李纲还像在钦宗时一样，左一个建议，右一个建议，终于建议得宋高宗心烦起来，觉得李纲成为自己执行议和政策的障碍，公开地责备李纲说：“你天天跟我在这些小事上争论不休，这是为了什么？”这句话说出口之后，黄潜善、汪伯彦等人立即在高宗面前说李纲的坏话。有的说李纲功高震主；有的说李纲招兵买马，是为了扩张自己的势力；还有的说李纲是金人最痛恨的朝臣，任用了他，金兵总有一天会借口出兵。这些恶毒的攻击，正好说中了宋高宗的心病，他最怕的是有人会夺了他的帝位。于是，宋高宗更加重用黄潜善，并颁布了一份诏书，说李纲狂妄荒诞，刚愎自用，越权伤主，罢免了李纲的宰相职务。只当了75天宰相的李纲看到自己一片忠心反被误解，一气之下，连高宗让他当潭州、荆湖南路安抚使的任命也拒绝了，第二年就郁郁病故，死的时候，他才58岁。李纲死后，高宗只追认他为少师，连国人皆曰可杀的张邦昌，当初都当过太师，在高宗的心目中，李纲连张邦昌都不如。
李纲初被罢相之时，当初在开封府领着太学生大闹皇宫的陈东又忍不住了，再次跟进士欧阳彻等人一同上书皇帝，替李纲打抱不平，他们的上书中，指责皇帝黑白不分，是非不明。李纲是忠臣，不该罢免；黄潜善、汪伯彦奸佞误国，不当任用。宋高宗看了奏章，恼羞成怒，立即下令把陈东、欧阳彻关进大牢，不久把他们杀害。
从此，投降派在朝廷占了上风，南迁之事再也没人敢反对。两个月之后，金兵并未南侵，前线并不紧张，宋高宗却把朝廷迁到了扬州，以后，再往南迁，搬到了浙江临安，一个偏安东南的小朝廷终于出现了，黄河两岸广大的百姓，成为金人统治的对象，也成为南宋小朝廷苟安的牺牲品。
太学风潮
北宋末年著名学生领袖陈东领导了一次规模空前的学潮。北宋末年，金兵入侵，徽宗被迫退位，钦宗即位。陈东率学生数百人上书要求惩治奸臣蔡京等人。不久，金军兵临城下，钦宗为讨好金军竟罢了抗战派大臣李纲的宰相职务。陈东连夜写好书状，又率学生伏阙请愿。百姓、士兵纷纷加入请愿队伍，竟达十万人以上。钦宗被迫重新起用李纲。汴京陷落后，陈东又上书，要求高宗返回汴京，引起高宗和奸臣黄潜善等不满，竟被处死。
岳飞之死
高宗即位以后，始终抱有与金求和的打算。就在各地抗金斗争接连取得胜利的时候，高宗派出求和的使臣络绎不绝。绍兴七年年底，宋使王伦从金朝带来了议和条件，金朝要求南宋称臣、交纳岁币，作为交换，金朝答应废黜伪齐，归还徽宗帝后棺木和高宗生母韦氏，归还河南地。高宗得到这个消息，欣喜异常，屈膝求和的决心更加坚定，他再派王伦使金，与金朝商量具体的和谈事宜。
高宗议和的决定遭到了朝野上下的强烈反对，其中几位手握重兵的大将的意见，对于和议能否顺利签订至关重要。绍兴八年八月，高宗召韩世忠、张俊与岳飞入朝，希望说服他们至少不反对议和。张俊向来害怕金兵，在历次对金作战中都极力避免与金兵交锋，其为人又善于逢迎，所以马上表态支持议和。而韩世忠与岳飞则坚决反对，岳飞更是对高宗明确表示：“夷狄不可信，和好不可恃，相臣谋国不善，恐贻后世讥议。”这番义正词严的话不禁使高宗对岳飞心生嫌弃。
其实，在此之前，岳飞已经在两件大事上冒犯了高宗。这位抗金最坚决的大将个性耿直，在战场上有勇有谋，而在政治斗争中却显得缺少心计，太不善于保护自己。
绍兴七年三月，宋廷解除了“中兴四将”之一的刘光世的兵权，高宗本来答应将刘光世率领的淮西军队拨给岳飞指挥，岳飞信以为真，以为这样一来，自己兵力大增，兴奋之余，立即提出要带兵十万，出师北伐，这正犯了高宗的大忌。高宗临时变卦，拒绝将淮西军队交给岳飞。对高宗的出尔反尔，岳飞十分愤慨，一怒之下，他竟然离开本军驻地鄂州，以为母守孝为名上了庐山。在高宗看来，这种行为分明是要挟君主，但当时金兵的威胁尚在，解除岳飞兵权的时机并不成熟，因此高宗不得不再三下诏，对岳飞好言抚慰，敦促其下山。六月，岳飞返朝，向高宗请罪，高宗表示对其宽恕的同时，引用太祖“犯吾法者，唯有剑耳”的话以示警告，言语之中已经暗藏杀机。
第二件事发生在同年八月。返朝不久的岳飞好心建议高宗早立太子。高宗的独子赵旉八年前夭亡，他又在扬州溃退时受了惊吓，失去了生育能力，但高宗时年才三十岁，内心仍抱有生育的希望，此时立太子，在他看来无疑是向天下暴露其难言之隐。宋朝的祖宗家法也规定武将不得干预朝政。所以，岳飞的建议一下又触犯了两大忌讳，更加深了高宗对他的忌恨。
这两件事以及在抗金上毫不妥协的立场，为岳飞日后的命运埋下了祸根。
绍兴十一年正月，兀术统领近十万大军卷土重来，直攻淮西。高宗命驻守鄂州的岳飞率军增援淮西，但岳飞援军尚未赶到战场，杨存中与刘、王德等已在柘皋大败金兵。张俊准备独吞战功，便打发岳飞等回军，不料兀术命孔彦舟回师攻陷亳州，并重创前来救援的杨存中和王德军，当岳飞率领的援军赶到时，金兵已安然渡淮北上。
岳飞两次赴援淮西，行动似乎都慢了一些，他向以用兵神速著称，这不能不说是极大的反常。究其原因，第一次据说是当时岳飞正患感冒，第二次则是军队乏粮，其中是否夹杂着对高宗阻挠他北伐的不满情绪，就不得而知了。但不管实际情况如何，这件事还是成了后来秦桧陷害他的口实。
绍兴十一年（1141年）四月，高宗将张俊、韩世忠和岳飞召到临安，任命张俊、韩世忠为枢密使，岳飞为副使，名为升官，实际是夺去了三大将的兵权，三将所辖军队从此直接听命于皇帝。七月，秦桧死党万俟卨秉承上意，弹劾岳飞，他抓住岳飞曾经擅离职守、私上庐山以及没有及时应援淮西等事，大做文章，并把张俊撤除淮东防务的事情栽赃到岳飞头上。岳飞意识到自己处境险恶，上书辞职，恳求高宗“保全于始终”，能放过自己，但高宗对岳飞的厌恶由来已久，根本不打算手下留情。
在高宗看来，除去岳飞，既可以使和谈顺利进行，又能震慑其他武将，收到杀一儆百的效果，真是一举两得。因此，他不惜违背“不杀大臣”的祖宗家法，于绍兴十一年（1141年）十二月二十九日，亲自下旨，以毒酒赐死岳飞，张宪、岳云斩首。
绍兴和议
绍兴十一年（1141年）宋金双方达成和约：一、宋向金称臣，金册宋康王赵构为皇帝。二、划定疆界，东以淮河中流为界，西以大散关（陕西宝鸡西南）为界，以南属宋，以北属金。宋割唐（今河南唐河）、邓（今河南邓州）二州及商（今陕西商县）、秦（今甘肃天水）二州之大半于金。三、宋每年向金纳贡银、绢各25万两、匹，自绍兴十二年开始，每年春季搬送至泗州交纳。
绍兴和议确定了宋金之间政治上的不平等关系，结束了长达十余年的战争状态，形成了南北对峙的局面。
孝宗北伐
宋孝宗赵昚是宋太祖的七世孙，赵德芳的后人。高宗在扬州逃跑时因为受到了惊吓，失去了生育能力，唯一的独子又在苗刘之变后死去，于是，他将赵昚收为养子。
赵昚被养在宫中将尽二十年，却一直未被确定太子的名分。主要原因有三：首先就是高宗还是抱有幻想，想自己争取再生个儿子出来。其次秦桧的强烈反对。再次是高宗的生母韦太后不喜欢赵昚，而喜欢另一个养育在宫中的赵琢。直到韦太后死去。高宗使出了最后一招，给两位准继承人每人送去美女十名，过了一阵又把她们召回。经过检查，发现给赵琢的那十个都不是处女了，而给赵昚的那十个都是完璧（赵昚是听从了史浩的建议）。于是，确立了赵昚的皇太子地位。
赵昚颇有抗金雄心，在做皇太子的时候就有所表现。绍兴三十一年，完颜亮南侵，朝中多数大臣主张逃跑，时年35岁的赵昚十分气愤，主动上书，请求领兵与金兵决战。但经史浩的提醒，为了避免高宗疑心，他再次上书，请求在高宗亲征时随驾保护，以表孝心与忠心。即位后，孝宗表面上不便对高宗妥协求和的政策明确表示反对，但在处理政事时，他一反高宗的做法，平反岳飞冤案，驱逐秦桧党人，起用一批被高宗贬黜的大臣，还积极联络北方抗金义军。绍兴三十二年七月，也就是孝宗即位后的第二个月，他颁布手谕，召老将张俊入朝，共商恢复大计。
隆兴元年（1163年），孝宗任命张俊为枢密使，都督江淮军马，负责抗金前线的军事指挥。此前，金人向南宋索取海、泗、唐、邓、商五州之地及岁币，被张俊拒绝。金朝屯兵虹县、灵璧，摆出一副马上要进攻南宋的架势，南北局势骤然紧张起来。张俊主张先发制人，立即进行北伐。此议一出，马上招来了主和派的强烈反对。此时的孝宗正是初生牛犊，锐气十足，北伐决心很大。当年四月，孝宗为了避开主和派的干扰，绕过三省、枢密院，直接命令李显忠、邵宏渊等出兵北伐。
北伐初期，宋军接连取得胜利，李显忠攻克灵璧、宿州，邵宏渊攻克虹县，金将蒲察徒穆、大周仁、萧琦等先后投降，北方人民纷纷响应，归附者络绎不绝。捷报传到临安，孝宗大喜，升李显忠为淮南、京东、河北招讨使，邵宏渊为副使。然而，就在宋军节节胜利的时候，军队内部的种种问题也暴露出来。首先是将领之间不和，邵宏渊为人心胸狭隘，争强好胜，孝宗任其为招讨副使，位在李显忠之下，对此他耿耿于怀。而张俊对这一问题又处理不当，听任邵宏渊不受李显忠节制，使宋军无法协调行动，统一指挥。其次，面对胜利，主帅李显忠产生了轻敌心理。攻克宿州后，他既不谋进取，也不作防守，终日与部下饮酒作乐。当有人报告说金军万余人向宿州逼近时，他竟不以为然地说：“区区万人，何足挂齿！”此外，李显忠在犒赏军士时有失公平，士兵三人才分得一千钱，每人平均只得三百余钱，无法调动士兵们的作战积极性，邵宏渊又趁机暗中起哄鼓噪，士卒怨怒，宋军一度高昂的士气大为削弱。
就在宋军主将失和、军心浮动的时候，金人调兵遣将，大举进攻宿州。李显忠率领部下奋力抵抗，而邵宏渊当此紧急关头，仍不肯与李显忠合力守城，极力主张弃城撤退。李显忠知道邵宏渊对自己心存忌恨，不会援手，仅凭自己所部孤军守城已不可能，只得放弃宿州，连夜南撤。二十三日，宋军刚刚退到符离，就被追击的金兵赶上。在金兵的围攻下，宋军再无抵抗之力，士兵们丢盔弃甲，惊慌逃窜，连同随军民夫在内的十三万人马伤亡殆尽，粮草物资也拱手送与了金军。李显忠、邵宏渊二将在乱军中逃脱，侥幸保住了性命。至此，历时仅二十天的北伐以宋军溃败而告终。这也是孝宗在位期间唯一的一次北伐，虽然失败，但毕竟是南宋历史上第一次主动出击，与以前穷于应付金人的进攻是不同的。
深埋在心底的怨恨
孝宗立三子赵惇为太子。赵惇小心翼翼地在东宫做了十几年孝子，年过不惑，却仍不见孝宗有将皇位传给他的意向，终于有些耐不住了。一天，太子向孝宗试探道：“我的胡须已经开始白了，有人送来染胡须的药，我却没敢用。”孝宗听出了儿子的弦外之音，答道：“有白胡须好，正好向天下显示你的老成，要染须药有什么用！”太子碰了软钉子，从此不敢再向孝宗提及此事。
淳熙十四年（1187年），高宗驾崩，孝宗悲痛欲绝，萌生禅位之意。一年后，时年四十三岁的赵惇终于登上皇位。后来孝宗得病，光宗一次也没有过宫探视，可能对父亲的怨恨一直深藏在他心底吧。
朱熹传授理学
就在宋军主将失和、军心浮动的时候，金人调兵遣将，大举进攻宿州。李显忠率领部下奋力抵抗，而邵宏渊当此紧急关头，仍不肯与李显忠合力守城，极力主张弃城撤退。李显忠知道邵宏渊对自己心存忌恨，不会援手，仅凭自己所部孤军守城已不可能，只得放弃宿州，连夜南撤。二十三日，宋军刚刚退到符离，就被追击的金兵赶上。在金兵的围攻下，宋军再无抵抗之力，士兵们丢盔弃甲，惊慌逃窜，连同随军民夫在内的十三万人马伤亡殆尽，粮草物资也拱手送与了金军。李显忠、邵宏渊二将在乱军中逃脱，侥幸保住了性命。至此，历时仅二十天的北伐以宋军溃败而告终。这也是孝宗在位期间唯一的一次北伐，虽然失败，但毕竟是南宋历史上第一次主动出击，与以前穷于应付金人的进攻是不同的。韩愈、李翱所提倡的新儒教，到宋代发扬光大，称为“道学”或“理学”。这种新儒学名义上为孔孟思想的正传，实际上却导源于释老的玄理。理学大致流为两派：一派是调和的实在论，由朱熹集其大成；一派是绝对的唯心论，由陆九渊集其大成。两派见解根本不同，来往论辩甚多。朱熹和陆九渊的观点不一致，但都是“同植纲常，同宗孔孟”（黄宗羲语）。南宋后期，理学的发展出现了朱、陆合流的趋向。南宋灭亡，理学北传，元代出现一大批理学大儒。理学又成为元人的统治思想。朱熹为《 大学 》《 中庸 》《 论语 》《 孟子 》作注释，这本书称为《 四书章句集注 》，简称为《 四书集注 》，它宣扬从孔、孟到二程的道统。
朱熹通过注释和序阐释理学的基本范畴和命题，强调天理纲常和名分等级的永恒性，元朝统治者为强化统治，以程朱理学为官学；科举考试以“四书”、“五经”为准。《 四书集注 》对封建社会后期的政治、文化、教育产生了重大的影响。