冯妙莲如此不择手段，逼走妹妹，目的是要得到孝文帝的专宠。果然，孝文帝对她“宠爱过初，专寝当夕，宫人稀复进见”（《魏书》卷13）。
其他嫔妃从此就很难见到皇帝了。
就在皇后冯媛被废不久，北魏宫中又发生了一件大事。原来被赐死的林夫人的儿子、太子拓跋洵（时年15岁），因与反对迁都的鲜卑大贵族穆泰有联系，图谋在北魏故都平城另立中央，事情败露后，拓跋洵被孝文帝废为庶人，旋赐死。另改立高夫人所生的儿子拓跋恪为太子。
拓跋恪被立为太子后，孝文帝不但不杀太子母，反而以汉族成例，母以子贵。当时拓跋恪的母亲高夫人正在代北。代北是鲜卑拓跋部族逐鹿中原的根据地，孝文帝拓跋宏迁都洛阳时，命令遣散嫔妃，这些人主要就安置在代北和平城。而今拓跋恪被立为太子，拓跋宏遂下旨派人前往代北，迎接高夫人入居洛阳。今皇后位虚，高夫人极有可能就是皇后的不二人选了。
冯妙莲千辛万苦，扳倒了自己的皇后妹妹，眼看皇后之位就要唾手可得。如今却横生枝节，到手的好事就要告吹，她岂能擅自收手？
她于是和自己的心腹双蒙商量，双蒙遂挑选了几名大内高手，偷偷潜出皇宫，埋伏在太行山麓汲郡的一条山道上。待护送高夫人的一队人马到达预定地点后，双蒙及其几名杀手突然窜出，还没等侍卫反应过来，就都一个个身手易地了，轿内的高夫人也被乱刀刺死。
消息传来，孝文帝震怒异常，责令地方官缉拿凶手。地方官查来查去，终无头绪。就捕获了几个劫道的蟊贼，屈打成招，上报结案了。
冯妙莲也假装悲痛，上书孝文帝，自请抚养太子。孝文帝当然没有想到这是冯妙莲的阴谋，就同意了她的请求。这样，冯妙莲顺理成章成为皇后，就是时间早晚的事了。
孝文帝戎马倥偬，冯妙莲淫乱后宫，彭城公主千里告嫂
孝文帝拓跋宏虽然是一个多情君王，但同时也是一位具有江山豪情的一代有为之君，他分得清儿女私情，不营营苟安于温柔乡中，他心中装的是一统天下的伟业。因此，自打亲政以后，他就经常率部南征，对宫中的冯妙莲自然关心呵护少了，她有种落寞孤寂之感。加之她本身水性杨花，颇不自重，还在她尼庵养病其间，就不甘寂寞，与为她治病的中官高菩萨勾搭成奸。现在孝文帝戎马倥偬，频年在外打仗，不在洛阳，冯妙莲这个只专注于感官刺激的女人，寂寞难耐，旧病复发，就趁机与高菩萨苟合在一起，“后遂与中官高菩萨私乱”。高菩萨其实是一个净身不彻底的假宦官而已，两人初始还有所隐瞒，但色心能壮熊人胆，久之，便在后宫公开同居，夜夜春宵。孝文帝还浑然不觉，并于太和二十一年（公元497年）冬，在他再次南征之前，在太庙举行隆重的册封大典，册封冯妙莲为皇后。
冯妙莲机关算尽，总算如愿以偿地登上了她朝思暮想的皇后宝座。
第二年春夏之交，当孝文帝行至汝南，偶感风寒而病倒，冯妙莲得知消息后，一点也不为孝文帝担心，反而认为是个机会，就与高菩萨公然在宫中恣情淫乱，任意胡来，“及帝在汝南不豫，后便公然丑恣”。高菩萨很有手腕，善于笼络人心，因此，宫中竖宦，多是其爪牙。冯妙莲也用重金收买、培植了一批党羽，他们互相勾结，狼狈为奸。尽管冯妙莲的秽闻播扬宫中，但慑于权威，无人敢置一喙。
只有一位中常侍剧鹏，是位具有良心的宦官，他实在不满冯妙莲的丑行，于是好言规劝，皇后乃国体所系，劝其持重，却被冯妙莲骂了个狗血喷头，以致他“愤惧致死”。
当孝文帝及大军在悬瓠一带休整时，在洛阳宫中的宦官刘腾匆匆跑来，求见孝文帝。一是洛阳局势紧张。留居首都的太尉李彪专权恣事，被仆射李冲囚禁在尚书省内，并上书历数李彪罪过，请求孝文帝将其处死。二是宫闱失德。皇后冯妙莲与高菩萨淫乱中宫，闹得满城风雨。对李冲与李彪之事，孝文帝认为二人行事皆有过错，但李彪罪不至死，可以撤职了事；而对皇后失德的密报，孝文帝则半信半疑。但几日后，皇妹彭城公主忽然又从洛阳城冒雨前来求见。孝文帝颇感蹊跷，慌忙召见，了解皇后与宫中事宜。
原来，冯妙莲的弟弟、北平公冯夙，看上了孝文帝的妹妹彭城公主，想娶其为妻。彭城公主姿色绝伦，明艳照人，嫁给宋文帝刘义隆的孙子刘承绪为妻。只可惜她命运不济，没两年刘承绪即因病而亡，彭城公主“年少嫠居”，成了寡妇。
冯妙莲就想趁着孝文帝不在洛阳之际，以皇后的身份，出面劝漂亮的彭城公主嫁给自己的弟弟。但彭城公主嫌冯夙人品低劣，誓志守节。彭城公主不给冯妙莲面子，冯妙莲大为恼火，就想让冯夙强娶公主，日子也已定下了。
彭城公主在宫中孤立无援，情急之下，便偷偷带着十余名侍从，冒雨出奔，赶赴汝南，向孝文帝哭诉陈情，求孝文帝作主。
“因言后与菩萨乱状”。把冯妙莲淫乱后宫的丑事，毫不保留的全部倾泻而出。
孝文帝听后才知传言非虚，惊愕至极，也气得七窍生烟。不过，孝文帝考虑到皇家的面子，只隐忍在心，没有即刻发作。孝文帝遂提拔刘腾为冗从仆射，但也因为急怒攻心，病情加剧了。
当冯妙莲得知刘腾和公主投奔孝文帝后，大惊失色，如坐针毡，她知道孝文帝知道自己的丑闻后的结果，就赶紧请母亲常氏拿主意。常氏一女流，能有什么好主意。中国历来的宫廷，最流行也最阴毒的就是巫蛊之术，向以为灵验。于是，母女二人就请了一个着名的女巫，让她对着孝文帝的木偶像大行巫术，诅咒孝文帝自此病死，并希图援引文明太后故例，另立少主临朝称制，自己做第二个文明太后。
但似乎这巫蛊之术也不起作用，孝文帝率领三军很快到了洛阳附近。
冯妙莲惊慌失措，急得心急火燎。她一面重金收买知情人员，与他们订立攻守同盟，严防隐私外泄；同时为了侦探孝文帝的情况，一面以皇后特使的名义，多次派心腹双蒙、苏兴寿到军中探望、慰问孝文帝，借机打探皇帝是否已经知情。孝文帝为免打草惊蛇，对宫中之事佯作不知。而暗中，孝文帝将计就计，策反了苏兴寿。苏兴寿遂将皇后与高菩萨通奸的细节，像叙述小说的情节一样，一五一十地都禀报给了孝文帝。
冯妙莲奸情败露，孝文帝杀心顿起。
孝文帝回到洛阳后，征尘未洗，就立即拘审高菩萨、双蒙、女巫等六人。在严刑拷问之下，“迭相证举，具得情状”，尽得皇后通奸之实。孝文帝气郁填胸，伤心过度，加之旅途劳累，就又病倒了。
当天晚上，气得发昏的孝文帝，决定在含温殿亲审冯妙莲。
孝文帝是一个深情之人，他想知道，他对皇后那么恩爱，她为什么还要背叛自己？但他同时也深知，冯妙莲现在已是一只困兽，她会在自保不了的情况下，会做出最后玉石俱焚的抗争。俗云：自古奸情出人命。因此，孝文帝也是戒心十足。他交代身边左右侍卫，待皇后入宫后，严加搜身。如果发现皇后身上带有凶器，不待圣旨，就可立即处死。
冯妙莲当然知道反抗亦是徒劳，只会给孝文帝以动粗的口实。而眼泪是女人攻击男人最犀利地武器，她泪水涟涟，跪在龙床前，不停谢罪，满脸都是忏悔的表情，诉说着与皇帝昔日的恩爱，为自己的出轨辩护。这一招果然奏效，孝文帝盛怒严峻的表情渐渐有所松弛，他好长时间没有说话。显然，在这沉默的背后，是他波翻浪涌的思想斗争，有那么一刻，他竟产生了动摇，几乎就要赦免冯妙莲了；但他最终无法忍受皇后带给他的奇耻大辱，他的心在颤栗，他下了要惩治她的决心。
孝文帝脸色铁青，愤怒地指责她，说：“你做下如此无耻之尤之事，却无一点痛悔之意，你对得起朕吗？”并把高菩萨等人的供状向她朗读了一遍。冯妙莲还想狡辩，孝文帝不耐烦的挥手制止了她。
他让冯妙莲坐在东楹之下，然后示意把高菩萨一干人等押解进来，跪在殿前，与皇后当面对质。在事实面前，冯妙莲尴尬万分，面无表情。
孝文帝说：“你不守妇道，秽乱宫廷。实属十恶不赦；又和你的母亲在宫中施巫蛊之术，诅咒于我，蛇蝎之心，有过此乎？你只有老实交代问题，不要心存侥幸。”
冯妙莲见事已至此，再也隐瞒不下去了。说，她可以据实以告，但要屏退左右。因为这是皇家隐私，不能让外人知道。
孝文帝依她之言，屏退左右，让她独自招供，身边只留下长秋卿白整护卫自己。
但冯妙莲害怕白整听到，仍不肯开口。孝文帝就用棉絮把白整的耳朵塞住，并在他身边连叫三声，白整毫无反应或佯装毫无反应。冯妙莲这才开口，把自己的丑事向孝文帝来了一次痛快淋漓的倾诉。并不住地向他磕头，请他原谅。
孝文帝听着冯妙莲的招供，气得脸都绿了，心如刀割般难受。骂道：“人无廉耻了，就是魔鬼也懒得招惹她啊！”说完，一口鲜血从口中喷出。白整急忙出手救助，孝文帝稍稍镇定一下，走出含温殿，让等在外边的彭城王元勰、北海王元详进屋。彭城王、北海王有些犹豫，孝文帝说道：“昔是汝嫂，今为路人，但入勿避！”
彭城王、北海王刚刚入座，孝文帝就指着冯妙莲骂道：“皇后失德，把刀插到我的心上，但我不忍心废她，怕太后九泉之下寒心。现在你们拷问她，让她一个人在宫中闲坐，如果这贱人还有羞耻之心的话，就会自我了断。不要以为我对她还有情义。”
孝文帝天性仁孝，最终念及文明太后生前恩德，以“文明太后故，未行废”，没有废掉冯妙莲的皇后封号；多情的孝文帝又念及两人先前曾有的情爱，也不忍心将她处死，仍让她留居宫中，仍受诸嫔妃参拜，只不过严加看护起来，实际上等于是软禁。
但高菩萨则予以处死，以绝冯妙莲之念。
冯妙莲虽然失宠了，但皇后派头不减，在宫中依然颐指气使，趾高气扬。孝文帝曾让宦官传话给她，她认为这对她是一种侮辱，就不满地说：“我是皇后，国体所系，有话应直接来跟我说，让阉人转达，成何体统。”孝文帝听到反馈后，气得直跺脚。他把冯妙莲的母亲常氏唤进宫来，要她约束自己的女儿。常氏无奈，就用拐杖痛打冯妙莲，一直打了100多下，直打得冯妙莲浑身鲜血淋漓、皮开肉绽方才住手。
英武帝王竟被出轨的皇后气死
孝文帝经过这次事件的沉重打击，忧积于心，心灵深受刺激，身体每况愈下，常思及此，每每咳血不止。
北魏太和二十三年（公元499年）3月，孝文帝再次带病南征，在新野大败4万南齐军。然而就在三军庆贺胜利之际，孝文帝却在军中突然病倒。大军回撤到一个叫谷塘原的地方，孝文帝已是三昏三迷，自知朝不保夕。弥留之际，向彭城王元勰、北海王元详嘱托后事：“我命危矣！旦夕间事。太子幼弱，望卿效汉之霍光，辅佐太子。”之后又说：“皇后自绝于天，背悷人伦，失德已久，若不除掉她，恐难以为制，必为祸患。我死之后，可赐皇后自尽别宫，为保全冯家颜面，可以皇后之礼安葬，庶掩冯门之大过。”又遗诏遣散后宫三夫人以下所有嫔妃，让她们自由地择人而嫁。
499年4月，一代有为之君孝文帝，带着江山未能统一的深深遗憾和对皇后冯妙莲失德不贞的深深怨恨，在谷塘原匆匆离世，年仅33岁。在位29年，亲政９年。
彭城王元勰传令三军缟素，当孝文帝的灵柩到达鲁阳（今河南鲁山县）时，彭城王元勰委托北海王元详，快马奔赴洛阳，向皇后“奉宣遗旨”，赐其饮鸩自尽。
冯妙莲惜命，不肯就死。且奔且号，“长秋卿白整等入授后药，后走呼，不肯引决”。她哀求白整，“皇帝不会这么做的，是诸王辈要杀我！这是阴谋，你不要被他们利用。”白整哀痛孝文帝的英年早逝，又十分愤恨冯妙莲的淫荡无耻，就上前抓住冯妙莲的衣袖，趁她大喊大叫的时候，猛然将鸩酒灌进她的口中。“强之，乃含椒而尽”。冯妙莲挣扎了一会儿，就气绝身亡。
这个恃宠而娇，狠毒淫荡的女人，终于得到了应有的报应，死时年仅30岁。谥号幽皇后，陪葬在孝文帝的长陵（今河南临汝）。
咸阳王元禧闻听皇后死讯，如释重负，击掌笑道：“若无遗诏，我兄弟亦当做计去之。岂可令失行妇人宰制天下，杀我辈也？”冯妙莲的无耻行径，已到了何等令人忍无可忍和切齿痛恨的地步，即使孝文帝未留下遗诏，人不灭之，天也不会饶恕她的。