德外，其播之命令者，实不外此二事。今已七八年矣，而闾里愁叹之声，尚犹未息，仓卒意外之变，尚或难支，焉在其为富且强哉！”
这些以其人之道还治其人之身的做法，一次次地堵住了上层官员的非议，使得张居正在新政一开始就打开了局面。
张居正提出遵守祖宗旧制，其中的祖宗不是指近祖嘉靖，而是远在200年前的明太祖。众所周知，明太祖以重典治国，所任官员都要熟读《到任须知》、《责任条例》，明确职责。任满三年考核一次，六年再行考核，满九年实行通考。考核中“劣者劾以八法”，凡有贪、酷、浮躁、不及、老、病、罢、不谨的八关行为者，统统以不称职处理。值得注意的是，连浮躁、不检点都可能受到降级或罢免的处理，由此可见对官员审核的严格。对贪官污吏的惩罚尤为严酷，有凌迟、洗刷（滚水烫）、铁刷（铁扒）、袅令（钩脊）、抽肠、挑筋。贪赃六十两（约相当于今天的一万元）就剥皮塞草，放在大堂，以示惩戒。为了加强监督，还特地准许百姓扭送贪官上访，成百上千人进京，没有文引（凭证），也要放行，凡有拦截的官员一律治罪。这样发动民众监督，不惜动以种种酷刑惩办贪官污吏，其刑法之残暴，超过历朝各代。所以，明初的为官者，莫不兢兢业业，不敢越出雷池半步，确实肃清了官场，建成了高效、清廉的政府。
张居正看重的就是这高效、清廉的效果。在他看来，这是尽善尽美的法纪，是他梦寐以求的治国理想。所以，他极力讴歌、美化明初的法制。事实上，他没有也不可能恢复明初的严刑峻法，只不过用开国皇帝的业绩，针砭时弊，推进改革的大业。以先祖压后祖，形似向后看，实际是向前进，这可谓是托古改制的一大发明。“法祖”的提法，使改革赢得合法性的基础，可以义正词严、大刀阔斧地实施新政，但这口号本身也含有难以克服的矛盾，甚或束缚自己的手脚。例如，明太祖废除了宰相之职，而张居正本人就拥有宰相之权，发号施令，这是反对者经常利用的口实。然而，对于接踵而来的种种诘难，他都能够应付自如，一次又一次转危为安，这在后来事态的发展中有充分的表现。
重要的是，张居正以效法明太祖的名义，加强集权，伸张法纪，整顿官府，进行体制性的调整，使改革得到强有力的组织保障。
获得大权之后的张居正没有急于实行新政，而是先着手改革人事。但他改革人事的方法是一切不变，只是以新皇帝京察的借口整饬了一下官场的气氛。和一般的封建政治家不一样，张居正已经认识到体制的重要性，他要依赖的是体制而不仅仅是支持他的人。但要从制度上进行改革，那将面临巨大的阻力。所以，他推出了遵守祖宗旧制的办法。可惜祖宗旧制只是一些条条框框、典章规范而已，再好的条条框框、典章规范都必须有相应的制度进行配套才能彻底地发挥作用，不然只不过是欺人自欺的谎言而已。
张居正似乎也已经觉察了这一点，他不可能去改变或者完善连开国皇帝朱元璋都没有完善的制度，只有从条条框框典章规范的完善上着手了。为此，在完善人事制度之后，张居正紧接着开始了整修法度。
以信为先修法度
人事的稳定，尊祖的口号以及典章规范的提出，只不过是为新政制造舆论氛围和扫除上层官僚抵制的一种策略而已。这些都是为了名正言顺以及顺应儒家思想等的举措，只能起到造势的作用，还不算新政的真正开始。具体的新政执行必须依赖于一定的新的法规的出台及其执行，这就要用到法家的策略了。张居正在整饬官场风气之后，紧接着又开始修整法度，把新政往深层推进。
在上古时期中国的学术中，并没有众多的门派，只有一家，那就是天启的圣言，人们按照这些行事、生活。后来的国家也依赖圣王的治理，由此一直延续着尊贤慕圣寻道修行的习惯。但进入铁器时代，随着人们的定居生活，自然界对整个社会的影响日趋变小，致使人们不再敏感于变化无常的自然，进而失去了敬畏之心。没有了尊贤慕圣寻道修行的习惯，圣贤也就随之绝迹了。在战国的纷争中，原先的天启神授至高无上的言论权力被放开了，有见地的人们各抒己见，就出现了儒道法墨杂等各家之说。
但是，言论与执行之间只有一条联系，也就是不管有多少观点，最终被执行的只有一种，各家就争抢起来。其实，这种观点是从结果逆推得出的一厢情愿的解释，真实的情况往往是执行者并不按理论条框行事而是按实际需求行事的。所以，不管哪家的一厢情愿都是一种难以找到最终答案的假命题，这也就进一步加剧了各家的争夺，因为谁也说服不了谁，由此中国进入漫长的封建时代，也就是理论和实际相脱节的空谈时代。为了阻止这种纷争，使其不影响正常的社会秩序，皇权随之出现。
如果说上古的王权是天启神授的言辞的维护彰显机制的话，封建时代的皇权就是对后来人们的纷纭杂说屏蔽规范的机制。因为这些既脱离现实生活又不符合个人内心的空谈对社会秩序的存在和正常运行都没有实际意义。所以，从这个角度讲，整个封建时代就是皇权即维护正常社会秩序的机制与滥觞于战国时代的空谈理论的博弈过程。而各个朝代以及不同的朝廷仅仅是这种博弈的载体和战场而已，一旦一方忽视或忘记了自身的本来身份一切就将分崩离析，进入下一个新的循环。伴随整个封建时代的是皇权的一次次重新振兴和一次次衰落，随之而来的是空谈的一次次兴盛和被遏制。
在张居正所在的明朝中后期，皇权已经被空谈之风架空到了即将失去效力的境地。当时的空谈体系不光包括滥觞于春秋战国时代的儒道法墨杂，而且又加了一个已经在中国根深蒂固的很有本土特色的佛家，这使得空谈的气氛空前高涨。各地书院盛行，所谓的学者仅仅是些说书先生。而与此同时的欧洲，封建社会已经走到末期，伽利略等一系列对近代实务理论有重大贡献的思想家已经崭露锋芒，他们的学说虽然只得到很少的同时代人的认同，但却拥有影响后来的整个世界的潜力和持久生命力。当时盛行于中国的空谈，尤以王阳明的心学为代表，在当时盛极一时很受欢迎，追捧者趋之若鹜，就像天空刮过的一场狂风一样，古代的人们往往以洪水猛兽比喻这种空谈之风。但那种空谈不仅对当时社会现实无益，也没有影响到后人的生活，以至于现在已经隐没无闻。张居正在当时就已经认识到这种空谈之风的弊端以及皇权被架空的危险，他的一系列举措都致力于维护皇权至高无上的地位。正因为如此，才能免除那些空谈对社会实务的误导，并且借助皇权的力量从重新规范社会秩序的角度解决当时的社会问题。
而法规的执行必须要有威信的支持，面对明朝后期已经衰落的皇权，为了使已经没多少威慑力的皇帝诏文重新得到彻底的执行，张居正首先从重整朝仪加强皇权的威信开始。
社会的变革无非两种，自下而上的改朝换代和自上而下的改革振兴。这两种情况看似截然相反，但在重新集中权力这一点上是一致的。做到权事归一，有效地避免空谈误事，这是任何社会变革的终极目的，对于张居正的改革更是如此。如果没有强有力的集权措施，加强朝廷对各级机构的控制力，改革就是一纸空文。而封建时代的最高权力是以王朝朝廷的至高无上地位的形式出现的。所以，这时改革的出发点和归宿必须落脚在维护王朝的利益上，以此来确保皇权的有效存在，使权威有可能执行，并通过权威来革除闲谈，改变理论脱离现实的状况，使得所有的问题都被以正确的态度面对，用合适而且具体的方法解决。这样一来，由众多小事汇集而成的社会危机也随之消失，改革的目的也就达到了。
张居正入阁不久，就以《陈六事疏》进呈改革方案，万历元年（1573年）获得内阁首辅大权之后，他立即展开“振纪纲”和“重诏令”的举措，整顿法纪废弛的颓败之风，强调君不主令则无威，臣不行君之令则无法。以君主作为法纪和诏令的象征，并用威仪来体现至高无上的权力和诏令的神圣性。
威仪是皇权至高无上地位的体现和保障，没有威仪就体现不出皇权的至高地位，具体到皇帝本身或者某个朝廷也就没有了确保至高无上地位的保障。历代王朝的衰颓和一些皇帝的被篡位，都始于威仪的衰颓。作为以儒家思想为主导治国的各个朝代，按照孔夫子遗著的记载，都设立了繁琐的礼制内容。它有一系列烦琐的规范，涵盖名号、器用、礼仪等诸多制度。按明朝的祖制，朝贺、奉参都是大事，大臣们的跪拜行礼、进退揖让、山呼万岁有法定的程序，穿着佩带都有严格的品级序列，容不得任何疏忽或轻慢。明初的朝会，有五百名校尉列队在奉天门下纠仪，就像小学门口监察仪表的门卫一样，看谁穿戴不整，就要揪出来。如果稍有不慎哪天把扣子系错了，帽子戴反了，马上会被纠出去削官减职，有的可能还要论罪下狱。这使得当时的大臣们每次遇到上朝，就如履薄冰，唯恐有失礼仪。见完皇帝，如果在礼仪上没有什么差错平安归来，那就高兴得不得了。
可等到了明中叶以后，上朝时大臣们往往三五成群，嬉笑喧哗，肆无忌惮，甚至一些沿街叫卖的小贩也乘机混在里面拥入宫门。景帝即位时为此大发脾气，发榜文公示于城门，强调倘有不遵祖宗之法失仪的，必定“重罪不肴”。这时正值土木堡国难之后，百废待兴，也是明朝建国后的第一次整肃朝仪。到嘉靖、隆庆时期，由于皇帝长年不上朝，连朝参的程序、仪式都已遗忘，明初的赫赫威仪早已风光不再，臣僚们对朝仪不再存有敬畏之心，这正是皇权黯淡的征兆。
这次借着新皇帝上任，张居正就此大张旗鼓地整肃。万历二年（1574年），神宗接见廉能官吏，张居正安排以明太祖午朝之仪的大礼觐见。由于多年没有举行过这样隆重的典章制度，好多人都不熟悉相关程序。为此，张居正专门让礼部事先拟定程序，预先进行演习，力图重振威仪。在他主政期间，始终把君臣礼仪作为树立君威的重要手段。在《奉谕整肃朝仪疏》中，张居正引经据典，要人们效法孔子面见君主的敬畏之心，将为臣的敬事之道提升到诚惶诚恐的地步。