当初世宗尊崇两位皇太后，依照旧例，皇后与天子的亲生母亲可以并称皇太后，只是加上的徽号有所区别。宦官冯保想对世宗的生母李贵妃献媚，要张居正对皇后和世宗生母一视同仁，不要有所区别，张居正不敢不同意，于是尊皇后为“仁圣皇太后”，李贵妃为“慈圣皇太后”，二者从此就没有区别了。慈圣皇太后迁到乾清宫居住，抚养年龄尚幼的世宗，内廷一切交给冯保管，而朝廷大权则全部委以张居正。
张居正主持朝廷大政，主要推行了尊重朝廷主权，考核官吏职责，严格奖励和惩罚，统一朝廷号令等措施。朝廷一旦有事，虽在万里之外，早上下令，晚上就要实行。黔国公沐朝弼多次违反法令，应该逮捕，但朝廷谈及此事都感到为难。张居正则提升沐朝弼的儿子，要他回家将父亲捕来，朝弼不得不来。捕来后，又赦免了他的死罪，囚禁在南京。
漕运疏通后，张居正认为每年的赋税征收总要到春天以后才行，这时运粮，河水不是太大决口，就是天旱干涸，张居正采纳了漕臣建议，督促船工士卒冬天开始收运粮食，到年初全部运出，以减少水患对漕运带来的损失。这样一来，国库里粮食充足，可以供十年开支。互市时买马，张居正又下令减少太仆营中的种马，将马卖给老百姓，这样，太仆积攒马价金银达四百多万两。又制定考成法，用以考察官员政绩。起初，六部和都察院要巡抚、按察司考察的事情，许多都没有回报，张居正下令以后要根据事情的大小、缓急回复，失误了就要抵罪。从此，一切事情谁都不敢隐瞒，朝廷政治走上了正常轨道。
在这一年，南京有个小宦官酒后侮辱了给事中，百官都请求追究治罪。张居正将言论最为激烈的赵参鲁贬官外放，以取得宦官冯保的欢心，事后又慢慢地劝冯保裁减宦官，抑制他们的不法行为，请宦官不要干预六部的政事。对于奉旨办事的宦官，张居正又经常派人暗地里监视，冯保身边的宦官都怨恨张居正，心里对冯保也有意见。
张居正看到御史出外巡视，往往对巡抚大臣也不客气，很想压压他们的气焰；所以他们做事稍微有错，就谴责诟骂他们，并下令对他们的长官严加考察。给事中余懋学请求朝廷为政宽厚一些，张居正认为是在责备自己，削了他的职。御史傅应祯又上书讲这个问题，言辞更加恳切，张居正下令将他投入锦衣卫狱，当廷杖责后戍边。给事中徐贞明等人一起到监狱看望，并送他酒食盘缠，张居正将他们也贬官外放。御史刘台按察辽东军事，错报军情，张居正准备按以前的例子绳之以法，刘台却上书指责张居正专权不法。
神宗这时正仰赖倚重张居正，看了刘台的上书便大怒，将刘台逮捕下狱，打了一百棒，下令戍边。张居正上书救刘台，建议仅仅削了他的职，但后来，还是寻故将他戍边。自此以后，给事中、御史都害怕张居正，心里很不服气。
当时，皇太后因神宗年幼，对张居正十分尊重，同为内阁大学士的吕调阳对他也不敢说个不字。后来吏部左侍郎张四维入阁，对张居正也像下级对上级一样，不敢以同僚相处。
张居正喜欢建功立业，与下属相处讲究方式方法，善于用人，许多人也愿意为他尽力。蒙古俺答汗与明朝讲和，很久没有扰乱边防了。只有小王子的部众大约十万人，在靠近东边一带，以不能与明朝在边防互市贸易为借口，多次骚扰。
张居正调李成梁镇守辽东，戚继光镇守蓟门。李成梁多次打败进犯之敌，因功被封为宁远伯。戚继光在蓟州也防守有度。张居正对他们都给予大力支持，边境十分安宁。两广督抚殷正茂、凌云翼等也多次破贼立功。浙江有兵民作乱，张居正派张佳胤前往安抚，浙江很快安定了。所以人们都称赞张居正知人善任。不过，他持法也很严明。他核实驿递，裁减冗官，清理学校，都很有成效。他规定，大小官员不准公费旅行，往来与商人一样自己支付。各衙门机构属员缺少，不是特别需要不给补充。人口多的州县扩充科举考试指标，也十分困难，这样，抱怨的人也很多。
张居正的父亲死了，他上书请求回家安葬。神宗派尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护送他回乡，给他假期三个月，要他葬礼完后就赶快回京。神宗又命巡抚按察司各位大臣先到张居正处赐给玺书，又专门雕刻了一枚“帝赍忠良”银印章赐给他，就像嘉靖对待杨士奇、张孚敬一样，可以对皇上上密折言事。又告诫内阁次辅吕调阳等：“有大事不要轻易决定，派人到江陵，听张居正处理。”张居正在行前提出增加内阁成员，神宗令他推荐，他推荐礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时行入阁。马自强向来对张居正不满，这次意外地被张居正推荐入阁，对他非常感谢；而申时行和张四维都与张居正亲近。张居正做了这样的精心安排，才放心回家葬父。
神宗刚刚即位时，不到十岁，宦官冯保早晚照看他的起床安居，十分细心卖力。神宗稍有不听话时，他便告诉慈圣皇太后，太后对神宗管教很严，每次总是严厉责备，并且说：“要是张先生知道了，怎么办？”于是神宗从小就很害怕张居正。
神宗年龄大了以后，对此十分反感。乾清宫的小宦官孙海、客用等引导神宗游玩，神宗对他们十分喜爱。慈圣太后要冯保将孙海、客用逮捕起来，拷打之后驱出了皇宫。张居正又条列了孙海等人的罪状，请求将他们的党羽全都斥逐掉，又下令司礼监以及其他宦官都自己条列自己的过错，然后由皇上决定去留。并且劝神宗不要耽于游玩宴乐，而要起居有节，要蓄养精神以便多生后代，要节省奖赏费用，拒绝接受珍宝玩物，亲自处理朝政，多学习治理国家的经验等等。神宗看在太后的面子上，迫不得已表示答应，而内心里却对冯保和张居正十分不满。
后来，张居正有病，神宗多次下谕慰问他的病情，赏赐很多银钱为他治病。张居正病了四个多月，一直没有痊愈。百官都为他斋醮祈祷，南京、陕西、山西、湖北、河南等地的大臣也都为他斋醮。神宗让张四维等负责处理朝政的一些小事，大事就派人到张居正家中请他处理。
起初，张居正还能胜任，后来身体太虚弱疲倦，无法全部看完，但还是不让张四维等插手。后来病得太厉害了，他要求辞职回乡。神宗下诏挽留，称他“太师张太岳先生”。张居正知道自己的病已经难好了，推荐前礼部尚书潘晟和尚书梁梦龙，侍郎余有丁、许国、陈经邦。后又推荐尚书徐学谟，曾省吾、张学颜，侍郎王篆等都可以重用，神宗把这些名字都写在御屏上了。
潘晟，是冯保强令张居正举荐的。当时张居正头脑已不清醒，不能自己拿主意了。他死后，神宗停止上朝表示哀悼，并下谕祭祀九坛，以国公和师傅之礼对待。
张居正死后，反对派很快发起了攻击，张居正的改革成果被破坏。明朝从此一蹶不振，陷入了衰败没落、无可救药的深渊。
丁忧与夺情
古代，父母死后，子女按礼须持丧三年，其间不得行婚嫁之事，不预吉庆之典，任官者并须离职，称“丁忧”。据《尔雅·释诂》：“丁，当也。”是遭逢、遇到的意思。据《尚书·说命》：“忧，居丧也。”所以，“丁忧”就是遭逢居丧的意思。
官员如果碰到亲丧，一般应立即辞去官职回家守制。但若情况特殊则可有所变通，不必弃官去职，不着公服，素服办公。这就是“夺情”，意思是为国家夺去了孝亲之情。
明末党争与“三大案”
“三大案”是指梃击案、红丸案和移宫案，它是明朝末年党争中的一个焦点。
明神宗四十三年（1615年）五月初四的傍晚，有一个不知道姓名的男子，手里拿着一根枣木棍，闯进了太子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门的太监，一直到大殿的檐下才被内侍们擒住。当时一个属于浙党的巡城御史刘廷元审问后向皇帝奏称：这个犯人叫张差，蓟州人，说话语无伦次，可能有疯癫病。后来又经过两个浙党里的官员审问，结果和初审完全一样。于是，就准备按疯癫来结案。但当时朝廷内外的多数官员都怀疑是郑贵妃和他的弟弟郑国泰支使张差谋害太子，为了朱常洵夺得太子的地位。而且浙党的魁首方从哲向来是靠交通外来巩固他的地位，所以人们对浙党官员的两次审讯结果表示怀疑。
当时任刑部主事的王之窠私下偷偷探询张差的口气，查出张差确实是受人指使，从蓟州来到京城，被一个太监带进宫里作案的。王之窠把所查到这一情况报告神宗，并且说，张差既不癫也不狂，而是很有胆略和心计，就要求举行朝审或者会审。这时，浙党就起来攻击王之窠，说他胡说八道，坚持认为张差是疯癫，并且要求立即把张差处决。
后来，刑部会同十三司官员举行会审，张差供认说是太监庞保、刘成二人指使他打进慈庆宫的，并且告诉他，如果他能打死太子，就有吃的有穿的。而庞保和刘成这两个人都是郑贵妃宫中的内侍。至此，真相大白，一时议论纷纷。神宗恐怕进一步追查会牵涉到郑贵妃，就下令把张差凌迟处死了，把庞保和刘成也秘密地在内廷里处决。这个案件就这样草草地了结了，这就是所说的“梃击案”。
又过了几年，神宗病死了，太子朱常洛就在那年的八月初一继承了帝位，这就是明光宗。光宗还在做太子时，就已经有了妃子和许多宫女，其中被挑选出来侍候太子的有两个姓李的选侍最得宠，称为东、西李，而西李之宠又在东李之上。朱常洛当了皇帝以后，郑贵妃怕他记恨前仇，就选了四个美女进献给他，以此来讨好光宗。这下子，美女们便要了他的命。光宗整天起居没有节制，沉溺在女色之中，由于过度淫欲，即位没几天就得了病。内医太监崔文升给他开了一服泻药，光宗服后，腹泻不止，一天要拉三四十次。后来，鸿胪寺丞李可灼给他献上一颗红丸，称它是粒仙丹，光宗服后，觉得很舒服。过了半天，李可灼又给他献上一颗，光宗服了，睡到第二天凌晨就死了。这样，光宗只当了29天的皇帝，是明朝在位时间最短的皇帝。这就是“红丸案”。
光宗死后，内外官员都归咎于李可灼，可是内阁首辅方从哲却用光宗的遗诏名义，拟赏李可灼50两银子。于是，群情大哗，纷纷上疏弹劾李可灼和方从哲。迫于这种压力，方从哲才把李可灼的赏银改为罚俸一年。但是，事情并没有这样就了结，弹劾的奏章还是接二连三地送上来，指责内医崔文升是郑贵妃的心腹，故意用泻药，使光宗元气不能恢复，他的罪不在张差之下；又指责李可灼进献红丸致光宗死亡，这是罪不容诛的；同时又弹劾方从哲有十大罪状，应该杀掉。方从哲在许多官员的指责下，只好辞官了。又过了两年，东林党人礼部尚书孙慎行又再次追究李可灼和方从哲的罪状，指斥方从哲是弑君，大逆不道。这时，又有许多官员都要求办方从哲的罪。方从哲上疏力辩，同党的官僚们也极力为他辩护，争吵了好久，结果只是李可灼被充军，崔文升被贬放到南京，而方从哲还是无事。
选侍西李，在光宗没死的时候曾恃宠谋取了皇后的地位，光宗死后，又企图借皇长子的缘故，掌握大权。她要下面的官员把奏章先交给她看，然后才转给皇长子。而且，光宗死后，她还是住在乾清宫里，没有搬出来的意思。本来，按照封建礼仪制度，只有皇帝和皇后才有资格住在乾清宫。而西李仅是个选侍，住进乾清宫是倚仗光宗的宠爱。光宗死了以后，按照当时的规矩她必须搬出来，让新任的皇帝搬进来。这样，一些大臣在光宗死后的第二天就合着上疏请西李移宫。其中御史左光斗的言论最为激烈，他说，西李既不是嫡母，又不是生母，却以正宫的姿态自居，而让皇长子居住在慈庆宫，名分倒置。还说，如不及早采取措施，而让西李借着这种抚养的名分，独行专断，那么西李的灾祸也就为期不远了。奏疏上去以后，西李还是没有移宫的意思。过了三天，给事中杨涟再次上疏，极力促使西李移宫。就这样在群臣的催促下，西李不得不搬出乾清宫，移居到仁寿宫，这就是“移宫案”。
西李移宫后，这时与东林党作对的官员又上书责备力促移宫的杨涟和左光斗，说西李是光宗的遗爱，光宗尸骨未寒，就对她限时驱逼，未免有些太过分了。这样，两派的官僚们围绕着移宫的是非展开了一场激烈的争吵。后来，新登基的熹宗传出一道谕旨，痛数了西李的几条罪状后，就下令叫西李搬出仁寿宫，到宫女养老的哕鸾宫去住。熹宗并且指责为西李说话的官员是“党庇”，这样以后，争吵才逐渐稍为缓和。
“三案”的争议，只不过是不同派系的官僚集团为了在最高统治阶层寻找自己的靠山，争取最高统治者的倚重和宠幸，谋求自身的权力和地位而进行的派系争斗。“三案”发生的当时，东林党在斗争中占了上风，到后来阉党专政时，“三案”又被彻底翻过去了，成了魏忠贤迫害东林党人的口实了。
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明代宫中的对食
在明代，宫女有九千人。宫女也有生理的需要，皇帝宠幸无望，她们中的一些人就转而寻求感情的出口。于是，在宫女之间、宫女和太监之间，便产生了畸形的情爱生活方式。即“对食”和“菜户”。
“对食”是指宫女之间自相结合为“夫妇”。后来，“对食”的范围由同性发展为异性。到明代，宫女与宦官结为夫妇的风气更盛，并且有了新的名称，叫“菜户”。
明朝中期，“菜户”现象逐步发展到嫔妃下无子者。皇帝对此也采取公然许可的态度。
阉党专政
明熹宗幼年丧母，由奶妈客氏抚养长大。他即位后就封客氏为“奉圣夫人”，同时提拔与客氏有暧昧关系的惜薪司太监李进忠做司礼监秉笔太监，并且让他恢复魏姓，赐名忠贤。
原来，魏忠贤是河北肃宁人，是个无所事事的二流子。因赌博输了钱，被债主逼得走投无路了，只好自施宫刑，改姓为李，易名进忠，混入宫中充当太监。后来和客氏勾搭上关系，得到了熹宗的宠信。
魏忠贤目不识丁，本不能当秉笔太监，因有客氏这个关系，才获得这一重要职位。当上秉笔太监后，他就利用王体乾和李永贞两个识字的太监为他效劳。魏忠贤生性残忍、阴险、毒辣，多猜忌；和客氏狼狈为奸，宫中谁也不敢和他作对。王体乾虽是司礼监掌印太监，位在魏忠贤之上，也得服服帖帖地听从他使唤。后来，魏忠贤又兼管了东厂，权力更大，这时又加上有客氏做内援，权势日益显赫。
当时，朝中两大派官僚争斗日趋激烈，加上客氏的不断唆弄，熹宗渐渐由信任东林党那个派系的官僚变为对宦官近侍的宠信。魏忠贤这班阉人得到皇帝的信任后，乘机从中弄权，勾结外廷官僚，操纵了朝中的一切大权。这时，朝中那些和东林党作对的各派官员便纷纷投靠在魏忠贤门下，形成了一股强大的邪恶势力，人们称它为“阉党”。阉党得势后，做内阁首辅的东林党人叶向高就遭到了排斥和打击，被迫辞官了。这时阉党的顾秉谦升为首辅，控制了整个内阁。魏忠贤又和锦衣卫都督田尔耕勾结，利用东厂和锦衣卫这两个特务机构钳制百官，镇压异己。当时，朝中从内阁、六部到外地总督、巡抚等职位，都有魏阉的死党。