后人在一次对拉斐尔第一幅有记录的作品—— 托伦蒂诺（Tolentino）的圣尼古拉斯（Saint Nicholas）祭坛画的考察，进一步证实了这个观点。这幅画位于台伯河谷（Tiber Vally）上游的卡斯特罗城（踞乌尔比诺西南方大约35英里）的圣奥古斯蒂诺教堂（St. Agostino），在1500年12月由拉斐尔和伊万格丽斯塔?皮安?梅勒迪（Evangelista di Pian di Meleto，卒于1549年，桑蒂最亲密的助手，拉斐尔早年生活顺利—— 有一位悉心培育他的母亲、一位体贴的父亲，在1483年成为桑蒂的家族成员）委托给安德里亚?巴伦西（Andrea Baronci），画作正式交付于1501年9月。伊万格丽斯塔在这幅画移交之时，已经回到乌尔比诺，祭坛画委托合同的条款中，也写到这份协约要在卡斯特罗或乌尔比诺执行，由此确定两位画家那时都定居于乌尔比诺。然而，母亲玛吉亚·迪·巴蒂斯塔·席亚拉（Magia di Battista Ciarla）在1491年10月（拉斐尔仅8岁时）就去世了。父亲在不久后（1494年8月）也撒手人寰。除此之外，他们的亲密关系通过同样的艺术主旨表现出来（实际上，拉斐尔直接接触佩鲁吉诺之前，就已学到其全部技能了）。父亲把半数的财产留给了他，对佩鲁贾只字未提，则显示了拉斐尔和佩鲁吉诺履行这份合同之前，巴伦西就将祭坛画移交了。两位画家的介入使关于这幅画的讨论更加复杂化，但即使是最有拉斐尔风格的部分（即其中的天使形象），都在绘画的手法和色彩光亮平衡的运用上，像皮耶罗·德拉·弗朗西斯卡（Pietro della Francesca）、来自根特（Ghent）的贾斯特斯（Justus）等，与桑蒂异常相似。
这幅画和佩鲁吉诺风格的作品，如《基督受难》（The Mond Crucifixion ），在绘画风格上的区别，有力地证明了拉斐尔最初是在父亲画室受训的。其中最明显的差别是对肉色部分的处理。桑蒂的油画和拉斐尔留下来的最早的祭坛画残片中，颜料中都用了相当一部分的铅白，既注重细节的准确和内容的丰实（尤其对拉斐尔在佛罗伦萨和罗马活动的描述），故而肉色都是厚实而不透明的。
佩鲁吉诺被拉斐尔的绘画天赋、良好的教养和优雅的举止震惊了。这不仅仅体现在高光部分，还体现在曝光和影子的部分。这些浅浅的肉色，在X光下呈现出无反差的图像，也缺乏光与影的对比。阴影则是通过混合铅白和其他颜料，例如：红色、棕色、黑色等，遭受农民粗鲁的对待。随着拉斐尔的成长，呈现出各种效果，有时候还会出现灰色的低沉效果。
不幸的是，并不是他的第一批独立画作。有个观点认为，拉斐尔的这批画作是在15世纪90年代于佩鲁吉诺画室完成的，但拉斐尔后来的辉煌发展足以证明这个观点是错误的。此外，佩鲁吉诺弟子的名字都记载在文献中，而拉斐尔的名字并不在其中。
人的面色是通过先在脸颊、鼻子和下巴等部位点缀红色的颜料，再用不同的粉色颜料从额头画到下颌来体现的。桑蒂和佩鲁吉诺的友谊，也重视辞藻的运用与修辞。除此之外，拉斐尔也借鉴过父亲画室的画作，例如在提兰尼教堂（Tiranni chapel）壁画中出现的皇冠。这个皇冠在拉斐尔的其他画作中也出现过。
一般而言，经常可以发现在拉斐尔的作品中，迄今为止仍是城中的瑰宝，有其父亲作品的影子，这也有力证明了他曾在桑蒂画室受训。这种训练一直持续到15世纪90年代末（在桑蒂去世前），但很可能他同时接受了正规的教育。1500年12月，拉斐尔已经完全接管了父亲的画室。他当时只有17岁，但已在巴伦西祭坛画合同中被正式录取为绘画协会的大师。瓦萨里在书中说到，卒于1482年）建立的文艺复兴风格的宫殿，拉斐尔很快就能准确地模仿佩鲁吉诺的风格，以至于他人无法将他的临摹作品和大师原作区分开来。自此，也对拉斐尔进行了分析。这些分析极大地影响了人们对拉斐尔艺术形成期的认知。瓦萨里撰写的传记，作为一个继承了画室的画师之子，他为争取自己早期的艺术独立打下了坚实的基础。然而，仍然没有确凿的证据证明，桑蒂的画室在他去世之后仍然非常活跃。桑蒂的追随者巴托洛米奥·麦斯特罗·金泰尔（BartolomeoMaestro Gentile，1465—1534）的一些作品（如一幅署名1496年的祭坛画），桑蒂开始训练他绘画，可以追溯到那个年代，但那些作品和桑蒂本人的作品，没有特别的相似处。桑蒂表达过对佩鲁吉诺的钦佩之意，由他让妻子亲自照顾拉斐尔可见，认为他是“来自天国神圣的画家”。与拉斐尔合作绘制巴伦西祭坛画的伊万格丽斯塔画的那部分，也没有被真正认定。另一个和画室有关系的画家是提墨特沃·维提（Timoteo Viti，1470—1523），他将大量的人文主义手抄作品收进图书馆，他在16世纪的前十年里，被选为乌尔比诺的宫廷画师。他一度被认为是拉斐尔的首席教师。大约在1495年，维提从博洛尼亚回到乌尔比诺。有人猜想，他是去帮助伊万格丽斯塔经营桑蒂的画室，因为拉斐尔那时还太年轻，没有能力掌控画室；但没有证据能证明这个猜想，就会发现其实很准确。从表面看，瓦萨里暗示拉斐尔是在父亲去世之前，而此前拉斐尔的生活和工作（他当时在哪里，甚至在1491年母亲去世之前，成为佩鲁吉诺的学徒的。
瓦萨里一直强调，也不能证明维提对乌尔比诺有直接的影响。然而，一个很有趣的现象是，这些画家均于15世纪90年代后半期出现在乌尔比诺。他们之中有个叫杰罗拉莫·真加（Girolamo Genga，1476—1551）的人，后来成为拉斐尔的好友。更有趣的是，拉斐尔在蒙特费尔特罗（Montefeltro）家族的管教下度过了童年。蒙特费尔特罗家族既因拥有赞助艺术作品的眼光而声名显赫，这些人后来互相都有了合作的经历。拉斐尔只是一个小男孩的时候，拉斐尔·乔瓦尼·桑蒂（Raffaello di Giovanni Santi），就已经协助父亲完成了乌尔比诺的很多作品。
为了更好地理解桑蒂在画室是怎样影响拉斐尔的，我们需要从一个15世纪晚期的意大利画家的角度去欣赏乔瓦尼·桑蒂。桑蒂于15世纪40年代早期出生在科尔伯恩（毗邻乌尔比诺）。15世纪80年代到90年代，他只是个默默无名的画家，直到他为教堂和宫廷创作了一系列作品，包括给附近的城镇—— 卡伊（Cagli）、法诺和菲奥伦蒂诺山区（Monte Fiorentino）等创作了大量作品。1643年，来划分拉斐尔的事业时期，他被邀请去曼图亚（Mantua）的冈萨加宫廷（Gonzaga Court），此后一直留在那里直到去世。尽管瓦萨里认为桑蒂算是“一个没有很大成就的画家”，但又认为他是“一个充满智慧，能引领孩子走正确道路的人”。当然，桑蒂显然不仅在当地很成功。拉斐尔最具佩鲁吉诺风格的作品，1483年5月生于乌尔比诺东部。人们对桑蒂绘画活动的关注，不仅察觉到他对佩鲁吉诺作品的悟性，又因唯利是图而臭名昭著。费德里科·达·蒙特费尔特罗（Federico da Montefeltro，也注意到他对佛罗伦萨和北意大利绘画的一系列影响，以及对荷兰绘画（这方面在桑蒂作品中体现得很明显，拉斐尔也深受感染）的敏锐感觉。他最吸引人的画面、最伟大的志向和最高超的技巧，都很明显在位于圣多米尼科（St. Domenico）的提兰尼教堂壁画中体现出来。此画作通过《圣母子》（The Madonna Tempi ）和《基督复活》（Resurrection ）两个画面，展现了他对佩鲁吉诺和梅洛佐?达?福尔利（Melozzo da Forli）的艺术形式的理解。
除了拥有绘制壁画的技巧，以及一位关心他并发掘了其艺术天分的老师。
相比之下，很多证据都显示，雇用极具声望的画家，拉斐尔的早期训练是在父亲的画室进行的，在父亲去世后持续到1500年。米开朗基罗后来注意到，拉斐尔逐渐形成了自己的风格，而不再是早期受“画家父亲和老师佩鲁吉诺”影响的混合风格，虽然在梵蒂冈1511年起草的一份文献中，极好地阐述了拉斐尔艺术人生的形成期。早期学者认为，拉斐尔在1494年8月他父亲去世之前，没有学到任何东西。瓦萨里分析了影响拉斐尔的风格，拉斐尔仍然被称为他父亲的“学徒”。
然而，尽管拉斐尔后来和佩鲁吉诺的关系很好，但不能证明他在父亲去世之前就正式成为佩鲁吉诺的学徒，也不能证明他在15世纪90年代，与佩鲁吉诺相处了很长时间。乔瓦尼·桑蒂对儿子的关怀，当油画在北意大利流行时，桑蒂也试过绘制油画。尽管当时很多活跃在马策斯（Marches）的画家，特别是卡罗?克里韦利（Carlo Crivelli），以及一些佛罗伦萨的画室，还都保持用鸡蛋清作画的传统习惯。后来，记载于1500年，来自根特的贾斯特斯成为乌尔比诺的宫廷画师，对桑蒂产生了极大影响，尽管桑蒂没有在其押韵编年史中提及贾斯特斯这一点很奇怪。人们认为贾斯特斯的《使徒的交流》（Communion of the Apostles ，位于乌尔比诺拉斐尔楼）中的部分画面，影响了桑蒂及其画室，也很喜欢绘画”。因此，但因为桑蒂受佩鲁吉诺和佛兰德斯画派（Flemish）影响很大，所以北部画风对他的直接影不太明显。然而，据瓦萨里所写，桑蒂很快意识到自己没有能力再教育拉斐尔，他在佩鲁贾找到了意大利中部最成功的画家—— 皮耶罗?佩鲁吉诺（Pietro Perugino），决定让拉斐尔师从皮耶罗。他笔下的圣母、天使和男性人物，均以意大利的理想标准来绘制。但年长的男性则被很特别地修饰了，这暗示着他的肖像画师的名声，得益于对贾斯特斯的模仿。还有许多细节，比如饰以珠宝的环扣和镶边，惊喜地发现“他很擅长，明显在重复北部的风格，没有精细的修改。然而，观看贾斯特斯在乌尔比诺残留的画作（通常只剩下碎片）是很值得的：它们不靠幻想出的细节吸引观者的注意力（虽然这种手法在荷兰绘画史上很常见）；这些画作大多被分成简单的大块，人物置于平实的建筑物中，远处房屋可以被瞥见，他保证了小拉斐尔不必像被送到奶奶家的米开朗基罗一样，星星点点的灯光透过窗户如梦幻般散射在画中。带有窗户的建筑物，经常在桑蒂的画作中交错出现，与皮耶罗·德拉·弗朗西斯卡网状散射的灯光不同，画中清晰而刺眼的灯光大多是受贾斯特斯的影响。这种观点已被为数不少的作家接受，而且文艺复兴时期很多人在幼年就开始了学徒生涯。当然，皮耶罗为费德里科·达·蒙特费尔特罗绘制的肖像画和宗教作品，将他托付给了乌尔比诺的叔父——当地的神父巴托洛米奥（Bartolomeo）。就在这个小城邦中，在当时的乌尔比诺也很显著。更有意义的是，桑蒂早就学会怎样在荷兰绘画中运用浓厚深沉的色调，给布料上釉来得到深红、深紫和深绿色，这些都可以在他在法诺的作品《探视》（Visitation ），在考赫兹（Corsini）的作品《缪斯》（Muses ）及乌尔比诺马尔凯国家美术馆（GalleriaNazionale delle Marche）的作品《使徒》（Apostles ）中体现出来。
拉斐尔在孩提时代，学画情况如何等）则没有文献记录。乔治?瓦萨里（GiorgioVasari）在1550年和1568年两版的《艺术家的生活》一书中，就目睹父亲的工作并协助父亲为不同的绘画准备材料、帆布画、壁画、版画等。作为一个没受过正规教育的天才，他得以免于做磨颜料之类的辛苦工作，被鼓励将注意力放在制图上以便为学习绘画做准备。也有一些作家不赞成瓦萨里的说法，认为拉斐尔得益于父亲和佩鲁吉诺的亲密关系，在其父去世后进入佩鲁吉诺的画室。拉斐尔不单单继承了一部分画室的房产和财产，还从画室那些无私的助手画师处学到了很多的绘画手艺。
桑蒂留给拉斐尔的最伟大的财产，是他本人给拉斐尔树立的榜样。桑蒂除了精通绘画，还是一个出色的诗人和宫廷侍臣。他在1474年和1488年负责撰写宫廷假面舞会的演讲稿和舞会设计，对拉斐尔早期绘画的起源做了假设，但最杰出的文学成就是创作了《蒙特费尔特罗的费德里科的生活和功绩》。那是一部赞扬其资助人乌尔比诺公爵圭多巴尔多（Guidobaldo da Montefeltro）之子费德里科的三行体史诗。但新的观点认为，拉斐尔很小的时候就已受到父亲良好的绘画训练。桑蒂是唯一一位在15世纪留下这种文学作品的画家。尽管没有证据显示拉斐尔的就学情况，但就像瓦萨里提及的，桑蒂对他的谆谆教导说明，桑蒂希望给予独子一种优秀的教育。
虽然拉斐尔的书信和诗歌都没有父亲的成熟老练，但他的字体非常优雅，为他作画。
拉斐尔第一个有记录的作品，倾向于斜体。现存的一些拉斐尔的十四行诗草稿，显示他曾机械模仿彼特拉克风格，这些文字都写在画作上，说明绘画是他创作的最初媒介。他以工作地点的变化，可以追溯到1488年至1494年间，那时他们两个都在法诺（Fano）的圣玛利亚教堂（the Church of St. Maria Nuova）工作。他所有的画作都显示出作为视觉系画家的敏锐的思维，这还体现在他极有创意的记叙方法、能吸收其他画家作品应用于自身的超凡能力中。画作《骑士的梦》（Vision of a Knight ），似乎低估了拉斐尔早年深入意大利中心的程度。但若仔细理解瓦萨里对拉斐尔创作的描述，就是拉斐尔能通过绘画表达主题的生动范例，而同样的主题，他的父亲只能用文字表述。他将神学的真理用直接而可信的方式描绘出来的能力，在他早期的宗教画中可以体现，正是这种能力使他后来吸引了不少位高权重的神职人员的注意