七月二日，权监察御史里行舒亶第二个上阵。他将苏轼在杭州出版的《苏子瞻学士钱塘集》这部诗集献给神宗皇帝，认为苏轼的诗文处处都在讽刺新法、侮辱朝廷甚至宋神宗本人。这些诗文在朝廷内外造成很恶劣的影响，对皇上对朝廷实在是大大的不敬。皇上给贫民发贫困补助款，苏轼在诗中讽刺说：“赢得儿童语音好，一年强半在城中”；皇上颁布新法令考核官员，他讽刺说：“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”；皇上兴修水利，造福农桑，他讽刺说：“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”；皇上下令盐业专卖，严禁私营，他讽刺说：“岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐。”总而言之，只要皇上、朝廷有新举措，他就应口而言，极尽讥讽之能事。这些言论或者刻在书版上，或者刻在石碑上，广为传播，自以为能。而苏轼最近所上《湖州谢上表》，更是对变法横加指责，其言论在街头闾巷广为流传，志义之士无不愤怒。舒亶请求神宗皇帝立即将苏轼交付有关部门，严加惩处，杀一儆百（语载《续资治通鉴长编》卷299）。
但是三十二岁的宋神宗并没有明确表态，也许他觉得时机还不成熟，还在观望犹豫。
就在舒直上言的同一天，御史中丞李定终于亲自出马，他上奏皇帝，明确指出苏轼犯有四大该杀之罪--
第一，苏轼此人本来不学无术，只不过偶然考中科举，浪得虚名，在朝廷滥竽充数罢了。他三番五次诽谤朝廷，当今圣上皇恩浩荡，宽宏大量，不追究他的罪名，给他改过自新的机会，没想到他依然怙恶不悛，其罪恶昭然天下，该杀！
第二，古人说。对于恶人，先行教导，如果不听从，然后可以诛杀之。陛下等待苏轼悔过自新已经很久了，可是他不仅不知悔改，反而变本加厉，面对朝廷、圣上，依然口出狂言，傲慢无礼，为中外人士所知，该杀！
第三，苏轼讥讽、诽谤、抨击圣上朝廷的诗文言论，虽然没有什么道理，却颇能蛊惑人心，混淆视听。为官之人，不遵循陛下的法令，内心冥顽不化，不服从皇帝的教化，按照先王的法令就该杀头！
第四，苏轼精通史传，应该懂得侍奉皇上要遵守君臣之礼，诽谤圣上就是死罪。但他却为了发泄自己内心的私愤，公然诋毁圣上的名誉。苏轼怨恨陛下不重用他，所以对陛下所施行的一切政策都彻底地诋毁，真可谓明知故犯，该杀（语载《续资治通鉴长编》卷299）！
连续四大罪状，连续四个该杀，这个导火索一点着，火苗就“呼呼”地直接烧到皇帝头上，苏轼不死也难啊！现在，神宗手里攥着好几张措辞激烈的起诉书，他必须也可以作出决定了，他下达圣旨，将苏轼的案子交付御史台调查处理。御史台自汉代以来又被称为“乌台”，所以苏轼的这个案子被称为“乌台诗案”。
李定等人立即布置派遣太常博士皇甫馔前去缉捕苏轼。皇甫馔带着儿子与两名军士，一行人快马加鞭，日夜兼程赶往湖州。情况万分危急，可苏轼还蒙在鼓里！
千里缉捕锒铛入狱
最先得知这个坏消息的是驸马王诜，他的夫人是神宗的姐姐。王诜与苏轼交情深厚，他火速通知在南都（今河南商丘）任职的苏辙。苏辙听到这个消息，简直惊呆了，立刻派人飞马奔赴湖州，希望赶在皇甫僎之前通知苏轼，好让兄长有个思想准备。苏辙派出的飞马哪里赶得上皇甫馔这个官差的骏马？多亏皇甫馔到润州（今江苏镇江）时，儿子忽然生病，结果耽误了半天，苏辙的信差终于抢先一步赶到，给苏轼报告了这个爆炸性消息（事载宋·孔平仲《孔氏谈苑》）。
七月二十八日，皇甫馔一行抵达湖州。此时苏轼正在休假，由他的副手、湖州通判祖无颇代知州事。皇甫馔身穿官袍官靴，手持笏板，气势汹汹径直闯入州衙。两位御史台军士身着白衣，头扎青巾，怒目圆睁，脸色狰狞，分列在皇甫馔两侧。衙门上下人心惶惶，一片混乱。
苏轼哪见过这阵势！他也不知道自己犯了什么罪，非常害怕，不敢出去，在衙门后与祖无颇商量对策。祖无颇安慰他说：“事已至此，也没有什么更好的办法，总还是要出去应对吧！”苏轼问：“我现在已经是罪人了，恐怕不能再穿朝服了吧？”祖无颇头脑还算冷静，他对苏轼说：“你还不知道自己是什么罪名，还不是罪人，当然应当穿朝服出迎。”
苏轼的情绪这才稍稍稳定，他穿上官服，手持笏板，出去见皇甫馔，祖无颇等官员也都身穿官服排在他身后。但见那两位御史台军士的腰间鼓鼓囊囊，好像藏有匕首。皇甫馔脸色铁青，一言不发，气氛更加恐怖。最终还是苏轼先开口，他说：“我知道自己多次激怒朝廷，今日使者前来，肯定是赐死，死倒不怕，只求能与家人诀别。”皇甫馔这才从牙缝里挤出一句话：“倒还没有那么严重！”
祖无颇这时上前问：“您一定带来皇上的诏命了吧？”皇甫馔厉声问他：“你是何人？”祖无颇回答：“代理知州。”皇甫馔于是拿出诏命，众人打开一看，不过是将苏轼革职带进京的普通公文，这才暗暗松了一口气。皇甫馔催促立即上路，两名士兵立刻上前将苏轼五花大绑，片刻之间，苏轼这位湖州知州如鸡犬一般被拉出城外，拖上官船（事载《孔氏谈苑》）。
苏轼的妻儿老小急忙追赶出来，哭天抢地紧随在后。苏轼心里既慌乱又难过，但他依然不失文人本色，在这个当口儿，忽然想起一个故事来：当年宋真宗招揽贤才，有人推荐诗人杨朴。宋真宗立即召见，让杨朴作诗。杨朴说不会，真宗问：“你临走的时候有人作诗送行吗？”杨朴说：“没有，只有我老婆写了一首绝句，说：‘且休落魄贪杯酒，更莫猖狂爱咏诗。今日捉将官里去，这回断送老头皮。’”宋真宗听了哈哈大笑，就把杨朴放回家了。
这个故事苏夫人也听说过，这会儿苏轼回头安慰夫人说：“别难过了，你能不能像杨朴的妻子一样，写首诗送我？”苏夫人不禁含泪失笑（事载苏轼《东坡志林》）。
这边儿苏轼刚押走，那边御史台就派人去搜查苏轼的诗文。当时苏轼的全部家人正乘船奔赴南都投奔苏辙，官府连夜在宿州拦截这艘船，翻箱倒柜搜查一通，吓得一家人魂飞魄散。个性一向温顺的苏夫人不禁怒火中烧，她气愤地说：“都是吟诗作文惹来这场大祸，他究竟得到什么好处，把我们吓个半死！”一怒之下，将手中残存的苏轼手稿烧了个干净（事载苏轼《黄州上文潞公书》）。
半个月后，御史台开始正式审理苏轼这起皇帝钦定的大案要案。这个案子怎么审？
起诉书上罗列苏轼的一大堆罪状，几乎都与诗文有关，那就先调查诗文的真实含义再说吧？不行！先定罪再说。审讯一开始，审讯官员就问苏轼五代以下有无誓书铁券。誓书铁券乃是皇帝特赐给功臣及其子孙的免死诏书，苏轼出身低微，哪有什么誓书铁券？这完全是讯问死囚犯的方式（事载宋·朱或《萍洲可谈》）。可见李定等人早就将苏轼内定为死罪，只等证据拿到，再屈打成招，便算大功告成。
证据在哪里？唾手可得！
首先，将已经出版的苏轼诗文全部收集起来，选出一百多首认为有问题的作品。其次，向各地方政府发出公文，务必上交个人手中所有苏轼的诗文，不得隐瞒。结果短到一张便条，长到一首完整的诗统统上交御史台，仅杭州一地就上缴了数百首之多。然后拿出一首，让苏轼自己解释一首。最初，苏轼只承认个别诗作有讥讽朝政乃至新法的意思。御史们立刻暴跳如雷，他们一口咬定苏轼不老实，展开车轮战法，除非苏轼对诗歌的解释符合他们的心愿，否则就没完没了。
实在不想说实话，那就只有辱骂和暴打了（事载宋·周必大《二老堂诗话》）！
面对如此的刑讯逼供，苏轼感到自己前途险恶、生死难料，他的精神多次面临崩溃的边缘。在押往汴京的途中，他就曾想投江自尽，想到兄弟亲人才作罢；入狱后他又准备了一些丹药，想着一旦被判死罪就先行自杀（事载宋·孔平仲《孔氏谈苑》）。面对苏轼的遭遇，我们不禁要问，苏轼究竟有没有写“抨击新法、讥讽朝政”的诗文？这些诗果真罪该杀头吗？我们来看一看、评一评：
第一，平心而论，苏轼的确写了不少讥讽、抨击新法的诗歌。这其中，有的是因为新法中确实存在问题，有的则是苏轼对新法的偏见。比如朝廷在全国推行各种新法，苏轼在诗中说“赢得儿童语音好，一年强半在城中”（《山村五绝》）。意思是说，农民一趟趟往城里跑，就是为了应付越来越多的法令条例，好处没得到多少，跟在大人身后的小孩儿反倒学会了城里人的口音。要对付许多的新法条例当然会有些麻烦，但归根结底，这些麻烦的新法还是给农民带来了很多的实惠好处，总不能因噎废食吧？这就是苏轼的不对了。
第二，只是一般性地讥讽朝政，并不一定针对新法，更不至于讥讽皇帝。比如朝廷实行官盐专卖，增加国库收入，苏轼在诗中说“岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐”（《山村五绝》）。意思是说老百姓吃春笋没有味道，原因是三个月都没有吃盐了，其实就是埋怨官盐的价格太昂贵。官盐专卖是北宋开国以来就有的法令，并非新法的新规定，但也总算是讥讽朝政。
第三，含义比较模糊，公说公有理，婆说婆有理，各执一词，但也被归人讽刺新法一类。苏轼有两句诗说“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”（《八月十五日看潮五绝》）。杭州着名的钱塘江潮到来时，常常有人到江潮中浮游冲浪，甚至有人借此下赌获利。这种行为非常危险，皇帝曾下令不准百姓冒险弄潮。这两句诗的字面意思是说，龙王如果明白皇上的用意，最好将东海化作桑田，弄潮儿就老老实实去种田了。但是据朋九万《东坡乌台诗案》记录，苏轼在拷问中自己承认，这两句的意思是：龙王如果知道皇上喜欢大兴水利工程，索性直接将东海改造成万亩桑田算了，而这显然是荒唐不可行的事情。所以这两句诗有可能在讥讽宋神宗推行农田水利法不可能成功。但这是在拷问之下逼供出来的解释，究竟是不是苏轼的本意就难说了。
第四，就纯粹属于歪曲诬陷了，这一类在证据中占据大多数。
一天，宰相王珪忽然对神宗说：“苏轼对陛下确有不忠之心。”神宗吃惊地说：“苏轼固然有罪，但对我还不至于不忠吧。你为什么这么说？”王珪将苏轼写的一首描写桧树的诗交给皇帝：“凛然相对敢相欺，直干凌空未要奇。根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。”（《王复秀才所居双桧》）他指着后面两句说：“陛下飞龙在天，而苏轼却求知于地下的蛰龙，这不就是不忠吗？”神宗虽然年轻，被这个案子弄得焦头烂额，但脑子还算清楚，他不以为然地说：“诗人之语怎么能这样理解呢？他不过是描写桧树而已，不关我的事。”翰林学士章悖也觉得王珪说得太离谱了，解释说：“龙并不惟独指国君，作臣子的也可以自称龙。”神宗点点头说：“自古自称龙的人多了，如诸葛孔明自称卧龙，他并不是国君。”王珪这才不吭声了。但是你看看，他们污蔑陷害的本领有多高！下朝以后，章悖实在忍不住了，问王珪：“你是不是非得让苏轼家破人亡才觉得高兴？”王硅说：“这都是舒直出的主意。”章悖不客气地说：“舒宣舒宜，他的口水也是可以吃的吗？”章悖后来评论王珪的卑劣行径说：“无所顾忌地诬陷残害他人，竟然可以达到这种程度！”（事载宋·叶梦得《石林诗话》、宋·王巩《闻见近录》）
说来说去，究竟有没有一首诗可以导致杀头之罪的？我们看得清清楚楚，结论是：没有，也不可能有。苏轼不过是个做过几任地方官的诗人，政治立场较为保守，看问题虽然比较尖锐，有时候也很片面，再加上免不了有些文人习气，喜欢写诗发牢骚，喜欢在诗里说些尖酸刻薄的话，仗着博学多才，喜欢在诗里用些刁钻古怪的典故发泄怨气，在士大夫圈子里传来传去，造成一些不利于变法的舆论，但仅此而已，跟杀头的罪名八杆子都打不着。
不过，杀头定罪这种事本来就与诗歌的内容没什么直接关系。他们只要想抓你，只要想定你的罪，想杀你的头，还担心找不到理由吗？更何况天下人都知道苏轼是反对新法的。漫长的审讯终于告一段落，苏轼写了两万多字的供状，御史们则准备以攻击新法、讥讽朝政的罪名起诉苏轼，只等神宗御笔一挥，即可结案。
而此时此刻的苏轼，神经也是高度紧张、高度敏感，其实即便旷达超迈如苏轼，一旦面对死亡的威胁，又如何能做到心如止水？苏轼在狱中时，曾与儿子苏迈约定，平时苏迈送饭，只送肉与菜，如果被判定死罪，则以送鱼为信。一天，苏迈出城办事，拜托一位朋友代为送饭，朋友为了给苏轼改善伙食，特地送来一尾鱼。苏轼看后大惊，以为死罪不免，心中不禁涌起一阵悲凉，想到家中的妻儿老小，想到远在南都的兄弟苏辙，他的心情如何能够平静？绝望之余，他提笔写道：“是处青山可埋骨，他时夜雨独伤神。与君今世为兄弟，又结来生未了因。”（《予以事系御史台狱，遗子由二首》其一）看来，明年就是我的周年，子由啊子由，我们只有下辈子再做好兄弟了（事载宋·陈善《扪虱新语》）！
难道，苏轼真的要被李定等人牢牢地钉在断头台上了？朝廷上下就没有一个人肯为这个文学天才说句公道话吗？苏轼的生命真的要终结在四十四岁了吗？
当然不会！当时开口救助苏轼的主要有这样几类人--
一是反对派中的退休大臣。七十多岁的退休宰相张方平是三朝元老，与苏家父子关系密切。老人给神宗皇帝写信呼吁赦免苏轼，但是当地政府官员胆子小，不敢转呈给皇帝。张方平大怒，就叫儿子张恕直接去交给朝廷。张恕生性怯懦，在登闻鼓院（专门受理上诉公私利害、朝政缺失、理雪冤案诉状的机构）门外徘徊了很长时间，还是没敢交出去。后来苏轼出狱后，看到张方平给皇上的这封信的副本，不禁大惊失色，连连吐舌头。原来，张方平在信中劈头就说苏轼“实天下之奇才”，劝神宗本着爱惜人才之心赦免苏轼。苏轼深知，当时说他是奇才，反而会激怒神宗，多亏张恕怯懦，没有交出这封信，否则苏轼下场就惨了（事载宋·马永卿《元城先生语录》）。
二是革新派中的退休大臣。当时早已退居江宁（今江苏南京）的王安石给神宗写信说：“哪里有圣明的时代杀有才华的士大夫的？”王安石这句话起了很大的作用。毕竟，他是宋神宗器重的人物，虽然已经退居南京，仍然具有巨大的影响力。
三是在职的中立派大臣。一天，宰相吴充问神宗：“陛下以为曹操这个人怎么样？”神宗回答：“不值一提。”吴充说：“陛下以尧舜为楷模，自然鄙视曹操。但连曹操这种坏人都能容忍当面骂自己的祢衡，您为什么就不能容忍说了几句怪话的苏轼呢？”一番话问得神宗心里发慌，只好说：“我没有别的意思，只不过想澄清是非，很快就会放了他。”（宋·吕本中《吕氏杂记》）