清廷先是将崇厚革职拿问，交刑部治罪，继则把崇厚定为斩监候，待秋后处决。并宣布崇厚所签订条约违反圣意属于越权，一切都将重新慎重商议。至此，沙俄的阴谋彻底破产了。
光绪六年正月初三日（1880年2月12日），清廷又派驻英、法公使曾纪泽兼任驻俄公使，前往彼得堡重新谈判，挽回利权。同时令左宗棠做好军事准备，应对随时可能发生的变化。
抬着棺材出关
光绪六年四月十八日（1880年5月26日），左宗棠接到诏令后，立即调兵遣将，亲率大军离开肃州（今酒泉市），出嘉峪关向哈密挺进。
此时，左宗棠已经是68岁的高龄，而且还是抱病出关。但他丝毫不在意这些，心中只想着一件事，那就是不惜一切代价收回伊犁。
为了表达自己的抗俄决心，在快要出发时，左宗棠特意为自己做了一口黑漆棺材，让亲军抬着随军队前行。
征战沙场的军人随时都准备为国家抛头颅洒热血，不成功，即成仁。左宗棠此举就是庄重地告诉部将：马革裹尸是一名军人最好的归宿。黑漆棺材就是他左宗棠成仁的归宿地。
左宗棠的这种誓死扞卫祖国主权和领土的豪情壮志让每一个国人都心潮澎湃，手下的官兵个个都摩拳擦掌，发誓要与敌人抗争到底。
光绪六年四月二十一日（1880年5月29日），左宗棠领兵到达玉门。从古到今，人们到了这里总免不了产生一种凄凉的心情。因为沿途所过之地都是人烟绝迹、草木稀疏的沙漠。
但左宗棠的脸上没有凄凉，他豪迈地吟道：“壮士长歌，不复以出塞为苦”，“虽知壮不如人，而孤愤填膺诚有不知耄之以及者”。这些豪言壮语竟然出自一位年近七旬的古稀老人之口，让人不由得竖起了大拇指，佩服之情无以言表。
五月初八日（6月15日），左宗棠的大军行军一千五百里，到达哈密，并在哈密城郊的凤凰台设下指挥部，誓与沙俄决战。左宗棠此行已经是国人皆知的壮举，所以当地百姓不论老幼都纷纷前来迎接。
左宗棠顾不上旅途劳顿、肝病复发，才到达哈密就开始部署三路进兵以收复伊犁的军事计划：一路由金顺进驻精河从正面佯攻，以牵制俄军主力，且防俄军向东进犯；一路由刘锦棠经乌什越冰岭直赴伊犁西面的后路；一路由张曜从阿克苏越过天山进击伊犁南部。
收复北疆和南疆的功绩让左宗棠对手下的这支部队充满信心，所以对这场战事也是信心满满，他坚信这一定是他军事生涯新的里程碑。
清廷的举动大出列强的意料，他们搞不明白软弱的清政府啥时候长本事了，敢对签订的条约提出异议，还大张旗鼓地摆出开战的架势。必须要敲打敲打这头睡狮了。
正当左宗棠为收复伊犁积极备战之际，列强的胁迫和俄国的武力进逼让清政府一改以往在新疆问题上的强硬态度。
首先，西方列强纷纷抵制清政府对崇厚的处置，英国女王维多利亚还亲自给慈禧太后写信为崇厚求情，俄国也以不同曾纪泽谈判为由，要求赦免崇厚。无奈，清政府只好宣布免去崇厚的斩监候之罪。
其次，清政府虽然做出了让步，但列强并没有停止对中国的军事威胁。沙俄派遣海军上将列索夫斯基率23 艘军舰来华，并增兵东北边境，宣称要联合日本，封锁辽海，进攻北京。
还有，英人戈登也开始游说，他曾任“洋枪队”头目，与李鸿章的私交不错，他此时受清政府的聘任，为中俄伊犁交涉调停。戈登到天津面见李鸿章，威胁说：“如果你要作战，就把首都从北京迁到中心地带，并且做好作战五年的准备。”
戈登的游说吓坏了李鸿章，立即上奏道：“都城距海口太近，洋兵易于长驱直入，无能阻挡，所以，一日以北京为都，则一日不可与外国开衅。”
面对来自各方面的压力，清政府心虚了。
如果战争爆发，左宗棠在新疆也许能够击败俄国。但是在蒙古、黑龙江等地就不一定能够取胜，就会危及京城的安全。新疆距京师万里，胜了又有什么用呢？最重要的是保证京城的安全。
再说，清政府不愿意看到两军长期对峙的局面，因为沉重的军事负担会把这个已经千疮百孔的王朝压得喘不过气来。
结果就很明显了，列强的压力起了作用，清廷的立场开始动摇了。想要让这头睡狮醒来太困难了，一个左宗棠的力量远远不够。
七月初六日（8月11日），清廷把左宗棠急召回京，理由是俄国人挑衅，局势危急，朝廷需要有军事经验的重臣出谋划策。
其实，清廷这样做的目的是怕左宗棠擅自出兵伊犁，挑起战端，影响和谈的进程。还有就是调左宗棠回京，以便应付俄人从东北和沿海方面对京畿可能发动的攻击。
当左宗棠接到这道谕旨后，一下子瘫坐在椅子上，半晌说不出话来。
临战易帅，这是兵家大忌，清廷不是不懂这个道理，这恰恰说明了清廷武力抗俄的立场有所改变。
左宗棠轻抚着那口黑漆棺材，流下了眼泪。他埋怨清廷的软弱，也遗憾自己不能实现马革裹尸的愿望。
军令如山，左宗棠虽然满是失望，但对主战仍然抱有一线希望。他同继任督办刘锦棠会商新疆的布置事宜、移交饷事军务后，在十月十二日（11月14日）从哈密启程入关。
为了加强京畿的防务，左宗棠命令他的亲军一千四百多步兵和六百多马队随后入关。经兰州交卸陕甘总督篆务后，在十二月初四日（1881年1月3日）从兰州赶往北京。
伊犁回归的坎坷路
从光绪六年七月十八日（1880年8月23日） 到光绪七年正月二十六日（1881年2月24日），曾纪泽与沙俄的谈判有半年多时间。在这六个月中，沙俄看出了清朝求降的意图，所以俄方代表对曾纪泽百般威胁，逼迫他就范，签订不合理条约。好在曾纪泽运用他的机敏与才干，以左宗棠在新疆的布防为后盾据理力争，在原则问题上不做丝毫的让步。
再看当时的俄国，左宗棠的坚定决心和备战行动使沙俄的侵略气焰遭到沉重打击。还有，左宗棠奉召回京让沙皇政府一时摸不清清廷的真实意图，以为清廷要让左宗棠布置全国的反击，因此忐忑不安。当时俄国的实际情况是内外交困，面临着许多困难。在伊犁的问题上，赖账在政治上就输理了。再次，英法两国在伊犁问题上的态度也影响了俄国。当时俄国争霸的重点不是亚洲而是欧洲，从而被迫稍微放松对中国的侵略。所以，俄国其实是色厉内荏，做出一定的让步也是理所当然的。
结果，在光绪七年正月二十六日（1881年2月24日）中俄双方代表签订了《改订条约》（又称《中俄伊犁条约》）。这个条约较崇厚条约虽然争回了部分主权，俄国交还伊犁和特克斯河流域及通往南疆的穆扎尔山口，但仍然将霍尔果斯河以西的中国领土划给俄国，并且赔款有增无减。可见，这个《改订条约》还是沙俄强加于中国的一个不平等条约。
就在曾纪泽与俄国谈判代表订立条约这一天，左宗棠也抵达北京。当他知道这个消息后，摇头道：“怎么会是这样一个结果，寒心啊。”其实，就清朝当时的实力，能签订这样一个条约已经相当不错了。左宗棠坚定反侵略的举动，为伊犁的收回起到了关键的作用。
沙俄能把已经吞进肚子里的中国领土又吐出来，这在近代史上是前所未有的事情。虽然最终没能如左宗棠所愿，让衰弱的清朝强硬起来，但伊犁的回归多少对他也算是一种安慰吧。
在这里，左宗棠还有一项不得不说的功绩。为了新疆的长治久安，他在督办新疆军务期间曾四次奏请在新疆置行省，设郡县，在调任两江总督后又作了第五次奏请。
清廷对左宗棠的奏请之所以举棋不定、犹豫不决是有原因的。
关于左宗棠新疆建省的主张，朝中官员并不是人人都举双手赞成，因为他们没有左宗棠的全局观念。其中，李鸿章多次表示： 新疆改设行省，财力有所不及，再加上三面列强环视，一般的文吏很难胜任。左宗棠已经老了，恐怕要累及后人。还有，号称八旗名士的李云麟，在新疆做过官，也装模作样地写了《论新疆设省》一文，提出了八大不可建省的理由，还公然对左宗棠进行人身攻击。直到光绪八年八月五日（1882年9月16日），翰林院编修刘海鳌仍上奏反对新疆建省，他认为，郡县不能马上设立，屯田可以专办。
另外，满洲贵族也抵制新疆建省。因为依据清代制度，实行军府制的各边疆地区，都由满洲贵族官僚担任要职，而不起用汉人。如果建立行省后，则满汉兼用，汉员还占多数。基于利益的考虑，这些满洲贵族非常反感新疆建省的事情。
好不容易收复了新疆，虽然清廷也希望加强对新疆的控制，但也不得不考虑这些反对派的声音，所以，多次把新疆建省的方案搁置一旁不理。
后来，在左宗棠、刘锦棠等人的反复呼吁下，看到新疆善后事宜进行得非常顺利后，清廷的最高统治者咬咬牙，决定采纳左宗棠的建议。光绪十年九月三十日（1884年11月17 日），正式在新疆设省，任命刘锦棠为首任巡抚。
新疆改设行省，将军府制度变为郡县制度，削弱了地方封建统治者的势力，逐渐消除了他们分裂祖国的隐患，有利于维护和巩固中华民族的统一和团结。还能巩固祖国西北边疆，防止沙俄和英国对我国新疆领土的觊觎，增强抵御外国侵略者的军事力量。这样一来，西方列强就再也不敢轻易入侵新疆了。
要把边疆变江南
左宗棠在西北征战时，每到一处都把善后工作当做重中之重来做，他立志要把边疆变江南。所以，除了维持统治秩序和恢复百姓的生活外，在开发西北方面也颇有建树。
提到塞上的风沙之景，我们都会想到唐代诗人王之涣的《凉州词》：“黄河远上白云间，一片孤城万仞山。羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关。”
1000多年以后，诗中所描绘的情景发生了根本的改变。左宗棠特别重视植树，当他来到西北看到遍地的荒山秃岭、戈壁沙漠后，便下定决心以西征将士为主，地方官民协助，在甘肃、青海、宁夏、新疆的广大地区普遍种树。种树者不仅仅种树，还要负责浇水、成活，加上左宗棠的奖惩方法，取得了很大的成功。据统计，在左宗棠的带领下，西北军民共种树二百万株以上，在当时来说，这是一个了不起的成就。
光绪五年（1879年），新任帮办甘肃、新疆善后事宜的杨昌浚目睹了左宗棠在西北的所为，赋诗一首：“大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。”
可见，左宗棠不仅能率军收复新疆，而且开发西北、建设新疆也是一把好手。“引得春风度玉关”就是对他在新疆搞建设的最好比喻。
当左宗棠在新疆的军事行动宣告结束后，经济建设就成了当务之急。
十多年的战乱让新疆的经济遭到了空前未有的严重破坏，特别是经阿古柏长期的蹂躏和践踏，本来美丽富饶的新疆到处萧条冷落，满目疮痍。
比如，乌鲁木齐重镇本来景象繁华，被西人称为小南京，而在克复之时，汉城仅剩颓垣，满城已被夷为平地，满汉两城只剩下汉民及残回数十人。据英国人沙敖透露，阿古柏横加杀戮不愿接受伊斯兰教的人民，大约有四万汉人丧生。边陲凋残、百废待兴，这就是战后新疆的真实写照。
若想开展经济建设，就必须有行之有效的统治秩序。但由于战争的影响，清政府统治新疆的军府制度已经名存实亡，所以，建立新的政治秩序，才能保障恢复和发展新疆经济建设。左宗棠根据新疆的具体情况设置了善后局，把它作为由军府制度向郡县制度过渡的桥梁。
善后局在战后的第一件大事就是“安民”和“恤民”。其实施的主要内容包括安辑难民，招徕流亡，散发赈粮，分给籽种和耕牛农具等，帮助农民恢复生产劳动。事实证明，左宗棠的“安民”和“恤民”措施，对恢复发展社会经济等方面起着积极的促进作用。
左宗棠非常重视农业的发展，自用兵新疆以来，他的一贯主导思想是屯田。屯垦的种类主要分为兵屯和民屯两种。关于兵屯，左宗棠首先建立奖惩制度，鼓励士兵积极参加屯垦。关于民屯，左宗棠认为只有民屯才是提供军粮的主要来源，他反复指示善后局地方官员要尽全力满足农民屯垦所需要的耕牛、种子、农器等物资。结果使屯垦事业得到了迅速发展。
水利是农业的命脉，只有从根本上解决了水的问题，才能很好地进行农业生产。但在西北干旱地区，尤其在新疆一般依靠地下水和雪水灌溉，所以左宗棠认为治理西北，应先治理水利。
同治年间，新疆地区屯垦规模不大，水利建设基本上处于停滞状态。光绪初年，左宗棠大办屯垦，水利开始日臻复兴。
在南路方面，张曜驻屯哈密时，兴修水利，功绩显着；在北路方面，巴里坤防营蜀军提督徐占彪修复大泉东渠，可灌溉农田数千亩。总之，左宗棠大搞水利工程建设，使水利灌溉遍于南北路各城，这在历史上也是空前的。在左宗棠的倡导和影响下，到光绪后期，新疆38个县修整和新修干渠940多条，支渠2300多条，灌溉面积达1100多万亩。
左宗棠不仅重视新疆农业、畜牧业、蚕桑业的发展，他还采取措施发展工商业，先后创办了西安、兰州制造局和甘肃织呢局等军用和民用工矿企业。还有改革赋税、恢复交通、赈灾禁烟等等。
另外，左宗棠还非常重视教育的发展，他指示各善后局广兴义塾，重金延聘教师，大力发展文化教育，先后设立三十七处义学。新兴的义塾以《百家姓》、《三字经》、《千字文》等为教材，教授汉回子弟读书识字，并以楷书仿本教他们写字。
总之，在西征过程中，左宗棠从工业、农业、教育等各个方面着手，井井有条地使新疆人民的生产在战乱后得以很快地恢复和发展，给新疆带来了一时的繁荣，使西北国防的建设得到了进一步巩固和加强。左宗棠对新疆的经济开发有利于国计民生，他的历史功绩不可泯灭。而新疆改设行省又使中国近代新疆经济的发展进入了一个新的历史阶段。
要说谁是中国近代新疆经济开发与建设的奠基人，左宗棠当之无愧。