1863年4月，石达开大军顺利地从米粮坝顺利地渡过了金沙江，北岸布防的清军，已被后军李福猷吸引，往东去了。但自此以后，由于战线拉长，石达开和李福猷、赖裕新两军都失去了联络，他们都只能是各自为战的孤军了。
这是石达开第四次进入四川，也是最后的一次。
渡过金沙江的石达开军，还是很有战斗力的。5月3日，他设伏于安宁河边，一举歼灭来自宁远（西昌）的几千名敌军，但这也是最后的一次胜仗。也许这仗给他也产生轻敌、冒进的负面观念，为后来的覆灭提供了参照系。
石达开急于向成都进军。
从宁远北上，有两条路可走。一条是越隽大道，即沿大凉山，经越隽、海棠，到大渡河畔大树堡，由此渡河，东走峨眉、乐山到成都；一条是冕宁小道，由宁远（西昌）北上，经冕宁、大桥、铁宰宰到大渡河南的紫打地（安顺场），由此渡河，经天全、雅州（雅安）直向成都。大路坦荡而远。小路险狭而近。
石达开决定走小路。他认为前些日子赖裕新部已走了大路，现在循着旧路走，必定有敌军重兵阻击；小路正是险奇，不会为敌人注意。而前面还有赖裕新部开山辟道，策应前进。关山远隔，他岂能知晓早在四十天前，赖裕新在大渡河南的越隽中所坝，因亲临一线指挥，被土司兵的滚木垒石砸死。所部也在大树堡以布匹缆船搭成浮桥、渡过大渡河远走了。
他不知不觉开始走进绝境。
石达开走的小路是彝族居住处，受土司管辖。据说当时他已与松林地番族土司王应元、田坝彝族土司岭承恩赠送重金买路，并得到他们承诺。由是四万人马全部北上。一路上，道路艰险，过铁宰宰后，更是高山峭壁夹道，人马不能并道而行，如果被截断后路，就没有回旋余地了。
5月14日，石达开军到达大渡河南岸紫打地。就此开始长达二十九天的苦难历程，受到清军和土司部队层层包围，天时失常，地理失利，最后竟导致全军覆没。
紫打地位于大渡河和松林河交汇处，大渡河宽在涨水时也不过三百米，松林河宽只有二三十米，但水流急陡，周围都是壁立数百尺的峭岩。
石达开在紫打地扎下大营，在营后马鞍山设立粮库，由于王应元等受到清方重贿，处处与石为难，已将渡船撤走，把松林河铁索桥的木板也都抽光。石达开命令将士们搜索粮食、砍伐树木、编筏造船，准备抢渡大渡河。
当晚，石达开的一个妻子，即编号第十四王娘的刘氏在风雨中诞生一子。石达开大喜，取名定基。乃通令全军将士说：“孤今履险如夷又复弄璋生香，睹此水碧山青，愿与诸卿玩景欢庆。”将士都顿首称贺。于是传令休息三天。大吹大擂，挂灯结彩，庆祝翼王小殿下诞生。
不料，风雨不止。翌日，大渡河水陡涨数丈，连松林河也是浊浪滔天。他们雇佣的向导们说，这是暴雨引起的山洪突发，一两天就会退走的。
石达开身入绝地，仍是心坦如常，他准备水退后再行渡河，却没有及时派军利用铁索桥抢渡松林河，更没有考虑到要是敌军把守了对岸，那是极其危险的。他仍以为是赖裕新的前军牵制了清军。
庆祝儿子诞生和河水骤涨，耽误了时机。农民领袖很少是具备有强烈的时间观念的。但却给四川总督骆秉章创造了调兵遣将的大好时间。
5月17日大雨停了，天气转晴，水势稍退。
午间，石达开命将士将造好的船筏拉到河边，准备渡河。这时，发现对岸出现了清军旗帜。他决定立即抢渡。大渡河水浪滔高，船筏刚人中渡，便被卷沉。首次抢渡失败了。
强渡惨败，来路已为土司岭承恩用巨石塞断了隘口，并有士兵严密把守，两侧又都是千仞绝壁，无从攀援。石达开军只有向前强渡，突破大渡河天堑。方有生路。
此后，石达开多次指挥部队强渡大渡河和松林河。其中大规模的渡河就有三次。
一次是5月21日，石达开出动五千人马，乘木船竹筏抢渡，岸上将士也擂鼓呐喊助威，声震山谷，惊天动地，隔岸清军以枪炮轰击，抢渡将士，无一生还。此后，石达开挥军几次抢渡松林河，也失败了。5月29日，马鞍山营盘、粮库被岭承恩的士兵烧了，辎重全失。粮食至此全部丢失，石达开和将士只能采集野菜、草根煮食充饥，以至宰杀战马度日。
一次是6月4日拂晓，全军出动分别抢渡大渡河和松林河，清军枪子如雨，猛烈轰击，而水势湍急，无法靠岸，又失败了。此时，全军只剩下一万余人。
一次是6月9日晨，渡河船筏二十艘，每艘七八十人。也因清军开炮，被击沉十五艘，为水飘没五艘。
当天，清军见石达开已陷入势穷力竭的困境，就开始主动出击，清军都司谢国泰与土司王应元军越过松林河，由西向东，清军参将杨应刚与土司岭承恩军从马鞍山而下，两路并进，直扑紫打地石达开大营。石达开指挥饥军英勇作战，体力不支，牺牲巨大，紫打地营垒全被焚毁，在突围东走途中，山径险仄，仰视是峭壁参天，俯临又是急涌河水，坠崖落水者不计其数。第二天黎明，到达大渡河另条支流老鸦漩西岸的利济堡。
老鸦漩水势更为险恶。前无去路，后有追兵，石达开终于走上了英雄末路。
当晚，他的五个妻子抱持幼子两人携手投河自杀。
石达开穷途末路，部属里也出现了若干人投降活动。清军参将杨应刚与游击王松林乘机来到石达开处，指天誓日，他们劝石达开放下武器，可以保证全体将士生命安全，一律遣散归田。石达开本来想投河自尽，但听了这话后，觉得舍己可以解脱部众，他就同意赴洗马姑清营见越隽同知周岐源商谈。
6月11日，石达开携带五岁的儿子石定忠和部将曾仕和、黄再忠、韦普成，一行五人随同杨应刚、王松林越过凉桥，前往洗马姑清营周岐源处，经商定将石部将士遣散四千老弱病残，暂留精锐二千人，移驻大树堡。明日，当杨应刚要将石达开等送往富林（汉源），途中，为总兵唐友耕劫走；唐友耕就将他们送往富林。
6月14日，清军夜袭大树堡，将二千多名石达开部众全部杀死；被遣散回籍的，途中也多被杀戮，也有的即被当地奴隶主掠夺为奴。
6月18日，石达开等离开富林。6月25日解押到成都。骆秉章对石达开进行审讯。石达开盘膝而坐，当时参加审讯的四川布政使刘蓉后来记述，说他“枭桀坚强之气，溢于颜面，而词句不亢不卑，不作摇尾乞怜之语。”（《养晦堂文集》）参加审讯的成都将军崇实问话多句，石达开不与理睬，而后又触了他一个霉头，说他不识时务。崇实气沮语塞。骆秉章虽然老练，也屡屡语塞。骆问：“你愿意投降吗？”石达开答道：“吾来乞死，兼为士卒请命。”骆自我解嘲地说：“你自起事以来，蹂躏数省，我方封疆大吏死于汝手者三人，今以一死完结，真是便宜你了。”石达开也针锋相对地答：“是俗所谓成则为王，败则为寇，今生汝杀我，安知来生我不杀汝耶？”
每次审讯，石达开仍是气宇轩昂，理直气壮。
8月8日，石达开等人被杀害于东校场，也有说在科甲巷臬台衙门杀害。
石达开是叱咤风云、威震敌国的特级英雄，却是那么自投罗网，轻易地被俘杀，这简直有点不可思议。因而当时就引起朝野人士的怀疑，认为骆秉章杀的是冒牌货。以至一年后曾国藩还问过李秀成：石达开究竟有没有死？李秀成没有回答。其实，自石达开部将吉庆元、朱衣点等归来后，李秀成，以至洪秀全等人对石达开下落和生死，可以说是一无所知的。此时此刻，万里戎机，关山若飞，在云贵、四川穷山僻道中转战的石达开，又有谁能打听到他的行迹呢？
悠悠万事，唯此为大，洪秀全在围城中更关切的是培养、扶植候补的第二代天王。
1861年9月安庆失陷，极大地刺激了洪秀全。
洪秀全事必躬亲，他对安庆保卫战确是呕心沥血的。本世纪有人研究洪秀全，说他后期不问政事，沉湎于声色，这真是有点冤枉，别的不说，就以安庆战例说吧。洪秀全为使安庆巩固，调兵遣将，日夜操劳，虽不出天王府，却遥控指挥，但是安庆还是丢掉了。
只有臣错，哪有主错。洪秀全自从天京内讧后，从来就把自己放在最正确、最英明、最伟大的坐标位置上，安庆丢了，把失误全归于在第一线指挥作战的陈玉成和洪仁玕；天京未能解围，就严责李秀成，多次革除李爵位，而他本人总是永远正确的。
独断独行，那些以为自己是聪明的人，在用人方针上，必然是疏贤人亲小人。
洪仁歼是德才兼备的军师，一人之下，万人之上。但是洪仁歼的军师也是有职无权的，其直接原因，就是没有直辖的军队。它也表现在干王府的六部尚书形同虚设。英国人富礼赐在天京时曾应邀上干王府参观，他后来记录说：“入府门，经过污脏的空地，即到一排屋子，是为六部。有时有些苦力在屋内。有一较大的屋子，内有三个书手在那里写字于黄纸上——大约这几个人即是该六部的全部人员也。户部内装有好些煤炭；礼部的用处更为卑下了。”（《天京游记》）可见洪仁玕作为军师，不过是秉承天王意志的一个事务官罢了。
洪秀全用人不当。林绍璋也是奉命与洪仁玕一起带兵援安庆的。洪仁玕在援皖战役中奋勇向前，而林绍璋却借口粮不足，向后移营，“一战未开，即行自退”，以至贻误时机，影响军心。安庆之失他也是负有重大责任的。但不知什么原因，他的华盖运却没有遭惩罚，反而更受青睐。当时李秀成说，他是办事勤劳、小心，能够讨得天王欢心；也有说，林绍璋的续娶夫人是天王的干女儿杨金英；杨金英还是天王府的第一女武官，负责天王保卫工作的，有了这层裙带关系，以后期天王用人出自亲缘圈，也是可以理解的了。
1861年洪秀全和他家族老老小小大模大样公开走上政治舞台。在此之际，洪秀全高兴地将他两个老兄和老兄的所有儿子全都封为王。
洪仁发洪仁达自暂时取消安王福王后，仍是大权在握。洪秀全开始赐给他俩是“王长兄”、“王次兄”封号，这两个仅用于家族不伦不类的符号，充满国即是家的内涵，正是意味着天王以洪氏家族治国。太平天国就是洪秀全和他家族之国。洪仁发、洪仁达是迟于他俩儿子们封为信王、勇王的，但他们爵位很高，都是“八千岁”。血浓于水而渗于水，以与天王出于同一血脉的洪仁发洪仁达儿子们，虽是襁褓中的婴儿也封为王。就在1861秋，洪仁发已五十多岁，又生了一个儿子洪硐元。洪秀全得悉喜讯，即封他为同王。他可能是太平天国最最年轻的王。
这些奶臭未干的纨绔子弟，饱食终日，无所用心，管不了事，能做什么呢？洪秀全也是聪明人，年岁稍大些的就安排他们做些档次高的清闲事，像洪仁发长子洪和元，就是天京宗教传播官，主持讲道理，好在太平天国讲道理，也就是那末些条条，鹦鹉学舌，原原本本不走样就是了。
悠悠万事，唯此为大。洪秀全更注切的乃是培养自己的接班人，即候补第二代天王。他的第一任妻子钟氏只生育了一个女儿洪天姣；长子洪天贵福还是在金田起义前夕，由第二任妻子赖莲英所生，年少不懂事。因而只能拔苗助长，九岁，就作为当然接班人，以幼主名义下诏旨了。洪秀全望子成龙，说他是天孙，还给儿子配了年纪相仿的四个幼娘娘，这些小姑娘，有的是广西人，也有的是两湖人，估计是沿途收容或抢掠来的。
洪秀全在花县乡间，教过洪天姣读书；他没有给洪天贵福请师傅，估计也难找到适当的人选，洪天贵福的本本知识乃是比他大十岁的异母姐姐启蒙的。主要读的课本，也是太平天国那几部钦定红头文件和汇编本。他的智商也有限。洪秀全封建思想浓得很，洪天贵福到九岁，就不让他与母亲、姐妹以及宫中其他女人接触了，还写了《十救诗》给儿子读，它“都是说这男女别开，不准见面的道理”（《洪天贵福供词》）。洪天贵福说，“我九岁后，想着母亲姐妹，都是乘老天王有事坐朝时，偷去看她们。”而日常接触的就是几个幼娘娘，因而当苏州徐佩瑗送上一只能言青鹦鹉，引起了他的诧异和欢心。徐佩瑗为了讨好天王父子，事先对青鹦鹉作了专门训练，使它天天能说：“亚父（天父）山河，永永崽坐，永永阔阔扶崽坐。”洪秀全称它是“瑞鸟”，即吉祥之鸟，将它载人诏旨，洪天贵福更是时时相伴，印象犹深，以至后来在被俘，还两次在供词中神往这只能言鸟。
晚年洪秀全也是够忙碌的。他的一项最最重要的工作，就是做礼拜。每礼拜要诚惶诚恐向皇上帝作祷告：在内宫，大群妻子和儿女跟着念念有词，跟着唱：“赞美上帝圣神为天帝父，赞美基督为救世天圣主。”六十年代，他已有四个儿子，五个女儿；两个小儿子都是1854年生的；还有一个是1858年时出生的，还未周岁，就过继给杨秀清，因此有时也叫杨天佑，洪秀全诏旨里称他是“天佑子侄”，即他有两重身份，与天王亦可是子，亦可是侄儿。有两个女儿，还在牙牙学语，可已招定了两个小男娃为东床驸马了。他还带领家族、重臣做礼拜，并向全国公布了自己设计的《朝天朝主图》，严格做礼拜时的前后序次。农民领袖讲究坐位排列，洪秀全更甚，而且还奉行父死子继，地位永远不变，有如幼东王，仍称九千岁，位在群臣之首；蒙得恩原排列在李秀成后、李世贤前，他病死后，儿子蒙时雍仍固定坐在父亲位置上，不再上下移动，等等。
高层次例行做礼拜，中下层和民间也是规定必须要做礼拜。据说，做礼拜的前夕，整个天京城大街小巷就有专职人员打铜锣，提醒人们准备明日要做礼拜了。做礼拜如同迎节日，为表示去陈布新，多人还着新衫。像天王陛下就是里里外外全是着新的衣衫和鞋帽，而穿过的就当场焚烧，七天一次，年年如此，他是很注重政治影响，而不须讲节约的。
洪秀全晚期亲理朝政，事必躬亲。
大梦我先觉。自从杨秀清死后，代天父传言又回归了。因而洪秀全也恢复了所谓梦见皇上帝，传达皇上帝最高指示的梦，夺回了精神支柱的神权。他也为建设太平天国作规划，如为满足将士做官狂，在原来官制里。加床迭铺添加了不少官爵，如天将、朝将、神将、神使，又封了很多王，据说多达两千七百余人。这些王极大多数是在1864年封赐给天京城里将士的，洪天贵福就说过，天京突围，有一千多个王没有出城，他们很多来自基层。像有个替洪秀全管内朝门钥匙的广西人吉老头，七十岁了，封为梦王；还有个管天王府鸡鸭宰割的安庆籍老人董进泉，一字不识，也封了王。好在太平天国包括王爵的所有官爵没有编制，而且还都是供给制，不须拿天王和圣库里一文钱，多封了也是像撒胡椒面，皆大欢喜，这也是晚期洪秀全的政治思维。